genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806805--2806848	10	4.8	9	84	15	63	75	0	25	0	0.81
2806805--2806848	9	4.8	9	88	5	61	75	0	25	0	0.81
2807347--2807409	32	2.0	32	93	6	110	42	19	17	20	1.89
2809670--2809916	75	3.3	75	84	5	309	30	14	22	32	1.93
2811642--2812549	113	8.0	113	84	5	1127	37	15	18	27	1.91
2811642--2812636	346	2.9	347	85	4	1346	38	15	18	27	1.91
2812458--2812693	120	1.9	123	83	9	306	39	15	19	25	1.91
2812458--2812734	120	2.3	123	80	9	304	39	15	19	25	1.91
2811678--2812752	346	3.1	340	83	6	923	38	15	19	27	1.91
2811823--2812752	459	2.0	452	84	7	1194	38	14	18	27	1.91
2812891--2812928	18	2.1	18	85	9	51	23	0	2	73	0.95
2814291--2814316	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2814493--2814534	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
2814395--2814606	115	1.9	114	83	6	268	35	9	9	45	1.69
2814590--2814647	29	2.0	30	86	3	82	46	1	0	51	1.11
2819631--2819718	24	3.7	24	71	6	70	52	17	9	21	1.72
2827869--2827916	21	2.3	21	92	0	78	22	18	25	33	1.97
2831084--2831128	12	3.9	12	77	19	51	62	2	0	35	1.08
2831084--2831137	22	2.5	21	85	11	65	62	1	0	35	1.06
2832623--2832947	138	2.3	139	86	2	431	27	18	15	39	1.90
2833370--2833543	74	2.4	73	88	0	258	31	21	20	26	1.98
2834607--2834763	54	2.9	54	85	3	192	29	16	14	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2838824--2838878	7	7.6	7	88	8	65	0	20	0	80	0.72
2838824--2838878	15	3.8	14	85	7	74	0	20	0	80	0.72
2838824--2838870	21	2.2	21	92	0	76	0	21	0	78	0.75
2841576--2841638	30	2.1	30	93	0	108	20	26	12	39	1.89
2842908--2842965	28	2.2	26	84	6	71	60	1	5	32	1.29
2843685--2843718	11	3.3	11	88	12	54	58	0	0	41	0.98
2843678--2843718	20	2.0	20	86	9	57	58	0	0	41	0.98
2844840--2844870	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
2844937--2845011	10	7.7	10	68	21	52	58	21	10	9	1.59
2844941--2845005	16	4.1	16	91	0	112	58	23	10	7	1.57
2845210--2845240	12	2.6	12	100	0	62	19	32	25	22	1.97
2846114--2846166	14	4.1	14	81	18	78	50	26	15	7	1.70
2846104--2846165	24	2.6	24	94	0	106	53	24	12	9	1.69
2860284--2860356	24	3.0	24	90	4	76	9	15	26	49	1.74
2860294--2860349	14	4.3	14	82	17	84	7	14	26	51	1.67
2860295--2860356	24	2.6	24	97	0	115	8	12	25	53	1.66
2861386--2861430	16	2.8	16	100	0	90	6	13	24	55	1.62
2861500--2861532	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
2865016--2865050	17	1.9	19	88	11	56	54	0	0	45	0.99
2873253--2873290	19	2.0	19	94	0	67	10	13	21	55	1.67
2881376--2881410	16	2.1	17	94	5	63	42	20	0	37	1.52
2883735--2883781	24	2.0	24	83	8	60	59	4	2	34	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2884333--2884389	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
2886092--2887086	80	12.5	80	84	3	1116	29	20	15	34	1.94
2886163--2887078	479	1.9	479	88	2	1392	29	20	15	34	1.94
2888805--2888842	3	12.3	3	84	15	51	68	0	0	31	0.90
2889242--2889536	151	2.0	151	82	2	369	28	16	5	49	1.66
2889508--2889548	20	2.0	19	86	13	55	31	4	0	63	1.15
2901241--2901273	15	2.2	15	100	0	66	30	51	0	18	1.46
2909362--2909419	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
2909407--2909567	64	2.5	64	84	7	195	24	24	16	34	1.96
2912808--2912849	23	2.0	21	86	13	59	52	21	0	26	1.47
2913149--2913186	20	1.9	20	94	0	67	26	23	18	31	1.97
2913194--2913354	64	2.5	64	80	7	175	24	24	18	32	1.97
2917210--2917253	21	2.1	21	91	0	70	20	34	4	40	1.73
2917224--2917282	30	2.0	30	93	6	102	18	27	6	47	1.74
2917963--2918027	13	5.0	13	74	7	60	35	3	7	53	1.45
2918019--2918053	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
2917963--2918053	27	3.5	26	79	11	96	39	2	6	51	1.40
