genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7853236--7853322	40	2.2	40	81	4	95	27	13	26	32	1.94
7854636--7854702	32	2.1	33	91	2	109	37	10	10	41	1.74
7855752--7855795	2	22.0	2	90	0	70	54	0	0	45	0.99
7857358--7857476	43	2.8	43	89	2	177	21	21	37	19	1.94
7857368--7857489	43	2.8	43	88	2	174	22	18	39	18	1.92
7859469--7859547	31	2.5	31	83	0	86	29	12	6	51	1.64
7860580--7860626	21	2.2	21	88	0	67	23	40	0	36	1.55
7860750--7860793	22	2.0	22	90	0	70	20	38	2	38	1.65
7860931--7860977	22	2.1	22	88	7	69	23	38	0	38	1.55
7860931--7860986	22	2.6	21	81	13	60	21	35	0	42	1.53
7861074--7861181	56	1.9	56	92	1	182	50	16	7	25	1.71
7861225--7861344	65	1.9	62	86	8	172	45	17	10	26	1.81
7861587--7861683	48	2.0	48	89	0	149	39	14	21	24	1.91
7869613--7869658	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
7875120--7875157	19	2.0	19	89	0	58	18	13	18	50	1.78
7878897--7878935	11	3.5	11	96	0	69	30	0	12	56	1.37
7887314--7887450	68	2.0	68	97	0	256	40	5	23	29	1.78
7890072--7890182	39	2.8	39	84	0	150	36	21	19	22	1.96
7890559--7890674	43	2.7	43	82	5	146	19	37	18	24	1.94
7894276--7894319	19	2.2	21	88	8	65	40	15	22	20	1.90
7895349--7895408	25	2.4	25	88	5	86	23	16	31	28	1.96
7900653--7900770	42	2.8	42	89	0	146	24	21	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7900810--7900854	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
7902282--7902527	136	1.8	136	91	1	413	30	13	29	26	1.94
7902282--7902558	136	2.0	136	88	1	403	30	12	29	26	1.93
7903311--7903365	23	2.6	21	78	13	60	30	14	10	43	1.80
7908668--7909261	300	2.0	300	90	1	949	23	16	13	46	1.82
7923095--7923254	69	2.3	69	81	4	189	30	18	23	28	1.98
7926817--7926876	25	2.4	25	85	0	84	15	23	15	46	1.82
7927059--7927121	24	2.7	23	81	13	67	36	25	9	28	1.87
7927103--7927174	34	2.1	34	89	2	110	34	30	11	23	1.90
7927206--7927264	23	2.6	21	78	21	57	47	30	6	15	1.71
7927355--7927441	33	2.6	33	85	5	104	21	27	9	41	1.84
7934162--7934321	69	2.3	69	86	2	223	29	18	22	30	1.97
7945228--7945273	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
7953266--7953311	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
7953356--7953408	28	1.9	27	88	3	79	30	18	22	28	1.98
7953356--7953414	28	2.1	28	84	6	75	30	20	23	25	1.98
7958020--7958082	20	3.2	19	88	2	90	28	41	4	25	1.75
7958081--7958233	43	3.6	43	93	1	245	20	37	20	22	1.95
7960497--7961778	502	2.6	501	82	3	1549	47	6	11	35	1.64
7960492--7961769	250	5.1	252	82	3	1389	47	5	11	35	1.64
7963289--7963380	46	2.0	46	89	0	139	26	34	10	28	1.90
7969903--7969980	34	2.3	34	86	0	102	17	10	30	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7969961--7970072	36	3.1	34	67	9	89	33	11	19	34	1.88
7969981--7970075	36	2.6	37	76	5	104	34	13	17	33	1.90
7970505--7970540	17	2.1	17	100	0	72	11	11	16	61	1.57
7970656--7970685	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7975170--7975294	42	2.9	42	79	3	133	32	16	12	38	1.86
7982901--7982946	15	2.9	16	81	18	60	71	2	2	23	1.08
7982904--7982957	28	1.9	28	82	14	67	70	3	1	24	1.13
7983775--7983962	67	2.8	67	87	6	265	35	25	14	25	1.94
7983795--7983965	35	5.1	33	71	12	134	36	25	14	24	1.93
8014122--8014157	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
8017461--8017563	49	2.1	50	92	7	174	69	7	1	19	1.22
8017472--8017547	24	3.1	24	70	22	77	67	9	1	21	1.26
8018886--8018924	19	2.0	19	85	5	51	58	12	10	17	1.61
8021340--8021385	14	3.3	15	79	11	53	71	2	4	21	1.14
8028266--8028321	13	4.1	14	78	15	55	64	0	0	35	0.94
8028282--8028322	21	2.0	20	85	4	55	63	0	0	36	0.95
8038996--8039077	43	1.9	42	85	2	110	32	18	14	34	1.91
