genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  31929104

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1895258--1895397	22	6.2	22	72	13	97	32	11	16	39	1.84
1895199--1895396	44	4.3	44	79	4	189	31	12	19	37	1.88
1895215--1895378	67	2.4	68	80	6	181	30	12	17	40	1.86
1899174--1899231	18	3.0	19	72	10	55	20	0	6	72	1.07
1900207--1900269	30	2.1	30	84	0	81	49	25	11	14	1.76
1900578--1900733	81	1.9	80	84	6	208	16	4	23	55	1.59
1901825--1901870	21	2.2	21	92	0	74	45	2	28	23	1.65
1902102--1902152	21	2.4	21	80	0	57	19	19	33	27	1.96
1904558--1904617	24	2.5	24	83	0	75	26	18	28	26	1.98
1904574--1904626	24	2.2	24	96	0	97	20	18	33	26	1.96
1904579--1904632	24	2.4	22	87	9	74	24	16	33	25	1.96
1905398--1905592	108	1.8	108	90	0	318	21	15	32	30	1.94
1905564--1905630	31	2.2	31	86	0	89	23	11	38	25	1.89
1905458--1906038	138	4.2	138	85	2	745	22	15	32	29	1.95
1905692--1905767	31	2.5	30	85	6	91	22	14	38	25	1.92
1905829--1905928	31	3.2	31	80	2	85	24	14	33	29	1.94
1905458--1906038	275	2.1	277	85	1	808	22	15	32	29	1.95
1909819--1909960	31	4.6	31	87	0	203	35	18	15	30	1.92
1910677--1910803	58	2.2	58	85	2	166	24	24	17	33	1.96
1910794--1910903	23	4.7	23	76	2	85	26	34	10	29	1.89
1910969--1911119	23	6.7	23	74	11	96	25	30	11	33	1.91
1910958--1911119	46	3.5	46	74	13	138	24	29	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1911171--1911248	23	3.4	23	83	0	93	21	34	12	30	1.91
1914503--1914573	36	2.0	36	91	0	115	42	38	8	11	1.71
1920818--1921030	43	5.0	43	90	0	327	23	16	34	26	1.95
1922471--1922703	78	3.0	78	98	0	448	33	20	11	34	1.88
1925375--1925409	18	1.9	18	94	0	61	31	11	14	42	1.81
1927296--1927400	51	2.1	51	96	0	192	34	4	17	43	1.70
1932675--1932799	42	3.0	42	90	0	196	24	32	21	22	1.98
1939417--1939462	23	2.0	23	95	0	83	36	13	10	39	1.79
1942912--1942973	23	2.7	23	89	2	88	37	11	9	41	1.74
1944426--1944455	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1948335--1948415	21	3.9	22	71	17	57	72	1	1	24	0.99
1948371--1948420	12	4.4	11	80	14	57	80	0	2	18	0.82
1948366--1948422	24	2.4	24	82	8	71	80	0	1	17	0.79
1951739--1951773	18	1.9	18	88	0	52	40	8	8	42	1.66
1952330--1952369	13	2.8	16	78	21	52	47	0	0	52	1.00
1953408--1953518	46	2.4	46	98	0	213	27	19	5	46	1.72
1962454--1962479	9	2.9	9	100	0	52	57	19	11	11	1.63
1964328--1964353	6	4.3	6	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1970324--1970422	49	2.0	49	100	0	198	34	22	16	27	1.95
1983577--1983630	24	2.3	23	78	12	65	51	1	0	46	1.11
1985923--1985989	26	2.4	27	82	14	82	46	2	0	50	1.16
1993037--1993079	18	2.5	17	85	11	52	30	11	13	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993109--1993162	23	2.3	24	80	6	65	27	7	22	42	1.80
1993984--1994089	53	2.0	54	92	1	178	27	22	5	44	1.75
1999021--1999126	54	2.0	53	84	1	140	25	19	5	49	1.70
2003108--2003144	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2014156--2014186	5	6.2	5	96	0	53	38	22	0	38	1.54
2022785--2022830	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2023092--2023168	2	37.5	2	94	5	136	48	0	1	49	1.09
2024683--2025283	326	1.9	317	83	4	790	36	12	18	32	1.89
2039470--2039517	25	1.9	25	82	0	60	31	16	16	35	1.92
2040303--2040330	14	2.0	14	100	0	56	42	21	7	28	1.79
2043524--2043566	20	2.3	18	88	8	59	48	0	0	51	1.00
2044299--2044367	26	2.6	27	81	6	86	44	0	1	53	1.09
2044241--2044470	111	2.1	111	80	6	261	40	1	3	54	1.27
2044272--2044473	112	1.8	112	84	1	280	42	1	2	52	1.27
2044290--2044408	42	2.8	42	75	12	118	39	0	1	58	1.08
2044872--2044921	26	2.1	23	85	14	66	48	0	0	52	1.00
