genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24691781--24691809	13	2.1	14	93	6	51	48	3	0	48	1.18
24693957--24694149	12	16.1	12	81	4	129	48	16	1	33	1.56
24693964--24694042	4	19.8	4	84	0	68	46	8	3	40	1.53
24693964--24694042	6	13.2	6	80	0	68	46	8	3	40	1.53
24693964--24694149	8	23.8	8	79	4	92	48	16	1	33	1.56
24694018--24694134	4	30.2	4	85	6	125	50	23	0	25	1.50
24694114--24694149	2	18.0	2	88	0	54	50	5	0	44	1.25
24696320--24696389	6	11.5	6	85	8	52	58	1	1	38	1.16
24696345--24696377	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24696431--24696479	21	2.3	21	77	19	57	40	2	4	53	1.32
24702725--24702754	15	2.0	15	100	0	60	40	20	6	33	1.78
24708488--24708909	211	2.0	211	96	0	781	38	17	16	27	1.91
24716337--24716373	11	3.4	11	100	0	74	0	0	35	64	0.94
24720504--24720549	23	1.9	25	91	8	78	41	13	10	34	1.79
24739288--24739332	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
24740063--24740107	22	2.0	22	100	0	90	31	13	8	46	1.74
24745224--24745259	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
24753659--24753701	3	14.0	3	90	4	68	2	67	0	30	1.03
24756995--24757102	49	2.2	50	75	9	114	49	0	3	46	1.26
24763080--24763106	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
24773812--24774671	153	5.7	153	83	4	556	24	34	14	26	1.94
24773897--24774708	306	2.7	300	81	6	773	24	34	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24774153--24774708	153	3.6	153	89	1	767	25	34	14	25	1.94
24774625--24774774	66	2.3	66	83	0	183	29	33	14	22	1.94
24774472--24774902	219	2.0	219	91	0	693	26	34	14	24	1.94
24774679--24775027	153	2.3	156	81	5	397	28	34	12	25	1.92
24774322--24775027	372	1.9	375	86	3	1012	26	34	14	24	1.93
24776499--24776582	37	2.2	38	87	4	116	47	8	8	35	1.64
24777486--24777533	22	2.1	22	84	7	60	33	0	2	64	1.05
24777631--24777679	26	1.9	25	88	12	73	46	4	10	38	1.57
24783561--24783619	25	2.4	25	88	0	82	30	20	8	40	1.82
24788056--24788102	23	2.0	23	95	0	85	61	10	8	19	1.53
24788099--24788156	25	2.3	25	87	0	80	31	18	8	41	1.81
24791231--24791282	26	2.0	26	92	0	86	30	11	17	40	1.85
24798742--24798810	28	2.5	27	83	9	86	36	0	2	60	1.11
24798962--24799004	21	2.0	21	86	8	61	41	0	0	58	0.98
24800461--24800503	20	2.2	20	86	0	59	67	6	2	23	1.27
24809915--24809953	19	2.1	19	90	0	60	23	10	20	46	1.81
24811642--24811667	13	2.0	13	100	0	52	23	38	0	38	1.55
24841906--24841939	12	2.8	12	95	0	59	41	8	0	50	1.34
24868865--24868889	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24869168--24869236	22	3.3	20	76	9	66	63	1	8	26	1.31
24869886--24869942	29	2.0	29	89	6	89	56	3	3	36	1.34
24870575--24870610	18	1.9	19	88	5	56	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24895956--24895996	14	2.9	15	76	23	52	65	4	7	21	1.37
24898074--24898131	31	1.9	31	89	6	93	58	1	0	39	1.08
24901575--24901694	15	7.9	15	66	17	52	44	1	1	52	1.21
24901570--24901657	23	3.6	23	78	17	79	48	2	1	47	1.21
24901611--24901696	16	5.4	16	73	17	56	43	0	2	54	1.13
24901737--24901797	25	2.4	26	86	8	81	50	1	1	45	1.21
24901774--24901834	15	4.3	15	72	16	58	47	0	1	50	1.10
24902389--24902440	14	3.9	14	78	19	58	76	0	0	23	0.78
24902394--24902440	9	5.5	8	82	12	58	78	0	0	21	0.75
24902388--24902440	17	3.1	17	89	8	72	75	0	0	24	0.80
24904488--24904512	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
24908189--24908508	82	3.9	82	84	2	338	37	11	10	40	1.76
24908195--24908492	164	1.8	164	82	0	389	36	11	10	40	1.76
24909515--24909693	45	4.0	45	81	5	193	29	16	18	35	1.93
24909667--24909786	24	5.1	24	74	9	95	23	17	21	37	1.94
24909623--24909786	69	2.4	69	93	0	274	24	17	21	35	1.95
24909698--24910003	45	6.6	45	75	9	247	28	17	17	36	1.93
