genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27794930--27794989	4	14.8	4	77	19	54	76	0	23	0	0.78
27794934--27794996	14	4.1	15	72	25	51	76	0	23	0	0.79
27794926--27794991	9	7.9	9	73	19	54	75	0	24	0	0.80
27794926--27795002	19	3.9	20	75	17	65	76	0	22	1	0.86
27795704--27795773	8	9.3	7	74	20	52	82	0	2	14	0.77
27795707--27795786	9	9.2	8	74	17	63	81	1	3	13	0.89
27795709--27795775	13	5.0	13	76	20	75	82	0	2	14	0.79
27795707--27795786	22	3.9	22	78	12	73	81	1	3	13	0.89
27798267--27798336	29	2.4	29	82	0	86	51	7	25	15	1.69
27798526--27798561	18	2.0	18	94	0	63	30	5	19	44	1.73
27798574--27798648	35	2.1	35	82	0	87	20	17	18	44	1.88
27798594--27798672	35	2.3	35	93	0	131	18	17	17	45	1.86
27798594--27798684	35	2.6	35	87	0	101	18	16	18	46	1.85
27799981--27800013	14	2.2	16	89	10	52	66	9	6	18	1.40
27800676--27800708	17	2.0	17	88	5	50	39	0	3	57	1.14
27801119--27801143	9	2.8	9	100	0	50	8	44	0	48	1.32
27807566--27807673	54	2.0	54	90	0	171	32	11	11	45	1.75
27812087--27812160	35	2.1	34	85	7	96	24	0	16	59	1.37
27813318--27813388	25	2.9	23	69	22	56	30	1	4	63	1.22
27815605--27815654	26	1.9	26	83	0	64	50	2	0	48	1.12
27815621--27815683	19	3.2	19	72	20	58	49	0	0	50	1.00
27815634--27815696	22	2.6	23	85	12	74	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27835725--27835769	21	2.1	22	83	4	56	4	17	2	75	1.07
27847049--27847095	23	2.0	23	84	8	60	36	17	25	21	1.94
27860878--27860989	22	5.1	22	80	6	95	27	7	16	48	1.73
27860953--27861053	22	4.5	22	83	3	94	25	11	26	35	1.91
27860975--27861053	23	3.5	22	85	3	95	25	13	27	32	1.94
27861068--27861113	22	2.1	22	87	0	65	52	17	6	23	1.68
27861115--27861174	23	2.7	22	76	5	75	51	21	5	21	1.66
27895495--27895530	3	12.0	3	87	0	54	27	0	38	33	1.57
27901807--27901849	8	5.4	8	91	0	68	48	0	0	51	1.00
27901798--27901882	16	5.3	16	77	9	75	47	0	0	52	1.00
27901932--27901963	14	2.3	14	94	0	55	59	0	0	40	0.97
27901938--27901973	14	2.6	14	90	0	54	61	0	0	38	0.96
27901946--27902086	26	5.6	26	72	16	109	53	0	1	44	1.09
27901926--27902011	40	2.2	40	81	8	104	53	0	2	44	1.13
27901994--27902087	33	2.7	34	80	9	93	55	0	0	44	0.99
27919978--27920002	3	8.3	3	100	0	50	0	68	32	0	0.90
27929004--27929188	82	2.2	82	83	8	223	31	9	14	44	1.77
27950128--27950174	24	2.0	24	86	0	67	82	2	12	2	0.84
27957565--27957668	29	3.6	29	76	6	102	50	1	8	38	1.44
27972522--27972614	45	2.1	45	97	0	177	38	22	17	21	1.93
27974888--27974920	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
27981320--27981368	18	2.7	18	87	6	64	26	34	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27986500--27986744	114	2.2	111	85	3	314	29	10	10	48	1.71
27988270--27988366	23	4.0	24	79	14	110	51	0	0	48	1.00
27988270--27988560	16	18.2	16	65	20	69	48	1	1	49	1.16
27988266--27988342	33	2.4	34	78	12	90	50	0	0	49	1.00
27988354--27988421	23	3.0	23	70	22	61	39	0	1	58	1.07
27988439--27988557	8	14.5	8	67	19	50	50	1	1	46	1.21
27988431--27988557	47	2.6	49	81	8	134	50	1	1	46	1.20
27988444--27988524	23	3.5	22	77	9	81	51	2	1	44	1.22
27988570--27988607	19	2.0	19	85	10	51	10	7	0	81	0.87
28013805--28013841	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
28015915--28015994	2	40.5	2	91	2	126	46	0	1	51	1.09
28018380--28018409	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
28028687--28028759	18	3.9	19	73	5	60	65	1	31	1	1.09
28033710--28033755	2	23.0	2	95	0	83	50	2	0	47	1.13
28057295--28057337	7	6.1	7	86	0	59	32	23	27	16	1.96
28057295--28057337	14	3.1	14	89	0	68	32	23	27	16	1.96
28057789--28057861	35	2.1	35	84	0	92	20	17	5	56	1.61
