genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724727--724765	19	2.1	19	100	0	78	20	25	30	23	1.98
728036--728495	41	11.2	40	82	3	454	27	19	16	36	1.94
728021--728495	82	5.8	82	82	2	506	27	19	16	35	1.94
730908--730955	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
732288--732489	43	4.8	42	78	10	191	27	24	16	31	1.97
732313--732475	84	1.9	84	84	7	215	28	23	15	31	1.96
732873--732924	26	2.0	26	85	7	70	34	1	1	61	1.18
739595--739695	42	2.3	41	80	12	114	24	13	23	37	1.92
739612--739693	42	2.0	42	90	4	130	28	12	24	35	1.91
739664--739956	43	7.1	43	70	11	132	25	18	24	31	1.98
740308--740358	21	2.5	20	90	6	75	5	31	19	43	1.75
740320--740399	21	3.7	21	78	14	74	1	36	23	38	1.63
748572--749229	42	15.9	42	71	9	318	31	16	20	31	1.95
748816--749219	204	2.0	207	83	3	512	29	16	22	31	1.96
749248--749345	40	2.4	42	81	5	103	39	18	11	30	1.86
749818--749870	13	3.8	14	75	9	54	69	1	0	28	0.99
751896--751947	26	2.0	27	85	11	72	61	9	3	25	1.44
754655--754687	12	2.5	13	90	9	50	72	0	3	24	0.98
754785--754825	13	3.3	13	80	10	50	70	0	4	24	1.06
754823--754870	17	2.9	15	80	17	51	68	0	10	20	1.18
754823--754860	17	2.4	17	86	8	53	71	0	10	18	1.14
757599--757663	28	2.3	28	81	2	76	40	12	3	44	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760436--760476	2	22.0	2	85	14	61	51	0	0	48	1.00
760472--760817	37	9.3	37	72	17	211	43	3	9	42	1.55
760515--760789	42	7.0	39	70	17	153	45	4	9	41	1.56
760564--760708	38	3.9	37	76	16	140	42	4	11	42	1.59
760735--760817	34	2.5	33	80	18	84	40	1	8	49	1.41
760792--760847	27	2.0	29	83	13	73	42	0	8	48	1.34
760835--760895	13	4.6	14	72	25	51	36	0	3	60	1.13
760840--760905	11	5.6	12	75	20	59	36	1	1	60	1.15
760835--760907	25	2.8	27	84	14	75	35	1	2	60	1.20
760849--760917	33	2.0	32	83	10	84	31	1	2	63	1.18
760835--760918	22	4.1	20	77	14	73	33	1	3	61	1.20
768930--768979	25	2.0	25	92	7	84	24	20	18	38	1.93
770172--770608	200	2.2	198	78	5	441	34	18	19	27	1.95
771049--771167	60	2.0	59	86	6	168	46	5	8	40	1.56
771079--771133	23	2.4	23	100	0	110	47	3	9	40	1.53
771102--771212	38	2.9	38	87	9	149	44	3	8	44	1.51
771175--771230	26	2.2	26	84	6	80	41	1	8	48	1.45
771202--771285	36	2.3	36	81	4	98	39	2	9	48	1.49
771077--771283	98	2.1	96	82	8	249	42	3	9	44	1.52
778302--778702	22	18.6	21	82	8	454	41	0	8	48	1.38
780178--780206	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
780340--780397	24	2.5	23	78	15	66	36	1	1	60	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784373--784403	15	2.0	16	93	6	55	19	12	12	54	1.70
784788--784835	10	4.7	10	84	2	60	41	0	0	58	0.98
786051--786096	21	2.2	21	84	3	58	26	2	8	63	1.35
786872--786982	28	3.9	29	75	14	81	30	5	0	63	1.23
793858--793889	9	3.6	9	91	0	55	21	21	0	56	1.43
797376--797422	17	2.7	16	84	15	58	85	0	10	4	0.74
797398--797422	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
797772--797819	17	2.8	18	84	9	73	33	6	6	54	1.51
797772--797819	18	2.8	17	87	6	71	33	6	6	54	1.51
800826--801271	113	4.0	113	89	1	666	38	15	19	27	1.92
801599--801623	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
801600--801647	10	4.7	10	84	2	51	39	0	0	60	0.97
810485--810512	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
811024--811066	14	3.2	13	75	12	50	32	16	0	51	1.45
817617--817684	34	2.0	35	85	8	95	22	26	19	32	1.97
820882--820964	35	2.3	36	93	4	141	37	19	22	20	1.94
821015--821250	110	2.1	111	81	5	273	29	20	21	29	1.98
