genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   

This is table  74  of  82  ( 9773 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27338594--27338655	18	3.4	18	72	14	56	72	0	8	19	1.09
27341594--27341665	27	2.7	27	86	0	108	27	37	13	20	1.91
27347509--27347557	23	2.1	23	82	14	57	42	0	0	57	0.99
27353441--27353471	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27364765--27364795	2	15.5	2	93	0	53	0	48	3	48	1.17
27370012--27370094	36	2.3	36	85	8	116	15	46	3	33	1.63
27374996--27375036	21	2.0	21	90	0	64	14	12	51	21	1.75
27376400--27376476	35	2.2	35	88	0	118	41	22	19	16	1.90
27376444--27376518	26	2.9	26	93	0	132	34	25	22	17	1.96
27383418--27383461	15	2.9	15	79	0	52	29	13	22	34	1.93
27383418--27383485	30	2.3	30	82	5	75	30	17	20	30	1.96
27383648--27383724	35	2.2	35	90	0	127	42	20	19	16	1.89
27383692--27383766	26	2.9	26	97	0	141	36	24	22	17	1.95
27384046--27384115	29	2.4	28	81	9	86	20	27	8	44	1.80
27384335--27384359	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50
27392003--27392032	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27392074--27392103	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27391997--27392138	71	2.0	70	98	1	275	45	7	7	39	1.58
27397970--27398012	18	2.4	18	85	11	61	27	6	25	39	1.81
27397970--27398017	18	2.7	17	84	9	60	29	6	27	37	1.81
27398295--27398332	3	12.7	3	88	0	58	0	5	68	26	1.11
27398675--27398713	6	6.5	6	82	11	53	0	15	64	20	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27403516--27403640	65	1.9	65	88	0	187	39	12	15	32	1.85
27411066--27411095	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27426334--27426369	18	2.0	18	94	0	63	38	13	16	30	1.88
27461593--27461633	18	2.3	18	91	0	64	21	9	14	53	1.70
27461809--27461857	17	2.8	16	81	12	53	26	0	2	71	0.97
27461816--27461905	20	4.7	19	69	19	62	38	0	1	60	1.04
27462620--27462645	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
27472701--27472726	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
27476062--27476104	18	2.5	17	84	3	59	83	0	13	2	0.74
27481288--27481495	69	3.0	69	92	0	326	28	24	14	32	1.94
27498687--27498724	15	2.4	16	82	8	51	39	0	0	60	0.97
27506729--27506779	25	2.1	24	85	3	66	43	0	0	56	0.99
27506884--27506945	26	2.5	24	78	21	65	56	3	1	38	1.25
27507953--27507987	12	2.8	12	86	4	52	5	14	0	80	0.89
27516149--27516189	22	2.0	20	85	9	55	2	29	0	68	1.03
27517464--27517545	38	2.2	38	97	0	155	39	17	18	25	1.92
27520137--27520163	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27525371--27525420	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
27529976--27530004	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
27533040--27533103	31	2.1	29	85	5	83	48	3	0	48	1.17
27561750--27561779	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27563496--27563526	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27564066--27564098	2	17.0	2	87	6	50	45	0	3	51	1.16
27564066--27564099	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
27564067--27564096	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
27567660--27567704	6	7.5	6	92	0	54	0	42	2	55	1.12
27567676--27567707	3	10.7	3	93	0	55	0	37	0	62	0.95
27571126--27571156	16	1.9	16	100	0	62	41	6	0	51	1.27
27571110--27571156	16	2.7	17	87	9	60	38	4	0	57	1.18
27571529--27571575	14	3.2	15	82	11	62	53	0	0	46	1.00
27589272--27589405	68	2.0	68	96	0	250	33	12	20	32	1.91
27592218--27592249	2	16.5	2	93	6	57	0	50	0	50	1.00
27592221--27592246	13	2.0	13	100	0	52	0	46	0	53	1.00
27592219--27592248	15	2.0	15	100	0	60	0	46	0	53	1.00
27592213--27592249	19	1.9	19	94	0	65	0	51	0	48	1.00
27598928--27599048	44	2.9	40	77	9	143	28	19	12	39	1.88
27599949--27599975	14	1.9	14	100	0	54	40	0	44	14	1.46
