genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25075851--25075888	11	3.5	11	85	3	51	39	0	0	60	0.97
25076447--25076486	21	1.9	21	89	0	62	45	5	0	50	1.23
25077029--25077085	12	4.4	13	75	16	55	49	0	1	49	1.11
25077035--25077082	14	3.3	15	81	16	57	47	0	2	50	1.12
25077029--25077129	11	9.5	11	70	18	63	52	0	2	43	1.23
25077371--25077405	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
25077817--25077864	17	2.8	17	78	6	53	43	4	2	50	1.33
25077382--25077851	216	2.2	215	85	6	531	41	6	4	47	1.49
25081130--25081163	14	2.4	14	85	5	50	61	0	38	0	0.96
25081119--25081168	19	2.5	20	75	18	59	62	2	36	0	1.07
25081117--25081382	133	2.0	134	87	0	381	43	11	29	15	1.82
25081638--25081926	114	2.5	114	77	4	294	39	13	14	32	1.85
25081933--25081996	29	2.2	29	80	0	74	43	9	9	37	1.69
25083297--25083328	12	2.8	12	86	13	50	50	0	0	50	1.00
25088046--25088139	6	15.7	6	94	0	134	50	0	6	43	1.28
25088046--25088139	8	11.8	8	91	0	134	50	0	6	43	1.28
25088046--25088139	14	6.7	14	97	0	134	50	0	6	43	1.28
25098968--25099040	36	2.0	36	94	0	128	20	8	19	52	1.71
25100574--25100610	6	6.2	6	96	0	65	18	48	18	13	1.80
25115938--25115986	21	2.3	21	96	0	89	26	12	4	57	1.53
25134437--25134465	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25135540--25135605	31	2.2	29	84	7	80	43	1	0	54	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25135908--25136075	84	2.0	84	96	1	311	49	7	5	36	1.56
25136362--25136389	8	3.5	8	100	0	56	64	10	0	25	1.26
25147445--25147539	26	3.6	26	75	14	77	57	1	0	41	1.05
25147451--25147538	27	3.4	26	74	16	76	57	1	0	40	1.06
25147454--25147557	53	2.0	53	80	3	120	56	1	1	39	1.21
25150364--25150464	27	3.9	26	69	25	79	54	0	0	45	0.99
25150438--25150490	19	2.7	20	77	11	56	47	0	1	50	1.12
25168439--25168495	21	2.5	23	75	11	55	47	1	1	49	1.22
25168262--25168680	216	1.9	214	88	3	628	45	3	8	42	1.51
25171519--25171709	97	2.0	97	90	2	303	32	18	28	20	1.96
25172599--25172691	29	3.3	28	80	5	107	37	12	15	34	1.85
25172573--25172691	29	4.2	29	74	9	86	41	13	12	32	1.82
25172736--25172796	26	2.4	26	79	15	74	31	13	18	37	1.88
25172751--25172884	54	2.4	54	77	4	126	32	8	13	45	1.74
25172846--25172987	76	1.9	76	83	0	185	34	12	11	41	1.79
25173758--25173792	2	18.0	2	88	5	54	48	0	2	48	1.16
25173760--25173792	17	1.9	17	93	0	57	48	0	3	48	1.17
25173792--25173824	2	17.5	2	87	12	52	48	0	51	0	1.00
25173792--25173824	11	2.9	12	91	8	52	48	0	51	0	1.00
25173792--25173824	15	2.2	15	100	0	66	48	0	51	0	1.00
25173848--25173888	2	22.5	2	81	18	54	48	0	0	51	1.00
25173848--25173887	9	4.7	9	87	12	66	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25173888--25173920	2	17.5	2	87	12	52	54	0	45	0	0.99
25173888--25173920	9	3.8	9	96	4	59	54	0	45	0	0.99
25181006--25181106	30	3.4	30	75	4	89	52	5	6	34	1.53
25183874--25183918	23	2.0	23	86	0	63	53	8	0	37	1.32
25187761--25187822	20	3.0	20	69	28	58	14	8	6	70	1.30
25188244--25188286	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
25193944--25194035	2	49.5	2	73	21	67	48	0	1	48	1.08
25193944--25194035	7	12.4	8	74	19	67	48	0	1	48	1.08
25197750--25197784	18	1.9	18	94	0	61	54	8	11	25	1.64
25197753--25197792	18	2.2	18	86	0	53	55	10	7	27	1.60
25200859--25201071	69	3.0	69	86	3	273	23	25	5	45	1.75
25207584--25207674	25	3.6	25	85	2	112	25	26	16	31	1.96
25207974--25208088	57	2.0	57	80	9	128	43	8	3	44	1.52
25208310--25208352	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
25209873--25209922	24	2.0	25	85	11	68	6	14	2	78	1.03
25210141--25210188	14	3.4	14	78	16	53	41	0	0	58	0.98
25210149--25210187	20	1.9	21	84	5	53	38	0	0	61	0.96
