genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693942--8693987	21	2.2	21	92	0	74	23	19	30	26	1.98
8694771--8694812	17	2.5	17	96	0	75	57	11	9	21	1.63
8695993--8696032	20	2.0	20	100	0	80	35	15	25	25	1.94
8700758--8700783	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8702719--8703074	178	2.0	175	94	1	622	39	17	12	31	1.86
8706768--8706820	21	2.5	21	81	0	61	18	26	18	35	1.95
8706810--8706883	20	3.7	20	80	3	94	35	20	21	22	1.96
8707059--8707120	18	3.0	22	68	18	60	27	37	16	19	1.93
8707453--8707538	20	4.3	20	83	4	84	13	18	23	44	1.86
8707504--8707543	20	2.0	20	95	0	71	12	15	17	55	1.70
8709412--8709515	20	5.5	20	82	13	139	38	21	20	20	1.94
8709415--8709536	34	3.4	34	81	12	154	40	19	21	18	1.92
8709562--8709715	20	8.4	20	77	18	129	16	19	22	41	1.90
8709548--8709695	34	4.2	34	75	11	145	15	20	22	41	1.89
8709667--8709725	20	3.0	20	89	0	64	15	18	23	42	1.88
8710199--8710297	21	4.7	21	73	3	74	23	33	20	23	1.97
8710224--8710306	42	2.0	42	83	4	105	21	38	19	20	1.93
8711667--8711702	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
8712903--8712955	23	2.3	23	90	9	90	39	20	16	22	1.92
8713799--8713935	20	6.8	20	81	9	113	21	20	20	37	1.95
8713809--8713935	40	3.2	40	88	7	186	21	19	20	38	1.94
8713932--8714019	21	4.2	21	92	0	140	39	17	26	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8715809--8715909	15	6.9	15	67	21	63	44	4	15	34	1.69
8715808--8715908	29	3.4	29	93	4	159	44	3	16	34	1.67
8716140--8716199	31	2.0	31	83	6	79	45	0	3	51	1.17
8716226--8716268	19	2.3	19	80	8	52	39	2	2	55	1.25
8716264--8716309	18	2.6	17	83	10	56	50	2	0	47	1.13
8716292--8716337	24	1.9	24	86	8	67	50	0	0	50	1.00
8716319--8716423	28	3.8	30	77	15	102	49	0	0	48	1.14
8716353--8716423	31	2.3	31	82	7	81	49	0	1	49	1.09
8723928--8723968	20	2.2	20	86	8	59	24	4	2	68	1.22
8724160--8724197	19	2.0	19	100	0	76	36	5	31	26	1.79
8731095--8731158	21	3.0	21	81	4	65	23	35	25	15	1.94
8731097--8731178	21	3.8	21	74	17	62	23	37	24	14	1.92
8737802--8737863	30	2.1	29	87	3	88	53	8	9	29	1.62
8737895--8738029	63	2.2	63	89	1	200	31	22	15	30	1.95
8738677--8738820	73	2.0	73	91	0	234	38	14	5	40	1.69
8738978--8739426	201	2.2	202	84	2	600	35	20	11	32	1.89
8742958--8743001	17	2.6	17	96	0	79	50	4	4	40	1.43
8747929--8747957	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8748146--8748188	20	2.3	19	80	11	52	25	23	6	44	1.78
8752116--8752178	20	2.9	21	79	9	65	17	23	34	23	1.96
8793496--8793539	18	2.4	18	100	0	88	50	9	6	34	1.61
8794627--8794690	32	2.0	32	82	8	78	34	6	7	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8794839--8794918	26	3.1	26	98	1	153	35	10	11	43	1.74
8794933--8795022	33	2.8	33	73	6	85	37	4	6	51	1.49
8794933--8795034	32	3.1	32	75	5	89	38	5	6	49	1.54
8795177--8795298	29	4.2	29	79	5	131	43	15	9	31	1.78
8800048--8800130	23	3.7	23	81	7	91	19	26	31	22	1.98
8801741--8801851	53	2.1	53	86	3	152	24	16	19	39	1.91
8802906--8802990	22	3.9	22	95	0	143	30	27	14	28	1.95
8802906--8803003	22	4.5	22	92	2	137	31	27	12	28	1.93
8804984--8805039	3	18.7	3	100	0	112	66	0	0	33	0.92
8806054--8806096	21	2.0	22	86	4	61	25	0	4	69	1.07
8806049--8806098	21	2.2	22	79	13	57	24	2	4	70	1.15
8806108--8806153	24	2.0	22	84	16	58	54	4	0	41	1.20
8808623--8808668	19	2.4	19	100	0	92	50	4	13	32	1.61
8809434--8809593	65	2.5	65	86	7	220	28	16	23	32	1.96
8809434--8809640	65	3.2	65	75	14	196	27	16	24	32	1.96
8809832--8809901	35	2.1	34	89	5	106	40	10	21	28	1.85
8810522--8810588	26	2.6	26	70	0	62	31	5	1	61	1.29
