genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21629626--21629677	23	2.2	24	82	6	61	50	0	0	50	1.00
21636081--21636140	30	2.1	29	84	6	77	31	6	23	38	1.81
21644528--21644580	16	3.1	17	81	8	54	39	0	3	56	1.17
21644528--21644580	19	3.1	17	83	8	54	39	0	3	56	1.17
21649005--21649041	19	1.9	19	100	0	74	27	0	29	43	1.55
21652250--21652337	35	2.5	36	74	5	90	28	32	13	25	1.94
21652323--21652527	39	5.5	37	69	16	147	29	33	14	22	1.93
21652363--21652556	34	5.4	34	70	17	126	29	36	12	21	1.90
21652321--21652563	73	3.3	73	94	0	423	28	34	13	23	1.92
21653350--21653389	15	2.9	13	85	10	53	72	7	20	0	1.08
21654206--21654299	39	2.4	39	92	0	152	48	18	19	13	1.80
21655412--21655456	24	1.9	23	82	13	56	64	0	11	24	1.26
21656386--21656415	8	3.8	8	90	0	51	50	0	0	50	1.00
21656905--21657039	69	1.9	70	95	1	245	35	11	19	33	1.88
21661931--21661964	14	2.4	14	90	0	59	41	0	5	52	1.25
21665149--21665174	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21672014--21672064	24	2.2	23	83	13	61	27	25	17	29	1.98
21673121--21674130	250	4.1	248	81	6	1049	33	9	7	49	1.62
21678674--21678706	18	1.9	18	88	11	52	78	0	15	6	0.93
21678674--21678711	18	2.1	18	85	9	51	76	2	13	7	1.11
21678700--21678733	17	2.1	15	89	10	50	70	2	5	20	1.21
21679084--21679122	16	2.4	16	87	8	53	48	0	5	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21688144--21688263	58	2.1	57	87	1	168	36	16	9	37	1.81
21692182--21692206	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21708755--21708818	29	2.2	28	86	8	85	45	17	7	29	1.76
21720105--21720134	11	2.7	11	94	0	51	63	6	16	13	1.50
21720005--21720260	137	1.9	137	90	2	406	39	3	32	23	1.73
21720221--21720434	108	2.0	108	88	0	320	50	8	10	29	1.66
21720307--21720700	204	1.9	204	92	2	666	48	11	11	28	1.74
21727207--21727258	26	2.1	26	86	10	74	17	13	25	44	1.85
21729304--21729456	82	1.9	82	86	5	220	33	7	20	38	1.81
21730432--21730466	14	2.4	14	90	4	52	80	0	14	5	0.89
21731413--21731460	25	1.9	25	100	0	96	56	0	0	43	0.99
21738406--21738496	28	3.4	28	66	14	84	50	19	4	25	1.66
21738409--21738635	51	4.6	51	76	12	211	42	21	8	27	1.82
21738426--21738605	95	1.9	96	82	10	226	40	22	9	27	1.85
21744753--21744786	11	3.1	11	91	8	52	0	17	0	82	0.67
21744753--21744787	14	2.6	14	95	4	63	0	17	0	82	0.66
21746546--21746630	15	5.5	15	72	18	59	70	1	8	20	1.19
21747550--21747624	20	3.5	20	70	26	64	33	5	9	52	1.56
21747570--21747643	26	3.1	26	67	28	81	33	6	10	48	1.64
21747550--21747643	46	2.0	46	100	0	188	34	6	10	48	1.63
21747722--21747803	43	1.9	43	87	5	121	41	14	17	26	1.88
21751471--21751500	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21752202--21752253	26	2.0	26	100	0	104	46	7	19	26	1.77
21753073--21753668	171	3.6	167	76	7	425	34	14	9	41	1.78
21772860--21772885	3	8.7	3	100	0	52	65	34	0	0	0.93
21777670--21777762	46	2.0	46	91	0	150	55	15	7	21	1.64
21777693--21777762	25	3.0	25	66	22	69	57	15	5	21	1.59
21788104--21788129	8	3.2	8	100	0	52	53	11	11	23	1.69
21794621--21794742	38	3.3	37	84	12	144	15	15	40	27	1.88
21796057--21796190	66	2.0	66	100	0	268	26	19	18	35	1.95
21800813--21800847	17	2.1	17	100	0	70	31	11	28	28	1.92
21804338--21804403	32	2.1	32	100	0	132	51	6	3	39	1.42
21804351--21804402	16	3.2	16	70	20	54	50	3	3	42	1.39
21804589--21804617	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
21804832--21804857	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
21813215--21813260	16	2.8	16	81	12	58	58	6	8	26	1.52
21825845--21825990	55	2.7	55	94	2	249	21	21	26	31	1.98
21827350--21827520	88	1.9	88	84	4	229	27	6	21	45	1.76
21828914--21828985	28	2.6	28	86	2	92	37	9	9	43	1.71
