genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24251527--24251577	23	2.2	23	82	0	57	23	33	11	31	1.91
24251457--24251602	46	3.2	46	72	7	125	22	34	15	27	1.94
24251331--24251624	93	3.1	93	73	9	281	23	34	13	28	1.93
24251844--24251923	37	2.3	35	82	6	90	22	32	13	31	1.93
24263679--24263717	16	2.4	16	87	8	53	82	0	12	5	0.83
24268769--24269321	276	2.0	276	98	0	1063	47	10	11	30	1.74
24269434--24269490	30	1.9	30	88	0	87	59	5	1	33	1.30
24275284--24275336	2	26.0	2	96	3	97	49	0	1	49	1.12
24278708--24278768	30	2.0	30	93	0	104	26	18	16	39	1.91
24284897--24284958	14	4.5	14	73	22	51	43	0	1	54	1.09
24284907--24284967	24	2.5	24	82	15	65	44	0	0	55	0.99
24290353--24290403	18	2.7	19	85	11	70	27	9	19	43	1.82
24291818--24291876	27	2.1	28	87	3	84	42	1	1	54	1.20
24291642--24292019	116	3.2	114	81	10	386	39	1	2	55	1.26
24291908--24292044	21	6.4	21	71	15	86	35	1	1	61	1.14
24291811--24292012	22	8.4	25	69	22	107	37	1	1	58	1.18
24291946--24292050	20	5.2	20	74	13	97	38	1	0	60	1.08
24291972--24292061	33	2.7	35	78	14	109	40	2	0	57	1.11
24291926--24292497	148	3.9	145	81	8	642	39	2	2	55	1.29
24292429--24292482	27	2.0	28	82	10	67	38	3	1	55	1.28
24292329--24292589	115	2.4	111	83	8	302	40	2	3	53	1.30
24292551--24292625	21	3.6	20	72	15	71	41	4	2	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24295272--24295320	17	2.8	17	87	3	71	51	14	2	32	1.54
24295488--24295565	39	2.0	39	97	0	147	34	7	14	43	1.74
24295718--24295758	14	3.0	14	82	13	50	56	0	4	39	1.21
24296226--24296264	21	1.9	20	84	5	51	48	2	2	46	1.29
24304661--24304696	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
24309205--24309298	2	47.0	2	100	0	188	50	0	0	50	1.00
24313516--24313605	46	2.0	46	88	0	135	37	1	7	53	1.37
24316113--24316158	24	1.9	24	82	8	58	43	2	2	52	1.25
24316464--24316511	24	2.0	25	83	4	62	79	2	6	12	1.01
24320898--24321037	2	72.0	2	71	10	76	45	5	2	45	1.42
24328320--24328355	17	2.1	18	94	5	65	36	5	5	52	1.48
24329787--24329812	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
24338958--24338984	6	4.5	6	100	0	54	51	0	14	33	1.43
24343012--24343083	35	2.1	35	92	5	119	33	16	6	43	1.75
24363041--24363105	32	2.0	33	93	3	114	55	33	10	0	1.35
24364050--24364258	29	7.4	27	71	19	108	42	13	11	33	1.79
24364054--24364239	61	3.2	59	74	20	171	41	13	11	33	1.80
24367560--24367607	23	2.1	23	84	0	60	58	0	0	41	0.98
24368053--24368086	17	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
24377168--24377205	18	2.1	19	95	5	69	18	15	21	44	1.86
24377357--24377458	26	4.0	26	68	14	77	37	15	6	40	1.74
24377828--24377972	72	2.0	72	98	0	281	44	12	14	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24381715--24381897	91	2.0	91	94	0	321	34	17	12	36	1.87
24389041--24389084	14	3.1	14	80	0	52	2	13	15	68	1.31
24413647--24413693	16	3.1	15	80	17	53	40	4	0	55	1.19
24429409--24429453	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
24433458--24433491	17	1.9	18	88	5	52	79	5	0	14	0.91
24455263--24455297	18	2.0	18	88	5	54	60	8	0	31	1.27
24461184--24461295	33	3.4	33	92	3	181	51	0	0	47	1.06
24462682--24462784	39	2.6	39	84	7	136	22	19	38	19	1.93
24474047--24474096	25	2.1	24	82	14	59	58	4	4	34	1.36
24474156--24474194	20	2.0	19	90	5	60	46	0	0	53	1.00
24476296--24476347	24	2.1	25	85	3	70	9	25	17	48	1.77
24478043--24478076	7	4.9	7	88	0	50	8	2	2	85	0.80
24487413--24487439	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
24506968--24507004	2	18.5	2	88	0	56	45	0	5	48	1.25
24507093--24507175	2	42.0	2	90	7	134	49	0	1	48	1.09
24513746--24513781	19	1.9	19	88	5	56	61	0	2	36	1.11
24515357--24515893	269	2.0	269	90	3	859	18	20	12	48	1.80
