genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21982419--21982461	4	10.8	4	94	0	77	25	2	23	48	1.62
21988810--21988859	24	2.1	24	81	7	57	56	10	22	12	1.65
21991368--21991396	11	2.7	11	94	5	51	86	0	13	0	0.58
21991428--21991504	33	2.3	33	91	4	120	57	10	15	16	1.65
21991424--21991546	39	3.4	37	78	14	137	60	7	14	17	1.57
21991422--21991675	119	2.3	104	83	11	274	62	7	12	17	1.53
21991494--21991588	47	2.0	48	85	6	131	66	5	12	15	1.41
21991548--21991613	28	2.4	27	80	7	78	63	10	7	18	1.49
21991582--21991657	35	2.2	34	88	6	109	64	6	11	17	1.47
21991580--21991658	33	2.3	35	84	10	108	64	6	12	16	1.47
21991593--21991665	35	2.2	33	85	5	92	65	4	13	16	1.41
21995624--21995670	22	2.1	22	84	0	58	68	4	25	2	1.19
22000403--22000474	34	2.1	34	94	0	126	15	4	27	52	1.61
22004443--22004469	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22004439--22004540	53	1.9	52	92	7	163	59	3	1	33	1.27
22004496--22004522	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22016094--22016173	24	3.3	24	87	0	106	11	15	38	35	1.83
22016116--22016172	12	4.8	12	73	0	51	8	15	40	35	1.79
22021735--22021803	21	3.4	20	73	15	61	52	1	1	44	1.19
22025742--22025805	30	2.1	30	91	0	101	21	15	9	53	1.70
22030307--22030355	26	1.9	25	83	4	62	53	0	0	46	1.00
22030307--22030347	9	4.8	9	82	8	50	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22030305--22030347	15	2.7	16	78	10	52	55	0	0	44	0.99
22030368--22030404	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
22030899--22030983	41	2.1	41	97	0	161	41	14	14	30	1.85
22036708--22036936	119	1.9	119	95	0	413	31	9	6	52	1.59
22041889--22041931	22	2.0	22	90	0	68	74	4	4	16	1.16
22042573--22042618	21	2.2	21	85	14	60	78	0	21	0	0.76
22042629--22042741	55	2.1	55	82	0	136	43	9	38	7	1.67
22042746--22042846	29	3.5	29	93	0	166	47	9	34	7	1.66
22042844--22042883	15	2.7	15	81	14	55	85	0	15	0	0.61
22042842--22042882	20	2.0	20	85	0	55	82	0	17	0	0.66
22042845--22042894	14	3.6	14	84	7	59	80	0	18	2	0.82
22043319--22043353	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
22043424--22043881	228	2.0	223	87	5	629	42	11	14	31	1.81
22047341--22047527	93	2.0	93	97	2	358	58	7	11	21	1.57
22049156--22049213	21	2.8	20	79	7	71	31	31	13	24	1.94
22049280--22049326	21	2.2	21	88	7	69	34	29	12	23	1.92
22049099--22049508	122	3.3	122	86	4	524	30	19	13	36	1.91
22049656--22049697	9	4.8	9	82	5	59	64	7	2	26	1.32
22049645--22049688	17	2.5	17	85	3	61	61	6	2	29	1.34
22051105--22051560	226	2.0	221	86	3	619	41	12	15	31	1.84
22068506--22068573	23	3.0	23	83	12	70	22	2	1	73	1.05
22068509--22068555	18	2.5	19	82	6	51	23	0	2	74	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22068509--22068572	22	3.0	22	74	19	57	21	3	1	73	1.06
22068520--22068573	18	2.9	19	82	17	53	20	3	1	74	1.07
22068709--22068743	15	2.3	15	85	0	52	37	0	0	62	0.95
22072614--22072671	4	14.8	4	76	20	52	72	1	0	25	0.94
22072614--22072670	14	4.0	14	78	15	55	73	1	0	24	0.92
22072615--22072671	18	3.4	17	83	11	64	71	1	0	26	0.95
22073960--22074007	24	2.1	24	85	14	66	50	2	0	47	1.12
22082410--22082494	30	2.9	28	79	6	89	60	5	4	29	1.41
22086642--22086683	20	2.1	20	100	0	84	21	35	9	33	1.86
22096524--22096557	10	3.0	12	83	16	54	44	23	17	14	1.86
22101258--22101292	9	3.8	9	96	3	61	65	14	11	8	1.46
22101411--22101748	111	3.1	110	87	3	482	18	26	17	36	1.93
22103545--22103751	105	2.0	105	90	0	324	31	18	23	26	1.97
22113264--22113360	47	2.1	46	88	7	144	48	12	23	15	1.79
22120849--22120883	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
22124263--22124313	17	2.9	17	80	8	50	47	1	5	45	1.38
22124703--22124742	12	3.4	12	89	3	55	40	5	2	52	1.37
