genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

This is table  25  of  82  ( 9773 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8595567--8595829	130	2.0	129	96	1	490	36	7	23	31	1.84
8596312--8596433	37	3.3	37	85	0	172	31	11	35	22	1.89
8598235--8598353	42	2.8	42	83	1	130	21	31	18	29	1.97
8600401--8600609	55	3.8	55	85	2	285	28	36	13	21	1.92
8600401--8600645	55	4.6	54	83	5	284	27	36	14	21	1.92
8600401--8600645	111	2.3	106	85	6	316	27	36	14	21	1.92
8603388--8603434	24	1.9	25	91	4	78	23	31	19	25	1.98
8603393--8603446	24	2.2	25	80	6	65	27	25	16	29	1.97
8606724--8606759	2	18.0	2	88	0	54	44	2	2	50	1.31
8606786--8606953	42	4.0	41	79	2	147	20	32	22	25	1.98
8608311--8608346	2	18.0	2	88	0	54	44	2	2	50	1.31
8608387--8608540	42	3.7	42	84	1	186	21	34	21	22	1.97
8608567--8608593	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
8608593--8608618	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8609169--8609216	23	2.1	23	84	7	62	35	29	0	35	1.58
8624726--8624773	21	2.3	20	75	10	51	14	20	6	58	1.58
8624785--8624818	10	3.3	10	91	4	50	0	23	5	70	1.09
8629273--8629348	37	2.1	37	87	0	107	23	10	22	43	1.84
8630462--8630609	35	4.4	33	79	14	160	24	11	28	35	1.90
8630463--8630636	67	2.6	68	88	4	239	25	12	27	35	1.91
8637999--8638169	35	5.1	33	72	17	131	23	12	27	36	1.90
8638002--8638177	67	2.6	68	90	3	270	24	11	27	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8638002--8638150	35	4.5	32	76	13	149	22	11	28	36	1.89
8640455--8640549	38	2.5	38	100	0	190	27	10	36	25	1.89
8640533--8640674	54	2.6	54	88	2	205	21	12	42	22	1.87
8646342--8646419	2	39.5	2	84	7	88	51	5	1	42	1.32
8646569--8646817	54	4.6	54	87	4	367	20	14	41	24	1.88
8652509--8652546	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
8655958--8656170	42	5.0	42	87	1	266	23	19	35	21	1.96
8659399--8659516	38	3.1	38	85	0	146	31	8	33	27	1.86
8660374--8660429	26	2.2	24	84	6	67	39	3	19	37	1.69
8675648--8675722	39	1.9	39	91	0	123	22	26	22	28	1.99
8677694--8677879	72	2.6	73	86	4	234	22	17	20	38	1.93
8685113--8685232	58	2.1	57	93	1	204	35	9	18	36	1.83
8722503--8722600	40	2.5	40	83	3	119	23	12	39	24	1.89
8729854--8729969	34	3.3	35	80	9	119	42	5	27	25	1.76
8730025--8730104	35	2.3	34	85	6	106	20	10	33	36	1.86
8730025--8730195	91	1.9	91	83	2	227	20	9	30	38	1.85
8735587--8735656	35	2.0	35	83	2	88	21	10	34	34	1.87
8735674--8735758	35	2.5	34	86	3	116	20	8	29	42	1.81
8735617--8735724	56	1.9	57	82	1	137	22	7	26	43	1.79
8735686--8735769	35	2.4	35	89	0	123	22	8	29	39	1.83
8735593--8735759	91	1.8	91	88	0	253	22	7	29	40	1.82
8750425--8750590	43	3.9	43	83	4	176	23	33	18	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8750425--8750590	86	1.9	86	84	4	219	23	33	18	24	1.96
8753439--8753567	43	3.0	43	85	3	172	24	33	17	24	1.97
8768717--8768747	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
8768774--8768806	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
8768697--8768804	57	1.9	56	100	0	207	12	9	33	44	1.73
8769997--8770040	22	2.0	21	86	4	61	15	20	9	54	1.68
8770907--8771004	38	2.6	36	87	4	108	30	8	33	27	1.86
8770918--8771031	38	3.0	38	85	0	147	29	9	31	28	1.89
8774874--8774932	22	2.7	23	76	7	68	25	22	22	30	1.99
8775172--8775314	43	3.3	43	85	1	153	21	34	18	25	1.96
8775203--8775339	43	3.2	43	88	2	186	24	34	16	24	1.96
8778446--8778531	35	2.5	35	88	3	120	26	36	11	25	1.90
8780692--8780736	20	2.2	21	88	11	67	15	17	6	60	1.56
8786825--8786858	13	2.7	13	90	4	52	8	11	0	79	0.94
8789733--8789772	21	1.9	21	84	0	53	57	15	22	5	1.57
