genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101240--2101356	51	2.3	51	83	2	146	32	13	24	29	1.94
2100947--2101351	206	2.0	207	81	4	487	32	13	26	27	1.94
2101236--2101379	51	2.8	50	75	4	144	32	11	25	30	1.91
2103772--2103823	21	2.6	21	90	6	81	32	15	13	38	1.86
2103921--2104316	198	2.0	198	97	0	747	31	24	16	27	1.96
2104390--2104453	33	1.9	33	87	6	94	34	17	14	34	1.89
2104483--2104536	19	2.8	20	82	5	74	35	16	14	33	1.90
2106513--2106637	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
2117108--2117170	33	1.9	33	83	6	83	34	14	12	38	1.84
2117202--2117257	19	2.9	19	89	2	76	37	17	14	30	1.90
2125160--2125373	107	2.0	107	99	0	419	30	23	7	38	1.83
2139482--2139566	35	2.4	35	88	0	116	32	9	16	41	1.80
2140026--2140055	15	1.9	16	93	6	53	73	0	10	16	1.09
2140196--2140592	199	2.0	198	89	1	598	33	24	19	22	1.97
2146613--2146679	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2146635--2146659	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2151570--2151615	20	2.2	22	84	11	69	65	6	0	28	1.17
2151572--2151615	21	2.1	21	91	4	72	65	6	0	27	1.17
2152179--2152286	53	2.0	53	96	0	198	17	22	12	47	1.82
2154075--2154109	14	2.5	14	85	0	52	22	2	17	57	1.53
2158300--2158356	21	2.7	21	75	2	60	43	35	10	10	1.74
2161287--2161332	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163506--2163560	22	2.5	22	96	0	101	41	12	20	25	1.87
2164762--2164834	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2164780--2164855	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2164762--2164855	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2164894--2164919	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2167825--2167866	13	3.2	13	89	0	66	40	19	11	28	1.87
2168866--2169246	79	4.9	79	82	4	423	32	14	26	26	1.95
2168968--2169246	155	1.8	155	88	3	436	32	14	26	26	1.95
2171750--2171795	21	2.3	21	85	7	60	34	15	15	34	1.89
2171744--2171795	21	2.6	19	81	6	59	32	13	15	38	1.86
2172776--2173247	155	3.0	156	80	8	449	29	10	9	50	1.69
2173380--2173410	15	2.1	14	94	5	53	25	3	0	70	1.02
2189909--2189959	13	3.5	14	86	13	68	88	9	1	0	0.60
2189920--2189959	18	2.2	18	91	8	64	90	7	2	0	0.55
2190943--2191745	61	13.2	61	75	9	556	24	27	19	27	1.99
2191096--2191339	94	2.6	93	87	2	344	25	28	19	26	1.99
2190939--2191745	123	6.6	123	72	11	622	24	27	19	27	1.99
2192387--2192513	20	5.8	20	79	17	146	25	14	15	44	1.84
2192475--2192520	13	4.0	13	69	30	50	28	15	15	41	1.87
2194868--2194941	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2194886--2194961	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
2194868--2194961	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195000--2195025	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2197239--2197283	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2201190--2201228	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2203679--2203752	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2203697--2203772	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
2203679--2203772	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
2203811--2203836	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2204961--2205077	51	2.3	52	83	1	137	31	25	10	32	1.89
2204882--2205156	130	2.1	130	85	2	365	29	26	11	32	1.92
2205008--2205236	79	2.9	78	85	2	289	28	28	12	30	1.93
2210827--2210860	10	3.4	10	88	12	52	85	2	11	0	0.71
2212119--2212869	62	12.3	62	85	4	913	24	22	20	32	1.98
2212119--2212869	123	6.1	122	85	3	881	24	22	20	32	1.98
2212143--2212875	185	4.0	183	84	5	928	24	23	19	32	1.98
2212856--2213127	42	6.5	42	81	5	273	20	25	15	39	1.91
2212875--2213113	82	2.8	84	80	8	254	18	25	12	43	1.86
