genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   

This is table  24  of  82  ( 9773 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8186683--8186797	43	2.7	43	83	0	149	21	34	18	25	1.96
8191223--8191266	22	2.0	22	95	0	79	27	9	25	38	1.86
8194749--8194786	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
8196018--8196043	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
8197340--8197369	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
8197758--8197795	20	1.9	20	94	0	67	28	7	21	42	1.81
8202987--8203046	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
8206921--8206957	5	7.6	5	87	6	58	0	21	0	78	0.75
8207083--8207169	35	2.5	34	77	9	86	25	24	17	33	1.96
8207272--8207350	33	2.4	33	84	2	95	41	31	8	17	1.80
8208950--8208978	14	2.1	14	93	6	51	41	0	13	44	1.44
8213817--8213841	13	1.9	13	100	0	50	16	0	28	56	1.41
8214818--8214911	28	3.4	28	82	8	138	30	14	21	32	1.94
8219403--8219596	66	2.9	66	76	7	187	33	25	12	27	1.93
8225477--8225647	43	3.9	44	83	6	195	24	13	36	25	1.92
8231109--8231228	30	4.0	30	66	22	72	29	20	30	19	1.97
8232937--8233093	34	4.6	35	72	8	108	24	12	26	36	1.90
8232934--8233128	35	5.7	35	73	4	137	25	13	25	35	1.92
8232986--8233120	70	1.9	69	80	1	153	22	16	24	37	1.94
8239419--8239529	43	2.6	43	88	2	161	22	18	38	20	1.93
8239422--8239543	43	2.8	42	82	4	113	22	16	39	21	1.92
8247192--8247295	43	2.4	43	85	3	129	25	19	35	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8247309--8247356	23	2.1	23	84	7	62	27	0	35	37	1.57
8247669--8247760	39	2.4	39	86	0	130	25	16	22	35	1.94
8254219--8254312	39	2.4	39	82	7	111	28	19	25	26	1.98
8255621--8255663	19	2.2	20	95	4	79	34	16	25	23	1.95
8259717--8259756	19	2.0	20	90	4	64	42	2	32	22	1.67
8260750--8260853	35	3.0	35	78	12	117	41	19	5	33	1.75
8265424--8265545	43	2.8	43	81	2	138	27	16	34	21	1.95
8265540--8265595	23	2.4	23	84	0	76	28	5	39	26	1.78
8271142--8271292	76	2.0	75	98	1	293	25	38	14	21	1.91
8271217--8271401	54	3.4	54	90	2	282	25	39	13	20	1.89
8271316--8271480	25	6.3	25	66	10	96	24	41	12	21	1.87
8271316--8271480	79	2.1	79	93	2	278	24	41	12	21	1.87
8271131--8271497	133	2.8	132	83	6	408	25	38	13	21	1.90
8271396--8271504	54	2.0	54	92	0	182	27	35	13	22	1.92
8278603--8278805	108	1.9	107	90	6	329	25	39	13	20	1.90
8278603--8278806	54	3.8	52	87	5	291	25	40	13	20	1.89
8283425--8283518	35	2.6	36	91	6	156	19	13	37	29	1.90
8283755--8283925	73	2.3	74	82	6	195	26	22	21	30	1.98
8289109--8289212	38	2.7	38	81	10	113	22	13	39	25	1.90
8289152--8289215	19	3.3	19	72	8	65	20	10	42	26	1.85
8315791--8315869	35	2.3	35	84	4	97	32	7	31	27	1.85
8317858--8317904	24	2.0	24	100	0	94	31	17	8	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8317854--8317911	24	2.4	24	88	5	91	29	17	12	41	1.85
8330601--8330659	31	1.9	31	89	0	91	15	3	22	59	1.51
8330608--8330674	31	2.2	31	86	0	89	11	5	25	56	1.57
8339233--8339267	16	2.2	16	89	0	52	40	2	8	48	1.49
8354720--8354840	61	2.0	60	98	0	224	29	14	23	30	1.95
8355468--8355496	15	1.9	15	100	0	58	34	13	27	24	1.93
8355806--8356032	106	2.2	106	80	5	246	36	8	12	42	1.73
8355805--8356093	35	8.0	35	77	6	195	37	8	12	41	1.73
8355785--8356033	35	7.2	35	78	6	231	36	7	12	42	1.72
8372403--8372529	64	2.0	63	95	0	218	36	11	24	26	1.90
8373762--8373927	43	3.9	43	85	0	197	21	33	16	28	1.95
8376620--8376730	57	1.9	57	87	3	161	21	16	37	24	1.93
8381668--8381694	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8383358--8383518	80	2.0	80	90	2	252	44	11	16	27	1.82
8385591--8385627	19	1.9	19	94	0	65	48	0	8	43	1.32
