genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7585599--7585855	55	4.7	54	80	2	253	38	18	12	30	1.87
7585606--7585844	82	2.9	82	85	0	298	39	18	10	31	1.85
7590479--7590554	34	2.2	32	81	11	80	11	15	5	67	1.39
7592738--7592908	35	5.1	33	74	12	152	22	14	27	35	1.93
7592741--7592916	67	2.6	67	89	5	261	23	13	27	34	1.93
7598002--7598037	17	2.1	17	89	0	54	36	19	36	8	1.82
7598951--7599129	35	5.3	33	75	12	177	27	14	26	31	1.95
7598931--7599195	67	4.0	67	88	2	356	27	15	25	32	1.95
7603622--7603738	56	2.1	55	88	1	171	41	23	8	26	1.83
7604209--7604325	56	2.1	55	87	1	162	41	23	8	25	1.83
7603379--7604544	587	2.0	587	97	0	2224	35	22	11	30	1.90
7605531--7605773	35	6.9	35	75	6	204	23	24	19	32	1.97
7605533--7605730	105	1.9	105	82	6	249	22	24	20	32	1.98
7606126--7606210	35	2.4	35	84	0	107	25	28	12	32	1.93
7635913--7635950	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
7639183--7639279	49	2.0	49	89	0	149	23	31	16	27	1.96
7639184--7639295	49	2.3	49	85	3	145	25	31	15	27	1.95
7642334--7642498	69	2.4	68	87	4	240	26	40	12	21	1.88
7642542--7642578	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
7651839--7652019	60	3.0	61	88	3	269	22	32	18	26	1.97
7652383--7652412	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
7652683--7652725	18	2.4	18	80	7	52	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7652784--7652852	31	2.2	31	89	0	102	2	40	5	50	1.41
7654935--7654973	19	2.0	19	85	5	51	7	17	10	64	1.48
7655784--7655816	16	2.1	16	88	11	50	0	33	0	66	0.92
7655784--7655822	13	3.1	13	85	7	53	2	30	0	66	1.05
7660661--7660766	42	2.5	43	78	7	101	27	16	32	23	1.96
7660793--7660819	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7661279--7661315	19	1.9	19	88	0	56	32	29	18	18	1.96
7666287--7666504	109	2.0	108	99	0	427	36	5	10	47	1.61
7672973--7673133	29	5.5	29	79	9	175	38	9	11	40	1.74
7672970--7673133	28	5.6	28	79	11	152	39	9	11	39	1.75
7672970--7673134	59	2.9	56	81	8	197	39	9	11	39	1.74
7673285--7673317	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
7675727--7675783	6	9.0	6	80	14	62	1	21	0	77	0.86
7675733--7675783	19	2.6	19	81	12	59	1	21	0	76	0.88
7675710--7675783	26	3.0	25	83	11	89	1	21	1	75	0.95
7679201--7679243	19	2.3	18	88	4	68	44	4	0	51	1.22
7681614--7681653	20	2.0	21	85	5	55	37	10	22	30	1.87
7686593--7686701	46	2.4	46	90	0	173	25	9	33	31	1.87
7687374--7687897	269	2.0	267	98	0	1003	25	20	16	37	1.93
7689383--7689457	31	2.4	31	78	12	82	18	17	5	58	1.57
7689366--7689458	31	3.0	30	74	13	80	18	18	4	59	1.54
7689439--7689513	33	2.2	33	86	6	98	17	18	0	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7689637--7689751	41	2.8	41	95	1	203	38	16	15	29	1.90
7692010--7692049	9	4.4	9	80	0	53	22	37	5	35	1.76
7692008--7692131	63	2.0	63	90	0	194	22	33	12	31	1.91
7692478--7692648	31	5.5	31	91	0	279	26	16	17	38	1.91
7696517--7696906	117	3.3	117	92	1	629	23	19	31	25	1.98
7696784--7696963	86	2.1	85	79	3	191	22	23	28	26	1.99
7699747--7699905	60	2.7	59	87	1	201	33	17	22	27	1.96
7700233--7700292	23	2.6	23	89	0	84	33	38	3	25	1.72
7707996--7708054	3	20.3	3	75	19	54	35	37	1	25	1.66
7707996--7708052	23	2.5	23	91	0	87	35	36	1	26	1.67
7708062--7708180	43	2.8	43	87	2	150	20	33	19	26	1.96
7711230--7711308	31	2.5	31	87	0	122	40	17	17	24	1.91
7712014--7712185	70	2.5	70	86	0	236	23	29	18	28	1.98
7712122--7712177	23	2.4	23	90	0	94	23	30	19	26	1.98
7712191--7712315	58	2.2	58	88	0	178	29	35	11	24	1.90
7712286--7712338	23	2.3	23	93	0	88	24	35	11	28	1.90
7715771--7715804	16	2.1	16	100	0	68	58	0	0	41	0.98
