genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  2  of  120  ( 14336 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
508366--508390	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
515510--515560	24	2.1	24	85	7	68	37	7	3	50	1.50
517211--517288	32	2.4	32	84	0	111	23	33	24	19	1.97
519473--519536	9	7.0	9	77	8	58	56	3	3	37	1.31
519558--519608	20	2.6	20	76	11	61	62	7	1	27	1.33
519840--519889	16	3.1	16	76	0	55	18	26	18	38	1.93
519840--519905	32	2.1	32	82	5	80	21	25	13	39	1.90
520074--520106	17	1.9	17	88	11	50	39	0	0	60	0.97
520122--520200	17	4.5	17	69	18	54	40	5	2	51	1.37
520229--520269	18	2.4	17	84	16	57	51	2	0	46	1.14
527272--527327	30	2.0	29	82	10	71	48	1	12	37	1.52
536495--536587	33	2.8	34	69	25	88	38	1	5	54	1.30
536944--537004	27	2.3	27	76	21	65	57	1	14	26	1.47
537484--537520	12	3.0	12	84	7	56	40	2	10	45	1.53
538933--538973	21	1.9	22	85	14	59	24	7	9	58	1.55
539347--539602	86	3.0	86	81	2	309	30	18	18	32	1.95
542340--542369	10	3.0	10	100	0	60	70	20	10	0	1.16
546999--547053	16	3.2	17	73	12	51	61	3	0	34	1.13
546999--547081	34	2.4	33	82	13	87	60	4	1	33	1.26
547065--547150	10	8.9	9	70	22	59	63	5	0	30	1.17
547061--547150	9	9.2	10	70	26	52	64	6	0	28	1.19
547070--547141	16	3.8	19	66	25	53	66	6	0	26	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
547040--547150	57	1.9	59	83	10	149	63	6	0	29	1.25
547811--547841	15	2.1	15	93	0	53	25	29	29	16	1.96
549737--549779	20	2.2	20	86	0	59	30	0	2	67	1.03
550221--550270	16	3.2	16	77	2	57	58	10	10	22	1.60
552446--552489	11	4.0	11	81	0	52	59	2	13	25	1.46
553782--553808	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
565896--565935	13	3.1	13	77	0	53	35	30	7	27	1.84
568790--568828	15	2.7	15	84	4	53	46	5	7	41	1.55
568811--568849	20	2.0	20	89	0	60	35	5	10	48	1.59
568916--568954	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
571526--571556	7	4.4	7	100	0	62	70	16	0	12	1.16
574192--574220	12	2.3	13	94	5	51	51	10	0	37	1.36
579740--579779	17	2.4	17	91	4	64	57	0	7	35	1.27
579747--579779	17	1.9	17	100	0	66	60	0	6	33	1.21
585166--585243	28	2.8	28	82	0	75	25	24	19	30	1.98
585191--585244	28	1.9	28	92	0	90	25	22	20	31	1.98
585191--585260	28	2.5	28	79	4	70	24	22	25	27	2.00
585285--585347	25	2.5	26	81	2	74	28	22	25	23	1.99
585372--585407	14	2.6	14	90	0	54	25	27	16	30	1.97
598703--598824	58	2.1	58	95	1	217	34	14	20	30	1.93
599869--600028	42	3.8	42	80	3	151	42	16	23	17	1.88
599872--599952	21	3.9	21	71	0	72	41	19	23	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
603978--604006	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
623444--623484	20	2.2	19	86	8	57	43	0	0	56	0.99
632163--632189	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
645921--645964	21	2.1	21	87	8	63	11	29	36	22	1.89
647539--647597	31	1.9	30	82	3	73	66	6	1	25	1.26
647769--647826	19	3.0	20	75	10	66	29	5	3	62	1.33
647829--647935	29	3.7	27	77	13	92	33	3	0	61	1.20
649809--650100	126	2.3	126	91	1	460	27	20	18	33	1.96
650139--650317	94	1.9	92	88	6	272	40	15	1	43	1.56
654149--654175	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
658430--658579	41	3.7	40	80	7	160	33	2	0	64	1.10
658448--658514	11	6.4	11	78	16	54	37	4	0	58	1.19
658430--658578	40	3.7	39	81	9	167	32	2	0	64	1.10
659067--659161	50	1.9	50	80	8	113	50	11	13	24	1.75
659769--659809	20	2.0	20	86	9	57	63	0	2	34	1.08
