genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   

This is table  62  of  82  ( 9773 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22242140--22242189	23	2.2	22	82	3	55	30	6	24	40	1.79
22242201--22242252	22	2.4	22	83	0	68	51	25	1	21	1.57
22242260--22242320	22	2.8	22	76	0	59	49	18	8	24	1.74
22245725--22245852	66	1.9	66	96	0	238	26	14	14	43	1.85
22245848--22245918	33	2.2	33	86	0	97	28	12	23	35	1.92
22251325--22251349	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
22252585--22252621	9	4.3	9	83	10	51	48	2	0	48	1.15
22252585--22252621	17	2.2	17	90	0	56	48	2	0	48	1.15
22261753--22262159	203	2.0	205	81	10	483	45	4	6	43	1.51
22262240--22262292	19	2.8	19	75	13	56	49	0	3	47	1.19
22267673--22267993	160	2.0	160	98	0	624	36	18	14	30	1.91
22272941--22272975	18	1.9	18	88	0	52	11	37	17	34	1.85
22278311--22278338	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
22281747--22281792	18	2.5	19	82	7	58	52	0	8	39	1.33
22283813--22283883	33	2.2	33	81	0	79	18	40	9	30	1.83
22286827--22286940	31	3.5	31	67	15	84	40	18	12	28	1.87
22286823--22286957	69	2.0	66	88	4	198	40	16	13	30	1.87
22310319--22310388	30	2.3	30	87	4	97	32	4	8	54	1.50
22314624--22314714	2	48.0	2	86	10	120	50	0	2	46	1.13
22318579--22318628	25	2.0	26	84	11	68	32	2	2	64	1.16
22325049--22325102	18	3.2	17	82	10	67	64	0	0	35	0.94
22326051--22326133	2	42.5	2	86	13	120	49	0	48	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22326051--22326133	37	2.2	37	91	4	132	49	0	48	2	1.14
22333287--22333312	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
22333374--22333416	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
22334235--22334269	17	1.9	19	88	11	56	5	0	25	68	1.11
22334805--22334851	12	4.1	12	78	10	53	72	2	4	21	1.12
22335185--22335244	31	1.9	31	89	0	93	28	15	8	48	1.73
22335231--22335372	72	2.0	72	81	4	171	30	16	15	37	1.90
22335495--22335614	59	2.0	60	86	1	170	33	9	12	45	1.74
22336793--22336832	19	2.0	21	90	9	66	60	0	0	40	0.97
22336968--22337108	27	5.2	27	78	6	133	40	9	17	31	1.83
22336968--22337140	54	3.2	54	74	6	145	41	10	16	31	1.83
22337098--22337151	27	2.0	27	85	0	72	44	11	14	29	1.80
22343978--22344068	29	3.3	28	78	13	82	74	2	4	18	1.09
22343980--22344068	9	9.7	9	72	21	53	74	2	4	19	1.10
22344001--22344068	13	5.0	13	72	19	59	75	1	4	19	1.06
22345859--22345931	31	2.4	31	83	4	85	67	2	2	27	1.18
22357738--22358027	59	4.9	59	88	0	391	34	12	18	34	1.89
22357738--22358027	119	2.4	118	86	0	400	34	12	18	34	1.89
22358283--22358364	20	4.2	20	71	10	64	75	2	4	17	1.08
22358334--22358374	17	2.5	16	88	7	64	82	0	0	17	0.66
22358999--22359080	35	2.2	38	82	6	98	47	13	31	7	1.70
22359552--22359755	10	19.6	10	83	7	255	29	0	18	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22359526--22359781	10	24.9	10	79	6	199	33	1	15	50	1.52
22359546--22359754	42	5.0	42	99	0	409	29	0	18	52	1.46
22360497--22360538	3	14.0	3	90	9	68	69	0	0	30	0.89
22364582--22364682	38	2.6	40	85	6	127	21	17	40	19	1.91
22376806--22376855	16	3.1	15	77	22	57	52	4	2	42	1.31
22377512--22377575	26	2.4	27	81	5	76	23	17	12	46	1.81
22377527--22377576	26	1.9	26	91	0	82	18	20	14	48	1.82
22389487--22389515	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22389530--22389558	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22390517--22390550	12	2.7	13	86	4	52	0	14	0	85	0.60
22391299--22391337	19	2.0	20	90	10	62	56	2	0	41	1.13
22398960--22399000	20	2.2	20	86	8	59	60	9	14	14	1.57
22398960--22398999	19	2.0	20	85	4	55	62	10	12	15	1.54
22400417--22400450	10	3.4	10	91	0	59	41	0	2	55	1.15
22410246--22410299	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