22124868--22124904	18	2.1	18	100	0	74	64	5	0	29	1.15
22131334--22131372	19	2.1	19	85	0	51	58	0	2	38	1.12
22134012--22134153	62	2.3	63	82	13	163	23	9	38	29	1.86
22141071--22141153	38	2.1	40	80	6	98	54	1	2	42	1.21
22141081--22141153	8	9.2	8	74	14	53	54	1	1	42	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22141179--22141212	17	2.1	17	88	5	52	52	0	2	44	1.16
22141243--22141285	20	2.1	20	83	12	52	65	2	11	20	1.36
22141477--22141524	20	2.3	21	79	13	55	52	0	0	47	1.00
22141534--22141567	17	2.0	17	88	0	50	50	2	0	47	1.16
22141617--22141659	20	2.1	21	95	4	79	46	0	4	48	1.22
22141634--22141690	27	2.1	27	83	6	71	54	1	1	42	1.21
22143639--22143686	20	2.6	18	78	18	53	79	4	12	4	1.02
22143625--22143686	16	4.1	15	76	17	58	80	3	11	4	0.98
22146908--22146951	22	2.0	22	100	0	88	31	27	0	40	1.56
22151108--22151151	23	1.9	23	90	0	70	31	9	36	22	1.86
22151188--22151266	23	3.4	23	71	13	72	32	12	31	22	1.92
22151355--22151790	47	9.3	48	77	10	327	28	13	31	26	1.94
22151518--22151594	23	3.3	23	72	16	68	27	14	31	27	1.95
22151370--22151787	141	3.0	139	80	5	441	28	12	30	27	1.93
22151369--22151808	94	4.7	94	79	6	401	29	12	30	27	1.93
22152445--22152768	31	10.5	31	85	3	422	31	15	18	34	1.92
22154213--22154549	144	2.3	145	83	4	414	28	20	18	32	1.96
22154722--22154855	66	2.0	66	91	0	214	34	20	22	22	1.97
22155213--22155377	75	2.2	75	92	0	267	24	17	28	29	1.97
22156995--22157067	31	2.4	31	83	4	85	28	34	13	23	1.93
22157090--22157255	85	2.0	85	85	4	228	27	25	21	25	1.99
22157216--22157287	31	2.3	31	80	0	81	25	29	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22156882--22157395	222	2.3	223	85	1	681	28	28	18	24	1.98
22157355--22157487	31	4.3	31	75	12	148	24	30	18	26	1.97
22157175--22157424	137	1.8	137	85	1	349	27	26	19	26	1.99
22157765--22157820	23	2.5	23	94	2	96	44	0	8	46	1.34
22161247--22161394	22	6.6	22	71	5	100	38	19	11	30	1.87
22161247--22161371	44	2.8	44	80	0	142	36	20	12	31	1.89
22161628--22161750	63	2.0	63	86	0	174	34	11	30	23	1.90
22170343--22170371	12	2.5	12	94	5	51	34	0	0	65	0.93
22180578--22180635	27	2.2	26	78	3	62	65	1	12	20	1.34
22182197--22182230	16	2.0	18	88	11	54	41	29	5	23	1.78
22189785--22189830	15	3.1	14	81	9	56	58	15	2	23	1.48
22191029--22191053	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
22198956--22199342	200	1.9	200	89	5	594	40	14	11	32	1.82
22199943--22200004	16	3.8	16	70	10	54	22	4	3	69	1.22
22202852--22203015	54	3.0	53	91	3	247	19	25	21	33	1.97
22207502--22207539	15	2.5	15	84	16	51	42	0	2	55	1.14
22213413--22213464	28	1.9	27	84	7	70	28	21	19	30	1.97
22213510--22213555	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
22218853--22218896	22	2.0	22	86	0	61	43	18	6	31	1.76
22222215--22222240	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
22222253--22222299	2	24.0	2	78	4	51	44	2	6	46	1.40
22222255--22222279	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22222263--22222308	22	2.1	22	84	11	60	41	4	13	41	1.63
22223486--22223932	59	7.5	59	84	3	477	34	13	15	36	1.87
22225826--22225867	15	2.6	16	88	7	59	64	0	4	30	1.14
22227509--22227664	63	2.4	63	96	2	285	43	9	7	39	1.66
22233588--22233662	22	3.4	22	77	3	71	30	9	13	46	1.74
22233675--22233745	22	3.2	22	84	9	65	30	12	26	29	1.93
22233688--22233747	23	2.7	23	87	7	79	30	13	28	28	1.94
22240506--22240715	116	1.8	115	96	0	384	19	14	12	53	1.72
22241236--22241281	23	2.0	23	95	0	83	39	6	13	41	1.70
22242015--22242099	22	3.9	22	72	6	64	24	10	21	43	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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