genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2593171--2593203	2	16.0	2	93	6	57	3	48	0	48	1.17
2594517--2594569	27	2.0	27	92	0	88	45	49	3	1	1.31
2595320--2595358	6	6.5	6	84	0	51	35	41	23	0	1.55
2595324--2595358	12	2.9	12	95	0	61	37	40	22	0	1.55
2600579--2600638	28	2.3	26	81	13	77	31	31	15	21	1.94
2603713--2603796	28	3.0	28	96	0	150	61	7	2	28	1.35
2603736--2603787	16	3.5	16	70	20	58	67	5	0	26	1.13
2603722--2603791	10	7.4	10	70	23	62	61	8	0	30	1.26
2603891--2603970	23	3.2	25	63	26	62	38	12	13	35	1.83
2603915--2603993	23	3.3	23	65	22	63	40	6	18	34	1.76
2603809--2604000	97	2.0	96	93	1	330	35	9	18	36	1.83
2603809--2604000	48	4.0	48	95	1	330	35	9	18	36	1.83
2617828--2617966	33	4.1	33	91	5	224	11	30	26	30	1.91
2617828--2617966	36	4.0	36	92	5	218	11	30	26	30	1.91
2617828--2617966	69	2.0	69	95	0	251	11	30	26	30	1.91
2621959--2622002	20	2.3	19	85	11	63	68	0	4	27	1.09
2622298--2622327	2	15.0	2	92	0	51	46	3	50	0	1.18
2640348--2640387	14	2.9	14	92	0	62	30	22	7	40	1.81
2649442--2649470	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2649690--2649782	33	2.8	33	81	0	105	40	12	4	41	1.63
2649836--2649900	30	2.2	30	83	5	78	52	6	6	35	1.51
2649940--2649980	21	1.9	22	85	5	57	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2650464--2650542	38	2.1	38	95	0	140	31	13	24	30	1.94
2652726--2652761	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2653845--2653901	29	2.0	28	83	10	71	29	3	8	57	1.45
2656093--2656127	18	1.9	18	100	0	70	34	17	17	31	1.93
2659873--2659900	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
2659883--2659923	18	2.2	19	83	12	50	36	0	4	58	1.20
2660050--2660089	13	2.9	13	88	7	53	32	5	2	60	1.32
2663831--2663868	20	1.9	20	88	0	58	31	5	21	42	1.75
2667688--2667721	17	1.9	18	94	5	61	26	2	0	70	1.01
2670581--2670643	15	4.1	15	79	2	72	36	6	20	36	1.78
2670862--2671000	31	4.5	31	72	13	99	28	4	0	67	1.09
2670914--2671016	26	3.8	26	73	15	75	27	4	0	66	1.17
2672611--2672676	29	2.3	28	86	5	87	36	6	0	57	1.23
2672611--2672698	31	3.0	29	83	6	106	35	5	0	59	1.21
2675573--2675638	29	2.3	29	86	2	89	28	9	19	42	1.82
2685965--2686615	214	3.0	219	86	3	913	45	5	7	41	1.54
2687371--2687404	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
2693639--2693673	2	17.5	2	87	0	52	54	2	0	42	1.15
2698309--2698349	20	2.1	20	86	4	57	29	0	2	68	1.03
2698321--2698357	19	2.0	20	89	10	60	24	0	2	72	0.97
2702772--2702802	16	1.9	16	93	0	53	48	3	6	41	1.45
2709292--2709326	18	1.9	18	88	0	52	14	22	0	62	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2712509--2712534	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2714402--2714447	22	2.2	22	88	7	69	54	2	0	43	1.12
2720378--2720410	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2728439--2728491	27	2.0	27	100	0	106	49	3	0	47	1.19
2728517--2728584	24	3.0	21	69	20	57	48	0	1	50	1.10
2728532--2728583	22	2.6	19	75	16	59	48	0	1	50	1.12
2732343--2732377	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2733882--2733908	7	3.9	7	100	0	54	0	14	14	70	1.17
2734703--2734731	5	5.8	5	100	0	58	0	20	0	79	0.74
2737206--2737250	20	2.2	20	92	0	72	33	42	22	2	1.66
2741032--2741086	29	1.9	28	82	10	67	23	34	21	20	1.97
2741316--2741360	20	2.2	20	84	7	56	35	40	20	4	1.72
2745632--2745674	16	2.7	15	82	10	50	46	6	0	46	1.30
2745772--2745805	14	2.5	14	85	4	52	61	2	35	0	1.11
2747749--2747778	3	10.0	3	92	0	51	3	0	63	33	1.11
2754205--2754342	54	2.6	54	91	1	215	29	7	7	55	1.56
2754258--2754561	152	2.0	153	83	4	391	31	6	9	52	1.60
