genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267855--2267888	17	1.9	18	94	5	61	44	0	0	55	0.99
2282443--2282489	23	2.0	23	84	8	60	51	19	8	21	1.73
2287458--2287503	23	2.0	24	86	4	67	19	6	0	73	1.04
2287633--2287675	10	4.2	10	83	16	52	27	0	0	72	0.85
2287635--2287675	17	2.4	17	83	0	55	26	0	0	73	0.84
2287634--2287708	23	3.1	23	77	18	73	22	4	0	73	1.00
2287655--2287710	26	2.2	26	81	12	71	17	5	0	76	0.96
2287355--2287762	205	2.0	206	97	1	766	30	9	6	52	1.60
2287958--2288015	28	2.0	29	80	9	66	27	5	0	67	1.12
2288012--2288050	15	2.6	16	84	12	55	20	0	5	74	1.01
2288387--2288420	17	1.9	18	88	5	52	20	0	5	73	1.04
2297611--2297652	15	2.9	14	89	7	57	16	14	0	69	1.20
2297611--2297652	7	5.7	7	83	10	57	16	14	0	69	1.20
2297611--2297652	22	1.9	22	85	9	59	16	14	0	69	1.20
2306279--2306321	21	2.0	22	90	4	70	39	0	2	58	1.11
2319015--2319051	18	2.1	18	100	0	74	48	18	21	10	1.78
2339276--2339321	24	1.9	24	91	8	76	41	17	13	28	1.86
2339966--2340098	47	2.8	47	81	4	153	27	12	22	38	1.89
2339954--2340127	26	7.1	26	74	12	125	27	11	21	39	1.88
2340131--2340229	23	4.3	23	84	0	126	23	11	28	37	1.89
2340107--2340207	46	2.2	46	87	1	141	24	11	27	35	1.91
2339932--2340191	120	2.2	117	81	6	281	25	11	23	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2340249--2340308	21	2.8	21	75	10	59	48	18	10	23	1.78
2341042--2341107	27	2.4	27	87	5	87	33	13	13	39	1.84
2342803--2342884	22	3.7	22	82	6	85	23	7	20	48	1.74
2342914--2343072	83	1.9	83	82	7	198	22	11	25	40	1.88
2343072--2343159	21	4.1	21	83	4	86	37	26	13	22	1.91
2343086--2343164	21	3.7	21	89	1	113	35	25	13	25	1.93
2346450--2346519	34	2.1	34	91	0	113	41	7	14	37	1.73
2353478--2353531	27	2.0	27	92	0	90	25	18	11	44	1.83
2361551--2361592	22	1.9	22	85	0	57	23	14	21	40	1.90
2361610--2361696	23	3.8	24	75	13	85	35	26	11	26	1.90
2361610--2361696	45	1.9	46	86	6	124	35	26	11	26	1.90
2361612--2361957	26	14.6	25	77	13	231	34	26	13	24	1.93
2361658--2361931	69	3.9	69	78	11	286	34	27	14	24	1.94
2361793--2361971	95	1.9	95	94	2	315	36	25	13	24	1.92
2361823--2361955	69	1.9	67	87	7	158	36	23	14	25	1.92
2361942--2361999	21	2.8	21	89	0	89	34	31	15	18	1.93
2376782--2376824	15	2.7	16	85	7	52	25	4	0	69	1.07
2405503--2405534	16	2.0	16	93	0	55	37	9	37	15	1.80
2408403--2408458	29	1.9	29	85	0	76	30	7	7	55	1.54
2408401--2408469	29	2.4	28	80	9	75	28	7	5	57	1.49
2410009--2410045	19	1.9	19	89	10	58	59	8	5	27	1.48
2412662--2412826	81	2.0	81	100	0	330	28	22	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415365--2415400	7	5.1	7	100	0	72	41	13	44	0	1.44
2418771--2418896	35	3.6	35	80	0	126	46	16	14	22	1.83
2418760--2418894	70	1.9	70	83	0	171	48	14	14	22	1.81
2420370--2420395	12	2.2	12	100	0	52	57	15	7	19	1.62
2423580--2423631	22	2.4	22	84	12	63	23	25	30	21	1.99
2431632--2431670	12	3.2	12	96	3	69	17	33	0	48	1.48
2433023--2433325	102	3.0	101	73	1	284	23	19	12	44	1.84
2434265--2434314	18	2.8	18	81	0	64	34	22	20	24	1.97
2438014--2438140	35	3.6	35	86	0	146	50	15	14	18	1.78
2438837--2438931	47	2.0	47	95	0	172	29	22	15	32	1.95
2446358--2446671	156	2.0	156	86	3	436	33	24	9	32	1.87
2447423--2447476	26	2.1	26	100	0	108	37	25	3	33	1.74
2450436--2450473	20	1.9	20	94	0	67	42	10	0	47	1.38
2455836--2455871	16	2.2	17	90	9	58	11	0	13	75	1.06
2462569--2462627	23	2.5	23	88	2	82	38	0	10	50	1.36
2462814--2462853	15	2.5	16	88	8	55	52	5	0	42	1.23
2472129--2472190	28	2.2	29	85	2	81	35	16	16	32	1.91
