genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14506834--14507173	54	6.3	54	85	2	416	33	20	17	28	1.95
14506668--14507024	192	1.9	192	87	3	531	34	16	17	30	1.93
14506696--14506963	138	1.9	138	87	1	385	35	17	17	28	1.94
14507503--14507548	22	2.1	22	91	0	74	34	21	13	30	1.91
14512664--14513380	54	13.3	54	81	1	783	34	19	17	28	1.94
14513738--14513829	20	4.6	21	90	4	84	17	31	16	34	1.92
14513754--14513843	20	4.5	20	95	0	153	15	35	15	33	1.89
14517750--14517868	32	3.8	32	79	1	123	30	27	28	13	1.94
14523629--14523681	11	4.5	11	79	13	54	75	1	3	18	1.05
14523894--14523943	23	2.2	23	100	0	100	36	16	28	20	1.93
14524874--14524933	14	4.1	14	77	14	50	71	0	3	25	1.01
14524911--14524955	7	6.3	7	84	5	63	57	4	0	37	1.19
14524911--14524955	22	2.1	21	87	4	63	57	4	0	37	1.19
14524908--14525000	29	3.1	29	68	8	71	54	4	1	39	1.27
14524927--14525029	41	2.4	44	84	11	124	48	5	0	44	1.33
14524988--14525063	26	2.9	26	92	3	109	46	7	0	46	1.32
14524979--14525172	37	5.5	37	76	16	162	44	6	0	47	1.33
14525000--14525063	26	2.5	26	97	0	119	45	7	0	46	1.32
14524962--14525100	63	2.1	67	89	5	214	45	7	0	46	1.37
14525026--14525166	75	1.9	74	82	10	180	43	6	0	48	1.33
14535042--14535085	6	7.5	6	84	5	63	81	0	2	15	0.78
14535044--14535088	23	2.0	23	100	0	90	80	0	4	15	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14541832--14541890	15	4.1	14	76	20	50	72	0	5	22	1.03
14541830--14541897	32	2.1	34	84	15	90	73	0	4	22	1.01
14541833--14541885	26	2.0	27	85	7	74	73	0	5	20	1.03
14541958--14542051	11	8.0	11	69	25	59	45	7	0	46	1.31
14541932--14542106	35	4.9	35	84	6	206	44	6	0	48	1.34
14541909--14542070	72	2.3	71	81	6	193	46	8	0	45	1.37
14541932--14542106	72	2.4	73	89	0	253	44	6	0	48	1.34
14541967--14542146	38	4.8	39	87	6	180	45	5	1	48	1.31
14554686--14554775	46	2.0	45	84	4	119	52	3	4	40	1.38
14556412--14556444	15	2.1	16	88	5	50	69	0	3	27	1.03
14556483--14556545	3	21.3	3	85	3	83	26	1	3	68	1.14
14558780--14558894	45	2.6	44	82	5	124	29	30	17	22	1.97
14559949--14560006	21	2.8	21	84	7	75	20	17	22	39	1.92
14559949--14560006	20	2.8	19	84	10	71	20	17	22	39	1.92
14560588--14560631	16	2.7	17	86	10	65	56	0	31	11	1.35
14564132--14564235	45	2.3	45	81	3	120	24	25	24	25	2.00
14565289--14565341	21	2.5	21	90	6	81	20	20	26	32	1.98
14568404--14568447	3	15.0	3	95	4	81	34	0	0	65	0.93
14568407--14568447	20	2.0	20	100	0	82	34	0	0	65	0.93
14568393--14568447	23	2.4	23	93	0	92	38	0	0	61	0.96
14568407--14568459	20	2.6	20	90	3	70	33	1	0	64	1.05
14580457--14580532	9	8.4	9	80	4	73	84	1	11	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14580458--14580532	26	2.9	24	77	16	62	84	1	12	2	0.80
14581677--14582022	54	6.4	54	93	1	550	31	19	27	22	1.97
14582011--14582302	51	5.6	51	87	7	390	28	15	27	28	1.96
14582533--14582604	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
14589183--14589212	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14590525--14590567	21	2.0	22	81	4	52	48	2	4	44	1.36
14591749--14591795	14	3.2	14	77	19	51	72	0	0	27	0.85
14591747--14591795	15	3.3	14	80	11	53	71	0	0	28	0.86
14592211--14592570	84	4.3	84	88	0	531	23	19	25	31	1.98
14592567--14592762	67	2.8	69	80	9	186	36	12	19	31	1.89
14592708--14592794	15	5.3	15	66	22	50	40	18	18	22	1.91
14592714--14592794	33	2.4	34	85	6	103	40	18	17	23	1.91
14592609--14592932	170	1.9	171	89	5	505	39	14	19	26	1.90
14592855--14592919	21	3.4	21	64	24	61	41	13	21	23	1.89
14592834--14593339	36	14.2	36	76	13	476	40	13	18	27	1.89
14592667--14593184	216	2.5	210	87	7	777	40	14	19	26	1.89
14593071--14593135	21	3.4	21	64	24	61	41	12	20	26	1.87
14592870--14593334	174	2.6	174	94	2	777	40	13	18	26	1.88
