genome.fa.s9462.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009462.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00113725_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  20687664

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7523270--7523355	37	2.4	37	88	2	120	37	13	18	30	1.90
7523298--7523401	39	2.7	39	85	5	124	34	15	18	31	1.92
7523287--7523415	39	3.4	37	77	12	120	32	12	20	34	1.90
7529369--7529409	21	2.0	21	85	4	57	9	9	17	63	1.51
7531684--7531805	44	2.8	44	82	9	160	25	20	6	47	1.74
7531697--7531767	22	3.2	22	62	7	54	25	22	7	45	1.77
7531679--7531821	44	3.3	41	76	14	137	25	19	6	48	1.72
7533204--7533242	20	2.0	20	89	0	60	48	0	0	51	1.00
7534181--7534234	27	2.0	26	85	3	72	25	16	27	29	1.97
7535081--7535123	18	2.4	19	88	7	63	20	9	2	67	1.30
7541785--7541822	18	2.1	19	90	5	60	23	7	0	68	1.16
7548107--7548145	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
7550385--7550440	12	4.7	11	80	12	58	80	14	5	0	0.88
7550385--7550440	24	2.3	24	90	6	87	80	14	5	0	0.88
7550385--7550445	23	2.5	25	84	10	81	80	14	4	0	0.87
7550385--7550430	6	8.0	6	77	18	53	82	13	4	0	0.81
7554729--7554771	15	2.9	15	79	6	52	16	9	4	69	1.31
7557695--7557744	12	4.1	12	74	23	50	66	10	12	12	1.46
7557687--7557741	25	2.2	25	84	12	69	67	9	12	10	1.43
7560326--7560368	18	2.6	18	85	10	56	30	9	23	37	1.86
7562503--7562537	13	2.7	13	86	13	54	45	14	17	22	1.84
7562489--7562549	13	4.7	13	74	8	52	39	19	19	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7563019--7563141	44	2.8	44	88	3	167	29	21	8	40	1.82
7573040--7573093	27	2.0	27	81	0	63	35	16	18	29	1.93
7573025--7573083	27	2.2	27	90	0	91	35	16	18	28	1.93
7573210--7573275	21	3.1	21	86	0	87	27	12	30	30	1.92
7578437--7578478	20	2.2	20	91	4	68	40	0	0	59	0.97
7578442--7578500	20	3.0	20	80	7	59	42	3	0	54	1.17
7580126--7580210	37	2.3	38	86	10	122	15	11	35	37	1.84
7580213--7580543	174	1.9	178	91	4	544	26	11	24	37	1.90
7579910--7580801	438	2.0	439	91	2	1434	24	11	26	37	1.90
7580564--7580654	37	2.4	38	82	8	107	15	10	35	38	1.83
7580379--7580951	264	2.2	248	88	5	824	24	12	26	36	1.91
7580832--7580909	37	2.1	39	90	9	126	14	10	33	42	1.79
7581475--7581520	18	2.7	18	86	6	60	30	28	6	34	1.82
7585850--7585902	15	3.4	15	70	10	52	24	32	24	18	1.97
7585955--7585997	16	2.9	15	82	6	52	25	25	32	16	1.96
7591945--7592023	35	2.3	35	97	0	149	39	17	22	20	1.92
7595467--7595528	32	1.9	32	93	0	106	22	11	4	61	1.48
7597710--7597759	22	2.3	22	100	0	100	20	30	36	14	1.91
7601923--7601968	20	2.3	20	89	10	69	23	0	0	76	0.79
7603066--7603211	59	2.4	58	78	5	141	34	18	17	29	1.94
7603304--7603359	26	2.2	26	83	6	69	48	8	8	33	1.66
7603337--7603393	25	2.3	25	87	0	87	47	5	12	35	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7603772--7603801	14	2.1	14	100	0	60	36	6	13	43	1.70
7605022--7605528	43	11.7	44	83	3	505	19	21	22	37	1.94
7605022--7605528	129	3.9	129	82	1	593	19	21	22	37	1.94
7612187--7612520	43	7.7	43	86	1	416	17	22	26	34	1.95
7614849--7614915	26	2.6	26	97	0	125	28	7	14	49	1.71
7615631--7615664	17	2.0	17	94	0	59	44	11	0	44	1.40
7615784--7615820	19	1.9	19	94	0	65	10	16	37	35	1.83
7617053--7617101	24	2.1	23	84	3	62	34	14	14	36	1.86
7620737--7620798	21	3.0	21	88	2	90	11	29	32	27	1.91
7620837--7620944	3	36.0	3	77	0	99	60	1	0	37	1.08
7620837--7620944	30	3.4	30	85	7	135	60	1	0	37	1.08
7621191--7621385	45	4.3	45	90	2	266	32	19	21	26	1.97
7621403--7621506	45	2.3	45	94	0	181	34	19	21	25	1.96
7621275--7621582	121	2.6	121	93	2	514	34	19	21	24	1.96
7621440--7621711	76	3.6	76	92	1	431	33	19	22	25	1.97