2044873--2044912	20	2.0	21	85	5	55	50	0	0	50	1.00
2045032--2045084	21	2.5	21	81	3	61	41	0	1	56	1.10
2056051--2056323	141	1.9	141	87	1	395	28	17	32	20	1.96
2056074--2056331	47	5.5	47	87	0	318	29	17	31	21	1.96
2056321--2056438	53	2.2	53	87	0	164	26	19	28	25	1.99
2056909--2057139	31	7.5	31	90	1	302	23	17	21	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059480--2059809	31	10.6	31	81	1	356	23	19	20	36	1.95
2061263--2061362	17	6.4	17	66	15	54	34	7	6	53	1.53
2061263--2061408	47	3.0	46	80	6	139	34	8	4	51	1.54
2061342--2061383	22	2.0	22	86	9	61	35	11	4	47	1.61
2061557--2061697	31	4.5	31	71	1	95	27	29	14	27	1.96
2061998--2062469	31	15.2	32	81	9	546	26	15	21	37	1.93
2061998--2062468	158	3.0	155	90	3	725	26	15	21	37	1.93
2066084--2066156	31	2.4	31	86	4	94	35	24	16	23	1.95
2066210--2066381	55	3.1	54	80	1	182	43	30	13	12	1.81
2069928--2070088	73	2.2	73	81	4	173	35	16	19	27	1.94
2082792--2082827	14	2.6	14	95	0	63	22	5	36	36	1.78
2082995--2083073	40	2.0	40	89	0	122	34	22	22	20	1.97
2084047--2084177	40	3.2	40	91	1	190	23	15	17	43	1.87
2084257--2084331	23	3.1	23	67	14	60	24	20	24	32	1.98
2084194--2084366	50	3.5	50	80	3	181	27	18	21	32	1.97
2084442--2084579	28	4.5	30	76	15	104	23	21	13	41	1.88
2084496--2084570	36	2.1	36	95	5	134	24	21	14	40	1.90
2090181--2090210	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2090319--2090388	21	3.3	21	73	0	77	47	2	1	48	1.25
2091487--2091545	29	2.0	29	90	0	91	16	13	5	64	1.45
2097509--2097627	21	5.3	21	66	18	71	46	3	1	48	1.28
2100142--2100232	16	4.9	21	66	30	71	41	0	4	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100199--2100259	30	2.0	30	93	0	104	39	0	4	55	1.21
2101317--2101354	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2117169--2117195	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
2117220--2117244	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2123918--2124030	18	6.3	18	80	8	131	46	8	6	38	1.60
2131213--2131273	22	2.6	23	82	12	70	37	1	1	59	1.17
2139902--2140175	92	3.0	92	83	8	303	36	16	8	39	1.78
2142158--2142208	20	2.5	19	76	20	50	7	23	0	68	1.15
2143008--2143093	35	2.5	35	96	0	154	20	34	34	9	1.85
2143371--2143589	104	2.1	104	90	1	359	29	22	34	13	1.92
2143727--2143818	43	2.1	43	82	7	107	21	27	34	16	1.95
2145000--2145086	13	6.3	13	70	13	59	66	1	6	25	1.23
2151524--2151599	2	39.5	2	77	17	81	51	2	1	43	1.24
2151524--2151597	21	3.4	21	81	10	96	51	2	1	43	1.24
2151524--2151600	23	3.4	23	73	12	88	51	2	1	42	1.23
2157507--2157549	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2169351--2169391	19	2.2	19	86	8	57	31	0	9	58	1.31
2169347--2169940	297	2.0	296	99	0	1170	39	12	10	37	1.77
2182129--2182165	12	3.1	12	88	11	58	0	27	0	72	0.84
2193192--2193231	21	1.9	21	89	0	62	32	0	22	45	1.53
2193228--2193262	15	2.2	16	90	5	54	40	2	8	48	1.49
2208500--2208530	15	2.1	15	100	0	62	61	6	0	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208965--2209050	30	2.9	30	76	10	77	39	9	20	30	1.84
2211286--2211320	17	2.1	17	100	0	70	11	17	25	45	1.81
2212545--2212603	30	1.9	31	86	3	84	30	1	8	59	1.37
2212542--2212611	30	2.3	30	78	9	79	32	2	7	57	1.41
2226540--2226608	34	2.0	34	97	0	129	46	14	14	24	1.82
2239599--2239640	2	21.0	2	90	9	68	50	2	0	47	1.14
2240155--2240198	18	2.3	18	84	11	52	54	0	0	45	0.99
2244736--2244774	18	2.2	18	86	9	53	17	10	23	48	1.78
2263833--2263868	18	2.0	18	100	0	72	33	0	22	44	1.53
2263838--2263888	18	2.7	18	82	11	50	39	1	21	37	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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