genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   

This is table  1  of  82  ( 9773 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69--136	21	3.2	21	81	8	68	33	2	11	51	1.54
170--230	21	2.9	22	85	7	74	31	6	13	49	1.67
179--333	10	14.8	10	65	16	64	29	5	16	49	1.67
180--241	21	3.0	21	83	4	72	32	4	16	46	1.68
161--215	20	2.6	21	85	5	67	30	3	10	54	1.52
604--684	11	7.7	10	74	13	65	29	7	19	43	1.78
604--684	21	3.8	21	79	9	76	29	7	19	43	1.78
772--811	21	1.9	21	89	0	62	27	7	17	47	1.74
609--826	10	21.0	10	66	18	63	30	5	16	47	1.70
908--966	21	2.8	21	76	10	57	23	5	20	50	1.67
935--1090	73	2.1	73	85	2	206	25	6	17	50	1.69
1002--1446	10	43.0	10	65	14	109	29	5	14	50	1.64
1003--1063	21	2.9	21	87	0	77	26	8	19	45	1.78
1354--1436	21	4.0	21	76	6	78	26	3	19	50	1.64
1804--1842	10	3.8	10	80	6	51	23	5	15	56	1.59
1806--1850	21	2.2	20	84	4	54	26	4	15	53	1.61
2173--2225	21	2.7	20	80	13	65	26	7	13	52	1.66
2179--2266	21	4.3	20	76	15	83	28	6	12	52	1.64
2179--2255	38	2.0	39	82	10	95	25	7	12	53	1.66
2350--2396	21	2.2	21	84	0	58	25	4	14	55	1.58
2331--2434	53	2.0	53	84	0	136	27	4	17	50	1.66
2463--2547	30	2.9	29	78	13	93	27	1	10	61	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2585--2642	22	2.7	22	82	15	68	25	3	12	58	1.49
2740--2880	10	14.5	10	67	16	57	29	2	14	53	1.54
3235--3281	21	2.2	21	84	0	58	27	8	17	46	1.76
3499--3535	19	1.9	19	89	10	58	29	0	10	59	1.31
3749--3792	21	2.1	21	88	12	65	27	0	20	52	1.47
3963--4022	19	3.1	19	73	9	59	33	0	6	60	1.23
3946--4009	30	2.2	28	84	15	78	34	1	7	56	1.38
3946--4009	28	2.2	29	83	10	78	34	1	7	56	1.38
4393--4448	21	2.6	21	85	2	67	28	5	14	51	1.64
4527--4573	19	2.3	21	78	10	53	29	6	8	55	1.55
4822--4896	11	7.0	10	75	15	62	33	2	10	53	1.50
5401--5467	20	3.5	20	78	12	68	28	1	10	59	1.39
5411--5456	18	2.4	18	85	7	56	28	0	4	67	1.10
5541--5626	10	8.5	10	69	14	52	19	4	17	58	1.56
5500--5577	21	3.8	21	74	1	68	20	3	16	58	1.53
5642--5694	21	2.5	20	77	17	63	39	3	5	50	1.44
5780--5845	20	3.3	18	74	17	51	27	3	9	60	1.42
5840--5886	20	2.3	21	88	3	69	25	0	10	63	1.26
5901--5936	10	3.5	10	85	7	54	30	0	13	55	1.39
5397--7758	360	6.7	356	73	12	1102	28	4	13	52	1.61
5900--5969	21	3.4	21	77	16	74	31	7	11	50	1.65
6481--6518	20	1.9	20	84	10	51	34	2	13	50	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6692--6738	21	2.2	20	79	17	51	34	4	10	51	1.56
7042--7107	21	3.2	20	73	16	62	30	1	9	59	1.38
7143--7233	29	3.2	28	79	13	96	29	2	10	57	1.45
7401--7440	21	2.0	20	85	9	55	30	2	12	55	1.50
7406--7475	33	2.1	33	86	5	97	22	5	11	60	1.52
7519--7557	20	2.0	20	90	10	62	33	0	10	56	1.33
7459--7548	10	8.7	11	74	12	52	34	2	15	47	1.58
7522--7605	40	2.1	40	82	4	98	23	4	9	61	1.45
7551--7605	20	2.8	19	77	5	56	20	7	9	63	1.47
7757--7826	21	3.4	19	75	13	59	28	2	11	57	1.48
8069--8198	32	4.1	31	73	18	90	30	4	13	51	1.60
8190--8259	29	2.4	31	79	11	85	21	1	18	58	1.47
8388--8457	21	3.3	21	70	21	65	38	7	7	47	1.59
8386--8446	10	5.8	10	79	14	61	39	4	8	47	1.55
8399--8467	10	6.6	10	73	17	52	36	8	7	47	1.62
8389--8475	42	2.1	42	84	4	113	37	6	8	47	1.60
8869--9010	11	13.5	10	71	11	70	25	3	19	52	1.62
8901--8978	21	3.8	20	80	8	84	24	1	17	56	1.49
