genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   

This is table  4  of  33  ( 3877 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
574181--574237	19	2.9	19	86	2	78	33	17	14	35	1.90
574579--574649	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
574666--574703	20	1.9	20	94	0	67	42	18	10	28	1.83
574619--574809	54	3.6	54	95	2	350	36	18	17	27	1.93
574833--574863	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
574851--574906	21	2.6	22	91	5	96	26	23	10	39	1.87
575071--575137	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
575457--575494	20	2.0	20	89	5	60	36	7	15	39	1.77
582642--583141	149	3.3	149	72	11	397	41	17	16	26	1.89
585390--585428	20	2.0	20	85	14	55	51	12	10	25	1.71
585621--585713	20	4.7	19	76	18	75	29	15	18	37	1.91
585660--585796	20	6.7	19	70	20	82	31	16	17	34	1.93
589165--589204	20	2.0	20	100	0	80	20	5	20	55	1.62
589690--589714	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
589804--589829	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
589784--589851	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
595015--595068	19	2.8	19	97	0	99	37	16	11	35	1.84
595856--596183	48	6.6	48	87	3	388	31	15	25	26	1.96
596763--597147	48	7.8	48	90	1	491	31	16	26	25	1.97
595850--598010	964	2.2	964	93	0	3698	29	17	25	26	1.98
597724--598010	48	5.9	48	91	2	403	31	16	26	25	1.97
596861--608754	863	13.3	857	77	12	9343	29	17	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
598590--598922	48	6.8	47	88	3	405	30	17	26	25	1.97
598734--598859	26	5.2	26	60	27	69	29	16	27	26	1.97
598748--598821	22	3.2	22	63	26	53	29	18	22	28	1.98
597724--600697	912	3.3	912	96	0	5387	29	17	25	27	1.97
598599--598922	96	3.3	96	90	3	470	30	17	26	25	1.97
598594--598922	144	2.2	148	87	3	470	31	17	26	25	1.97
599502--599834	48	6.8	47	88	3	396	30	17	27	25	1.97
599646--599771	26	5.2	26	60	27	69	29	16	27	26	1.97
599660--599733	22	3.2	22	63	26	53	29	18	22	28	1.98
599511--599834	96	3.3	96	89	3	461	30	17	26	25	1.97
599506--599834	144	2.2	149	87	3	463	30	17	26	25	1.97
600319--600691	96	3.7	96	80	7	336	32	16	25	25	1.96
600423--600697	48	5.6	48	86	4	347	31	16	25	26	1.96
601286--601661	48	7.6	48	91	1	500	31	17	25	26	1.97
602238--602524	48	5.9	48	92	2	412	31	16	26	25	1.96
603104--603484	48	7.8	47	90	3	492	30	17	27	25	1.97
603262--603335	22	3.2	22	63	26	53	29	18	22	28	1.98
603113--603484	96	3.8	96	91	2	566	30	17	26	25	1.97
603113--603484	144	2.5	144	90	3	566	30	17	26	25	1.97
602238--604347	960	2.2	959	94	0	3693	29	17	25	27	1.97
604073--604347	48	5.6	48	84	4	329	31	17	25	26	1.97
604927--605256	48	6.8	48	88	3	423	32	16	26	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604936--605256	93	3.3	94	87	4	428	32	16	25	25	1.96
604067--607030	909	3.2	909	90	3	4281	29	17	25	26	1.98
605836--606213	48	7.8	48	87	3	474	31	16	25	26	1.96
605841--606213	141	2.6	144	86	4	518	31	16	25	26	1.96
606749--606939	49	3.8	50	80	4	149	31	18	27	23	1.97
604930--607030	957	2.2	958	92	1	3508	29	17	25	26	1.98
606795--607030	48	4.8	49	84	3	269	31	18	25	24	1.97
606795--607030	97	2.4	97	82	5	276	31	18	25	24	1.97
605990--608706	817	3.3	816	90	3	3884	29	17	25	27	1.97
607515--607894	48	7.6	48	81	6	337	32	17	25	24	1.97
607754--607831	26	3.2	26	61	26	60	29	16	29	24	1.97
608483--608854	48	7.6	48	90	1	537	31	16	26	25	1.97
609432--609809	48	7.8	48	85	3	438	31	16	26	25	1.96
609441--609809	93	3.8	95	84	4	438	31	16	26	26	1.96
609441--609792	189	1.8	192	86	3	512	31	16	26	26	1.96
