genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   

This is table  71  of  82  ( 9773 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25842873--25842921	25	1.9	26	84	12	66	12	12	6	69	1.35
25842931--25842973	6	7.0	6	82	12	52	83	2	13	0	0.74
25842934--25842973	13	3.1	13	88	0	62	82	2	15	0	0.77
25863447--25863550	54	1.9	53	100	0	199	21	37	11	28	1.88
25880975--25881103	42	3.1	42	76	2	134	20	20	20	37	1.94
25884306--25884360	26	2.1	27	83	10	69	34	1	0	63	1.05
25884613--25884667	28	2.0	28	85	7	76	67	0	0	32	0.91
25886437--25886596	53	3.0	53	99	0	311	23	12	22	41	1.87
25905521--25905547	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
25906736--25906856	59	2.1	59	98	0	233	33	25	15	25	1.95
25932269--25932312	21	2.2	20	87	4	61	11	18	25	45	1.82
25933680--25933705	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25948741--25948786	22	2.1	22	84	11	60	67	15	10	6	1.40
25951994--25952042	18	2.7	17	84	9	53	22	0	10	67	1.20
25952036--25952244	116	1.8	115	86	3	303	30	13	15	41	1.85
25953423--25953474	8	5.9	8	80	14	50	17	1	1	78	0.93
25954431--25954476	8	5.0	10	80	17	55	19	10	21	47	1.80
25954431--25954476	18	2.6	18	96	0	83	19	10	21	47	1.80
25954740--25954775	9	4.0	9	92	0	63	30	11	22	36	1.89
25954774--25954855	42	2.0	41	81	6	96	26	15	19	37	1.92
25966950--25966978	8	3.8	8	90	9	51	24	0	0	75	0.80
25967921--25967970	24	2.1	24	81	7	57	56	4	0	40	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25971305--25971330	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25976998--25977034	19	1.9	19	100	0	74	21	5	10	62	1.48
25986869--25986899	16	1.9	16	93	0	53	54	0	16	29	1.42
26001013--26001057	7	6.6	7	80	14	58	0	15	2	82	0.77
26001012--26001057	21	2.2	20	85	7	65	0	17	2	80	0.81
26011258--26011295	16	2.2	19	86	13	55	7	23	10	57	1.58
26034742--26034785	23	1.9	23	95	0	79	36	13	9	40	1.76
26038355--26038389	10	3.9	9	85	14	54	20	2	0	77	0.90
26048831--26049524	175	4.0	175	100	0	1388	41	13	14	30	1.84
26070666--26070719	16	3.4	16	67	23	51	57	20	12	9	1.63
26070669--26070730	31	2.0	31	96	0	115	58	20	9	11	1.61
26081629--26081683	27	2.0	27	100	0	110	25	21	21	30	1.98
26083826--26083896	36	2.0	36	97	0	133	33	12	21	32	1.91
26095296--26095543	132	1.9	131	93	0	424	41	20	10	26	1.85
26100321--26100376	24	2.3	23	85	8	76	26	0	35	37	1.57
26100321--26100391	24	2.9	24	81	14	74	29	0	35	35	1.58
26102117--26102822	210	3.4	210	91	0	1092	33	17	21	28	1.95
26102244--26102777	105	5.1	105	60	13	243	33	16	21	28	1.95
26102490--26102813	105	3.1	104	64	10	235	33	16	22	27	1.95
26112889--26112940	26	2.0	26	96	0	95	30	19	9	40	1.83
26117002--26117064	27	2.3	27	88	0	90	9	19	12	58	1.61
26131409--26131438	16	1.9	16	93	6	53	60	3	0	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26136985--26137014	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
26137539--26137583	19	2.4	19	100	0	90	44	4	0	51	1.21
26138208--26138384	88	2.0	90	85	4	243	35	10	5	48	1.62
26147812--26147861	26	1.9	26	95	0	91	48	12	20	20	1.80
26149524--26149804	36	7.8	37	70	9	136	47	19	7	25	1.74
26149560--26149736	72	2.5	72	90	0	273	46	19	7	25	1.77
26150100--26150132	6	5.5	6	100	0	66	81	0	18	0	0.68
26150463--26150539	38	2.0	38	97	0	145	40	14	3	41	1.64
26150787--26151323	278	1.9	277	99	0	1049	45	5	7	41	1.56
26151711--26151740	15	2.0	15	93	0	51	23	0	3	73	0.98
26153957--26153983	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
26165490--26165517	10	2.8	10	100	0	56	0	35	10	53	1.36
26170313--26170347	18	1.9	18	88	11	54	5	17	0	77	0.96
26171022--26171057	18	2.0	18	89	10	56	50	0	8	41	1.33
26173528--26173882	178	2.0	178	90	0	557	27	11	21	40	1.87