8810575--8810617	8	5.4	8	78	10	52	13	2	2	81	0.89
8810689--8810764	41	1.9	38	86	7	107	17	27	6	48	1.71
8810780--8810854	37	2.1	38	85	7	102	30	5	8	56	1.51
8810923--8810947	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
8810915--8810985	14	5.1	14	80	11	58	15	8	1	74	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8819568--8819643	38	2.0	38	100	0	152	26	23	18	31	1.97
8821145--8821185	16	2.5	17	80	15	50	75	4	14	4	1.14
8822174--8822801	106	6.0	105	83	6	751	35	22	18	24	1.96
8822367--8822780	210	2.0	211	88	1	616	35	22	17	24	1.95
8823285--8823356	35	2.1	35	97	0	135	41	11	19	27	1.85
8823824--8823854	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8823763--8823897	57	2.3	57	80	12	134	35	5	2	57	1.34
8824342--8824368	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8832872--8833031	65	2.5	65	83	7	202	29	17	21	31	1.96
8837701--8837739	21	1.9	20	84	5	51	66	20	2	10	1.33
8839300--8839389	42	2.2	40	86	4	117	26	10	20	43	1.83
8843270--8843320	21	2.4	21	86	0	75	27	15	27	29	1.96
8843366--8843412	20	2.3	20	96	0	85	23	17	19	40	1.91
8843642--8843699	18	3.1	18	78	11	62	48	8	8	34	1.65
8845707--8845777	34	2.1	34	84	2	90	23	28	14	33	1.94
8848509--8848590	41	2.0	42	82	2	103	30	17	14	37	1.89
8848760--8848865	42	2.5	43	80	8	121	30	15	20	33	1.93
8858503--8858611	2	58.0	2	71	12	88	50	0	0	49	1.00
8858508--8858556	15	3.1	15	73	21	55	53	0	0	46	1.00
8858506--8858556	17	3.1	17	73	21	63	52	0	0	47	1.00
8859666--8859706	15	2.7	15	88	3	55	65	9	0	24	1.22
8861481--8861543	33	1.9	33	86	0	90	66	15	4	12	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8864705--8865037	49	6.8	49	86	0	432	32	12	23	31	1.92
8864705--8865055	147	2.4	147	87	0	479	32	12	23	31	1.92
8865037--8865185	46	3.2	46	79	3	131	46	13	16	24	1.82
8870984--8871237	49	5.4	49	78	8	220	33	14	23	27	1.94
8871058--8871133	40	1.9	40	94	0	134	40	14	23	21	1.90
8871222--8871374	46	3.3	46	92	0	243	41	14	21	22	1.89
8871897--8871926	12	2.5	12	94	0	51	33	10	16	40	1.82
8877074--8877292	116	1.9	116	82	3	280	35	15	22	26	1.94
8877706--8877741	13	2.7	13	95	4	63	25	30	19	25	1.98
8879634--8879677	4	11.2	4	81	13	56	25	0	2	72	0.96
8879640--8879679	18	2.2	19	90	4	64	22	0	2	75	0.93
8879634--8879685	26	2.0	26	81	7	61	21	3	1	73	1.10
8879672--8879723	20	2.5	20	78	3	59	7	17	0	75	1.03
8879986--8880075	36	2.4	37	81	5	101	31	13	20	35	1.91
8879882--8880344	103	4.5	101	77	6	389	34	12	20	32	1.89
8882156--8882238	33	2.5	34	82	5	98	32	9	14	43	1.78
8882131--8882238	34	3.2	33	81	5	101	34	10	13	41	1.79
8889222--8889303	40	2.0	40	92	0	137	23	15	28	32	1.95
8890631--8890728	34	2.9	34	77	8	110	25	13	17	43	1.85
8899024--8899067	18	2.6	17	82	17	56	29	6	11	52	1.63
8899275--8899333	18	3.1	18	80	17	73	32	11	5	50	1.61
8899275--8899333	22	2.9	21	85	11	79	32	11	5	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8899292--8899339	22	2.2	22	88	7	71	31	12	6	50	1.65
8899778--8900007	127	1.8	127	97	0	433	23	14	15	45	1.84
8901662--8901714	15	3.5	15	82	10	63	66	5	5	22	1.35
8906376--8906430	4	13.8	4	88	0	56	40	1	9	49	1.45
8906376--8906433	8	7.2	8	90	0	62	39	1	10	48	1.48
8910232--8910383	29	5.4	29	73	7	125	41	23	5	28	1.78
8910207--8910378	84	2.1	83	84	5	222	42	20	5	31	1.76
8910392--8910450	13	4.8	13	87	12	97	13	22	47	16	1.82
8912104--8912173	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
8912456--8912497	21	2.0	21	90	0	66	23	28	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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