genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1419513--1419537	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
1421646--1421779	67	2.0	67	86	2	189	38	16	14	29	1.89
1440303--1440583	153	1.8	153	90	0	454	39	20	11	29	1.87
1448613--1448643	14	2.2	14	94	0	53	83	0	0	16	0.64
1459490--1459620	51	2.6	51	78	7	131	35	16	16	31	1.92
1464288--1464369	32	2.6	32	82	1	112	71	7	9	10	1.30
1464288--1464373	16	5.4	16	67	6	59	70	8	9	11	1.33
1468153--1468280	25	5.1	26	68	17	65	53	0	5	41	1.24
1468204--1468280	24	3.1	24	71	19	68	54	0	3	41	1.19
1479175--1479234	31	1.9	31	83	12	79	36	8	1	53	1.41
1484734--1484764	15	2.1	15	93	0	53	3	3	6	87	0.75
1487944--1488012	30	2.3	30	90	5	104	8	27	31	31	1.87
1487944--1488024	30	2.7	30	86	3	83	9	29	27	33	1.89
1488948--1489037	47	1.9	47	95	0	162	33	7	12	46	1.70
1492682--1492741	21	2.9	21	77	5	68	20	13	25	41	1.88
1492689--1492752	21	3.0	21	81	0	65	23	10	21	43	1.84
1492731--1493014	26	11.6	26	76	12	269	24	11	26	38	1.89
1492731--1493032	74	4.1	74	84	5	382	24	11	26	37	1.90
1492731--1493055	48	6.7	48	76	14	253	24	11	26	37	1.89
1493067--1493171	22	4.9	22	80	4	79	47	20	7	24	1.76
1493099--1493196	38	2.5	39	80	12	94	47	22	6	23	1.73
1498726--1498789	30	2.1	30	91	0	101	9	29	28	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1498739--1498805	30	2.2	30	83	0	80	8	35	20	34	1.84
1517427--1517477	22	2.4	22	81	15	63	47	0	0	52	1.00
1518985--1519022	17	2.2	18	85	4	51	42	0	0	57	0.98
1524204--1524278	3	25.0	3	93	0	123	29	0	2	68	1.04
1526538--1526562	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
1531905--1532031	69	1.9	66	88	4	191	37	23	15	22	1.93
1532271--1532721	57	8.0	57	89	3	646	30	29	16	23	1.96
1532271--1532721	111	4.0	111	89	6	624	30	29	16	23	1.96
1532271--1532707	168	2.6	170	90	2	650	30	28	16	23	1.96
1533305--1533425	60	2.0	60	100	0	242	16	30	19	33	1.94
1548072--1548245	85	2.0	85	83	2	215	37	11	9	40	1.74
1550552--1550589	16	2.4	17	82	13	53	34	0	0	65	0.93
1551101--1551151	15	3.4	15	81	7	50	3	41	1	52	1.31
1557861--1557913	27	2.0	27	88	0	79	45	0	1	52	1.11
1557861--1557923	22	2.5	26	85	12	80	47	0	1	50	1.10
1557882--1557951	14	5.3	12	73	21	52	42	1	0	55	1.08
1557853--1557931	22	3.4	22	75	14	77	41	0	2	55	1.13
1564725--1564762	20	1.9	20	88	0	58	50	10	2	36	1.51
1566255--1566325	28	2.5	28	88	0	106	45	8	16	29	1.77
1566643--1566700	24	2.5	22	74	17	55	27	3	10	58	1.47
1570511--1570547	16	2.2	17	86	13	51	37	0	27	35	1.57
1575046--1575089	17	2.6	17	100	0	88	18	9	11	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1577770--1577893	42	3.0	42	92	0	212	21	21	33	22	1.97
1578129--1578190	26	2.4	26	94	0	106	24	3	40	32	1.71
1578282--1578342	23	2.6	23	87	7	88	34	8	24	32	1.85
1580237--1580262	13	2.0	13	100	0	52	23	0	23	53	1.46
1580544--1580599	22	2.5	22	77	8	60	50	1	3	44	1.29
1586016--1586083	34	2.0	34	100	0	136	38	26	11	23	1.89
1590657--1590737	32	2.5	32	91	0	126	23	6	22	48	1.73
1591589--1591621	7	4.6	7	92	7	57	0	57	0	42	0.98
1593973--1594192	110	2.0	109	99	0	431	50	11	11	25	1.73
1597629--1597678	15	3.4	14	79	15	55	80	6	8	6	1.04
1598240--1598287	19	2.6	18	80	9	51	25	4	0	70	1.04
1619301--1619363	33	1.9	33	87	6	92	42	12	1	42	1.52
1619431--1619489	30	2.0	30	96	0	109	52	3	8	35	1.49
1633904--1633940	18	2.1	19	90	10	60	27	0	0	72	0.84
1633893--1633953	26	2.3	26	81	10	72	32	1	0	65	1.02
1644775--1645218	57	8.0	55	86	4	558	24	17	28	29	1.97
1644775--1645218	111	4.0	111	86	6	580	24	17	28	29	1.97
