genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   

This is table  58  of  82  ( 9773 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20987468--20987590	64	1.9	64	80	3	140	21	16	23	39	1.92
20987425--20987635	98	2.2	96	80	6	237	20	16	24	37	1.93
20988616--20988644	14	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
20991537--20991632	22	4.4	22	77	5	95	19	11	27	41	1.86
20991537--20991632	44	2.2	44	83	3	113	19	11	27	41	1.86
20991657--20991773	22	5.3	22	81	1	117	44	24	7	23	1.79
20991693--20991797	22	4.8	22	86	0	93	43	23	8	23	1.81
20991657--20991795	44	3.1	44	75	1	107	43	24	7	23	1.80
20991897--20992022	60	2.1	60	88	2	182	39	17	7	34	1.79
20992012--20993875	630	3.0	628	93	1	3111	35	13	18	31	1.91
20993814--20993987	55	3.2	55	94	0	294	45	21	9	22	1.81
20994661--20994716	29	1.9	29	82	13	71	62	3	5	28	1.34
20994710--20994746	19	1.9	19	94	0	65	35	0	5	59	1.20
20995076--20995299	113	2.0	113	94	0	394	25	20	18	35	1.95
20999233--20999308	28	2.7	27	80	9	82	38	18	18	25	1.93
21012443--21012475	17	2.0	17	88	5	50	45	6	9	39	1.61
21013298--21013348	24	2.3	21	83	12	66	3	13	5	76	1.11
21013502--21013564	25	2.6	25	80	9	69	50	0	0	49	1.00
21013516--21013598	35	2.4	33	74	11	78	54	0	0	45	0.99
21013568--21013615	20	2.3	21	79	13	55	62	2	0	35	1.07
21014685--21014716	15	2.2	15	94	5	57	43	3	6	46	1.44
21016103--21016135	11	2.7	13	81	18	52	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21018045--21018082	18	2.1	18	95	0	67	36	13	15	34	1.87
21018149--21018200	16	3.2	16	84	15	72	21	0	0	78	0.74
21018150--21018205	9	6.8	8	84	8	51	19	0	0	80	0.71
21018154--21018234	42	2.1	40	84	13	107	22	1	0	76	0.86
21018149--21018191	4	11.0	4	85	14	63	23	0	0	76	0.78
21031952--21032011	24	2.5	24	94	0	102	13	23	8	55	1.65
21033072--21033230	51	3.1	51	88	1	239	32	16	18	32	1.94
21033431--21033518	24	3.5	24	78	7	79	60	10	1	28	1.37
21033443--21033519	24	3.2	24	79	3	93	59	10	0	29	1.30
21033562--21033610	23	2.3	19	78	21	53	79	0	8	12	0.93
21036534--21036599	20	3.2	20	75	10	60	31	1	10	56	1.43
21036553--21036599	22	2.1	22	84	0	58	29	2	10	57	1.44
21036633--21036678	22	2.1	22	83	0	56	36	6	15	41	1.73
21037332--21037410	36	2.3	34	85	8	99	29	12	27	30	1.93
21038693--21038730	19	2.0	19	89	0	58	31	0	26	42	1.56
21040103--21040127	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21041327--21041372	15	3.1	15	87	0	65	26	2	17	54	1.54
21041407--21041439	14	2.3	15	94	5	59	39	0	21	39	1.53
21041408--21041447	19	2.1	19	90	0	62	35	2	25	37	1.69
21041407--21041439	5	6.8	5	93	6	59	39	0	21	39	1.53
21046901--21046925	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21048871--21049215	172	2.0	170	83	6	435	26	19	7	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21058304--21058425	63	1.9	63	84	0	163	24	28	12	34	1.92
21058655--21058784	44	2.8	46	80	9	149	30	13	19	37	1.89
21058653--21058766	22	5.0	22	79	8	113	28	14	17	39	1.89
21058652--21058783	23	5.8	22	77	8	122	30	12	19	37	1.90
21064520--21064655	71	1.9	71	89	0	209	40	2	16	39	1.64
21065074--21065130	21	2.7	21	73	10	62	29	22	26	21	1.99
21065036--21065193	42	3.8	42	74	3	122	26	18	24	29	1.98
21065170--21065219	21	2.4	21	83	6	66	24	24	26	26	2.00
21067541--21067601	24	2.5	24	94	0	104	21	22	31	24	1.98
21068482--21068702	91	2.4	91	79	4	212	30	13	29	27	1.94
21068288--21068739	31	14.4	31	74	8	297	30	13	29	26	1.94
21070088--21070263	81	2.2	81	79	2	192	25	26	20	28	1.99
21072604--21072711	31	3.5	32	83	5	141	36	16	15	31	1.91
21073334--21073423	23	3.9	23	83	2	110	24	30	18	26	1.98
21073346--21073546	46	4.3	47	74	5	131	24	34	13	26	1.93
