genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2659530--2659597	18	3.8	18	70	16	61	29	27	14	27	1.95
2659555--2659707	64	2.4	63	84	7	202	31	20	16	32	1.94
2659647--2659798	45	3.4	45	95	0	259	28	17	17	36	1.93
2660880--2660943	33	1.9	35	87	12	100	28	21	12	37	1.90
2672012--2672060	19	2.6	19	83	0	62	42	8	16	32	1.77
2673727--2673772	19	2.4	19	85	7	58	41	4	13	41	1.63
2676327--2676357	16	1.9	16	100	0	62	0	6	6	87	0.68
2676789--2676833	23	2.0	23	95	0	81	15	15	26	42	1.87
2677126--2678249	402	2.8	400	82	5	1239	29	16	22	32	1.95
2677126--2678291	268	4.4	268	79	4	1170	29	15	22	32	1.95
2677126--2678291	134	8.7	135	79	4	1054	29	15	22	32	1.95
2679955--2680030	2	38.5	2	97	2	145	50	0	0	50	1.00
2686544--2686631	3	29.7	3	84	11	119	67	3	0	29	1.07
2686544--2686633	20	4.7	19	85	13	114	67	3	0	28	1.06
2693414--2693485	31	2.3	33	86	13	107	58	5	0	36	1.22
2693713--2693746	18	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
2695254--2695315	3	20.7	3	86	6	90	66	0	1	32	1.02
2695254--2695315	26	2.3	26	91	5	97	66	0	1	32	1.02
2695489--2695602	45	2.5	45	85	2	147	30	22	23	22	1.99
2695425--2695717	121	2.4	121	95	0	523	33	21	22	22	1.98
2695620--2695807	45	4.2	45	95	0	322	29	20	26	22	1.99
2695830--2695933	45	2.3	45	88	0	154	30	19	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695489--2695933	210	2.1	211	93	1	766	31	21	24	22	1.98
2695710--2696009	120	2.5	121	92	0	485	32	20	23	24	1.98
2696053--2696114	32	1.9	32	96	0	115	38	22	9	29	1.86
2697249--2697284	16	2.3	15	90	4	54	33	2	5	58	1.36
2699310--2699361	8	6.0	8	79	20	52	0	19	0	80	0.71
2699332--2699375	3	16.3	3	86	13	53	0	27	0	72	0.85
2699318--2699382	28	2.3	29	97	2	123	0	23	0	76	0.78
2702902--2702932	9	3.4	9	95	0	53	61	0	16	22	1.34
2706265--2706296	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
2711874--2711932	3	19.7	3	82	6	66	61	0	0	38	0.96
2711874--2711935	17	3.8	17	85	10	76	61	0	0	38	0.96
2713191--2713256	30	2.2	29	79	12	73	33	27	7	31	1.85
2721410--2721539	24	5.4	24	88	0	152	26	43	22	6	1.78
2721410--2721539	48	2.7	48	84	0	170	26	43	22	6	1.78
2722210--2722349	21	6.8	21	72	5	106	37	20	17	24	1.94
2722211--2722343	41	3.2	41	86	7	171	37	19	17	25	1.93
2722272--2722368	20	4.8	20	78	5	106	40	24	17	17	1.91
2722316--2722509	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
2722316--2722509	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
2722891--2722961	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
2723041--2723146	21	5.6	20	70	16	91	45	18	25	10	1.81
2723039--2723117	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2723034--2723150	41	3.1	38	79	14	136	46	17	26	10	1.80
2723104--2723157	14	3.5	14	73	22	54	42	24	25	7	1.80
2723093--2723162	33	2.1	33	97	0	131	47	20	25	7	1.75
2723099--2723173	33	2.3	33	92	0	123	46	24	22	6	1.75
2723191--2723247	14	3.7	14	79	20	69	8	26	24	40	1.84
2723174--2723251	33	2.4	32	91	6	129	10	24	21	43	1.83
2723169--2723251	19	4.9	18	74	22	74	10	25	21	42	1.85
2724952--2725329	93	4.1	93	97	1	724	22	12	18	45	1.83
2724952--2725329	184	2.0	185	97	1	722	22	12	18	45	1.83
2725373--2725501	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2725409--2725501	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2725373--2725501	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2725497--2725630	19	7.6	19	73	18	119	11	19	23	45	1.82
2725519--2725575	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2725502--2725630	33	3.8	33	87	5	168	10	18	24	46	1.81
2727556--2727591	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2727716--2727834	33	3.4	33	80	15	148	43	16	25	14	1.86
