genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21212151--21212248	31	3.1	31	82	10	94	45	0	1	53	1.07
21223265--21223321	29	2.0	29	92	0	96	40	7	17	35	1.77
21226300--21226348	25	1.9	26	88	12	75	48	2	0	48	1.12
21227173--21227228	26	2.1	27	83	9	71	60	0	0	39	0.97
21227173--21227243	26	2.7	26	80	4	63	61	0	0	38	0.96
21236592--21236641	23	2.2	23	88	0	73	16	14	30	40	1.87
21240382--21240431	26	1.9	26	91	0	82	26	12	4	58	1.51
21240740--21240809	23	3.1	23	68	10	54	28	15	25	30	1.96
21244359--21244520	79	2.1	79	89	1	245	17	27	17	37	1.93
21247791--21248184	118	3.4	117	87	2	512	45	26	10	17	1.80
21248961--21249577	308	2.0	311	88	1	925	29	19	13	37	1.90
21249896--21250065	48	3.8	40	90	6	151	40	25	10	22	1.86
21249968--21250042	22	3.2	22	68	14	69	42	25	10	21	1.85
21249872--21250066	88	2.1	92	85	7	272	40	27	11	21	1.88
21249936--21250065	48	2.7	48	97	0	233	40	26	10	22	1.86
21250052--21250080	15	1.9	15	100	0	58	34	24	13	27	1.93
21249993--21250187	103	1.9	103	91	2	320	37	25	11	25	1.90
21249936--21250169	26	9.3	26	63	13	105	38	25	11	24	1.89
21255241--21255271	15	2.1	15	93	0	53	29	32	9	29	1.89
21259264--21259357	46	2.0	46	95	0	170	24	18	22	35	1.96
21265413--21265456	17	2.6	16	82	13	52	34	18	11	36	1.86
21268635--21268703	33	2.1	33	94	0	120	11	39	5	43	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21276085--21276120	16	2.2	16	90	9	56	44	0	2	52	1.15
21278144--21278180	9	4.3	9	83	13	51	24	0	0	75	0.80
21278241--21278273	11	2.9	11	95	4	57	21	9	0	69	1.15
21280500--21280850	117	3.0	115	92	2	567	35	17	12	34	1.88
21280820--21280889	35	2.0	35	94	0	122	42	17	7	32	1.76
21280914--21281087	34	5.1	34	80	11	203	34	16	10	38	1.83
21280904--21281087	70	2.7	68	81	9	214	35	16	10	37	1.83
21283790--21283815	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21293119--21293196	2	38.0	2	89	2	102	3	44	2	47	1.35
21308324--21308361	13	3.0	13	84	3	51	10	18	0	71	1.14
21308381--21308418	13	2.7	14	88	8	51	26	0	2	71	1.00
21310481--21310515	18	1.9	18	88	11	54	57	0	28	14	1.38
21318548--21318650	29	3.7	28	75	17	81	37	0	0	60	1.10
21318891--21318931	21	2.0	21	90	0	64	60	0	0	39	0.96
21346584--21346622	11	3.6	11	86	3	53	35	17	20	25	1.95
21348765--21348806	20	2.1	20	86	0	57	54	2	0	42	1.13
21348979--21349007	9	3.3	9	90	9	51	68	0	0	31	0.89
21348961--21349051	17	4.8	20	70	24	81	56	3	0	40	1.16
21349010--21349042	16	2.0	17	94	5	59	42	6	0	51	1.26
21348950--21349051	37	2.8	37	86	3	125	55	2	0	41	1.15
21349510--21349541	10	3.2	10	90	0	55	75	9	0	15	1.05
21365973--21366017	19	2.3	19	84	3	54	0	40	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21365979--21366019	16	2.5	17	80	11	50	0	41	0	58	0.98
21367267--21367303	18	2.1	18	100	0	74	32	21	24	21	1.98
21369342--21369379	14	2.9	13	81	11	51	5	13	10	71	1.30
21369342--21369381	13	3.0	13	85	7	53	7	12	10	70	1.35
21387463--21387492	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
21387492--21387518	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21407140--21407202	30	2.1	31	87	3	92	57	3	9	30	1.46
21407141--21407213	30	2.5	29	84	6	85	57	2	9	30	1.45
21409576--21409623	2	25.5	2	87	12	75	52	0	0	47	1.00
21412415--21412546	24	5.6	24	76	8	128	37	20	15	26	1.92
21412464--21412702	45	5.3	45	88	0	343	32	18	19	29	1.96
21412672--21412716	21	2.1	21	88	8	65	26	15	20	37	1.92
21412582--21412812	111	2.1	110	90	0	354	30	19	20	29	1.97
21412627--21412767	66	2.1	66	92	0	237	29	19	20	30	1.97
21412416--21412746	135	2.4	135	78	7	366	33	19	18	29	1.95
21412708--21412811	44	2.3	45	91	1	165	29	20	21	28	1.98
21412798--21412893	29	3.3	29	79	5	88	37	16	11	34	1.85