21829048--21829148	52	1.9	52	91	0	166	37	15	11	34	1.85
21829125--21829323	66	3.0	67	90	2	294	32	23	15	28	1.95
21829263--21829372	45	2.4	45	87	4	168	31	20	13	33	1.92
21830753--21830795	8	5.5	8	83	5	61	0	13	0	86	0.58
21830753--21830796	15	2.9	15	87	12	63	0	15	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21830753--21830787	7	4.9	7	89	3	52	0	14	0	85	0.59
21836169--21836255	35	2.5	35	82	1	102	37	6	13	41	1.72
21836191--21836215	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
21837936--21837981	16	2.9	16	71	15	51	39	4	13	43	1.63
21839160--21839189	5	6.0	5	92	0	51	3	40	20	36	1.69
21840748--21840864	27	4.3	26	72	20	89	61	1	5	30	1.30
21840865--21840935	33	2.4	29	76	19	74	66	2	2	28	1.20
21848199--21848229	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
21849845--21849892	18	2.5	18	86	10	60	43	0	8	47	1.33
21849845--21849895	20	2.5	20	83	3	57	43	0	7	49	1.32
21857500--21857609	56	2.0	55	98	1	204	36	12	12	37	1.82
21857746--21857788	20	2.1	20	86	4	59	67	0	0	32	0.91
21860347--21860393	21	2.2	21	96	0	85	42	4	6	46	1.48
21860572--21860601	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
21861036--21861096	21	2.9	22	81	13	67	27	8	21	42	1.81
21861267--21861343	30	2.5	31	83	8	95	29	5	20	44	1.73
21862172--21862222	25	2.0	25	100	0	102	19	23	11	45	1.83
21867881--21867914	17	1.9	18	88	5	52	41	0	0	58	0.98
21868565--21868610	18	2.5	19	75	10	51	4	8	13	73	1.21
21881403--21881429	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
21888886--21888931	23	2.0	23	100	0	92	17	13	47	21	1.81
21900545--21900651	45	2.4	45	83	0	151	35	17	17	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21900626--21900733	52	2.1	52	91	0	171	31	13	18	36	1.90
21900744--21900828	26	3.3	26	90	1	127	36	11	18	32	1.88
21900819--21900917	29	3.3	29	82	10	96	37	13	13	36	1.83
21900841--21900917	29	2.7	29	88	6	104	38	12	11	36	1.80
21904487--21904569	35	2.3	36	83	8	98	28	30	15	25	1.96
21904549--21904700	52	2.9	52	95	0	277	31	32	13	22	1.93
21906099--21906155	21	2.6	22	80	2	71	43	5	0	50	1.24
21907207--21907241	5	7.0	5	93	0	61	37	0	2	60	1.12
21909460--21909519	23	2.6	23	79	15	61	43	5	6	45	1.52
21910277--21910321	13	3.4	13	81	3	54	24	0	0	75	0.80
21910710--21910735	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21914490--21914553	23	2.8	23	88	2	94	37	3	12	46	1.57
21917748--21917782	15	2.3	15	90	0	52	62	2	0	34	1.10
21919246--21919278	2	16.5	2	93	0	57	45	3	0	51	1.16
21919303--21919363	2	30.5	2	83	6	79	44	6	0	49	1.28
21924063--21924090	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
21937125--21937179	2	27.5	2	88	0	83	45	1	1	50	1.22
21943643--21943721	34	2.3	34	91	0	131	25	15	36	22	1.93
21943640--21943900	130	2.0	130	91	0	423	29	10	37	22	1.88
21943850--21943904	27	2.0	27	82	10	67	30	5	40	23	1.77
21959623--21959662	2	20.5	2	92	5	64	45	0	2	52	1.14
21961463--21961541	40	2.0	40	92	0	131	17	21	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962709--21962989	141	2.0	140	100	0	553	36	15	23	24	1.94
21966183--21966208	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
21966556--21966633	40	2.0	40	94	0	138	17	23	24	34	1.96
21971366--21971412	21	2.2	21	96	0	85	51	25	2	21	1.59
21972110--21972142	13	2.4	14	90	5	50	45	0	12	42	1.41
21974214--21974257	2	22.5	2	82	13	56	50	0	2	47	1.13
21974215--21974257	9	4.7	9	81	13	52	51	0	2	46	1.13
21974214--21974257	11	3.8	11	82	11	52	50	0	2	47	1.13
21974316--21974349	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21977118--21977285	81	2.1	80	97	2	327	39	4	7	47	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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