8796260--8796989	157	4.7	156	88	2	986	36	13	18	31	1.90
8796260--8796988	313	2.3	308	89	2	1055	36	13	18	31	1.90
8804070--8804105	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8815522--8815680	71	2.2	71	85	4	214	22	20	15	41	1.89
8818588--8818921	71	4.7	71	79	3	336	25	17	16	41	1.90
8818588--8818920	141	2.4	140	82	5	370	24	17	16	41	1.90
8819749--8819788	19	2.2	19	95	4	73	52	0	5	42	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8820702--8820737	11	3.4	11	88	7	56	66	11	22	0	1.22
8821593--8821638	19	2.4	19	96	0	83	10	8	21	58	1.58
8824203--8824338	39	3.5	39	87	4	193	25	11	36	26	1.90
8824320--8824374	27	2.0	27	100	0	110	25	7	41	25	1.81
8828079--8828235	72	2.2	73	85	1	208	24	20	26	28	1.99
8832319--8832462	35	4.1	35	83	0	180	24	33	9	33	1.87
8832740--8832779	19	2.1	19	86	9	55	57	0	5	37	1.21
8833453--8833501	20	2.5	19	83	6	53	67	6	26	0	1.14
8833689--8833730	22	1.9	22	90	0	66	16	16	23	42	1.88
8833618--8833888	127	2.1	127	90	0	427	23	12	30	33	1.92
8833816--8833857	22	1.9	22	85	0	57	14	16	26	42	1.86
8833871--8833964	34	2.7	34	75	4	100	22	11	28	37	1.89
8834000--8834028	11	2.5	12	94	5	51	68	6	24	0	1.13
8834044--8834115	25	2.9	25	79	6	76	45	11	27	15	1.80
8834061--8834115	23	2.2	26	78	12	62	45	12	25	16	1.83
8835179--8835272	42	2.2	42	86	0	134	21	25	30	22	1.98
8835179--8835301	42	2.9	42	82	0	111	23	22	30	22	1.99
8836864--8836978	16	6.8	16	78	15	117	65	0	34	0	0.93
8836850--8836978	36	3.6	36	87	8	176	65	0	34	0	0.93
8836864--8836981	52	2.3	52	86	8	161	65	0	34	0	0.93
8837624--8837774	43	3.4	44	82	6	173	25	18	33	22	1.97
8838030--8838082	21	2.5	22	78	3	63	37	20	22	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8842242--8842311	35	2.0	34	83	2	86	28	11	27	32	1.91
8845652--8845692	20	2.0	20	85	0	55	26	17	19	36	1.94
8846047--8846101	20	2.6	21	88	5	76	67	0	32	0	0.91
8853447--8853721	23	12.0	23	69	8	166	21	29	13	34	1.92
8853467--8853635	46	3.7	45	82	7	198	21	28	14	35	1.93
8853465--8853635	92	1.9	91	90	1	270	21	28	14	35	1.93
8853528--8853685	68	2.3	70	83	5	198	22	27	14	34	1.93
8859744--8859772	14	2.1	14	100	0	58	51	27	6	13	1.66
8860269--8860308	18	2.2	18	90	0	62	30	2	5	62	1.29
8863312--8863356	21	2.2	20	88	4	63	42	6	2	48	1.41
8881934--8881977	23	2.0	21	82	8	52	29	11	31	27	1.91
8888186--8888303	38	3.1	38	88	1	157	29	32	10	27	1.90
8893858--8893964	35	3.0	35	82	8	110	30	9	28	30	1.88
8908341--8908369	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
8911545--8911599	3	18.3	3	76	14	51	32	38	1	27	1.67
8911546--8911608	20	3.2	21	84	13	89	31	39	1	26	1.66
8911607--8911759	43	3.6	42	79	6	173	21	35	18	24	1.96
8911607--8911768	86	1.9	86	85	2	227	22	35	18	24	1.96
8913569--8913641	35	2.1	35	89	0	110	28	10	27	32	1.91
8913580--8913679	35	2.9	35	87	0	128	24	8	28	40	1.83
8913712--8913789	34	2.3	34	80	12	90	28	8	26	35	1.87
8913946--8913992	4	11.5	4	88	8	51	80	0	19	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8919810--8919905	35	2.7	35	78	0	102	21	7	30	40	1.80
8922372--8922496	42	3.0	42	85	7	173	26	34	18	20	1.96
8923289--8923330	19	2.2	19	87	8	59	45	4	33	16	1.69
8925350--8925432	38	2.2	38	97	0	157	40	7	32	19	1.79
8926925--8926984	25	2.4	25	88	5	86	23	18	31	26	1.97
8929906--8929976	35	2.0	35	83	5	90	30	25	15	28	1.96
8936186--8936280	38	2.6	36	90	5	120	30	8	34	26	1.86
8936196--8936308	38	3.0	38	89	1	165	30	10	32	26	1.90
8937941--8938034	34	2.7	35	80	8	111	27	7	27	37	1.84
8938341--8938424	27	3.1	27	91	1	132	51	15	23	9	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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