genome.fa.s32.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold32
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5587194

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2674976--2675176	88	2.3	87	89	3	298	29	27	17	24	1.98
2674976--2675208	29	8.0	29	81	6	256	28	28	17	25	1.98
2674972--2675208	117	2.0	117	84	3	307	28	28	17	25	1.97
2675244--2675380	32	4.4	31	84	5	177	28	35	19	16	1.93
2675242--2675380	64	2.2	63	87	6	201	28	35	19	16	1.93
2675373--2676194	49	16.8	49	73	14	598	24	25	17	32	1.97
2675419--2675785	43	8.1	43	81	11	437	25	25	18	30	1.98
2675368--2675838	92	5.1	92	93	1	789	25	25	18	31	1.97
2675739--2676183	54	8.6	52	68	15	212	24	24	16	34	1.95
2675913--2676094	43	4.1	43	83	8	247	24	24	19	31	1.98
2675598--2676267	309	2.2	307	96	0	1241	24	24	16	34	1.95
2675904--2676133	92	2.5	92	94	1	397	24	24	18	32	1.97
2676048--2676207	51	3.1	52	78	8	173	24	23	15	36	1.93
2676048--2676432	170	2.2	172	83	5	460	22	24	15	37	1.93
2676918--2676966	21	2.2	21	85	7	62	32	16	14	36	1.89
2677112--2677137	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2689330--2689448	42	2.8	42	89	0	184	9	44	2	43	1.49
2691702--2691820	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
2697857--2697928	24	3.2	24	62	34	59	30	23	12	33	1.92
2697844--2697936	44	2.1	44	95	0	168	35	23	10	30	1.89
2698945--2699317	156	2.4	157	86	4	518	26	20	15	36	1.93
2698967--2699357	156	2.5	156	83	4	414	28	21	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2700614--2701062	159	2.8	159	80	5	396	33	17	13	35	1.88
2700751--2701057	159	1.9	157	88	1	461	33	17	13	35	1.89
2704796--2704845	21	2.4	20	90	6	73	78	0	22	0	0.76
2704796--2704845	20	2.4	21	90	3	75	78	0	22	0	0.76
2704798--2704840	10	4.3	10	85	11	61	79	0	20	0	0.74
2704797--2704866	23	3.1	23	82	10	81	77	1	18	2	0.97
2704796--2704867	21	3.3	21	78	17	67	75	1	19	4	1.05
2708113--2708153	20	2.0	22	90	9	68	17	14	21	46	1.84
2708897--2709142	97	2.5	98	85	2	334	34	13	25	26	1.93
2711454--2711506	20	2.6	21	79	11	65	30	20	11	37	1.88
2722446--2722510	29	2.2	29	91	0	103	13	16	10	58	1.63
2724262--2724349	28	3.2	27	76	17	83	12	17	9	61	1.56
2725073--2725309	112	2.1	112	85	3	316	29	15	22	32	1.95
2730954--2731303	175	2.0	174	83	2	443	26	16	18	38	1.91
2733275--2733686	166	2.5	164	82	4	465	31	11	9	48	1.71
2734144--2734180	11	3.5	11	88	3	58	78	0	21	0	0.75
2734144--2734193	19	2.4	20	87	12	66	78	0	22	0	0.76
2734145--2734202	23	2.6	23	89	8	84	77	0	20	1	0.86
2749020--2749136	58	2.0	58	83	3	146	29	18	21	29	1.97
2749867--2749892	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
2756271--2756389	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2756304--2756379	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2756295--2756380	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2756286--2756356	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2759911--2759969	12	5.0	12	75	17	52	37	1	47	13	1.53
2759905--2759969	24	2.8	24	85	2	87	38	1	47	12	1.50
2771745--2772145	154	2.7	148	81	10	469	35	21	19	22	1.96
2772090--2772303	116	1.8	117	87	5	317	33	21	21	22	1.97
2771944--2772457	270	1.9	263	84	5	676	35	21	20	21	1.96
2772207--2772683	154	3.1	154	86	0	650	37	21	19	21	1.95
2772792--2773569	168	4.6	168	93	0	1288	41	10	11	36	1.75
2774517--2774553	10	3.9	9	86	13	56	8	16	0	75	1.02
2775164--2775471	163	1.9	164	88	2	469	51	8	13	26	1.69
2777889--2777964	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2777888--2777973	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2777879--2777997	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2785023--2785092	24	3.1	22	82	9	79	2	18	1	77	0.97