1644775--1645215	162	2.7	165	87	3	593	24	17	28	29	1.97
1645458--1645656	66	3.0	65	88	1	272	22	16	25	36	1.94
1659050--1659110	29	2.1	30	87	3	88	47	4	1	45	1.34
1659787--1659843	29	1.9	29	85	3	78	66	1	3	28	1.18
1666332--1666365	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1682870--1682902	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
1686683--1686723	15	2.7	15	76	0	55	85	0	12	2	0.70
1686684--1686753	27	2.7	27	82	8	74	80	2	12	4	0.98
1701897--1701954	29	1.9	30	86	6	82	43	0	0	56	0.99
1703254--1703317	34	1.9	33	84	9	85	35	9	7	46	1.65
1705056--1705109	28	1.9	28	92	0	90	61	3	22	12	1.47
1706386--1706439	28	1.9	28	96	0	99	57	5	24	12	1.57
1707522--1707569	19	2.4	20	80	13	55	43	2	2	52	1.24
1711657--1711978	167	1.9	166	100	0	635	29	12	18	38	1.87
1711998--1712030	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
1716218--1716255	19	2.2	19	86	13	55	52	2	7	36	1.45
1722812--1723020	105	2.0	105	95	0	373	44	12	6	36	1.69
1728194--1728224	15	2.1	15	93	0	53	35	9	6	48	1.62
1730174--1730208	17	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1730246--1730292	20	2.3	20	85	7	60	38	2	0	59	1.09
1730165--1730329	84	2.0	81	95	4	287	38	7	3	49	1.48
1733686--1733725	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1733776--1733816	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1735483--1735556	35	2.0	38	89	7	118	55	18	13	12	1.69
1753582--1753638	22	2.5	22	72	13	53	56	1	0	42	1.10
1754662--1754723	32	1.9	32	86	3	88	64	1	4	29	1.23
1754971--1755004	15	2.3	15	89	0	50	35	11	5	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1755394--1755442	23	2.1	23	81	7	55	40	2	2	55	1.23
1760325--1760357	17	1.9	17	88	11	50	9	9	3	78	1.05
1760321--1760372	27	2.0	26	85	11	70	9	9	1	78	1.03
1760759--1760814	29	1.9	29	82	7	69	44	1	1	51	1.22
1760777--1760815	18	2.2	18	90	0	60	38	2	2	56	1.27
1765302--1765372	6	11.8	6	89	0	79	42	47	2	7	1.45
1774190--1774312	62	2.0	62	98	0	237	35	17	13	33	1.89
1790102--1790142	14	3.2	13	80	16	50	63	26	9	0	1.25
1790127--1790186	32	1.9	32	89	3	95	61	21	5	11	1.49
1811002--1811078	27	2.8	28	84	5	95	45	3	1	49	1.28
1815343--1815396	22	2.5	22	93	0	90	46	14	5	33	1.68
1819843--1819889	2	23.5	2	95	0	85	48	2	0	48	1.13
1837690--1838055	61	6.2	60	76	10	319	33	10	30	25	1.89
1837673--1838073	111	3.4	122	76	14	338	34	9	30	25	1.88
1837671--1837901	59	3.8	60	79	7	252	35	8	30	25	1.86
1837750--1838174	172	2.5	170	84	6	529	33	9	31	25	1.87
1837982--1838181	111	1.8	111	87	2	303	35	8	31	25	1.85
1838204--1838332	59	2.2	60	85	4	172	33	13	27	26	1.93
1838265--1839110	111	7.6	110	74	10	465	35	9	29	26	1.87
1838477--1838687	61	3.5	61	92	2	318	37	8	27	26	1.85
1837745--1838626	446	2.0	439	82	8	1061	34	9	30	25	1.88
1838366--1838798	233	1.9	233	85	2	602	35	8	29	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1838780--1839009	106	2.1	107	82	7	288	34	8	28	28	1.87
1839086--1839436	127	3.0	115	86	10	524	37	10	27	24	1.89
1839195--1839471	127	2.2	127	97	0	518	36	11	28	24	1.89
1839448--1839493	22	2.1	22	100	0	92	32	17	28	21	1.96
1839321--1839620	149	2.0	149	98	0	582	36	11	28	24	1.90
1847788--1847830	22	2.0	21	86	4	59	20	6	20	51	1.71
1850315--1850368	16	3.4	16	73	19	58	57	7	1	33	1.37
1851605--1851654	22	2.3	23	79	6	59	50	0	0	50	1.00
1852347--1852401	28	2.0	29	83	13	73	41	0	0	58	0.98
1853354--1853398	19	2.4	19	84	0	54	57	4	6	31	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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