22412252--22412284	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
22412140--22412479	168	2.0	168	97	2	646	31	11	11	45	1.76
22412420--22412454	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
22417956--22417989	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
22427897--22428016	51	2.4	51	90	6	190	45	20	11	22	1.83
22428095--22428136	15	2.9	15	78	3	50	69	0	0	30	0.89
22428091--22428169	33	2.4	33	82	14	85	69	2	0	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22428105--22428173	25	2.7	25	82	8	77	71	2	0	26	1.00
22428125--22428182	25	2.4	24	82	2	71	68	3	0	27	1.05
22428202--22428282	33	2.5	33	83	4	92	69	2	1	27	1.09
22428205--22428298	27	3.2	28	75	17	84	67	2	2	28	1.14
22428224--22428285	33	1.9	33	90	3	99	66	1	1	30	1.11
22428316--22428354	14	2.5	17	80	19	50	61	0	2	35	1.10
22428503--22428543	15	2.7	15	84	0	55	34	21	7	36	1.82
22428925--22429114	70	2.7	70	95	0	326	47	16	3	32	1.63
22430849--22430929	27	3.2	26	76	15	80	49	3	0	46	1.19
22430862--22431349	227	2.2	216	84	8	606	52	2	1	43	1.26
22431181--22431269	27	3.3	27	74	13	85	49	0	1	49	1.08
22431242--22431349	17	7.3	16	72	24	78	56	0	0	43	0.99
22431225--22431348	43	2.9	43	95	1	212	54	0	0	45	0.99
22431288--22431404	43	3.0	38	78	14	98	55	0	1	41	1.16
22431390--22431444	21	2.7	21	83	8	60	58	0	0	40	0.98
22439585--22439625	3	13.7	3	94	0	73	68	0	29	2	1.03
22443362--22443450	44	2.0	45	95	2	162	37	7	16	38	1.78
22447285--22447365	40	2.0	40	87	0	117	46	11	6	35	1.64
22448746--22448824	38	2.1	38	100	0	158	32	27	10	29	1.89
22457743--22457782	20	2.0	20	85	0	53	57	0	0	42	0.98
22457824--22457859	11	3.0	13	80	19	51	50	0	0	50	1.00
22458837--22458889	23	2.3	23	78	15	58	60	1	7	30	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22469844--22469874	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
22488724--22488891	92	1.8	92	88	0	255	35	12	14	37	1.84
22498809--22498844	18	2.0	18	88	0	54	66	0	33	0	0.92
22505631--22505693	23	2.6	25	78	16	71	57	1	0	41	1.08
22516391--22516448	27	2.1	28	83	3	73	43	1	3	51	1.28
22516880--22516907	14	2.0	14	100	0	56	0	7	0	92	0.37
22522052--22522121	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
22526627--22526680	23	2.3	23	84	12	67	50	0	1	48	1.11
22526626--22526697	23	3.3	21	74	14	65	45	1	1	51	1.18
22531207--22531415	78	2.6	80	87	3	280	30	19	15	34	1.93
22533386--22533440	22	2.5	22	78	0	65	41	3	3	50	1.37
22539659--22539727	34	2.2	33	87	10	99	46	7	17	28	1.75
22541562--22541705	77	1.9	77	82	0	180	43	9	11	36	1.72
22542582--22542623	13	3.1	14	86	13	61	59	0	0	40	0.97
22542595--22542640	24	1.9	24	82	8	58	60	0	2	36	1.09
22542631--22542686	20	2.7	21	76	15	71	58	0	1	39	1.08
22542633--22542754	41	3.0	41	75	16	121	52	0	1	45	1.16
22551100--22551385	97	2.9	97	94	0	500	41	11	18	27	1.85
22552702--22552802	48	2.1	48	96	0	184	31	11	38	17	1.86
22553356--22553394	15	2.6	15	83	0	51	82	5	12	0	0.83
22572245--22572439	93	2.2	91	80	9	222	45	7	9	36	1.66
22577895--22577948	21	2.5	21	77	11	56	40	0	1	57	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22581143--22581322	55	3.3	53	82	6	207	13	15	30	41	1.85
22581375--22581449	31	2.4	31	88	4	107	22	17	25	34	1.96
22586549--22586582	16	2.1	16	88	0	50	23	0	0	76	0.79
22586544--22586607	10	5.7	11	73	19	53	23	1	0	75	0.90
22586557--22586627	18	3.6	19	76	14	65	23	2	0	73	0.97
22586522--22586621	32	3.2	31	75	13	89	24	4	1	71	1.10
22586552--22586625	27	2.7	28	74	19	75	24	2	0	72	0.97
22586733--22586774	19	2.2	19	87	8	59	21	2	0	76	0.90
22586849--22586925	3	25.0	3	78	12	68	25	3	1	68	1.14
22589043--22589098	25	2.3	23	87	6	76	0	0	14	85	0.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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