2727698--2727817	19	6.5	19	87	10	178	45	16	23	15	1.85
2727698--2727834	73	1.9	72	93	3	240	43	16	24	14	1.86
2730345--2730391	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2731073--2731322	20	12.5	20	85	1	259	20	17	24	38	1.93
2731309--2731391	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2731289--2731387	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
2731898--2731957	29	2.1	29	83	0	75	35	0	16	48	1.47
2735518--2735567	3	16.7	3	83	8	66	34	2	0	64	1.05
2736305--2736548	109	2.3	107	85	4	328	25	15	13	45	1.82
2736327--2736607	108	2.6	109	82	2	289	26	14	13	45	1.82
2737529--2737819	132	2.2	131	82	5	338	35	9	17	37	1.83
2737529--2737865	132	2.6	132	82	6	337	34	10	16	38	1.82
2745650--2747120	233	6.3	233	82	8	1593	32	15	16	34	1.91
2745650--2747107	465	3.1	450	81	10	1371	32	15	17	34	1.91
2746678--2747120	222	2.0	222	83	3	561	33	15	15	35	1.89
2747728--2748054	134	2.5	133	77	3	309	33	19	16	29	1.94
2748190--2748245	3	18.7	3	76	7	51	37	1	0	60	1.07
2748187--2748252	15	4.4	15	77	7	71	39	3	0	57	1.14
2749130--2749477	109	3.2	108	80	4	317	25	13	13	47	1.79
2750262--2750506	131	1.9	131	83	3	323	32	12	17	37	1.87
2754080--2754524	37	11.6	38	84	10	536	43	7	4	44	1.53
2754303--2754358	12	4.6	12	70	12	51	42	8	7	41	1.63
2754287--2754488	72	2.8	73	87	7	293	43	7	3	45	1.50
2754285--2754482	109	1.8	110	92	3	337	43	7	4	44	1.50
2754784--2754824	21	2.0	21	85	0	55	17	9	36	36	1.82
2767664--2767831	45	3.7	44	80	4	192	26	26	10	36	1.89
2767804--2768020	45	4.8	44	86	4	299	25	20	5	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2767759--2768021	90	2.9	90	84	2	269	26	21	7	45	1.77
2767759--2768020	135	1.9	135	81	4	314	25	21	7	45	1.77
2768046--2768199	81	1.9	81	90	2	247	31	21	9	37	1.86
2768135--2768330	68	2.9	68	86	0	257	31	24	12	32	1.92
2768352--2769099	68	11.0	68	90	0	1154	29	26	14	28	1.95
2768135--2769099	204	4.7	204	90	1	1336	30	25	13	29	1.94
2773541--2773732	45	4.2	45	79	4	172	28	22	9	39	1.85
2773566--2773968	45	8.9	45	83	6	354	26	21	7	44	1.79
2773708--2773969	135	1.9	135	89	1	400	25	21	6	47	1.73
2774084--2774627	68	8.0	68	88	0	766	30	24	13	30	1.94
2774832--2774993	57	2.8	57	94	0	279	40	18	8	33	1.80
2775325--2775371	22	2.2	21	85	7	60	27	25	14	31	1.95
2777382--2777462	42	1.9	42	90	5	128	27	9	41	20	1.84
2777406--2777464	21	2.8	21	72	10	57	25	6	45	22	1.76
2778327--2778352	12	2.2	12	100	0	52	50	11	15	23	1.76
2783361--2783419	16	3.7	16	93	0	100	38	16	15	28	1.89
2785638--2785670	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2785836--2785917	12	6.8	12	77	5	85	51	17	14	17	1.77
2785836--2785917	24	3.4	24	79	0	101	51	17	14	17	1.77
2790447--2790510	2	32.5	2	96	3	121	50	0	0	50	1.00
2790681--2790728	12	4.0	12	77	0	60	50	18	14	16	1.79
2790844--2790887	3	16.0	3	82	17	51	29	0	2	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790841--2790887	16	3.0	16	81	3	60	29	0	2	68	1.02
2790834--2790877	23	2.0	23	91	8	74	22	0	4	72	1.02
2792273--2792312	12	3.5	11	83	10	53	32	5	2	60	1.32
2792360--2792389	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2792468--2792679	115	1.9	114	81	6	241	35	9	9	45	1.69
2792663--2792721	29	2.0	31	83	6	77	47	1	0	50	1.11
2795256--2795297	22	1.9	22	100	0	84	9	33	33	23	1.87
2799088--2799123	16	2.3	16	95	4	65	47	11	19	22	1.80
2802073--2802123	21	2.4	21	96	0	93	33	19	29	17	1.95
2802160--2802199	21	1.9	21	100	0	80	10	30	35	25	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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