21073508--21073570	24	2.7	24	85	2	74	22	30	19	28	1.98
21073571--21073783	23	9.3	23	72	9	141	24	34	12	28	1.92
21073808--21073879	23	3.1	23	81	0	90	23	40	11	25	1.87
21073812--21073887	23	3.3	23	83	0	89	23	38	10	27	1.88
21078688--21078769	32	2.5	32	84	5	94	41	7	12	39	1.70
21082900--21082953	28	1.9	28	85	7	74	59	12	3	24	1.50
21084126--21084167	20	2.1	20	86	8	59	45	4	4	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21093740--21093785	22	2.0	23	91	4	76	23	58	2	15	1.48
21097057--21097115	27	2.1	28	90	3	93	33	8	37	20	1.83
21101746--21101793	23	2.1	23	88	0	69	47	2	37	12	1.53
21101887--21101954	34	2.0	34	85	0	91	44	2	14	38	1.61
21102564--21102620	27	2.1	27	90	0	87	38	28	19	14	1.90
21106175--21106228	19	2.8	19	91	2	81	50	1	46	1	1.23
21111679--21111745	27	2.4	27	95	2	116	50	7	7	34	1.58
21113515--21113553	19	2.0	20	85	5	53	46	20	5	28	1.72
21116008--21117541	767	2.0	767	99	0	3032	33	15	17	33	1.92
21118907--21118961	20	2.9	19	76	12	53	70	1	5	21	1.16
21119810--21119853	23	1.9	23	85	0	61	52	0	2	45	1.13
21119817--21119877	31	2.0	31	87	6	88	54	0	1	44	1.10
21122978--21123026	25	2.0	25	83	0	62	73	2	20	4	1.10
21124297--21124333	15	2.6	14	91	4	56	13	18	0	67	1.23
21124301--21124333	14	2.3	15	89	5	50	15	18	0	66	1.25
21140325--21140366	19	2.2	19	86	0	57	16	4	33	45	1.69
21147070--21147101	4	8.0	4	92	0	55	25	28	0	46	1.53
21152933--21152962	15	1.9	16	93	6	53	50	3	0	46	1.18
21152921--21152968	19	2.6	17	81	9	51	50	2	0	47	1.12
21153620--21153654	3	11.7	3	87	0	52	28	0	5	65	1.15
21154949--21155579	338	1.9	341	87	3	941	33	10	7	47	1.67
21156893--21157078	92	2.0	91	97	1	354	46	9	5	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21157335--21157403	27	2.6	27	73	17	63	43	1	4	50	1.30
21157638--21157692	26	2.2	26	90	3	85	7	21	0	70	1.11
21157689--21157716	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
21166712--21166738	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
21168698--21168754	11	5.2	11	72	8	53	49	1	1	47	1.22
21168698--21168750	22	2.4	22	87	6	72	50	1	1	45	1.23
21168693--21168770	22	3.6	21	80	13	70	47	2	1	48	1.23
21168719--21168770	21	2.4	22	84	9	63	48	1	0	50	1.12
21175229--21175345	56	2.1	56	82	3	137	38	29	2	29	1.70
21182216--21182255	16	2.4	17	84	16	57	40	2	0	57	1.12
21185848--21185878	16	2.0	16	93	6	55	0	9	0	90	0.46
21188181--21188231	23	2.1	25	85	7	70	62	1	0	35	1.06
21192886--21192961	39	2.0	37	84	5	98	51	2	0	46	1.15
21193063--21193101	18	2.1	19	85	9	53	46	5	0	48	1.24
21197181--21197289	23	4.6	26	78	18	103	23	11	28	35	1.91
21197205--21197309	23	4.6	23	88	7	144	23	13	29	33	1.93
21197205--21197308	46	2.3	46	90	8	160	24	13	29	32	1.93
21197319--21197397	22	3.6	22	77	3	88	46	21	8	22	1.79
21197319--21197409	22	4.2	22	77	2	67	45	19	10	24	1.83
21198849--21198970	32	3.8	32	77	11	122	25	13	27	32	1.94
21198840--21199017	35	5.3	35	72	18	128	28	14	26	31	1.94
21198840--21198997	67	2.4	66	89	5	237	25	13	27	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21203613--21203648	18	1.9	18	88	5	54	30	11	16	41	1.83
21204812--21205051	35	7.1	35	72	15	202	26	12	26	33	1.93
21204812--21205034	67	3.3	67	90	1	342	25	12	27	34	1.92
21204821--21205014	32	5.9	32	75	8	167	25	13	26	34	1.93
21206261--21206301	21	2.0	21	100	0	82	26	14	14	43	1.84
21208527--21208642	43	2.7	43	82	5	144	40	13	35	10	1.79
21212032--21212227	16	12.4	16	74	15	142	48	2	2	47	1.25
21212074--21212219	8	18.0	8	66	13	66	51	0	2	45	1.20
21212074--21212227	31	5.0	31	75	15	140	50	0	2	46	1.20
21212153--21212229	8	9.8	8	72	13	70	45	0	1	53	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82