27606176--27606306	67	2.0	67	100	0	262	43	13	16	25	1.85
27606793--27606822	10	3.0	10	95	0	51	10	13	40	36	1.78
27607612--27607659	26	1.9	24	84	16	62	10	16	4	68	1.33
27612730--27612820	45	2.0	45	93	0	155	43	20	24	10	1.84
27616316--27616767	227	2.0	227	91	1	728	39	16	20	23	1.91
27619694--27619736	6	7.0	6	85	15	61	0	18	0	81	0.69
27622297--27622345	23	2.1	23	81	7	55	57	2	0	40	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27623676--27623738	21	2.9	20	79	11	63	0	50	1	47	1.10
27634589--27634627	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
27635743--27635830	43	2.0	43	97	0	167	23	17	22	36	1.94
27640801--27640863	33	1.9	33	86	0	90	36	3	17	42	1.65
27644689--27644722	17	1.9	17	88	5	50	76	11	2	8	1.12
27645368--27645406	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
27646331--27646368	18	2.1	18	90	9	60	21	5	63	10	1.46
27646767--27646795	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
27669687--27669750	26	2.4	27	79	10	69	34	0	0	65	0.93
27669730--27669796	28	2.4	28	79	2	80	46	0	1	52	1.09
27669781--27669827	24	2.0	24	86	0	67	48	0	2	48	1.13
27678992--27679068	31	2.5	31	79	6	86	19	3	12	63	1.44
27682661--27682703	2	21.5	2	90	0	68	46	2	2	48	1.27
27700548--27700583	18	2.0	18	94	0	63	38	2	22	36	1.69
27703159--27703619	214	2.1	216	84	5	603	46	4	6	42	1.49
27703603--27703657	29	1.9	28	88	3	83	43	3	3	49	1.37
27706471--27706558	30	3.0	29	79	11	76	34	3	2	60	1.26
27706496--27706558	30	2.1	31	84	3	83	31	4	3	60	1.33
27708591--27708642	24	2.2	24	86	3	70	61	1	5	30	1.30
27709821--27709971	27	5.6	27	76	1	122	47	9	3	39	1.54
27709828--27709971	55	2.6	54	80	2	144	47	9	4	38	1.56
27709800--27709987	82	2.3	81	75	2	187	46	8	6	38	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27712872--27712907	18	2.0	18	88	0	54	50	0	50	0	1.00
27713390--27713465	12	6.3	12	80	3	55	48	6	39	5	1.52
27713379--27713447	36	1.9	36	90	0	111	43	10	39	7	1.66
27713404--27713453	24	2.1	24	88	7	75	44	10	38	8	1.68
27713665--27713711	18	2.6	18	86	0	58	40	34	12	12	1.82
27714628--27714659	7	4.6	7	100	0	64	12	0	0	87	0.54
27721339--27721374	4	9.0	4	100	0	72	75	0	25	0	0.81
27723933--27723971	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
27725032--27725470	220	2.0	213	88	3	637	40	10	9	38	1.73
27725984--27726010	5	5.4	5	100	0	54	0	0	81	18	0.69
27728704--27728745	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
27743786--27743838	21	2.5	22	81	6	72	24	7	20	47	1.76
27743890--27743958	26	2.6	27	86	6	106	40	23	10	26	1.86
27744551--27744592	20	2.1	20	100	0	84	33	9	4	52	1.55
27748344--27748370	14	1.9	14	100	0	54	55	0	7	37	1.28
27749758--27749850	37	2.7	33	83	6	114	31	7	50	10	1.65
27750201--27750276	26	2.9	26	94	0	134	39	18	10	31	1.85
27750291--27750353	21	3.0	21	83	4	74	42	23	11	22	1.85
27750481--27750530	19	2.6	19	81	9	57	48	22	8	22	1.76
27759653--27759714	32	1.9	32	90	0	97	43	1	0	54	1.09
27759697--27759730	13	2.6	14	86	13	54	61	5	0	32	1.20
27759877--27759940	33	1.9	33	87	6	94	39	7	7	45	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27764004--27764048	19	2.5	17	82	13	54	4	24	2	68	1.19
27767362--27767399	20	1.9	20	88	0	58	23	2	5	68	1.23
27770147--27770173	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27771535--27771574	6	6.0	7	91	8	50	90	0	10	0	0.47
27772135--27772182	15	3.1	15	81	3	51	47	0	0	52	1.00
27772140--27772199	7	8.9	7	73	12	54	46	0	0	53	1.00
27772174--27772203	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
27778373--27778414	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
27794783--27794841	7	8.0	7	78	16	57	69	0	28	1	0.98
27794767--27794906	40	3.4	40	75	14	149	62	2	34	0	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82