659822--659868	15	3.1	15	81	3	58	55	4	0	40	1.19
659950--659992	9	4.8	9	82	8	52	32	2	0	65	1.06
681857--681919	31	2.0	31	93	0	108	42	15	15	25	1.87
688390--688415	13	2.0	13	100	0	52	15	0	23	61	1.33
690743--690782	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
692777--692820	23	2.0	22	86	4	61	59	0	9	31	1.29
693285--693332	24	2.0	26	84	12	66	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695273--695309	13	2.8	14	88	8	51	51	2	0	45	1.15
705091--705136	22	2.2	20	82	17	51	32	8	2	56	1.42
705084--705244	80	2.0	79	91	2	261	40	12	4	41	1.64
707176--707282	52	2.1	52	100	0	214	29	18	9	42	1.82
710562--710607	22	2.0	23	84	12	60	67	0	8	23	1.18
717723--717773	23	2.2	24	83	10	63	37	1	0	60	1.08
723645--723700	29	1.9	29	82	13	71	50	0	3	46	1.19
738769--738824	19	3.0	18	82	17	62	41	3	1	53	1.29
743109--743137	15	1.9	15	100	0	58	44	20	34	0	1.52
743965--744022	28	2.0	31	83	10	77	31	3	1	63	1.21
744629--744677	25	1.9	26	83	4	64	69	6	6	18	1.31
747408--747432	12	2.1	12	100	0	50	64	8	20	8	1.46
757302--757326	13	1.9	13	100	0	50	40	0	20	40	1.52
759215--759384	89	1.9	89	87	2	254	42	11	4	41	1.61
759835--759869	12	2.6	14	86	13	56	34	0	2	62	1.10
763802--764025	76	2.9	77	87	1	324	41	16	9	32	1.80
765667--765718	25	2.1	24	82	13	61	36	5	0	57	1.23
765714--765762	22	2.1	24	85	7	66	32	2	2	63	1.17
765692--765767	32	2.3	35	80	11	88	36	3	1	57	1.25
765713--765766	23	2.3	23	81	9	65	33	1	1	62	1.16
765738--765796	18	3.3	18	76	6	50	27	0	1	71	0.96
766490--766539	22	2.3	22	82	6	57	20	4	6	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766617--766677	26	2.3	27	86	11	81	34	4	0	60	1.18
765195--767116	946	2.0	955	91	4	3139	34	9	10	45	1.71
771485--771525	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
773403--773467	27	2.4	27	79	5	69	46	1	1	50	1.20
778372--778450	20	3.8	20	75	6	77	22	34	1	41	1.62
780708--780746	20	2.0	20	84	0	51	41	2	2	53	1.28
790715--790778	33	2.0	31	85	11	85	6	37	0	56	1.25
793488--793580	48	1.9	48	85	8	127	16	12	29	41	1.85
800152--800187	13	2.8	13	95	4	65	11	0	47	41	1.39
800596--800627	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
800809--800884	29	2.7	28	85	4	107	47	14	13	25	1.80
800850--800976	59	2.1	61	85	5	168	51	13	10	24	1.71
806146--806227	8	10.4	8	74	17	57	60	1	0	37	1.04
806145--806228	9	9.4	9	71	21	61	61	1	0	36	1.04
806337--806389	17	3.0	17	80	5	61	33	1	0	64	1.05
808924--808948	12	2.1	12	100	0	50	8	16	68	8	1.38
810001--810097	46	2.1	46	81	5	108	25	19	20	34	1.96
814728--814771	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
814732--814774	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
831404--831432	4	7.2	4	100	0	58	24	27	48	0	1.51
831548--831617	28	2.5	28	93	4	115	38	10	1	50	1.45
831649--831725	27	2.9	27	94	0	127	24	29	29	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836289--836321	16	2.1	16	88	5	50	60	9	6	24	1.49
836643--836778	69	2.0	69	92	0	227	45	19	8	25	1.79
844881--844923	18	2.4	18	80	0	50	48	0	2	48	1.14
847927--848071	77	1.9	76	85	1	200	42	3	12	41	1.59
853141--853179	20	1.9	20	89	5	60	56	0	0	43	0.99
854443--854475	4	8.5	4	93	6	59	75	0	0	24	0.80
865381--865452	26	2.7	27	77	14	69	68	2	0	29	1.04
865480--865521	20	2.0	21	90	4	68	26	7	0	66	1.17
880280--880323	20	2.2	20	84	12	54	22	27	15	34	1.95
882084--882114	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120