2785044--2785093	21	2.4	21	90	3	75	0	22	0	78	0.76
2785044--2785092	23	2.1	23	92	3	80	0	20	0	79	0.73
2785049--2785091	10	4.3	10	85	11	61	0	20	0	79	0.74
2786040--2786388	158	2.2	158	78	5	341	36	13	21	28	1.91
2788823--2789166	159	2.2	157	85	4	474	36	13	16	33	1.88
2788832--2789215	159	2.4	159	81	5	413	34	12	17	34	1.88
2790572--2790952	156	2.4	157	86	4	518	36	15	21	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790885--2791244	159	2.3	156	75	10	336	35	13	20	30	1.91
2791953--2792045	44	2.1	44	95	0	168	30	10	23	35	1.89
2791961--2792032	24	3.2	24	62	34	59	33	12	23	30	1.92
2800046--2800116	37	1.9	37	91	0	115	15	25	29	29	1.96
2804017--2804358	87	4.0	87	87	6	502	24	24	22	28	1.99
2804331--2804420	31	2.9	31	84	0	126	14	25	32	27	1.95
2804481--2804631	31	4.9	31	86	3	180	15	25	29	29	1.96
2804264--2804569	149	2.1	144	89	3	459	20	24	25	28	1.99
2804326--2804780	211	2.1	209	86	4	633	20	24	26	29	1.99
2804694--2804780	31	2.8	31	85	0	111	18	24	28	28	1.98
2804537--2804896	149	2.4	149	84	4	451	20	23	25	29	1.99
2805063--2805091	14	2.0	15	93	6	51	75	3	20	0	0.94
2805033--2805114	43	1.9	43	84	0	110	45	14	24	15	1.84
2804985--2805204	120	1.8	120	84	1	298	43	13	25	18	1.86
2805129--2805643	42	12.4	41	73	14	321	38	13	25	22	1.90
2805129--2805652	83	6.3	83	81	5	467	38	12	25	22	1.90
2813950--2814099	52	2.9	52	85	7	207	32	16	17	34	1.92
2814140--2814164	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2814122--2814184	33	1.9	33	86	0	90	41	15	11	31	1.83
2815125--2815361	43	5.3	43	84	9	321	30	18	25	25	1.98
2815015--2815353	48	7.1	48	84	9	392	31	18	25	24	1.97
2815073--2815362	91	3.1	91	93	2	472	30	18	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816973--2817104	42	3.1	42	86	2	176	45	2	43	8	1.46
2822060--2822127	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
2822044--2822270	49	5.0	44	83	11	287	29	18	26	24	1.98
2822044--2822270	92	2.5	92	96	0	409	29	18	26	24	1.98
2822258--2822520	32	8.2	32	88	6	358	18	18	34	28	1.94
2822258--2822528	129	2.1	129	87	6	385	19	17	34	28	1.94
2822300--2822577	129	2.2	128	81	9	316	21	16	34	27	1.95
2822536--2822589	27	2.0	27	92	0	90	29	14	33	22	1.94
2822556--2823221	34	20.0	35	79	12	545	32	12	34	20	1.90
2822556--2823215	69	9.9	68	75	12	543	32	12	34	20	1.90
2822966--2823026	27	2.3	27	94	0	104	34	11	32	21	1.89
2823063--2823188	29	4.2	29	79	11	130	30	14	34	20	1.92
2823063--2823247	34	6.1	29	80	8	140	30	14	32	21	1.93
2823096--2823285	97	2.0	95	81	6	220	30	14	33	21	1.93
2824240--2824284	15	3.1	15	81	15	51	0	11	6	82	0.84
2824534--2824591	1	58.0	1	77	0	53	0	1	10	87	0.60
2824522--2824591	13	5.5	12	79	16	61	0	2	11	85	0.69
2824535--2824591	10	5.7	10	83	8	64	0	1	10	87	0.61
2824537--2824588	17	2.9	18	88	8	79	0	1	11	86	0.65
2825519--2825618	50	2.0	50	100	0	200	26	12	36	26	1.91
2828849--2828883	17	2.1	18	89	10	56	25	14	8	51	1.70
2831523--2831671	52	2.9	52	86	0	217	32	16	16	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2831660--2831684	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2831725--2831791	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2831747--2831771	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2836314--2836366	20	2.6	21	87	3	72	32	16	9	41	1.81
2837496--2837943	168	2.7	166	83	4	499	29	12	10	48	1.73
2837622--2837943	166	1.9	169	88	1	488	29	12	11	46	1.76
2837642--2838091	166	2.7	168	78	5	414	30	13	10	45	1.77
2838590--2838628	10	3.7	10	83	12	51	76	0	23	0	0.78
2838587--2838629	12	3.8	11	82	14	52	76	0	23	0	0.78
2838576--2838631	22	2.7	21	83	5	60	69	1	26	1	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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