genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7737232--7737301	31	2.3	30	87	7	104	31	10	27	31	1.89
7741841--7741894	22	2.4	22	84	3	72	77	0	20	1	0.86
7741847--7741884	14	2.9	14	84	7	53	84	0	13	2	0.73
7741845--7741888	18	2.5	18	88	3	63	81	0	15	2	0.78
7742804--7742888	19	4.4	19	75	18	59	77	3	4	14	1.06
7742814--7742902	29	3.1	28	76	19	94	77	2	5	14	1.05
7742799--7742912	39	2.9	37	76	16	97	77	3	4	14	1.07
7742825--7742926	23	4.2	22	74	20	80	78	2	3	14	1.01
7742799--7742926	40	3.2	39	74	17	104	77	4	3	14	1.07
7742815--7742926	56	2.0	57	84	8	149	77	3	4	14	1.06
7744082--7744433	37	9.5	36	69	19	165	45	7	2	43	1.46
7744123--7744192	13	5.5	12	72	16	52	45	4	1	48	1.30
7744082--7744282	39	5.3	38	78	14	184	44	7	1	45	1.44
7744108--7744314	37	5.4	39	81	12	177	45	6	2	45	1.43
7744292--7744340	26	1.9	25	83	4	62	51	8	4	36	1.51
7744880--7744920	21	2.0	21	90	0	64	14	26	21	36	1.93
7745258--7745288	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
7745292--7745440	37	4.1	35	82	10	140	45	8	1	44	1.41
7745446--7745475	16	1.9	16	93	6	53	46	0	6	46	1.29
7748901--7749020	42	2.9	42	79	8	120	33	19	20	26	1.97
7748901--7749039	42	3.3	42	81	5	111	33	20	19	26	1.96
7749025--7749202	41	4.3	41	86	2	230	34	15	18	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7749058--7749250	83	2.4	82	80	6	196	35	13	17	33	1.90
7750691--7750784	41	2.3	42	78	10	113	34	15	19	30	1.93
7750753--7751002	42	6.0	41	79	7	229	24	18	16	40	1.90
7750754--7750990	126	1.9	126	84	6	320	25	18	16	39	1.91
7754104--7754151	23	2.1	23	96	0	87	33	2	20	43	1.64
7759637--7759710	21	3.4	22	83	9	89	52	18	24	4	1.63
7759646--7759713	21	3.2	21	91	0	109	51	20	25	2	1.61
7760244--7760446	43	4.7	43	79	0	172	34	22	17	25	1.96
7760936--7761006	31	2.3	31	95	0	124	46	18	14	21	1.83
7762124--7762154	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
7765396--7765427	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7771636--7771699	17	3.7	17	89	2	92	28	28	9	34	1.88
7771959--7772046	45	2.0	45	83	0	113	30	14	9	45	1.76
7771979--7772069	45	2.0	45	81	8	105	31	15	7	45	1.74
7773149--7773219	35	2.0	35	97	0	133	53	12	11	22	1.70
7784948--7785002	22	2.5	22	75	0	56	29	9	23	38	1.85
7796617--7796658	22	1.9	22	85	0	57	30	9	21	38	1.85
7802251--7802352	3	34.7	3	90	3	163	35	1	0	62	1.06
7806083--7806175	46	2.0	47	85	6	127	36	12	19	31	1.89
7813381--7813606	99	2.3	99	90	0	362	34	15	18	31	1.92
7813579--7813633	20	2.8	20	82	0	74	30	21	20	27	1.98
7813490--7813725	119	2.0	119	91	0	382	33	15	19	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7813599--7813824	98	2.3	99	89	0	346	34	16	17	30	1.93
7813375--7813926	218	2.5	218	92	1	928	34	15	18	31	1.92
7813698--7813978	119	2.4	118	89	0	427	33	17	18	30	1.94
7814110--7814175	3	22.7	3	84	6	91	36	3	0	60	1.12
7814111--7814169	20	2.9	20	87	2	82	37	3	0	59	1.14
7817340--7817390	22	2.3	22	96	0	93	31	17	13	37	1.89
7818896--7818926	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
7818933--7818972	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
7820045--7820088	18	2.5	17	82	17	63	59	0	0	40	0.98
7820045--7820087	17	2.4	18	85	14	63	60	0	0	39	0.97
7820590--7820647	16	3.7	15	73	15	55	36	0	1	62	1.06
7820591--7820651	31	2.0	31	90	0	95	37	0	1	60	1.07
7820622--7820675	22	2.4	23	87	3	74	50	0	0	50	1.00
7820622--7820667	23	2.0	23	87	8	67	45	0	0	54	0.99
7822578--7822604	14	1.9	14	100	0	54	22	51	22	3	1.63
7822576--7822617	17	2.4	17	88	8	57	19	52	21	7	1.69