28062861--28062927	28	2.4	27	95	4	125	56	20	10	11	1.64
28074319--28074361	22	1.9	22	81	13	52	48	11	6	32	1.66
28084528--28084583	18	3.1	18	89	0	94	26	23	26	23	2.00
28085821--28085879	31	1.9	31	86	6	84	23	27	1	47	1.61
28087317--28087353	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28089280--28089312	18	1.9	18	88	11	52	0	15	0	84	0.61
28097188--28097225	19	2.0	19	85	10	51	13	21	5	60	1.52
28103798--28104000	101	2.0	101	92	0	334	33	17	17	31	1.94
28114218--28114259	18	2.4	17	88	11	59	42	28	19	9	1.82
28115971--28115997	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
28126165--28126394	115	2.0	118	90	4	369	34	13	15	35	1.88
28129155--28129205	2	27.0	2	77	18	56	47	1	0	50	1.12
28141814--28141864	2	27.0	2	80	11	63	3	45	0	50	1.20
28153457--28153518	26	2.3	28	81	8	76	40	4	0	54	1.22
28160328--28160361	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28173397--28173431	2	18.5	2	88	11	56	0	51	0	48	1.00
28173397--28173431	11	3.1	12	88	12	56	0	51	0	48	1.00
28173397--28173431	15	2.3	15	100	0	70	0	51	0	48	1.00
28181284--28181369	40	2.1	41	86	2	120	29	20	12	37	1.90
28181294--28181381	40	2.2	40	83	6	106	31	26	9	32	1.87
28181384--28181416	14	2.3	15	89	5	50	30	21	9	39	1.84
28189026--28189083	28	2.0	29	83	9	75	20	13	0	65	1.26
28192600--28192841	117	2.0	119	85	8	332	28	26	17	28	1.98
28207498--28207537	20	2.0	21	85	5	55	35	0	2	62	1.09
28207798--28207841	23	2.0	22	81	4	52	63	2	2	31	1.19
28215172--28215261	42	2.2	41	93	2	153	22	8	17	51	1.73
28228617--28228647	7	4.4	7	100	0	62	29	29	41	0	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28256012--28256039	12	2.3	12	100	0	56	14	7	17	60	1.55
28268329--28268373	23	1.9	23	86	4	63	40	8	8	42	1.67
28268341--28268386	23	2.0	23	91	0	74	39	6	13	41	1.70
28286958--28287009	20	2.5	20	84	9	61	76	0	1	21	0.87
28293156--28293212	8	7.4	8	84	7	73	0	19	50	29	1.47
28293152--28293232	38	2.3	34	78	8	72	1	14	48	35	1.52
28300795--28300884	2	46.0	2	93	4	157	47	0	0	51	1.00
28304583--28304611	2	15.0	2	92	7	51	0	48	0	51	1.00
28306754--28306828	34	2.2	34	90	2	116	25	17	26	30	1.97
28316455--28316497	16	2.5	18	88	7	63	53	0	39	6	1.28
28330212--28330250	15	2.6	15	91	0	60	41	5	17	35	1.72
28330451--28330514	33	2.0	32	90	3	101	34	1	0	64	1.03
28330453--28330500	21	2.3	22	82	10	64	33	2	0	64	1.05
28330458--28330601	26	5.3	26	70	18	98	31	4	0	63	1.13
28349010--28349049	21	1.9	21	90	10	64	30	0	2	67	1.04
28349257--28349327	15	4.7	15	76	0	79	36	23	5	33	1.79
28351159--28351195	9	4.0	9	89	6	56	43	0	0	56	0.99
28353738--28353770	3	11.0	3	93	0	57	63	3	33	0	1.10
28364344--28364369	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28365828--28365928	30	3.4	29	87	2	139	37	2	2	56	1.30
28367014--28367053	19	2.2	19	91	8	66	77	0	0	22	0.77
28367012--28367053	17	2.2	20	84	16	63	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28372220--28373280	534	2.0	540	85	4	1473	38	12	17	31	1.87
28376544--28377487	306	3.1	303	89	5	1457	34	17	20	27	1.95
28401124--28401167	21	2.0	22	83	12	56	6	13	11	68	1.39
28410557--28410627	2	37.0	2	86	8	85	49	0	2	46	1.16
28418167--28418202	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28429856--28429893	20	2.0	20	89	5	60	34	21	26	18	1.96
28432548--28432626	40	2.0	40	89	0	122	35	24	21	18	1.96
28433380--28433447	2	33.5	2	94	2	118	51	0	1	47	1.09
28435094--28435126	17	1.9	17	93	0	57	18	0	30	51	1.46
28438688--28438721	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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