8040033--8040115	43	1.9	43	82	4	105	24	9	19	46	1.79
8042012--8042051	20	2.0	20	90	0	62	15	35	10	40	1.80
8042251--8042303	2	26.5	2	94	0	88	52	1	45	0	1.11
8045851--8045928	34	2.3	35	82	10	99	33	23	12	30	1.92
8045865--8045957	34	2.7	34	86	0	123	39	26	11	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8050910--8050979	21	3.3	21	67	15	63	41	1	7	50	1.39
8052065--8052171	47	2.2	48	90	1	162	40	5	10	43	1.62
8058274--8058462	35	5.4	35	81	3	204	37	6	12	43	1.69
8058294--8058479	70	2.6	71	82	3	241	36	7	12	43	1.72
8059961--8060001	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
8060064--8060211	36	4.1	36	79	3	172	26	37	14	20	1.92
8071789--8071813	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8074196--8074265	21	3.3	21	69	15	63	42	1	4	51	1.30
8077080--8077105	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
8077781--8077817	17	2.2	17	100	0	74	35	21	10	32	1.88
8079539--8079568	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
8079632--8079755	42	2.9	43	84	4	162	23	32	19	25	1.98
8079596--8079755	84	1.9	84	82	0	203	23	33	18	24	1.97
8080121--8080267	42	3.5	42	90	0	213	21	35	21	21	1.96
8079538--8080547	512	2.0	512	93	1	1720	30	24	14	31	1.94
8086357--8086420	25	2.6	25	82	5	76	40	7	15	35	1.76
8090018--8090460	221	2.0	221	98	0	850	26	21	15	37	1.93
8096730--8096852	43	2.9	43	82	4	142	24	14	36	24	1.93
8104552--8104726	43	4.1	43	85	1	217	23	19	36	20	1.95
8104712--8104774	20	3.2	20	90	2	101	25	3	41	30	1.71
8108074--8108107	16	2.2	16	94	5	61	20	0	11	67	1.21
8108151--8108240	44	2.0	44	93	0	153	50	8	15	25	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8109383--8109714	68	4.9	67	83	4	359	35	10	19	34	1.87
8109836--8109934	31	3.2	31	88	0	144	30	22	27	20	1.98
8111746--8111815	31	2.3	31	92	0	113	12	24	25	37	1.91
8123825--8123863	21	1.9	19	90	10	60	28	38	33	0	1.57
8134362--8134424	31	2.0	31	96	0	117	47	9	23	19	1.78
8140116--8140284	75	2.3	75	93	0	284	21	21	25	31	1.98
8147678--8147716	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
8147988--8148023	15	2.4	15	90	0	54	33	11	27	27	1.91
8148896--8148956	26	2.3	26	97	0	113	32	40	1	24	1.65
8148975--8149080	43	2.5	43	87	6	144	22	35	16	24	1.95
8156182--8156345	59	2.8	58	84	6	217	39	10	9	40	1.72
8156182--8156342	29	5.5	28	81	10	180	40	10	9	39	1.72
8157025--8157067	22	1.9	23	95	4	79	27	13	18	39	1.89
8159062--8159118	29	2.0	29	85	0	78	47	14	12	26	1.79
8161455--8161501	21	2.2	21	96	0	85	17	38	4	40	1.69
8164580--8164747	67	2.4	69	79	7	182	34	25	13	26	1.93
8164651--8164754	35	3.0	35	84	5	124	34	25	13	25	1.93
8164862--8164904	19	2.3	19	88	4	70	51	0	4	44	1.22
8165264--8165296	16	2.1	15	94	5	57	69	0	0	30	0.88
8165460--8165539	15	5.2	15	75	15	74	76	0	23	0	0.79
8165468--8165540	37	1.9	38	88	2	112	76	0	23	0	0.78
8165465--8165513	3	16.7	3	82	16	50	73	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8165682--8165727	15	3.3	14	77	19	51	60	0	36	2	1.09
8165713--8165781	27	2.6	27	100	0	138	47	2	43	5	1.42
8165848--8165895	25	1.9	25	91	0	78	43	12	27	16	1.84
8171342--8171368	12	2.2	12	100	0	54	55	14	0	29	1.40
8175754--8175899	35	4.4	33	74	18	124	38	27	11	22	1.89
8175727--8175902	67	2.6	67	85	5	223	37	26	11	24	1.90
8179874--8179963	19	4.7	19	100	0	180	54	0	0	45	0.99
8180378--8180420	19	2.3	19	87	0	59	13	34	11	39	1.82
8182300--8182337	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8186227--8186363	60	2.3	60	80	0	148	37	19	16	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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