24516436--24516478	19	2.3	19	88	4	70	39	0	2	58	1.11
24520659--24520696	14	2.7	14	88	8	51	68	2	0	28	1.03
24522709--24522749	20	2.0	20	100	0	82	36	14	24	24	1.93
24526190--24526245	24	2.3	24	87	6	78	32	33	17	16	1.92
24526200--24526257	24	2.4	24	85	0	71	37	32	18	10	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24527123--24527166	22	2.0	22	83	12	56	31	11	0	56	1.35
24527450--24527495	23	2.0	23	86	0	65	13	28	8	50	1.70
24527791--24527819	14	2.0	15	93	6	51	89	6	3	0	0.57
24527841--24527930	24	3.9	24	69	14	80	21	22	22	34	1.97
24527856--24528028	45	3.8	45	86	0	220	24	23	19	31	1.98
24527887--24527959	21	3.3	21	66	17	58	24	27	20	27	1.99
24527953--24528236	69	4.1	69	83	1	327	25	19	19	36	1.94
24527953--24528236	138	2.1	138	84	1	363	25	19	19	36	1.94
24528076--24528121	24	1.9	24	90	0	74	21	17	17	43	1.88
24528140--24528186	24	2.0	24	91	0	76	25	12	21	40	1.89
24548547--24548619	32	2.3	32	85	4	94	36	1	2	58	1.21
24569520--24569556	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
24572902--24572980	27	2.9	27	84	3	97	37	7	10	44	1.67
24572977--24573037	27	2.2	27	79	2	68	36	14	13	36	1.85
24572988--24573044	27	2.1	28	90	3	89	33	8	17	40	1.81
24575427--24575723	60	5.0	60	84	0	355	25	29	18	26	1.98
24576279--24576342	3	21.3	3	93	6	112	34	0	0	65	0.93
24578372--24578414	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
24579546--24579580	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
24583561--24583595	18	1.9	18	88	0	52	40	17	5	37	1.73
24589063--24589178	58	2.0	58	98	0	223	42	8	12	37	1.73
24607012--24607062	21	2.5	21	78	9	61	54	1	1	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24621164--24621472	155	2.0	155	96	0	564	33	14	28	23	1.94
24636560--24636617	30	1.9	31	85	3	82	32	18	20	27	1.97
24638108--24638187	40	2.0	41	87	2	117	48	17	6	27	1.71
24640907--24641000	47	2.0	47	97	0	179	25	11	21	41	1.87
24644763--24644807	23	2.0	23	86	0	63	13	28	4	53	1.59
24645139--24645191	24	2.2	24	93	0	88	18	16	24	39	1.91
24645179--24645288	21	5.0	20	66	19	67	24	25	21	28	1.99
24645139--24645281	24	6.2	24	69	15	86	22	21	22	33	1.97
24645234--24645300	21	3.0	21	68	19	64	26	28	17	26	1.98
24645154--24645313	45	3.6	45	88	0	230	22	22	21	33	1.98
24645251--24645459	68	3.0	69	82	1	258	20	18	23	37	1.94
24645374--24645418	23	1.9	24	95	4	83	17	13	24	44	1.85
24645391--24645508	45	2.6	45	91	0	182	22	20	23	33	1.97
24645794--24645846	24	2.3	23	76	23	58	41	1	5	50	1.36
24646560--24646643	27	3.0	27	81	6	96	40	7	5	46	1.56
24647608--24647693	29	2.9	30	71	13	79	33	10	3	52	1.53
24650711--24650741	1	31.0	1	100	0	62	0	100	0	0	0.00
24651225--24651269	19	2.5	17	85	10	54	77	0	11	11	0.99
24670455--24670486	16	2.0	16	93	0	55	28	25	28	18	1.98
24672208--24672252	23	2.0	23	82	8	56	57	2	0	40	1.11
24678315--24678446	62	2.1	64	80	13	148	56	3	7	32	1.43
24678624--24678656	8	4.2	8	88	7	50	15	0	0	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24678626--24678667	15	2.9	15	80	16	52	11	2	0	85	0.68
24678626--24678669	18	2.4	18	85	7	54	13	2	0	84	0.73
24680209--24680235	12	2.2	12	100	0	54	44	0	14	40	1.46
24680912--24680938	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
24683428--24683476	22	2.2	22	78	7	55	28	8	32	30	1.86
24683854--24683905	25	2.1	25	85	7	70	67	3	1	26	1.18
24683866--24683947	24	3.4	23	70	21	62	65	7	1	25	1.25
24686257--24686302	23	2.0	24	86	4	67	47	4	2	45	1.34
24686266--24686441	88	2.0	88	98	1	336	27	5	7	58	1.49
24686565--24686604	16	2.5	17	80	11	50	30	5	0	65	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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