genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477708--2477741	12	2.8	12	95	0	59	52	2	14	29	1.56
2478588--2478638	14	3.9	14	75	19	56	11	11	17	58	1.62
2478585--2478662	24	3.2	24	87	0	111	12	11	17	57	1.64
2478832--2478907	24	3.2	24	71	1	64	15	11	11	60	1.59
2479888--2479929	20	2.0	21	86	4	59	35	30	11	21	1.90
2485329--2485363	14	2.5	14	95	0	61	65	2	0	31	1.07
2497683--2497743	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
2497675--2497792	35	3.2	36	87	4	166	33	5	18	43	1.72
2502351--2502436	2	48.5	2	72	23	50	41	0	0	58	0.98
2502318--2502479	33	4.8	33	87	12	215	38	0	0	61	0.96
2502339--2502475	64	2.1	64	87	10	192	39	0	0	60	0.97
2502320--2502479	72	2.3	71	88	11	210	38	0	0	61	0.96
2507957--2508114	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
2508082--2508311	20	11.5	20	83	4	241	35	25	18	20	1.95
2509023--2509069	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2509244--2509268	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2511563--2511772	72	2.9	72	86	6	284	45	17	22	15	1.85
2511549--2511762	53	4.1	52	87	10	303	46	17	22	14	1.83
2511743--2511858	53	2.2	53	81	7	146	18	21	18	40	1.92
2511764--2511879	53	2.2	53	93	3	207	13	23	18	44	1.85
2511781--2511879	20	5.4	19	81	14	127	14	22	17	46	1.83
2511986--2512022	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513946--2514118	19	9.6	19	76	12	150	45	23	20	10	1.82
2514021--2514113	33	2.8	33	93	0	159	46	20	21	11	1.82
2514130--2514188	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
2514114--2514237	33	3.7	33	89	1	176	9	17	26	45	1.79
2514114--2514172	19	3.4	19	77	22	83	6	15	30	47	1.71
2514163--2514219	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
2516148--2516211	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
2516146--2516210	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
2516192--2516256	14	4.3	14	73	17	58	46	21	23	9	1.80
2516146--2516268	33	3.5	33	88	8	156	46	18	23	11	1.81
2516285--2516341	14	3.7	14	75	20	60	10	24	21	43	1.83
2516269--2516348	33	2.4	33	93	0	133	10	21	21	47	1.79
2516329--2516402	21	3.5	21	80	7	96	13	21	17	47	1.82
2516482--2516552	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
2516932--2517124	20	9.6	20	85	5	246	18	19	27	34	1.95
2517491--2517539	12	4.1	12	78	17	57	65	0	0	34	0.93
2517944--2518004	29	2.1	29	91	8	99	34	11	11	42	1.77
2517938--2518053	35	3.6	33	80	13	134	30	11	18	40	1.85
2518106--2518192	37	2.4	37	88	9	133	40	13	19	26	1.89
2518162--2518211	21	2.4	21	96	0	91	44	8	20	28	1.79
2518125--2518233	57	1.9	58	90	5	177	44	12	18	24	1.85
2518183--2518451	36	7.6	36	80	10	313	40	13	19	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518106--2518450	94	3.4	96	78	11	347	40	13	19	26	1.89
2518321--2518421	21	5.4	21	65	26	82	42	10	20	25	1.85
2518705--2518937	124	1.9	124	89	3	362	25	17	25	31	1.97
2527375--2527634	100	2.6	99	87	4	348	33	18	16	32	1.93
2528482--2529417	84	11.2	83	81	6	973	30	24	20	24	1.99
2528482--2529417	168	5.6	167	85	3	1113	30	24	20	24	1.99
2529977--2530024	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2530008--2530280	38	7.2	37	82	11	290	43	6	6	44	1.54
2530258--2530325	32	2.1	32	89	5	102	50	4	5	39	1.47
2530258--2530337	32	2.4	33	85	4	99	50	5	6	38	1.50
2530320--2530400	38	2.2	36	84	8	101	54	2	3	39	1.32
2531718--2531746	11	2.6	11	100	0	58	6	17	0	75	1.01
2531705--2531743	20	2.0	20	85	10	53	10	15	0	74	1.07
2533079--2533149	3	23.7	3	85	0	97	28	1	0	70	0.96
2533145--2533185	15	2.9	14	89	7	64	60	0	0	39	0.96
