genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14502076--14502106	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
14502074--14502151	22	3.7	22	72	14	67	56	1	0	42	1.07
14502092--14502166	25	3.0	25	81	7	82	58	1	0	40	1.06
14502108--14502169	33	2.0	33	84	9	85	58	1	0	40	1.08
14502406--14502458	26	2.0	26	92	7	90	47	3	0	49	1.19
14502529--14502578	27	2.0	26	84	11	68	44	4	2	50	1.32
14514158--14514183	12	2.2	12	100	0	52	50	7	42	0	1.31
14517268--14517468	102	2.0	102	93	0	348	38	21	8	31	1.83
14525798--14525832	17	2.0	17	88	5	52	71	2	0	25	1.00
14538335--14538435	51	2.0	50	100	0	193	41	7	13	35	1.74
14540607--14541040	49	8.6	49	80	9	417	22	1	19	56	1.48
14540746--14540836	20	5.2	19	67	26	58	23	0	17	59	1.38
14540916--14540942	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
14540893--14541010	60	2.0	60	84	3	157	13	0	27	58	1.36
14541438--14541491	23	2.3	23	87	3	72	44	0	3	51	1.19
14549140--14549207	33	2.1	33	83	8	86	66	0	32	1	1.01
14549144--14549212	24	2.8	24	73	16	61	65	0	33	1	1.02
14549225--14549371	62	2.4	61	82	10	172	53	3	40	3	1.35
14549474--14549508	15	2.4	14	86	9	52	65	2	31	0	1.07
14550103--14550282	60	3.0	60	83	4	202	28	19	29	22	1.98
14551963--14552023	2	32.5	2	82	12	76	50	0	1	47	1.10
14551970--14552026	29	2.0	29	92	0	96	49	0	1	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14552000--14552410	214	1.9	208	84	3	545	41	7	4	45	1.54
14553953--14553977	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14559063--14559115	20	2.7	20	88	2	72	18	5	26	49	1.70
14559166--14559249	34	2.4	34	90	5	125	40	0	2	57	1.12
14560117--14560178	22	2.8	23	72	16	67	40	0	3	56	1.15
14560192--14560264	16	4.7	15	75	18	69	53	1	1	43	1.17
14560193--14560269	23	3.3	23	71	12	68	53	2	1	42	1.23
14570763--14570811	15	3.2	15	82	8	55	40	4	2	53	1.32
14577932--14577972	19	2.2	19	91	4	66	17	4	0	78	0.93
14577921--14577974	18	3.0	18	82	12	67	18	5	1	74	1.11
14580395--14580420	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
14584239--14584288	4	12.0	4	79	8	55	52	6	0	42	1.26
14584245--14584288	8	5.4	8	86	5	61	52	6	0	40	1.28
14584178--14584442	82	3.1	82	63	18	203	44	4	7	42	1.51
14584239--14584288	25	2.0	25	96	0	91	52	6	0	42	1.26
14584245--14584288	17	2.7	16	89	6	70	52	6	0	40	1.28
14584422--14584474	8	6.5	8	79	12	54	49	5	1	43	1.37
14584430--14584482	25	2.1	26	92	3	90	49	5	1	43	1.37
14584137--14584519	177	2.2	173	87	10	544	46	3	6	42	1.48
14586449--14586473	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
14587987--14588024	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
14593075--14593121	23	2.0	23	83	0	58	19	10	8	61	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14595943--14595972	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
14597635--14597927	42	6.9	42	84	3	338	19	20	33	26	1.96
14597642--14597927	128	2.3	126	81	6	344	18	20	34	26	1.96
14597962--14597992	9	3.3	9	95	4	53	32	0	9	58	1.31
14598803--14598849	20	2.3	20	100	0	94	42	14	0	42	1.46
14620564--14620602	21	1.9	20	84	5	51	38	12	12	35	1.82
14620695--14620826	61	2.2	61	97	0	246	37	15	17	29	1.90
14624350--14624374	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
14626368--14626413	19	2.4	20	82	10	60	56	0	0	43	0.99
14641050--14641091	22	2.0	21	90	4	66	23	16	4	54	1.61
14643823--14643881	26	2.3	26	79	5	66	66	3	28	1	1.18
14646749--14646780	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
14649377--14649569	102	1.9	102	83	2	253	29	27	20	23	1.99
14649501--14649714	117	1.8	117	86	4	315	29	28	19	23	1.98
14653301--14653502	31	6.5	31	91	0	305	37	18	19	24	1.94
14653854--14653977	63	2.0	63	85	0	167	33	11	33	22	1.90