7715776--7715816	16	2.6	16	88	3	57	65	0	0	34	0.93
7715872--7715920	22	2.4	20	83	10	55	46	0	2	51	1.12
7715977--7716004	12	2.3	12	100	0	56	64	0	0	35	0.94
7728858--7728988	43	3.1	43	82	11	139	24	16	36	22	1.94
7728985--7729044	23	2.6	23	94	0	102	23	1	41	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7732500--7732647	39	3.9	39	80	9	164	25	35	13	25	1.93
7733750--7733795	4	11.8	4	82	13	60	0	28	0	71	0.86
7733746--7733800	24	2.2	25	83	6	76	0	30	0	69	0.89
7740672--7740718	24	2.0	24	91	0	76	57	0	10	31	1.33
7740700--7740739	19	2.2	19	86	4	55	50	0	2	47	1.14
7740722--7740751	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
7747874--7747898	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
7747996--7748031	19	1.9	19	94	5	65	52	0	2	44	1.15
7750809--7750849	20	2.1	19	86	4	55	31	17	12	39	1.86
7752563--7752598	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
7753268--7753386	40	3.0	38	78	9	116	21	17	38	22	1.93
7753284--7753386	38	2.6	39	87	3	136	20	18	39	21	1.92
7757030--7757086	29	2.0	29	92	0	96	19	8	21	50	1.74
7757033--7757095	29	2.2	29	85	0	81	22	11	19	47	1.80
7765560--7765679	42	2.9	42	93	0	195	21	19	32	26	1.97
7765717--7765842	2	61.0	2	90	1	171	46	2	3	46	1.34
7770773--7770870	19	5.1	19	63	11	56	22	40	16	20	1.91
7776460--7776535	35	2.1	37	90	4	120	30	32	14	22	1.94
7776492--7776661	73	2.3	73	91	0	259	26	35	13	24	1.93
7776542--7776662	36	3.3	36	67	15	104	26	38	12	22	1.89
7776460--7776615	39	4.2	38	72	14	121	28	33	14	23	1.94
7781234--7781287	27	2.0	27	96	0	99	18	24	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7784389--7784504	58	2.0	57	93	1	196	38	18	8	34	1.81
7796663--7796710	19	2.6	19	83	3	62	37	4	0	58	1.18
7798576--7798607	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
7798606--7798644	20	2.0	19	85	5	51	41	10	15	33	1.81
7798649--7798880	107	2.2	108	89	2	360	19	15	39	25	1.91
7798649--7798880	54	4.3	54	90	2	360	19	15	39	25	1.91
7802087--7802126	18	2.2	19	86	4	55	47	5	15	32	1.66
7805732--7805856	53	2.3	54	90	1	189	21	13	37	27	1.91
7807015--7807077	28	2.2	28	85	0	90	28	7	17	46	1.76
7808536--7808640	38	2.7	39	85	4	142	23	40	15	20	1.91
7812509--7812552	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
7815004--7815035	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
7817136--7817212	37	2.1	37	95	0	136	27	10	37	24	1.88
7819585--7819626	16	2.6	16	84	0	57	16	2	11	69	1.29
7819848--7819884	12	3.3	12	78	21	53	35	16	13	35	1.88
7820941--7821117	68	2.6	68	79	7	189	36	10	18	35	1.85
7823007--7823088	42	2.0	42	87	0	119	20	21	34	23	1.97
7827188--7827288	49	2.1	49	94	0	175	26	14	34	23	1.94
7828982--7829131	72	2.1	72	91	1	239	36	14	16	34	1.88
7829576--7829640	21	3.0	22	80	4	80	49	21	3	26	1.64
7829754--7829820	21	3.2	21	80	0	80	46	17	7	28	1.75
7831327--7831361	18	1.9	19	88	11	56	68	0	28	2	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7831660--7831783	40	3.2	38	72	11	108	29	11	23	36	1.89
7831754--7831848	40	2.4	40	85	3	120	27	16	25	30	1.97
7831790--7831871	38	2.1	39	84	4	103	24	18	23	34	1.96
7834434--7834463	12	2.5	12	94	0	51	0	26	0	73	0.84
7834587--7834645	24	2.5	24	94	0	100	38	28	0	32	1.57
7842050--7842135	35	2.4	35	82	1	100	46	20	20	11	1.82
7842969--7842993	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
7851544--7851583	6	6.7	6	97	0	71	50	0	12	37	1.41
7853102--7853257	79	2.0	79	82	2	188	32	11	24	31	1.91
7853102--7853245	39	3.6	39	85	5	182	33	11	23	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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