2918337--2918425	39	2.3	38	79	9	99	48	20	6	24	1.73
2918869--2918914	24	2.0	23	91	4	74	41	4	6	47	1.49
2927303--2927340	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2927749--2927820	22	3.3	22	72	3	74	33	25	15	26	1.95
2927768--2927859	21	4.3	20	72	15	78	35	29	13	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927993--2928039	21	2.3	21	88	3	69	31	19	8	40	1.81
2928378--2928515	54	2.5	55	85	3	199	29	21	18	30	1.97
2932745--2932778	12	2.8	12	95	0	59	5	50	5	38	1.51
2934640--2934709	22	3.2	22	73	18	74	32	25	17	24	1.96
2934657--2934748	21	4.3	21	72	15	73	35	29	14	20	1.92
2934644--2934727	43	2.0	43	90	0	132	32	28	19	20	1.96
2935215--2935326	54	2.1	54	81	9	131	34	18	16	30	1.93
2936945--2937016	31	2.3	31	88	4	101	40	12	20	26	1.88
2937643--2937707	3	21.7	3	81	12	80	38	0	0	61	0.96
2937643--2937706	18	3.4	18	83	12	92	37	0	0	62	0.95
2937643--2937707	21	3.2	20	87	10	89	38	0	0	61	0.96
2938979--2939043	12	5.2	12	74	20	53	27	4	1	66	1.20
2939001--2939043	3	14.3	3	80	9	52	25	4	0	69	1.07
2939006--2939043	16	2.5	15	91	4	58	23	5	0	71	1.07
2939001--2939043	13	3.1	15	77	16	56	25	4	0	69	1.07
2939044--2939078	16	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
2939227--2939276	19	2.6	19	77	3	55	32	0	4	64	1.12
2941358--2941399	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
2941358--2941399	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
2941452--2941477	12	2.2	12	100	0	52	26	15	7	50	1.71
2947660--2947817	54	2.9	54	97	0	289	36	15	25	22	1.94
2948183--2948237	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2948637--2948921	113	2.5	114	88	3	434	37	15	19	27	1.92
2948847--2949035	95	2.0	93	84	8	247	35	14	17	32	1.90
2948934--2949652	113	6.3	113	86	4	889	36	14	19	29	1.92
2948934--2949637	228	3.1	226	88	2	1018	36	14	19	28	1.91
2948934--2949651	341	2.1	341	87	4	1009	36	14	19	29	1.91
2949899--2949959	3	20.7	3	84	15	83	36	0	0	63	0.94
2951248--2951289	3	14.3	3	85	5	59	26	2	0	71	0.98
2951290--2951316	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
2951361--2951581	106	2.1	107	82	6	263	38	8	8	44	1.65
2954039--2954072	13	2.7	12	86	13	50	38	0	5	55	1.24
2955538--2955849	20	15.5	20	81	9	303	37	23	18	20	1.94
2959153--2959207	20	2.7	21	88	5	78	36	21	20	21	1.95
2959159--2959353	53	3.7	54	87	2	252	44	18	20	15	1.87
2959212--2959344	19	7.4	19	75	18	133	47	18	18	15	1.83
2959352--2959495	19	7.8	19	85	9	208	16	21	15	46	1.84
2959597--2959633	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2963026--2963118	33	2.8	33	93	0	150	44	22	22	10	1.84
2963046--2963101	14	3.6	14	74	21	58	42	23	25	8	1.82
2963018--2963123	19	6.1	19	69	20	79	44	20	23	11	1.84
2963144--2963188	21	2.1	21	87	0	63	13	26	13	46	1.80
2963152--2963221	20	3.5	19	80	9	70	12	18	18	50	1.78
2963777--2963970	20	9.6	20	78	7	194	18	18	24	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2963777--2964031	41	6.3	41	81	7	238	18	18	23	38	1.93
2963979--2964031	20	2.7	20	94	5	90	15	18	22	43	1.87
2965884--2965972	37	2.6	32	77	17	106	15	11	32	40	1.83
2969272--2969322	24	2.1	24	100	0	102	19	19	9	50	1.75
2974267--2974299	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
2975521--2975560	21	2.0	21	90	5	64	32	12	7	47	1.69
2978953--2979073	43	2.8	42	87	5	152	28	18	28	25	1.98
2978969--2979266	43	6.9	43	79	6	219	24	19	25	30	1.98
2978969--2979221	86	2.9	86	79	2	258	24	19	26	30	1.98
2980987--2981033	22	2.1	22	100	0	94	51	12	19	17	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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