2767564--2767718	77	2.0	77	88	0	229	43	9	7	40	1.64
2776103--2776167	28	2.4	27	75	7	78	35	12	13	38	1.83
2776103--2776489	124	3.1	124	76	6	295	41	10	14	34	1.79
2776476--2776714	123	1.9	125	82	11	301	46	8	12	33	1.72
2776692--2776764	27	2.8	27	87	4	87	50	8	4	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776707--2776764	27	2.2	27	93	3	100	55	8	3	32	1.47
2776476--2776758	123	2.3	120	76	15	274	45	9	10	34	1.71
2776962--2776999	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
2790498--2790557	2	30.0	2	86	0	75	48	6	1	43	1.39
2797485--2797521	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2811479--2811519	21	1.9	22	95	5	75	29	0	7	63	1.21
2811845--2811882	16	2.4	16	83	12	51	60	2	2	34	1.24
2813959--2813985	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2837271--2837297	13	2.1	13	100	0	54	7	0	14	77	0.97
2846113--2846153	15	2.7	15	88	7	57	26	4	17	51	1.65
2848809--2849045	65	3.6	65	77	4	199	28	19	17	34	1.95
2851020--2851059	21	1.9	21	89	0	62	30	22	7	40	1.81
2858782--2858871	38	2.4	37	80	10	103	48	21	12	17	1.79
2859068--2859162	33	2.9	33	78	4	102	30	35	9	24	1.87
2861319--2861381	2	31.5	2	90	6	101	47	0	3	49	1.17
2861980--2862015	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
2863309--2863394	27	3.2	27	81	3	75	30	16	27	25	1.97
2863335--2863394	27	2.2	27	85	5	77	31	20	26	21	1.98
2863892--2863961	27	2.6	27	86	0	95	37	24	21	17	1.94
2864515--2864549	14	2.5	14	95	0	61	22	40	0	37	1.55
2865426--2865472	16	2.8	16	87	9	58	38	2	12	46	1.54
2881213--2881237	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2889115--2889147	15	2.2	15	94	0	57	48	0	15	36	1.45
2890052--2890112	28	2.2	28	96	0	113	14	0	34	50	1.43
2890794--2890845	3	17.0	3	92	4	86	69	0	0	30	0.89
2891717--2891809	22	4.3	22	83	2	107	18	8	25	47	1.77
2891821--2891922	23	4.5	23	81	4	102	36	26	11	25	1.90
2891840--2891945	45	2.4	45	80	3	115	37	25	12	24	1.90
2891908--2892005	22	4.5	22	73	7	83	43	22	11	22	1.84
2891912--2892046	22	6.3	21	69	9	67	42	23	11	22	1.86
2892638--2892684	22	2.1	22	84	0	58	21	8	21	48	1.76
2892693--2892740	23	2.0	24	88	4	71	37	27	8	27	1.85
2892703--2892756	23	2.3	23	87	6	74	35	29	9	25	1.87
2892783--2892878	22	4.5	22	72	5	79	45	20	9	23	1.80
2892867--2892933	21	3.2	21	79	8	66	44	22	11	20	1.84
2892789--2892926	64	2.2	64	82	2	161	44	21	10	23	1.84
2899399--2899432	14	2.5	13	86	9	50	79	0	5	14	0.91
2899949--2899979	14	2.2	14	94	0	53	25	0	6	67	1.14
2901075--2901169	48	2.0	48	89	4	147	48	10	21	20	1.79
2914453--2914500	20	2.3	20	73	16	53	43	8	2	45	1.45
2916053--2916109	22	2.6	22	88	0	78	14	12	31	42	1.82
2916913--2916977	22	3.0	22	95	0	112	27	6	27	38	1.80
2917738--2918439	31	22.5	31	79	5	709	22	15	18	38	1.88
2918343--2918390	24	2.0	24	87	0	69	20	18	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2918312--2918422	55	2.0	55	89	0	168	23	18	20	37	1.94
2918281--2918439	86	1.8	86	90	0	255	22	16	22	38	1.92
2923218--2923317	31	3.2	31	92	0	155	26	18	29	27	1.98
2923280--2923482	83	2.4	84	85	2	246	23	21	30	25	1.99
2924951--2925120	81	2.1	81	86	0	232	27	31	19	21	1.97
2924982--2925149	81	2.1	80	78	5	176	28	29	19	22	1.98
2927396--2927475	31	2.6	31	88	2	108	36	21	17	25	1.95
2927460--2927589	23	5.7	23	85	0	170	24	28	21	25	1.99
2927460--2927589	46	2.8	46	88	0	197	24	28	21	25	1.99
2927605--2927788	55	3.4	53	76	6	163	43	29	11	14	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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