14660782--14660869	31	2.8	31	96	0	158	20	31	21	26	1.98
14660788--14660882	31	3.1	31	89	0	91	23	29	22	25	1.99
14666400--14666437	19	2.0	19	90	10	60	21	28	15	34	1.94
14682746--14682791	19	2.4	19	85	7	58	15	8	15	60	1.57
14695712--14695854	72	2.0	72	94	0	250	28	15	23	32	1.95
14700727--14700871	45	3.2	45	89	1	211	34	19	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14700776--14700854	24	3.4	24	65	10	65	37	22	16	22	1.93
14700852--14700892	21	2.0	21	90	0	64	21	12	26	39	1.89
14703015--14703202	45	4.2	45	80	4	191	33	18	20	28	1.96
14703015--14703207	90	2.1	90	82	5	239	33	18	20	28	1.96
14703193--14703292	29	3.3	29	78	12	80	39	11	12	38	1.78
14703247--14703306	28	2.1	28	81	6	68	41	11	6	40	1.68
14707720--14707763	22	2.0	22	86	8	63	45	22	2	29	1.65
14711407--14711462	6	9.3	6	75	21	55	80	1	0	17	0.80
14711410--14711462	13	4.3	13	71	22	51	81	1	0	16	0.79
14711935--14711968	2	17.5	2	87	6	52	52	0	47	0	1.00
14712640--14712673	2	16.5	2	93	6	59	50	0	2	47	1.16
14725067--14725779	60	12.0	59	86	3	883	33	10	18	37	1.85
14725067--14725775	119	5.9	119	86	3	861	33	10	18	36	1.86
14725986--14726074	6	14.3	6	77	19	78	77	1	1	20	0.90
14725986--14726071	34	2.5	34	81	12	104	76	1	1	20	0.91
14727230--14727270	2	21.0	2	80	14	50	48	0	2	48	1.14
14727227--14727269	13	3.2	13	90	3	68	51	0	2	46	1.13
14727609--14727656	3	15.7	3	87	12	71	66	2	0	31	1.03
14727609--14727668	6	8.3	7	81	18	54	66	1	0	31	1.01
14740003--14740064	22	2.9	22	87	2	81	46	19	8	25	1.77
14740003--14740071	22	3.2	22	85	2	68	47	20	8	23	1.77
14743889--14743961	38	1.9	38	86	5	103	39	13	19	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14748138--14748332	55	3.6	55	84	6	224	20	14	38	26	1.91
14750079--14750140	31	2.0	31	96	0	115	29	20	22	27	1.99
14757276--14757317	16	2.6	16	88	3	57	76	0	11	11	1.03
14771154--14771261	54	2.0	54	98	0	207	47	14	11	26	1.78
14771717--14771775	18	3.2	18	82	4	64	42	28	6	22	1.79
14775518--14775746	36	6.4	35	83	4	154	41	15	6	36	1.73
14775538--14775829	35	8.3	35	82	3	311	43	13	7	35	1.72
14775538--14775829	107	2.8	106	80	4	358	43	13	7	35	1.72
14784222--14784458	119	2.0	118	100	0	465	23	11	38	25	1.89
14784645--14784687	16	2.7	16	96	0	77	32	0	9	58	1.30
14786133--14786211	21	3.7	21	93	1	113	26	15	15	43	1.86
14796377--14796420	22	2.0	22	90	0	70	45	18	4	31	1.69
14800866--14800892	14	1.9	14	100	0	54	66	7	3	22	1.33
14809296--14809341	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
14816034--14816159	61	2.1	58	86	4	171	34	7	26	31	1.83
14817418--14817497	37	2.2	37	83	0	97	45	20	17	17	1.86
14825870--14825929	25	2.4	25	83	5	77	55	13	5	26	1.59
14826406--14826444	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
14838473--14838550	40	2.0	39	92	0	120	38	5	3	51	1.42
14840284--14840328	13	3.5	13	88	11	58	82	13	4	0	0.82
14842739--14842789	19	2.6	19	84	9	59	60	1	9	27	1.39
14843080--14843115	3	12.3	3	88	5	56	66	0	2	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14843840--14843920	33	2.5	33	81	0	81	35	19	13	30	1.91
14854404--14854472	34	2.0	34	82	0	84	30	26	11	31	1.91
14861339--14861382	18	2.4	19	80	3	54	38	4	4	52	1.42
14861347--14861386	18	2.1	19	86	9	55	45	7	5	42	1.54
14861837--14861879	17	2.5	17	96	0	77	34	4	25	34	1.77
14862743--14863153	47	8.8	46	81	4	416	26	18	30	25	1.98
14862890--14862967	23	3.3	23	65	16	61	25	19	32	23	1.98
14862743--14863127	141	2.7	140	85	4	490	26	17	30	25	1.97
14863818--14863989	31	5.5	31	89	1	238	29	15	17	37	1.91
14865171--14865200	5	6.0	5	92	0	51	20	3	20	56	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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