2533145--2533185	14	2.9	15	92	7	68	60	0	0	39	0.96
2533593--2533634	19	2.2	19	87	12	59	69	7	23	0	1.13
2547067--2547616	82	6.7	83	93	2	891	27	13	23	36	1.91
2547067--2547616	166	3.3	165	95	2	973	27	13	23	36	1.91
2548376--2549017	113	5.8	112	71	13	495	38	13	19	28	1.90
2548552--2548730	94	1.9	94	86	2	252	35	18	17	29	1.94
2548704--2549017	116	2.7	116	84	5	393	39	11	19	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549241--2549323	3	28.7	3	90	7	136	32	1	0	66	1.00
2549319--2549355	13	2.8	14	84	8	51	62	0	0	37	0.96
2549765--2549806	19	2.2	19	87	12	59	69	7	23	0	1.13
2556946--2556982	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
2558524--2558654	29	4.4	29	88	2	154	19	16	8	55	1.66
2564617--2564686	37	1.9	36	83	11	90	32	18	8	40	1.81
2564653--2564848	67	2.9	67	91	3	306	29	12	15	42	1.84
2564828--2564905	30	2.7	29	84	4	93	26	14	15	43	1.85
2565976--2566009	13	2.6	13	100	0	68	70	5	23	0	1.09
2567038--2567172	59	2.2	61	85	5	177	18	13	8	60	1.58
2567038--2567172	30	4.5	30	82	6	157	18	13	8	60	1.58
2567038--2567192	30	5.2	28	78	14	125	18	11	9	61	1.55
2569977--2570042	25	2.7	25	83	2	80	43	4	7	43	1.53
2569994--2570043	25	2.0	25	92	0	82	44	4	6	46	1.47
2570007--2570282	37	7.4	38	77	8	264	42	4	10	42	1.59
2570007--2570214	75	2.8	75	86	4	251	43	3	9	43	1.54
2570006--2570282	112	2.5	108	79	8	297	42	4	10	42	1.60
2570314--2570358	15	3.1	15	79	14	51	46	4	0	48	1.22
2570345--2570418	24	3.0	23	79	16	71	31	1	0	67	0.99
2576039--2576068	11	2.6	12	89	10	53	40	6	0	53	1.27
2577004--2577039	11	3.4	11	88	7	56	25	0	0	75	0.81
2577005--2577039	10	3.4	10	88	4	52	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2581131--2581177	23	2.0	24	87	4	69	70	0	0	29	0.88
2581103--2581182	36	2.1	38	82	11	94	62	0	1	36	1.03
2581358--2581425	25	2.8	25	79	2	66	38	7	13	41	1.72
2581637--2581692	2	28.5	2	96	3	105	51	0	0	48	1.00
2585782--2585841	21	2.9	21	87	0	84	36	23	25	15	1.93
2590297--2590365	18	3.9	18	72	16	72	28	27	15	27	1.96
2590318--2590496	64	2.8	63	82	7	220	29	21	18	30	1.97
2595921--2596018	45	2.2	44	83	8	119	28	21	22	27	1.99
2598692--2598729	20	1.9	20	94	0	67	26	28	21	23	1.99
2598713--2598781	18	3.9	18	72	16	72	28	27	15	27	1.96
2598734--2598888	64	2.4	63	91	5	242	29	21	18	30	1.97
2598734--2598911	64	2.8	62	84	9	234	29	22	18	29	1.97
2600712--2600745	13	2.7	13	90	4	52	35	0	14	50	1.44
2601257--2601293	15	2.5	15	95	4	67	13	24	10	51	1.73
2604548--2604574	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
2605565--2605613	22	2.2	22	85	7	64	18	20	22	38	1.93
2605971--2606011	20	2.1	19	90	4	64	36	29	12	21	1.90
2606117--2606170	27	2.0	28	85	3	74	44	20	11	24	1.83
2622707--2622788	21	3.9	21	74	12	62	43	21	1	32	1.61
2622707--2622781	28	2.7	28	79	8	80	44	20	1	34	1.60
2622707--2622788	14	5.9	14	72	4	58	43	21	1	32	1.61
2622914--2622942	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2624837--2624871	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
2629169--2629331	21	7.6	21	80	2	146	33	26	19	20	1.96
2629157--2629252	23	4.3	23	80	6	108	33	26	19	20	1.97
2635365--2635470	36	3.1	35	71	18	114	50	8	16	25	1.73
2638216--2638259	20	2.2	20	87	0	61	36	25	15	22	1.94
2647306--2647334	14	2.1	14	100	0	58	48	20	0	31	1.50
2650822--2650859	20	1.9	20	88	0	58	26	28	23	21	1.99
2650899--2650996	45	2.2	45	81	9	110	34	16	13	35	1.87
2656759--2656815	24	2.6	21	74	15	60	29	22	19	28	1.98
2656759--2656856	45	2.2	44	82	15	114	28	22	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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