7822602--7822671	7	10.4	7	84	9	101	17	31	27	24	1.97
7822602--7822671	27	2.6	28	88	6	101	17	31	27	24	1.97
7829658--7829708	19	2.7	20	81	9	70	17	25	31	25	1.97
7829646--7829708	9	6.7	9	73	8	54	17	23	30	28	1.97
7829711--7829743	10	3.4	10	91	8	59	21	48	21	9	1.77
7829740--7829776	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7834843--7834919	32	2.4	32	81	12	97	14	20	31	33	1.93
7838432--7838467	15	2.4	15	90	0	54	33	13	2	50	1.57
7838888--7838969	3	27.3	3	84	0	65	34	8	1	56	1.38
7841020--7841520	131	3.8	131	87	2	657	33	11	15	39	1.83
7844353--7844383	15	2.1	15	100	0	62	25	0	0	74	0.82
7846860--7846909	2	25.0	2	95	0	91	52	0	0	48	1.00
7848569--7848657	3	29.0	3	79	4	88	57	0	0	42	0.98
7848569--7848657	18	4.8	18	90	5	117	57	0	0	42	0.98
7848789--7848890	45	2.3	45	91	0	159	37	20	18	23	1.94
7848824--7849164	74	4.6	75	93	3	568	34	22	19	23	1.96
7849840--7849916	22	3.5	22	96	0	145	40	14	11	33	1.82
7858146--7858184	20	2.0	20	85	10	53	71	2	2	23	1.10
7858180--7858239	29	2.1	28	82	11	70	58	1	6	33	1.34
7858711--7858748	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7860432--7860499	3	22.0	3	82	5	73	58	0	0	41	0.98
7863169--7863210	21	2.0	21	90	0	66	35	16	21	26	1.94
7866846--7866902	29	2.0	29	89	0	87	29	17	5	47	1.70
7866855--7866910	29	1.9	29	85	7	78	26	21	5	46	1.73
7867362--7867397	14	2.6	14	90	0	54	27	13	0	58	1.36
7870095--7870126	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7870425--7870451	11	2.5	11	100	0	54	37	0	40	22	1.54
7870556--7870637	23	3.6	22	78	8	94	24	24	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7870560--7870656	44	2.2	44	83	10	119	25	21	25	26	2.00
7876388--7876547	65	2.5	65	85	7	211	27	17	24	30	1.97
7879089--7879440	131	2.7	125	86	4	434	39	14	10	34	1.81
7880050--7880120	29	2.5	27	80	13	81	64	5	8	21	1.41
7881530--7881586	3	19.3	3	96	3	107	66	0	0	33	0.92
7889035--7889081	23	2.0	25	83	8	62	63	6	10	19	1.47
7894794--7894838	21	2.1	21	100	0	90	24	24	13	37	1.91
7899721--7899773	22	2.5	21	75	3	61	54	0	1	43	1.11
7901496--7901812	105	3.0	105	95	0	553	33	23	26	17	1.96
7901913--7901969	24	2.4	24	87	0	78	24	22	35	17	1.95
7902495--7902557	33	1.9	33	93	0	108	41	9	3	46	1.52
7904658--7904773	30	3.9	30	88	0	178	21	29	23	25	1.99
7904658--7904771	15	7.6	15	72	0	93	21	29	21	26	1.99
7907282--7907324	19	2.1	21	87	8	63	51	4	0	44	1.22
7925602--7925699	28	3.5	27	73	17	76	42	0	2	55	1.11
7925623--7925692	26	2.6	28	80	8	83	41	0	1	57	1.08
7925775--7925849	32	2.2	35	81	11	95	49	4	0	46	1.20
7926036--7926076	14	2.9	14	88	0	55	41	19	9	29	1.83
7926080--7926111	14	2.3	14	100	0	64	37	12	6	43	1.68
7927293--7927678	160	2.4	162	93	1	652	30	24	12	32	1.93
7931550--7931575	12	2.2	12	100	0	52	30	0	38	30	1.58
7932312--7932340	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7935439--7935469	16	1.9	16	93	0	53	54	19	6	19	1.65
7936681--7936713	17	1.9	17	93	0	57	6	12	0	81	0.85
7936683--7936715	12	3.0	11	87	12	50	3	15	0	81	0.80
7942867--7942909	19	2.3	19	84	4	52	53	9	2	34	1.46
7945937--7945980	22	2.0	22	90	0	70	29	25	15	29	1.96
7951436--7951474	13	3.0	13	88	0	60	30	15	23	30	1.95
7953042--7953074	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
7955852--7955911	2	31.0	2	93	6	106	51	0	0	48	1.00
7961295--7961352	25	2.3	25	96	0	107	46	10	8	34	1.69
7961295--7961352	13	4.7	12	72	8	53	46	10	8	34	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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