2213844--2213918	20	3.8	20	89	0	114	46	10	13	29	1.76
2215251--2215629	79	4.8	79	75	7	288	34	15	23	26	1.94
2215317--2215630	158	2.0	158	80	5	357	34	15	24	25	1.95
2215561--2215691	50	2.6	50	90	1	190	38	12	22	25	1.89
2217383--2217408	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2218107--2218150	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219957--2219981	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
2223893--2223937	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2226164--2226189	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2227926--2228059	50	2.7	49	85	1	178	41	14	16	27	1.87
2228584--2228824	41	5.7	42	75	10	197	39	13	25	21	1.90
2228713--2228889	37	4.4	38	74	14	115	39	14	27	18	1.89
2228859--2229370	116	4.3	117	80	11	533	28	18	26	25	1.98
2228865--2229370	178	2.9	176	87	2	712	27	19	26	26	1.99
2229047--2229338	117	2.5	116	82	5	334	26	19	26	27	1.99
2228872--2229372	239	2.1	232	84	6	630	26	19	27	26	1.99
2228859--2229372	61	8.6	61	80	8	592	28	18	27	25	1.98
2229421--2229579	60	2.6	62	83	4	216	30	18	27	23	1.98
2230558--2230630	1	73.0	1	75	0	65	1	2	8	87	0.69
2230544--2230630	10	8.1	10	81	16	70	1	6	6	85	0.80
2230544--2230621	23	3.4	23	85	5	79	1	7	6	84	0.82
2230558--2230630	22	3.4	22	83	9	96	1	2	8	87	0.69
2230558--2230630	33	2.2	32	90	2	110	1	2	8	87	0.69
2243024--2243244	79	2.8	78	82	11	263	32	14	24	28	1.94
2243180--2243346	51	3.3	51	78	6	142	33	11	24	30	1.91
2243334--2243403	28	2.6	28	88	8	101	30	20	27	22	1.98
2243437--2243563	28	4.7	27	80	9	136	28	19	30	21	1.98
2243330--2243672	163	2.1	163	92	0	569	32	16	26	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243437--2243563	54	2.3	54	89	2	182	28	19	30	21	1.98
2243360--2243644	81	3.5	80	68	13	231	32	15	25	26	1.96
2243599--2243672	28	2.6	28	86	0	103	25	20	31	22	1.98
2243660--2243827	51	3.3	51	83	1	194	33	13	24	28	1.93
2246130--2246223	20	4.7	20	88	7	113	41	14	15	27	1.87
2246239--2246268	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
2247704--2247901	79	2.5	78	82	8	231	28	16	28	26	1.97
2250248--2250277	13	2.3	13	94	0	51	40	10	20	30	1.85
2252616--2252971	79	4.5	78	85	2	419	26	24	12	35	1.92
2252616--2252971	158	2.3	157	84	2	464	26	24	12	35	1.92
2253498--2254112	203	3.0	203	97	0	1142	36	19	18	25	1.94
2256472--2256497	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2256454--2256517	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2261585--2262298	49	14.8	49	75	9	499	31	16	26	26	1.96
2261629--2262298	101	6.9	101	75	11	372	30	16	26	26	1.96
2261629--2262298	237	2.8	237	84	2	815	30	16	26	26	1.96
2262018--2262192	87	2.0	88	90	1	280	27	17	26	28	1.98
2262151--2262296	51	2.9	51	93	0	247	32	16	26	25	1.96
2262311--2262555	34	7.4	32	75	15	139	36	12	31	19	1.89
2262429--2262644	27	7.2	27	76	14	153	34	12	32	20	1.91
2262361--2262767	95	4.3	95	80	9	452	35	13	30	20	1.91
2262496--2262777	61	4.5	61	83	8	332	34	12	31	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262556--2262744	34	5.8	33	81	10	210	35	12	31	20	1.90
2262496--2262777	129	2.2	122	84	7	359	34	12	31	20	1.91
2262761--2263084	30	10.4	30	83	8	373	32	13	28	24	1.94
2262761--2263091	124	2.7	124	87	6	465	32	13	29	24	1.93
2262761--2263081	63	5.2	63	86	3	420	32	14	28	24	1.94
2271034--2271061	13	2.2	13	100	0	56	39	10	14	35	1.81
2271016--2271081	33	2.0	33	85	5	89	40	7	15	36	1.75
2274564--2274627	20	3.5	20	70	27	70	31	15	15	37	1.89
2274564--2274626	33	1.9	33	96	0	117	31	14	15	38	1.88
2275787--2276074	153	1.9	153	82	7	370	32	7	8	51	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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