9049--9118	33	2.1	34	81	5	79	27	5	8	58	1.50
9532--9575	10	4.6	10	83	8	56	29	0	0	70	0.88
9849--10197	10	33.7	10	66	18	101	27	3	16	52	1.59
9867--9936	19	3.6	20	72	12	65	31	1	11	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9947--9992	21	2.2	21	81	11	51	26	4	21	47	1.69
9963--10009	21	2.2	21	84	0	58	27	8	17	46	1.76
10018--10071	21	2.7	20	72	13	56	24	3	18	53	1.60
10018--10102	41	2.1	41	82	4	100	25	2	17	54	1.55
10141--10196	21	2.7	19	80	20	60	30	0	16	53	1.43
13714--13776	27	2.3	27	83	5	83	38	44	1	15	1.57
13714--13779	28	2.5	26	78	11	71	39	42	1	16	1.58
29522--29712	71	2.7	72	80	4	226	37	13	12	36	1.83
36840--36868	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
41997--42039	21	2.0	22	82	13	54	44	16	11	27	1.82
42949--43118	82	2.1	82	100	0	340	40	12	17	30	1.87
44970--45079	57	1.9	56	87	5	159	46	9	6	38	1.61
45294--45411	51	2.4	49	81	8	125	44	23	13	18	1.86
45502--45628	28	4.3	28	75	14	139	33	22	21	23	1.98
45646--45893	38	6.7	38	69	18	143	41	16	12	29	1.86
45599--45827	113	2.0	113	92	1	379	39	17	15	27	1.90
45772--45961	70	2.7	70	81	7	190	40	18	13	27	1.88
45807--45927	32	3.6	32	73	12	89	42	19	12	26	1.86
45800--45961	70	2.3	70	83	3	191	40	19	11	27	1.87
47543--47630	34	2.6	34	90	1	133	20	13	28	37	1.91
47936--47976	5	8.6	5	91	2	59	78	0	21	0	0.76
47975--48065	27	3.4	25	79	7	83	51	10	20	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48008--48068	25	2.5	24	82	12	70	54	8	19	18	1.68
59791--59964	45	3.9	45	80	6	167	36	13	16	33	1.87
59946--59990	21	2.1	21	95	0	81	20	15	28	35	1.93
60078--60149	29	2.6	27	82	4	72	38	5	12	43	1.66
82816--82885	31	2.3	31	87	2	97	55	4	4	35	1.39
82834--82918	29	2.8	30	81	10	93	58	4	4	31	1.39
84545--84629	44	1.9	44	90	4	136	44	8	9	37	1.67
92912--93053	72	2.0	72	83	2	178	29	14	21	33	1.94
95779--95829	26	2.0	26	92	0	84	19	11	23	45	1.83
96070--96117	14	3.4	13	80	13	51	29	0	4	66	1.10
96070--96134	29	2.2	30	83	8	80	30	0	4	64	1.14
96189--96268	39	2.0	41	85	11	112	31	15	13	40	1.86
101611--101703	37	2.7	35	83	6	109	9	48	7	34	1.64
101754--101809	25	2.2	25	93	0	94	5	41	21	32	1.76
101714--101847	60	2.3	59	88	2	198	5	45	20	28	1.74
102145--102184	20	2.1	19	85	4	53	70	0	5	25	1.08
102152--102190	20	2.0	20	85	10	53	71	0	2	25	0.98
108343--108374	16	2.0	16	100	0	64	18	18	0	62	1.33
111945--112004	7	8.3	7	76	12	50	21	3	0	75	0.95
111947--112003	28	2.1	26	81	12	62	19	3	0	77	0.92
112158--112217	30	2.1	28	87	12	86	18	5	1	75	1.07
112158--112315	10	16.7	9	67	18	63	21	5	1	70	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112312--112427	58	2.0	57	98	1	223	43	10	1	43	1.48
112640--112687	7	6.7	7	79	13	53	0	20	0	79	0.74
112639--112689	22	2.4	22	83	12	70	0	23	0	76	0.79
112633--112681	17	2.9	17	77	14	57	0	22	0	77	0.77
112750--112790	14	3.1	14	83	16	61	0	24	0	75	0.80
112750--112800	26	2.0	26	88	3	77	0	25	0	74	0.82
112939--112986	22	2.2	22	81	7	53	6	4	31	58	1.42
113209--113269	5	11.8	5	75	13	52	26	0	0	73	0.83
113209--113267	22	2.5	23	81	10	66	27	0	0	72	0.84
113211--113276	17	3.6	18	80	15	73	25	0	0	74	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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