14593224--14593364	36	3.9	36	85	6	162	38	13	19	28	1.90
14593501--14593542	20	2.1	20	100	0	84	35	26	14	23	1.93
14596116--14596203	42	2.1	42	93	0	149	21	25	15	37	1.93
14598135--14598186	15	3.4	15	80	12	61	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14598141--14598181	21	2.0	21	90	0	64	68	0	0	31	0.90
14598588--14598860	84	3.2	82	87	5	375	23	19	25	31	1.98
14607946--14607978	16	2.1	16	100	0	66	51	18	6	24	1.68
14610444--14610485	19	2.2	20	87	12	61	57	4	0	38	1.20
14610451--14610492	18	2.3	19	84	12	52	59	4	0	35	1.19
14610500--14610555	28	2.1	28	80	9	64	46	3	1	48	1.30
14612813--14612896	29	2.9	29	87	0	105	27	35	25	11	1.91
14612842--14612908	29	2.3	29	100	0	134	23	31	31	13	1.93
14612842--14612923	29	2.8	29	92	0	119	23	34	30	12	1.91
14613628--14613671	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
14613648--14613701	28	1.9	28	92	0	90	31	0	11	57	1.34
14616743--14617119	49	7.2	48	79	19	400	41	0	12	46	1.42
14616785--14617448	58	12.1	57	80	16	761	41	0	12	46	1.41
14616743--14617399	106	6.0	108	81	12	767	41	0	12	45	1.42
14616785--14617448	164	4.0	167	92	5	1122	41	0	12	46	1.41
14617053--14617448	60	7.1	60	82	13	478	41	0	12	46	1.41
14617053--14617448	106	3.6	116	83	13	507	41	0	12	46	1.41
14617164--14617283	49	2.6	47	87	8	176	40	0	13	45	1.43
14617267--14617293	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
14617399--14617468	25	3.1	22	77	16	72	40	0	10	50	1.36
14617420--14617467	14	3.6	14	75	16	57	37	0	14	47	1.44
14619796--14619844	22	2.2	22	96	0	89	38	14	2	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14619788--14619913	30	4.4	30	74	21	103	46	11	0	41	1.45
14620092--14620131	21	1.9	21	100	0	80	57	15	0	27	1.38
14620159--14620213	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
14620233--14620302	36	2.0	36	91	8	117	50	8	0	41	1.33
14620327--14620391	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
14620473--14620510	9	4.2	9	83	10	51	65	2	0	31	1.06
14620807--14620985	94	1.9	94	97	0	340	30	32	26	10	1.90
14621012--14621096	29	2.9	29	98	0	161	18	28	37	15	1.91
14621483--14621510	13	2.2	13	100	0	56	46	0	46	7	1.30
14630791--14630839	21	2.3	21	85	0	71	46	20	12	20	1.82
14635235--14635313	23	3.5	22	78	13	63	68	1	21	8	1.24
14637455--14637633	36	5.0	36	84	2	209	35	22	20	21	1.96
14637539--14637632	34	2.7	34	90	3	98	35	22	20	22	1.96
14637753--14637854	42	2.5	41	80	1	114	23	23	23	29	1.99
14637636--14638610	214	4.6	214	88	5	1471	33	15	20	30	1.93
14637968--14638069	42	2.5	42	78	1	116	25	21	22	30	1.99
14638183--14638294	42	2.7	42	80	5	120	24	24	23	28	2.00
14638384--14638499	20	5.7	19	65	17	54	22	24	24	29	1.99
14638383--14638495	42	2.7	42	83	2	147	23	23	22	30	1.99
14644584--14644612	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
14648037--14648080	23	1.9	23	100	0	88	27	20	38	13	1.90
14648156--14648656	54	9.3	54	91	0	732	31	16	19	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14653752--14653846	3	32.3	3	68	8	52	54	2	2	41	1.24
14653815--14653847	5	6.6	5	86	13	50	57	0	0	42	0.98
14653809--14653847	20	2.0	20	94	0	69	56	0	2	41	1.13
14662761--14662826	20	3.2	21	79	10	66	31	15	25	27	1.95
14663150--14663680	54	9.8	54	88	0	720	33	16	16	32	1.92
14663176--14663258	26	3.1	26	63	24	64	32	16	15	34	1.91
14667088--14667127	16	2.5	16	95	0	71	50	27	0	22	1.50
14667627--14667710	31	2.7	30	74	3	78	34	16	11	36	1.86
14667666--14667878	67	3.2	67	86	2	270	28	19	13	38	1.89
14667883--14668274	134	3.0	133	78	4	409	28	30	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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