26173706--26175816	342	6.3	340	78	5	1993	32	11	19	37	1.86
26173705--26175333	683	2.4	679	81	3	1900	32	11	18	37	1.86
26180103--26180139	2	18.5	2	91	0	56	43	0	2	54	1.14
26181347--26181623	153	1.8	154	87	0	421	33	10	6	49	1.63
26187517--26187627	53	2.1	53	80	9	120	38	24	12	24	1.90
26191019--26191043	9	2.8	9	100	0	50	0	0	76	24	0.80
26200192--26200245	22	2.4	23	79	17	60	48	1	9	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26200967--26201001	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
26211010--26211040	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
26211243--26211315	22	3.3	21	78	17	76	78	1	15	5	1.00
26216728--26216821	48	2.0	48	91	0	152	36	5	24	34	1.78
26226776--26226856	39	2.0	40	90	2	128	48	3	7	40	1.49
26250763--26250798	18	1.9	19	88	5	56	13	13	2	69	1.30
26252180--26252295	56	2.1	56	90	3	180	43	8	23	25	1.82
26276186--26276229	20	2.2	20	95	0	79	15	34	9	40	1.79
26278016--26278148	66	2.0	66	86	2	187	27	32	12	28	1.92
26282047--26282090	21	2.1	21	91	0	70	38	15	6	38	1.75
26282038--26282132	49	1.9	50	84	2	129	36	15	7	40	1.76
26282547--26282953	204	2.0	204	95	2	730	40	18	7	33	1.79
26283191--26283238	19	2.4	19	89	6	69	25	14	14	45	1.83
26286458--26286507	23	2.2	23	92	0	82	22	10	28	40	1.86
26286300--26286600	116	2.6	117	85	1	390	24	11	27	35	1.90
26286469--26286514	23	2.0	23	91	0	74	26	13	26	34	1.92
26286473--26286522	23	2.2	23	81	0	55	30	14	24	32	1.94
26300016--26300051	15	2.4	15	90	0	54	50	2	22	25	1.63
26300013--26300043	15	2.1	15	100	0	62	54	0	25	19	1.44
26303287--26303337	4	13.0	4	87	4	68	19	23	5	50	1.69
26303282--26303337	23	2.4	23	84	3	67	19	21	5	53	1.65
26312332--26312385	27	2.0	27	96	0	99	42	14	5	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26314299--26314555	132	1.9	132	92	3	428	47	6	6	38	1.55
26314503--26314544	23	1.9	22	85	9	59	52	0	4	42	1.22
26314873--26314907	16	2.3	15	90	5	52	51	0	2	45	1.16
26314871--26314949	39	2.0	40	80	11	92	46	2	5	45	1.38
26322689--26322718	8	3.9	8	91	8	53	60	0	0	40	0.97
26322553--26322892	172	2.0	176	95	4	611	39	11	12	36	1.80
26322861--26322913	2	27.0	2	85	11	74	49	0	1	49	1.12
26330892--26330967	39	2.0	38	87	7	109	35	17	10	36	1.84
26336992--26337037	2	23.0	2	95	0	83	47	2	0	50	1.13
26340448--26340905	231	2.0	232	90	3	717	32	13	24	29	1.93
26343154--26343226	19	4.2	16	72	23	58	68	0	0	30	0.90
26343159--26343228	21	3.7	20	76	16	69	70	0	0	28	0.88
26343253--26343307	2	28.0	2	94	3	76	56	0	0	43	0.99
26350552--26350576	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26352182--26352325	61	2.3	62	78	4	148	20	11	23	44	1.84
26352733--26352783	26	2.0	26	84	0	66	37	11	7	43	1.71
26374342--26374413	35	2.1	35	89	0	108	26	15	12	45	1.81
26377093--26377131	2	19.5	2	89	0	51	48	7	0	43	1.31
26377093--26377130	10	3.8	10	92	0	58	50	7	0	42	1.31
26377093--26377131	12	3.2	12	92	0	60	48	7	0	43	1.31
26381974--26382014	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
26384640--26384701	18	3.3	18	76	17	56	24	3	0	72	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26384755--26384907	76	2.0	75	96	3	281	13	11	10	64	1.50
26385609--26385656	15	3.1	16	82	11	55	52	0	0	47	1.00
26385613--26385656	16	2.7	17	82	10	56	54	0	0	45	0.99
26391337--26391551	114	1.9	113	85	4	299	43	7	15	33	1.75
26392365--26392394	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
26396658--26396710	19	2.5	22	77	20	60	47	3	0	49	1.19
26398517--26398543	14	1.9	14	100	0	54	59	7	7	25	1.51
26404110--26404176	2	35.5	2	84	11	88	1	53	0	43	1.09
26416154--26416609	236	1.9	235	92	1	770	31	21	14	33	1.93
26436255--26436317	32	2.0	32	90	6	101	49	19	14	17	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82