609441--609809	141	2.5	143	83	5	456	31	16	26	26	1.96
607958--611672	956	3.9	957	97	0	6585	30	17	25	27	1.97
610388--610765	48	7.8	48	85	3	438	31	16	26	25	1.96
610397--610765	93	3.8	95	84	4	438	31	16	26	26	1.96
610397--610748	189	1.8	192	86	3	512	31	16	26	26	1.96
610397--610765	141	2.5	143	83	5	456	31	16	26	26	1.96
611344--611672	48	6.8	48	92	0	505	31	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
612253--612630	48	7.8	48	86	5	478	31	16	25	26	1.96
610440--612578	907	2.4	907	93	1	3585	29	17	25	27	1.97
612258--612630	93	3.9	94	87	5	464	31	16	25	27	1.96
612258--612630	141	2.6	143	85	6	493	31	16	25	27	1.96
612258--612617	189	1.9	191	86	5	512	31	16	25	26	1.96
613213--613336	48	2.6	47	79	7	133	30	18	29	20	1.97
613376--613516	54	2.6	53	88	5	214	30	18	24	26	1.98
614095--614336	97	2.4	96	81	8	270	31	16	26	25	1.96
614005--614330	48	6.5	48	78	6	256	31	17	26	24	1.97
614916--615200	48	5.8	48	86	3	347	31	17	26	24	1.97
614119--617843	865	4.3	864	74	12	3692	29	17	25	26	1.98
615790--616011	48	4.5	49	83	6	238	30	18	27	24	1.97
616587--616983	48	7.8	48	81	9	398	31	17	25	25	1.97
614984--616819	806	2.3	812	92	1	3082	29	17	25	26	1.98
616845--616883	16	2.5	16	91	4	62	25	23	23	28	1.99
616797--616931	64	2.1	64	95	1	245	28	18	25	27	1.98
616860--616983	52	2.5	48	93	6	203	29	16	25	28	1.97
617573--617943	48	7.6	47	84	6	413	30	16	25	26	1.97
617573--617943	95	3.8	96	87	3	476	30	16	25	26	1.97
617573--617943	143	2.6	145	86	3	487	30	16	25	26	1.97
618530--619109	48	11.6	48	87	6	746	30	16	26	26	1.97
618809--618886	26	3.2	26	60	26	60	30	14	29	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
618971--619009	16	2.5	16	91	4	62	25	23	23	28	1.99
618923--619057	64	2.1	64	95	1	245	28	18	25	27	1.98
618986--619109	52	2.5	48	93	6	203	29	16	25	28	1.97
619698--620068	48	7.6	47	84	6	413	30	16	25	26	1.97
619698--620068	95	3.8	96	87	3	476	30	16	25	26	1.97
619698--620068	143	2.6	145	86	3	487	30	16	25	26	1.97
618723--621019	958	2.4	959	91	2	3724	29	17	25	26	1.97
620656--621166	49	10.6	48	87	6	664	30	15	26	26	1.96
620656--621166	189	2.7	189	84	7	656	30	15	26	26	1.96
621755--622175	48	8.6	48	90	2	565	30	15	26	27	1.96
621987--622112	26	5.2	26	60	27	69	30	14	29	26	1.95
622764--623183	48	8.6	48	90	1	563	31	15	26	26	1.96
622995--623120	26	5.2	26	60	27	69	30	14	29	26	1.95
623763--624095	48	6.8	48	87	2	396	31	16	25	26	1.97
622864--635388	912	13.4	917	82	10	10631	29	17	25	27	1.98
624675--625007	48	6.8	48	85	1	387	31	17	25	25	1.97
625511--625981	48	9.7	48	92	1	737	30	15	26	26	1.96
625793--625918	26	5.2	26	60	27	69	30	14	29	26	1.95
626570--626941	48	7.6	48	89	2	530	31	15	26	26	1.96
626753--626878	26	5.2	26	60	27	69	30	14	29	26	1.95
624678--629821	960	5.3	960	92	2	7667	29	17	25	27	1.97
627530--627901	48	7.6	48	89	2	530	31	15	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627713--627838	26	5.2	26	60	27	69	30	14	29	26	1.95
628490--628909	48	8.6	48	90	1	588	30	16	25	26	1.97
629489--629821	48	6.8	48	85	1	378	31	17	25	26	1.97
630325--630699	48	7.7	48	92	1	579	30	16	26	26	1.97
631288--631707	48	8.6	48	87	1	534	31	16	25	26	1.96
632222--632595	48	7.7	48	92	3	579	30	17	26	26	1.97
633185--633507	48	6.6	48	86	3	396	31	17	25	26	1.97
633185--633507	144	2.2	147	85	2	436	31	17	25	26	1.97
634092--634466	48	7.7	48	93	1	606	30	17	26	26	1.97
635055--635474	48	8.6	48	90	1	597	31	17	25	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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