24909932--24910120	69	2.7	69	89	0	279	26	18	19	35	1.95
24909457--24910089	303	2.1	303	92	0	1061	27	16	18	36	1.93
24911828--24911889	25	2.5	26	74	15	67	37	0	3	59	1.13
24911843--24911890	25	1.9	25	87	8	71	39	0	4	56	1.19
24911849--24911899	24	2.1	24	82	7	59	45	0	1	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24912482--24912525	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
24915398--24915641	132	1.8	134	88	1	375	37	5	7	49	1.56
24918694--24918737	12	3.7	12	78	0	52	43	9	47	0	1.35
24923347--24923398	26	2.0	27	85	11	72	78	1	13	5	1.01
24928239--24928313	36	2.1	36	100	0	150	45	20	13	21	1.84
24943405--24943473	29	2.4	28	78	4	75	44	11	5	37	1.65
24943412--24943527	29	4.2	29	73	12	109	36	12	10	41	1.76
24943597--24943654	29	2.0	30	83	10	75	37	12	12	37	1.80
24943450--24943661	54	3.9	53	72	13	180	32	11	12	43	1.78
24943401--24943689	27	10.7	26	70	17	135	34	11	11	42	1.77
24943534--24943737	79	2.6	81	79	7	197	31	10	13	44	1.78
24943624--24943687	26	2.5	25	85	7	76	34	14	9	42	1.77
24943494--24943701	109	2.0	108	83	5	266	31	10	12	45	1.75
24953391--24953452	19	3.3	19	73	11	65	38	1	0	59	1.07
24953391--24953489	50	1.9	53	84	12	134	40	1	1	57	1.12
24953400--24953453	18	2.9	18	71	12	56	38	0	0	61	0.96
24954199--24954242	23	2.1	20	84	16	54	54	0	0	45	0.99
24959357--24959382	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
24968394--24968461	29	2.4	29	78	11	77	44	0	0	55	0.99
24968407--24968476	29	2.4	29	80	7	79	45	0	0	54	0.99
24973127--24973198	33	2.2	33	87	0	99	31	44	6	16	1.74
24973085--24973246	81	2.0	81	82	0	198	27	47	5	19	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24973178--24973486	96	3.2	96	90	0	474	32	45	4	17	1.69
24973178--24973629	48	9.4	48	68	5	187	30	44	4	20	1.70
24973313--24973581	144	1.9	143	81	6	328	33	41	4	20	1.72
24973519--24973548	15	2.0	15	93	0	51	20	56	0	23	1.42
24973158--24973626	192	2.4	191	79	2	492	30	44	4	19	1.71
24973544--24973626	27	3.3	27	69	19	79	24	48	3	24	1.67
24973550--24973677	48	2.7	48	80	7	145	26	45	3	25	1.68
24975057--24975311	72	3.5	71	68	15	191	33	46	3	15	1.64
24975034--24975338	144	2.1	144	89	1	468	33	46	3	16	1.64
24975184--24975446	108	2.4	108	93	0	382	33	47	4	15	1.64
24975100--24975537	144	3.0	143	82	7	412	33	46	4	15	1.65
24975396--24975491	36	2.7	36	81	3	113	29	50	3	17	1.62
24975043--24975698	252	2.6	252	93	0	1078	33	46	4	15	1.66
24975432--24975705	108	2.5	108	96	0	503	33	46	4	15	1.67
24975288--24975590	144	2.1	144	91	1	482	32	47	4	15	1.65
24975697--24976499	48	16.7	48	73	6	473	27	47	2	21	1.64
24975798--24975878	27	3.2	27	71	20	93	23	50	2	23	1.61
24975802--24976499	48	14.5	48	75	7	490	26	48	2	22	1.63
24976234--24976552	144	2.2	144	80	3	347	27	48	3	21	1.66
24975802--24976551	192	3.9	193	78	5	763	27	48	3	21	1.65
24976529--24976607	30	2.8	27	76	10	77	30	51	1	16	1.52
24976570--24976697	48	2.7	48	85	2	168	25	52	2	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24976585--24976700	48	2.4	48	86	0	169	24	51	2	21	1.60
24985553--24985815	76	3.6	74	77	13	233	35	9	13	41	1.78
24985650--24985777	63	2.0	63	93	0	220	33	10	13	42	1.79
24985586--24985840	139	1.8	139	88	1	395	31	9	15	43	1.78
24994082--24994111	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
24994587--24994682	33	2.9	33	72	6	86	32	26	20	20	1.98
24994667--24994861	33	5.9	33	87	0	219	29	31	17	20	1.96
24995621--24995664	6	7.3	6	89	0	61	18	9	54	18	1.69
25022060--25022111	25	2.2	23	82	6	59	57	0	1	40	1.10
25038234--25038269	18	1.9	19	88	5	56	58	2	5	33	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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