820979--821226	55	4.5	54	83	2	262	30	20	22	27	1.98
821037--821262	55	4.1	54	77	11	174	30	20	20	28	1.98
823376--823405	13	2.3	13	94	0	51	60	0	16	23	1.36
823874--823906	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
826032--826214	99	1.8	99	88	2	278	21	19	22	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837801--837892	4	23.0	4	70	12	55	71	1	7	19	1.16
838111--838221	55	2.0	54	82	5	134	61	7	10	20	1.52
839337--839381	7	6.9	7	75	14	51	55	0	0	44	0.99
839332--839382	12	4.7	12	75	20	58	56	0	0	43	0.99
839337--839382	20	2.3	20	89	10	69	56	0	0	43	0.99
839334--839382	25	2.0	24	84	15	64	57	0	0	42	0.99
840167--840219	22	2.4	22	81	9	63	66	1	0	32	1.03
840169--840219	18	2.8	19	77	16	56	64	1	0	33	1.05
841223--841264	16	2.5	17	77	14	52	66	11	2	19	1.34
842362--842398	19	2.0	19	89	5	58	29	27	2	40	1.70
843845--843884	13	3.1	13	85	7	55	30	10	20	40	1.85
844465--844510	22	2.1	22	83	0	56	65	0	2	32	1.05
844675--844712	15	2.5	16	83	8	53	65	0	5	28	1.14
845707--846320	105	5.9	105	92	2	943	21	17	26	33	1.96
846734--846808	39	1.9	39	86	5	107	38	13	21	26	1.90
846513--846831	105	3.1	104	91	2	500	37	11	19	31	1.88
846954--847061	36	3.0	36	75	2	119	44	13	14	26	1.83
846902--847076	72	2.4	74	83	8	207	42	13	17	26	1.86
848207--848743	183	2.9	183	95	0	968	31	20	20	27	1.98
853653--853695	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
862083--862160	39	2.1	38	95	4	140	37	15	24	23	1.93
867293--867383	5	17.8	5	71	17	62	18	6	3	71	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868989--869153	73	2.2	73	82	8	183	31	1	12	54	1.48
869029--869194	73	2.3	69	83	10	192	30	0	12	56	1.41
869138--869165	12	2.3	12	100	0	56	39	0	7	53	1.28
873119--873194	23	3.3	23	98	0	143	47	21	7	23	1.77
877583--877611	15	1.9	15	100	0	58	37	6	0	55	1.27
877627--877658	14	2.1	16	88	11	50	43	0	3	53	1.16
877931--877957	14	1.9	14	100	0	54	29	25	22	22	1.99
878827--878862	3	12.0	3	88	11	56	36	0	0	63	0.94
879583--879607	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
885381--885426	22	2.1	22	95	0	83	32	15	15	36	1.88
885979--886090	46	2.5	46	91	2	174	40	16	22	21	1.91
886298--886419	51	2.5	47	81	9	129	36	19	21	22	1.95
886590--886633	15	3.0	15	86	3	63	43	2	2	52	1.26
886593--886657	15	4.4	14	80	7	58	44	1	1	52	1.19
886686--886732	23	2.1	22	84	7	60	38	29	19	12	1.89
886937--887008	36	2.0	36	94	0	126	19	36	19	25	1.95
887225--887271	21	2.2	21	92	0	76	53	17	25	4	1.62
888002--888115	56	2.0	57	82	14	139	38	1	2	57	1.23
888134--888179	21	2.2	20	85	11	58	43	0	6	50	1.28
890531--890565	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
899226--899251	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
919564--919655	26	3.5	26	98	0	175	33	7	13	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922719--922780	25	2.4	26	83	2	81	58	6	4	30	1.44
924563--924608	19	2.3	20	88	3	76	21	23	32	21	1.98
924598--924698	42	2.4	42	86	6	150	32	24	22	19	1.97
924701--924949	59	4.2	60	87	1	358	25	15	29	29	1.96
924701--924949	119	2.1	119	90	1	392	25	15	29	29	1.96
925018--925092	22	3.5	22	71	14	66	37	22	16	24	1.93
924974--925112	42	3.3	42	87	3	192	31	23	18	25	1.97
925045--925114	20	3.4	20	72	14	70	30	24	21	24	1.99
925170--925632	54	8.6	54	82	8	455	41	17	9	32	1.80
925156--925632	108	4.4	107	81	8	502	40	17	9	32	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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