21412819--21412893	29	2.7	28	83	6	89	40	16	9	34	1.80
21422440--21422477	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
21430473--21430722	122	2.0	125	88	6	375	32	21	17	28	1.96
21437308--21437365	18	3.2	17	73	9	53	29	6	15	48	1.71
21439138--21439194	26	2.2	26	81	6	62	35	1	7	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21444316--21444403	38	2.4	36	75	22	94	40	0	2	56	1.11
21461772--21461821	25	2.0	25	100	0	100	40	4	12	44	1.60
21466549--21466585	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
21468089--21468154	8	8.1	8	73	15	55	50	0	0	50	1.00
21468090--21468153	18	3.9	16	72	15	60	48	0	0	51	1.00
21468092--21468162	26	3.0	22	75	16	63	49	0	1	49	1.09
21469045--21469073	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
21472212--21472240	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
21474229--21474263	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
21487176--21487245	30	2.4	29	81	6	88	51	2	0	45	1.16
21488201--21488301	38	2.6	38	84	4	132	23	13	6	55	1.63
21491035--21491072	12	3.4	11	86	13	51	81	7	0	10	0.87
21491975--21492024	12	4.1	13	72	15	52	80	2	0	18	0.82
21491976--21492009	16	2.1	16	89	10	52	82	0	0	17	0.67
21491975--21492022	20	2.4	21	82	10	64	79	2	0	18	0.84
21492227--21492312	7	11.3	7	73	17	57	79	1	4	15	0.96
21492226--21492312	19	4.5	19	67	11	61	79	1	4	14	0.95
21492226--21492312	39	2.3	38	80	11	97	79	1	4	14	0.95
21492625--21492666	16	2.6	17	82	17	54	35	16	11	35	1.86
21494260--21494295	11	3.4	11	88	7	56	72	2	0	25	0.98
21494444--21494514	32	2.1	35	92	7	121	61	0	0	38	0.96
21494523--21494579	26	2.3	26	82	14	75	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21494679--21494730	15	3.7	15	70	15	56	46	1	1	50	1.23
21501276--21501338	16	3.9	16	79	4	72	14	7	28	49	1.71
21501819--21501880	2	30.0	2	88	9	90	46	1	1	48	1.21
21507993--21508109	58	2.0	58	98	0	225	34	15	21	29	1.94
21512644--21512834	63	3.0	63	96	0	346	36	15	14	34	1.87
21514018--21514049	9	3.6	9	95	0	55	43	0	46	9	1.35
21519248--21519309	25	2.5	25	89	0	88	40	8	19	32	1.81
21519302--21519348	23	2.0	23	91	0	76	17	8	14	59	1.59
21524736--21524807	25	2.9	25	97	0	135	40	6	18	34	1.77
21525841--21525894	2	27.0	2	96	0	99	50	1	0	48	1.11
21533908--21533959	27	1.9	27	92	0	86	51	17	21	9	1.73
21536692--21536723	15	2.1	16	94	5	57	37	3	6	53	1.42
21537261--21537287	2	13.5	2	100	0	54	0	0	51	48	1.00
21548916--21548967	26	2.0	26	88	0	77	46	21	15	17	1.84
21550717--21550743	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
21551062--21551099	20	1.9	20	94	0	67	18	5	28	47	1.70
21558815--21558856	13	3.2	13	77	9	50	45	21	0	33	1.52
21558688--21559175	85	5.8	85	85	1	617	42	15	2	38	1.61
21560060--21560106	22	2.1	23	84	11	62	48	14	6	29	1.69
21562982--21563020	6	6.5	6	82	11	53	84	0	15	0	0.62
21562976--21563020	17	2.6	18	89	3	65	84	0	13	2	0.72
21563785--21563843	11	5.6	10	77	15	57	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21563791--21563843	18	2.8	20	80	13	58	75	0	0	24	0.80
21563785--21563843	15	3.8	15	80	12	66	76	0	0	23	0.79
21578656--21578683	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
21583326--21583353	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21605397--21605446	21	2.4	21	76	10	57	56	0	0	44	0.99
21605397--21605447	22	2.4	21	75	18	52	54	0	0	45	0.99
21610968--21611012	23	2.0	22	83	12	56	6	37	0	55	1.26
21611252--21611297	19	2.4	20	82	10	60	56	0	0	43	0.99
21616313--21616377	29	2.2	30	81	13	73	47	3	6	43	1.43
21622556--21622594	20	1.9	20	84	5	51	30	17	20	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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