7622384--7622457	22	3.4	22	90	0	112	40	9	17	32	1.82
7622823--7623089	54	4.9	54	86	2	308	25	20	15	38	1.92
7622823--7623089	108	2.5	108	82	6	344	25	20	15	38	1.92
7626866--7626927	32	1.9	32	93	0	106	19	17	19	43	1.88
7631546--7631585	16	2.4	17	83	4	55	60	7	5	27	1.45
7634080--7634228	25	6.0	25	96	0	264	31	14	20	33	1.93
7634358--7634413	3	19.0	3	78	10	62	66	1	3	28	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7646613--7646652	16	2.4	17	83	4	55	60	7	5	27	1.45
7649090--7649212	25	5.0	25	93	4	198	31	15	20	32	1.94
7649342--7649397	3	19.0	3	78	10	62	66	1	3	28	1.19
7650657--7650692	16	2.2	16	95	0	63	25	19	8	47	1.77
7650865--7650891	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
7650947--7651000	23	2.3	24	93	3	92	40	0	11	48	1.39
7651821--7651896	13	5.9	14	72	18	76	27	9	14	48	1.74
7651823--7651900	25	3.1	25	92	0	129	26	10	14	48	1.75
7652396--7652440	21	2.1	21	83	0	54	20	2	26	51	1.59
7652379--7652468	35	2.5	35	80	5	92	23	3	26	46	1.68
7652533--7652668	2	71.5	2	67	20	69	44	4	1	50	1.31
7652603--7652701	14	7.1	15	76	14	52	45	2	1	51	1.19
7652633--7652702	16	4.5	15	79	12	61	44	1	1	52	1.18
7652586--7652722	69	1.9	71	91	4	224	44	2	1	51	1.25
7652658--7652776	28	4.4	27	73	14	84	44	5	3	47	1.41
7652640--7652742	53	1.9	53	80	7	120	44	2	2	49	1.32
7652586--7652744	69	2.3	69	84	7	198	44	3	1	50	1.28
7652765--7652855	31	2.9	33	74	11	93	43	3	3	49	1.35
7654237--7654808	195	3.0	194	91	2	915	27	27	9	36	1.87
7666098--7666145	24	2.0	24	84	8	62	62	0	20	16	1.33
7669303--7669336	18	1.9	17	88	5	50	14	17	5	61	1.52
7671711--7671750	21	1.9	21	90	10	64	55	0	7	37	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7675556--7675618	20	3.0	21	80	11	67	36	25	14	23	1.93
7676150--7676183	11	3.2	11	91	4	52	35	8	5	50	1.58
7677769--7677833	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
7678349--7678434	45	1.9	45	95	0	154	27	27	17	26	1.98
7681977--7682015	21	1.9	19	85	10	51	28	2	2	66	1.18
7690778--7690808	15	2.1	15	100	0	62	45	6	6	41	1.55
7697913--7697940	10	2.8	10	100	0	56	82	0	7	10	0.85
7700353--7700740	66	5.9	66	83	5	434	39	14	20	25	1.91
7700353--7700740	131	3.0	130	85	4	478	39	14	20	25	1.91
7700828--7700951	37	3.4	37	81	9	128	37	12	18	32	1.88
7702131--7702222	12	8.0	11	73	12	78	2	9	7	80	0.98
7702131--7702220	24	3.8	24	81	14	105	2	10	6	81	0.96
7702143--7702227	37	2.3	36	84	10	109	3	9	8	78	1.06
7703963--7704004	22	1.9	22	85	9	59	71	7	14	7	1.29
7711189--7711235	19	2.5	19	82	3	60	21	25	19	34	1.96
7716529--7716814	5	57.2	5	98	0	104	41	0	18	40	1.50
7718297--7718350	22	2.4	23	87	9	85	20	29	27	22	1.98
7720841--7720916	31	2.5	31	82	0	89	15	22	27	34	1.95
7720860--7720936	31	2.5	31	85	4	93	15	28	25	29	1.96
7725628--7725767	62	2.3	62	76	0	136	15	24	27	32	1.95
7725621--7725755	31	4.4	31	75	3	112	14	21	28	35	1.92
7725701--7725767	31	2.2	31	83	5	82	13	28	28	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7730284--7730442	31	5.3	31	71	10	116	14	25	32	28	1.95
7730310--7730420	57	1.9	57	85	0	150	14	26	30	28	1.95
7730368--7730452	31	2.7	30	77	10	91	15	27	29	28	1.96
7733936--7733969	15	2.2	16	89	5	52	26	2	11	58	1.47
7735341--7735482	19	7.1	19	74	18	110	52	0	2	44	1.17
7735354--7735466	28	4.2	27	70	6	86	52	0	1	45	1.17
7735327--7735429	47	2.3	44	90	6	154	54	0	2	41	1.22
7735377--7735482	54	1.9	57	90	5	173	52	0	1	44	1.18
7735406--7735563	81	2.0	78	85	8	212	50	1	4	43	1.33
7736881--7736957	31	2.5	31	79	8	86	31	25	9	33	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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