2472580--2472628	17	3.0	17	69	19	50	65	0	6	28	1.16
2472581--2472645	15	4.1	15	72	16	51	61	1	6	30	1.29
2473461--2473602	34	4.1	33	80	12	167	41	10	16	31	1.82
2474689--2475404	355	2.0	355	87	0	1038	38	11	12	37	1.79
2479644--2479695	28	1.9	27	84	7	70	28	19	19	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2479749--2479786	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
2481382--2481440	26	2.3	26	79	5	66	1	28	3	66	1.18
2482971--2483004	12	3.1	11	91	8	52	82	0	17	0	0.67
2483084--2483130	22	2.2	20	85	7	58	48	0	2	48	1.13
2483084--2483131	20	2.3	21	85	7	62	47	0	2	50	1.12
2484143--2484197	27	2.1	25	83	6	65	76	3	18	1	1.02
2488392--2488460	35	2.0	35	91	0	111	43	23	11	21	1.85
2492959--2492986	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2497941--2497980	19	2.1	19	100	0	80	30	30	5	35	1.79
2498395--2498433	16	2.4	16	82	0	51	35	20	20	23	1.96
2504047--2504082	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
2504358--2504422	2	32.0	2	90	3	76	44	0	1	46	1.13
2505224--2505265	16	2.7	16	81	3	50	45	0	7	47	1.30
2507428--2507458	16	1.9	16	100	0	62	48	6	38	6	1.55
2514060--2514115	21	2.6	22	91	2	96	26	8	14	50	1.72
2514060--2514129	21	3.3	20	80	9	77	32	7	11	48	1.66
2514799--2514868	28	2.5	28	83	0	95	35	11	20	32	1.88
2514799--2514877	28	2.8	28	77	7	88	36	11	18	32	1.87
2521618--2521667	25	2.0	25	96	0	91	38	16	14	32	1.88
2526569--2526608	15	2.7	15	88	7	55	40	0	0	60	0.97
2527451--2527483	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2527907--2529033	433	2.6	432	93	1	1943	33	10	13	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2536928--2536974	21	2.2	21	96	0	85	17	14	29	38	1.89
2550969--2551028	30	2.0	30	93	0	102	31	11	3	53	1.53
2552840--2552915	7	11.1	7	76	16	70	81	1	15	1	0.82
2552843--2552908	11	6.6	10	77	18	66	83	0	15	1	0.72
2552840--2552915	13	5.7	12	79	14	62	81	1	15	1	0.82
2552846--2552902	20	2.9	19	82	17	80	84	0	14	1	0.71
2552846--2552908	8	7.9	8	83	11	53	84	0	14	1	0.71
2552838--2552916	11	7.8	10	73	17	56	79	1	17	1	0.86
2552843--2552916	22	3.7	20	84	10	89	81	1	16	1	0.84
2553527--2553559	7	4.9	7	85	7	50	72	0	0	27	0.85
2553510--2553591	28	3.0	27	77	13	78	75	3	1	19	1.02
2553554--2553580	8	3.4	8	100	0	54	77	11	0	11	0.99
2555545--2555621	28	2.8	28	97	0	145	32	16	23	27	1.96
2557723--2557774	18	3.1	18	75	10	56	40	0	1	57	1.10
2557755--2557806	21	2.6	20	75	6	52	42	5	0	51	1.25
2563197--2563496	59	5.1	59	82	3	361	34	12	17	35	1.87
2563204--2563498	119	2.5	118	86	2	394	34	11	17	36	1.87
2563727--2563760	18	1.9	18	88	5	52	79	2	0	17	0.86
2564021--2564078	18	3.2	17	77	18	55	75	13	6	3	1.13
2564225--2564263	16	2.4	16	91	0	60	61	0	38	0	0.96
2564301--2564376	13	5.9	12	76	17	73	80	1	18	0	0.79
2564301--2564376	6	11.8	6	77	17	73	80	1	18	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2564301--2564374	20	3.8	19	78	16	80	81	1	17	0	0.77
2564650--2564696	16	3.1	15	81	6	51	70	2	2	25	1.10
2564628--2564670	21	2.1	21	86	4	61	76	0	6	16	0.99
2564706--2564735	15	1.9	16	93	6	53	76	0	3	20	0.92
2564706--2564768	27	2.4	25	77	15	65	76	0	6	17	0.99
2564934--2564975	13	3.2	13	80	6	50	71	0	0	28	0.86
2577391--2577424	14	2.3	15	90	10	52	61	14	11	11	1.56
2581476--2581565	26	3.5	26	78	14	96	34	13	8	43	1.75
2581467--2581566	52	1.9	52	83	4	130	32	15	10	43	1.79
2589186--2589216	14	2.1	15	94	5	55	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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