25210866--25210895	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
25218835--25218875	2	21.0	2	87	5	57	51	0	2	46	1.14
25224527--25224654	63	2.0	63	89	0	193	37	17	12	32	1.87
25227320--25227379	26	2.5	23	75	8	57	56	0	3	40	1.16
25227950--25228021	29	2.4	29	88	2	99	58	4	8	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25236068--25236136	25	2.8	25	90	0	111	24	20	15	39	1.92
25241339--25241391	20	2.7	19	88	5	70	0	22	1	73	0.92
25241383--25241415	14	2.4	14	90	10	50	0	0	12	87	0.53
25246438--25246474	16	2.3	16	95	0	65	37	18	13	29	1.90
25262217--25262265	23	2.1	23	85	7	64	44	0	2	53	1.12
25262491--25262517	4	6.8	4	100	0	54	51	0	22	25	1.48
25266712--25266744	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
25272665--25272691	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
25274293--25274346	26	2.1	26	92	0	90	24	3	33	38	1.73
25277288--25277322	18	1.9	18	88	0	52	0	20	5	74	1.02
25306375--25306724	175	2.0	174	87	1	504	29	14	20	35	1.92
25314859--25314884	12	2.2	12	100	0	52	7	0	7	84	0.77
25323117--25323182	27	2.4	27	97	0	123	31	12	18	37	1.87
25323433--25323534	53	1.9	54	93	2	179	22	22	6	48	1.74
25325611--25325636	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25327148--25327187	18	2.2	19	86	4	55	25	2	2	70	1.13
25334536--25334631	45	2.1	45	88	0	138	27	22	20	29	1.99
25334604--25334644	21	2.0	21	90	0	64	39	21	17	21	1.93
25334544--25334848	111	2.8	109	82	4	373	32	20	14	33	1.92
25335538--25335579	20	2.1	20	82	8	50	42	0	0	57	0.99
25335558--25335633	27	2.9	27	96	2	136	43	0	0	56	0.99
25335600--25335663	20	3.0	20	73	20	67	46	0	1	51	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25345487--25345572	42	2.0	42	95	0	154	20	6	33	38	1.80
25351535--25351655	60	2.0	60	82	4	145	33	6	15	43	1.73
25351758--25351814	22	2.6	21	89	8	87	21	8	24	45	1.80
25351759--25351869	21	5.2	21	81	3	80	20	9	25	44	1.82
25351773--25351907	22	6.2	22	75	3	94	25	8	21	44	1.81
25351917--25351996	23	3.5	23	81	1	81	27	13	22	36	1.92
25351985--25352029	24	1.9	24	86	4	65	28	11	20	40	1.86
25352122--25352163	22	1.9	22	95	0	75	45	16	9	28	1.79
25352858--25352892	10	3.5	10	84	0	52	48	0	0	51	1.00
25352905--25352953	9	4.7	11	76	21	52	65	0	0	34	0.93
25358146--25358181	18	1.9	19	88	5	56	13	13	19	52	1.74
25360360--25360675	169	1.9	169	89	1	499	29	11	18	40	1.85
25377963--25378060	32	3.1	32	91	2	153	40	21	12	25	1.88
25377963--25378060	31	3.1	31	92	2	151	40	21	12	25	1.88
25389002--25389056	17	3.4	16	76	11	51	47	0	7	45	1.30
25389152--25389221	24	2.9	24	87	4	88	50	11	4	34	1.58
25389123--25389231	25	4.2	25	74	17	98	50	10	2	36	1.51
25389309--25389394	29	2.9	28	75	14	84	43	12	6	37	1.70
25390155--25390219	19	3.6	18	73	17	55	44	1	1	52	1.19
25390185--25390219	19	1.9	19	88	11	56	45	2	0	51	1.16
25392138--25392399	132	2.0	130	99	0	506	41	12	15	29	1.84
25392382--25392435	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25397992--25398036	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
25401379--25401465	34	2.6	33	85	8	113	67	0	4	27	1.10
25401682--25401723	15	2.8	15	85	0	57	30	28	7	33	1.84
25402961--25403065	29	3.6	29	92	2	149	16	28	8	46	1.76
25402961--25403077	14	8.1	14	66	9	65	17	28	8	46	1.77
25403505--25403613	29	3.8	29	85	4	139	19	27	7	45	1.76
25403505--25403579	14	5.2	14	70	12	62	18	28	6	46	1.74
25403525--25403572	15	3.3	15	76	5	53	18	27	6	47	1.72
25402916--25404001	544	2.0	543	98	0	2102	23	25	9	42	1.84
25408141--25408182	22	1.9	22	95	0	75	19	14	23	42	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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