8388647--8388815	73	2.3	73	85	2	214	38	14	21	26	1.91
8394031--8394085	10	5.5	10	77	14	60	80	3	16	0	0.86
8394031--8394085	20	2.7	21	77	11	69	80	3	16	0	0.86
8399625--8399814	73	2.6	73	87	1	274	36	15	24	23	1.94
8402593--8402625	17	1.9	17	88	11	50	42	15	3	39	1.62
8402800--8402941	29	4.9	28	84	6	185	37	13	10	38	1.79
8402777--8402941	59	2.8	58	85	4	215	40	11	9	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8417683--8417802	58	2.1	57	90	1	186	35	20	10	34	1.86
8418388--8418494	51	2.1	51	91	1	171	37	12	4	45	1.62
8420374--8420602	107	2.2	106	82	1	280	36	6	13	43	1.71
8420354--8420602	35	7.1	35	79	2	252	36	6	12	44	1.69
8422133--8422166	17	2.0	17	88	11	52	47	11	0	41	1.40
8431408--8431448	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
8431408--8431452	20	2.2	21	84	11	58	55	6	22	15	1.63
8431407--8431454	21	2.2	21	81	3	60	58	6	20	14	1.58
8434226--8434266	20	2.0	20	90	0	64	58	7	0	34	1.26
8448666--8448713	20	2.5	20	82	3	71	47	4	31	16	1.65
8454638--8454796	53	3.0	54	93	1	284	25	40	14	18	1.89
8455685--8455731	20	2.4	19	80	13	51	44	6	31	17	1.73
8464628--8464811	72	2.6	72	92	1	307	39	18	19	22	1.93
8465333--8465444	35	3.3	34	74	14	106	28	11	26	33	1.91
8465313--8465454	67	2.1	67	88	2	205	23	10	27	38	1.88
8465945--8465969	13	1.9	13	100	0	50	32	40	8	20	1.81
8466293--8466332	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
8468127--8468198	35	2.1	34	82	12	85	30	12	26	30	1.93
8473658--8473723	31	2.1	31	88	0	96	21	25	31	21	1.98
8476112--8476166	22	2.5	22	100	0	110	20	29	32	18	1.96
8476474--8476626	42	3.6	42	73	6	139	21	32	20	26	1.98
8481577--8481638	31	2.0	31	96	0	115	38	12	17	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8489488--8489660	67	2.6	67	85	7	228	27	12	24	35	1.92
8489487--8489633	35	4.4	33	75	10	129	25	12	25	36	1.91
8501275--8501315	21	2.0	21	95	0	73	31	14	9	43	1.78
8503986--8504118	43	3.1	43	77	7	144	27	17	33	21	1.96
8504110--8504168	23	2.6	23	97	0	109	23	3	42	30	1.71
8507653--8507820	70	2.4	70	78	3	167	22	22	20	34	1.97
8509450--8509535	39	2.2	39	87	4	120	20	19	24	34	1.96
8510529--8510734	72	2.8	71	87	2	259	28	19	14	36	1.92
8510581--8510697	36	3.3	34	68	22	78	30	22	13	33	1.93
8512181--8512377	73	2.7	73	79	7	197	43	19	16	20	1.88
8520620--8520661	21	2.0	21	85	0	57	33	16	26	23	1.96
8541282--8541322	21	1.9	22	85	5	57	14	24	9	51	1.72
8544872--8545102	29	8.1	28	84	2	264	41	12	12	34	1.80
8544872--8545102	57	4.0	56	81	6	248	41	12	12	34	1.80
8544892--8545104	86	2.5	87	85	0	293	41	11	12	33	1.80
8557611--8557866	43	6.0	43	85	1	334	24	30	19	26	1.98
8560087--8560132	24	1.9	24	86	8	67	50	17	0	32	1.47
8562604--8562672	36	1.9	36	82	11	88	0	34	0	65	0.93
8562600--8562676	20	3.7	20	76	10	73	0	33	0	66	0.92
8564180--8564208	14	2.0	15	93	6	51	20	20	10	48	1.79
8566816--8566851	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8567878--8568003	42	3.0	42	82	9	175	25	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8568760--8568789	12	2.5	12	94	0	51	73	0	26	0	0.84
8570655--8570817	43	3.8	43	80	4	186	25	30	18	25	1.98
8570655--8570814	86	1.9	86	86	2	232	25	30	18	25	1.98
8571766--8571803	16	2.4	16	82	8	51	2	15	0	81	0.80
8573686--8573895	54	3.9	54	92	0	348	24	40	14	20	1.90
8574973--8575064	34	2.7	34	83	5	105	27	28	4	40	1.75
8582520--8582565	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
8582525--8582565	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
8583458--8583610	54	2.8	54	95	2	272	24	40	13	20	1.89
8584693--8584774	34	2.4	35	82	13	107	29	28	2	40	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82