genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7963526--7963608	24	3.6	24	90	4	127	27	24	22	25	2.00
7963505--7963608	24	4.7	21	80	12	102	25	24	25	25	2.00
7969319--7969512	75	2.6	75	89	1	298	20	25	28	25	1.99
7969472--7969526	21	2.6	21	100	0	110	14	20	43	21	1.87
7975168--7975706	269	2.0	269	97	0	1015	35	16	13	34	1.88
7978657--7978699	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
7982724--7982761	17	2.2	17	95	0	67	42	21	7	28	1.81
7993375--7993422	14	3.4	14	73	21	55	54	0	25	20	1.45
8000749--8000790	9	4.6	9	88	8	50	76	0	2	21	0.90
8000744--8000792	14	3.4	13	83	13	53	75	0	2	22	0.90
8001464--8001504	13	3.3	13	80	10	50	70	0	4	24	1.06
8002127--8002159	13	2.5	13	90	9	50	78	0	3	18	0.87
8006065--8006126	25	2.6	25	82	7	67	33	4	20	40	1.74
8007401--8007451	17	3.2	15	82	17	59	78	0	1	19	0.85
8007412--8007453	5	8.0	5	80	19	50	78	0	0	21	0.75
8007401--8007443	16	2.6	17	89	7	63	79	0	2	18	0.85
8010313--8010365	15	3.4	15	77	12	54	67	0	7	24	1.16
8011843--8011898	20	2.8	20	97	0	103	17	16	35	30	1.92
8011671--8011878	65	3.2	65	81	11	248	26	17	24	31	1.97
8012544--8012573	14	2.1	15	93	6	53	63	26	3	6	1.35
8012911--8012954	21	2.1	21	86	0	61	34	15	40	9	1.79
8019275--8019378	45	2.3	45	83	5	120	31	21	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8022306--8022419	32	3.4	33	83	12	151	37	39	11	11	1.77
8022306--8022419	37	3.2	36	84	9	146	37	39	11	11	1.77
8025883--8025962	39	2.1	39	82	13	96	48	3	2	45	1.33
8027053--8027898	114	7.5	114	76	6	675	37	15	10	36	1.82
8027148--8027614	234	2.0	233	83	3	582	36	14	10	38	1.81
8027574--8027768	105	1.9	105	85	2	275	40	14	12	32	1.84
8028474--8028526	26	2.0	26	92	0	88	33	3	24	37	1.74
8028819--8028908	45	2.0	47	82	8	114	35	7	0	56	1.28
8028912--8028946	18	1.9	18	100	0	70	31	5	0	62	1.18
8028935--8029010	29	2.7	28	93	4	127	31	7	0	60	1.25
8030003--8030071	3	23.0	3	100	0	138	66	0	33	0	0.92
8031232--8031267	18	1.9	18	88	5	54	55	0	0	44	0.99
8031231--8031272	18	2.3	19	80	8	52	57	0	0	42	0.99
8031643--8031814	90	1.9	88	95	2	308	37	10	6	45	1.64
8034133--8034174	20	2.1	20	86	0	57	16	9	14	59	1.60
8034670--8034883	105	2.1	105	80	4	238	37	10	13	38	1.78
8035387--8035442	27	2.2	26	78	12	62	42	0	0	57	0.99
8036337--8036449	42	2.7	42	86	1	156	46	22	8	22	1.78
8037444--8037541	35	2.8	35	75	14	94	41	6	6	45	1.53
8042278--8042320	23	1.9	23	85	4	61	44	23	2	30	1.66
8050999--8051042	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
8051041--8051132	39	2.3	40	80	12	111	34	15	0	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8051041--8051151	39	2.8	39	75	20	106	35	15	0	48	1.51
8052171--8052205	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
8052904--8052930	13	2.1	13	100	0	54	62	7	14	14	1.51
8058093--8058134	21	2.0	21	100	0	84	57	19	0	23	1.41
8061343--8061649	81	3.7	79	78	8	276	25	18	25	30	1.98
8061330--8061649	168	1.9	162	82	8	387	25	18	25	30	1.98
8061694--8061940	124	2.0	124	91	1	406	27	19	23	30	1.98
8061836--8062302	240	1.9	242	86	3	668	26	17	22	32	1.96
8063561--8063823	95	2.7	94	87	4	357	31	19	17	31	1.95
8065485--8065531	21	2.2	21	96	0	85	12	27	23	36	1.91
8066185--8066211	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
8066277--8066301	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
8066319--8066360	5	9.0	5	80	15	54	85	0	0	14	0.59
8066314--8066365	13	3.8	13	76	14	52	82	0	1	15	0.75
8066313--8066360	9	5.2	9	83	14	62	85	0	0	14	0.60
8066313--8066356	18	2.4	18	92	3	70	86	0	0	13	0.57
8072134--8072175	21	2.0	21	86	9	59	21	7	26	45	1.77
8082168--8082249	34	2.4	34	89	4	121	40	17	20	21	1.91
8082701--8082976	26	11.6	25	73	18	205	42	9	23	23	1.83
8082675--8083008	46	7.2	46	86	4	427	42	9	23	24	1.84
8082749--8082976	72	3.2	71	75	14	241	42	9	24	23	1.83
8082871--8082950	20	3.7	20	75	18	88	41	11	26	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8082701--8082976	144	1.9	144	91	0	453	42	9	23	23	1.83
8082917--8082989	20	3.3	20	68	26	58	39	10	24	24	1.87
8088481--8088634	75	2.1	74	85	6	204	34	16	25	24	1.95
8089055--8089183	46	2.8	46	90	0	213	44	10	21	22	1.83
8089101--8089252	72	2.1	72	87	2	225	46	10	19	23	1.80
8089174--8089331	46	3.4	46	87	0	226	43	10	22	23	1.84
8089049--8089298	118	2.1	118	92	1	421	46	10	20	23	1.81
8091933--8091974	16	2.6	16	77	7	50	69	0	7	23	1.13
8094476--8094515	17	2.4	17	100	0	80	35	30	12	22	1.91
8099543--8099609	33	2.0	33	91	0	107	10	22	19	47	1.79
8100621--8100664	21	2.1	21	91	0	70	54	11	6	27	1.61
8118388--8118608	44	5.0	44	84	1	271	21	23	22	32	1.98
8118569--8118684	39	3.0	38	80	2	115	20	25	20	32	1.97
8121312--8121343	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
8121696--8121755	31	1.9	31	96	0	111	25	26	13	35	1.93
8124269--8124487	44	4.9	44	85	1	249	22	22	23	31	1.98
8124474--8124565	39	2.4	39	84	0	112	21	22	23	31	1.98
8124941--8124999	28	2.0	28	84	12	75	30	0	15	54	1.42
8124991--8125043	24	2.2	24	96	3	99	37	7	9	45	1.65
8127832--8127898	14	4.7	14	86	1	80	25	25	20	28	1.99
8130324--8130378	22	2.5	22	90	0	92	32	12	14	40	1.84
8133232--8133303	36	2.0	36	86	5	101	31	16	22	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8139592--8139663	33	2.2	33	92	0	117	47	18	23	11	1.80
8149928--8149980	20	2.6	21	77	16	58	39	20	20	18	1.92
8149984--8150035	14	3.6	15	79	5	54	25	23	26	25	2.00
8152585--8152681	42	2.3	42	82	3	106	50	17	16	15	1.78
8153597--8153631	17	2.1	17	100	0	70	40	22	5	31	1.78
8155590--8155637	23	2.1	23	100	0	96	29	18	18	33	1.95
8156367--8156397	16	1.9	16	93	0	53	19	16	16	48	1.81
8158246--8158389	30	4.9	29	78	7	137	61	13	8	16	1.54
8158270--8158389	29	4.1	29	81	7	143	62	12	8	16	1.53
8160994--8161062	25	2.7	25	95	2	120	39	8	15	36	1.79
8161281--8161361	40	2.0	40	90	0	126	24	35	9	29	1.88
8162086--8162119	17	2.0	17	88	11	52	32	2	0	64	1.08
8165429--8165479	21	2.5	21	84	15	63	35	3	9	50	1.54
8167495--8167868	186	2.0	187	96	0	687	31	15	14	39	1.87
8169275--8169358	40	2.1	40	88	4	125	27	19	26	27	1.99
8169933--8169974	21	2.0	20	82	13	50	38	4	4	52	1.44
8169944--8169983	21	1.9	21	85	10	55	37	5	7	50	1.53
8171160--8171204	20	2.2	20	96	0	81	40	4	17	37	1.70
8171603--8171657	24	2.3	25	81	9	69	12	18	7	61	1.53
8175216--8175285	20	3.5	20	82	1	79	37	14	7	41	1.73
8179147--8179188	17	2.5	17	77	11	50	59	0	11	28	1.33
8179791--8179830	21	1.9	21	84	0	53	67	5	12	15	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8182097--8182184	26	3.4	26	84	4	99	32	28	15	22	1.95
8192815--8192855	16	2.6	16	92	7	66	36	4	14	43	1.67
8195944--8195975	12	2.7	12	100	0	64	46	18	21	12	1.82
8203399--8203454	16	3.4	17	87	9	80	37	5	23	33	1.78
8204035--8204117	38	2.2	37	87	8	116	38	37	9	14	1.79
8204143--8204471	153	2.1	155	90	5	522	35	25	12	26	1.92
8207641--8207790	77	1.9	77	91	2	248	28	19	16	35	1.94
8207652--8207807	77	2.0	77	83	2	197	29	23	15	32	1.95
8210992--8211208	45	4.8	44	85	5	265	41	12	20	25	1.87
8210992--8211208	89	2.4	90	83	4	285	41	12	20	25	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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