genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19073223--19073369	67	2.2	67	82	2	179	23	21	38	17	1.93
19089231--19089257	14	1.9	14	100	0	54	29	14	7	48	1.71
19094397--19094609	75	2.8	76	86	2	293	34	25	16	23	1.96
19095231--19095263	13	2.7	13	90	9	52	39	12	12	36	1.80
19101655--19101696	21	2.0	21	85	0	57	59	4	21	14	1.53
19102092--19102138	22	2.1	22	84	4	58	14	4	8	72	1.24
19102376--19102425	25	2.0	25	92	0	82	34	10	14	42	1.78
19106501--19106736	43	5.6	43	76	7	205	36	25	15	22	1.94
19106501--19106711	85	2.5	85	88	0	307	36	25	15	23	1.93
19106501--19106737	85	2.8	84	86	2	305	36	25	15	22	1.94
19113735--19113786	20	2.6	20	78	0	59	46	1	30	21	1.62
19124791--19124830	21	1.9	21	89	0	62	27	17	15	40	1.89
19147788--19147898	43	2.6	42	77	4	125	28	18	22	30	1.97
19151649--19151808	47	3.4	47	86	0	212	36	21	14	28	1.92
19153719--19153748	15	2.0	15	93	0	51	33	23	0	43	1.54
19156660--19156699	20	2.0	20	90	9	64	45	15	0	40	1.46
19156764--19156808	22	2.0	23	82	4	56	44	13	0	42	1.43
19157769--19157815	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
19158481--19158725	27	9.1	26	83	6	256	41	22	16	20	1.90
19158481--19158725	54	4.5	54	85	0	301	41	22	16	20	1.90
19160392--19160592	28	7.2	29	90	6	301	24	24	21	29	1.99
19160392--19160592	84	2.4	84	91	0	341	24	24	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19178154--19178186	17	1.9	17	88	11	50	27	27	12	33	1.92
19190243--19190572	164	2.0	164	94	0	579	27	26	12	34	1.92
19191427--19191458	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
19199997--19200046	24	2.1	24	92	0	82	24	32	18	26	1.97
19200002--19200053	24	2.2	24	89	0	77	26	34	13	25	1.93
19207050--19207132	42	2.0	40	83	4	103	14	20	20	44	1.86
19207050--19207132	21	4.0	21	78	3	89	14	20	20	44	1.86
19210975--19211016	22	1.9	22	85	0	57	45	4	0	50	1.23
19213577--19213620	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
19220975--19221035	25	2.4	25	88	0	77	24	3	18	54	1.58
19221225--19221271	7	6.6	7	90	2	58	17	0	53	29	1.44
19221333--19221408	7	10.6	7	72	10	55	18	1	34	46	1.58
19221366--19221411	15	3.1	14	80	20	58	21	0	39	39	1.54
19223144--19223249	53	2.0	52	85	3	142	14	12	26	47	1.79
19223882--19224007	67	1.9	67	83	6	166	45	7	5	42	1.55
19223873--19224015	67	2.1	67	80	6	164	46	6	4	42	1.50
19224104--19224145	15	2.8	15	88	0	57	38	4	0	57	1.20
19224120--19224153	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
19224299--19224367	9	7.9	9	80	6	79	49	18	1	30	1.57
19224078--19224634	267	2.1	269	94	2	983	47	14	1	37	1.51
19224566--19224763	9	23.1	9	75	13	177	45	20	0	32	1.55
19224588--19224763	25	6.9	25	81	10	128	45	20	0	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19232525--19232553	10	2.9	10	100	0	58	31	17	31	20	1.96
19238627--19239225	44	13.8	44	69	13	267	29	19	23	27	1.98
19238541--19239351	217	3.7	217	88	1	1108	29	20	22	27	1.98
19238588--19239521	433	2.2	431	79	6	915	29	19	22	28	1.98
19244728--19244821	43	2.2	43	82	5	109	30	18	28	22	1.97
19244701--19244821	44	2.8	43	76	6	118	31	19	26	23	1.98
19244796--19244996	85	2.4	84	77	4	208	28	19	21	30	1.98
19244756--19244989	42	5.6	41	71	8	141	28	19	23	28	1.98
19247702--19247816	38	3.0	38	79	2	115	16	20	26	37	1.93
19254076--19254159	25	3.4	24	82	8	98	28	17	5	47	1.71
19258101--19258297	100	2.0	100	90	0	313	32	19	18	28	1.96
19261196--19261276	26	3.1	26	73	7	83	32	20	22	24	1.98
19268928--19269004	26	3.0	26	94	0	127	35	24	22	18	1.96
19271050--19271093	23	1.9	23	95	0	79	47	25	0	27	1.52
19274406--19274435	7	4.3	7	100	0	60	13	56	0	30	1.37
19295733--19295766	10	3.4	10	87	0	50	61	29	2	5	1.34
19300376--19300426	18	2.7	18	74	17	50	58	11	0	29	1.33
19305938--19305971	17	2.0	17	88	0	50	41	0	14	44	1.45
19306964--19307004	21	2.0	21	85	0	55	36	7	12	43	1.70
19307309--19307348	20	2.0	20	90	9	64	37	17	5	40	1.72
19309921--19310040	45	2.7	45	84	5	163	35	23	15	25	1.94
19309921--19310085	90	1.8	90	82	2	215	35	22	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19312298--19312481	51	3.6	51	80	3	176	23	16	27	32	1.96
19312491--19312622	45	2.9	45	94	0	228	26	17	23	32	1.97
19315512--19315653	50	2.8	50	80	10	173	32	23	16	28	1.96
19315512--19315753	101	2.4	100	84	5	292	30	24	17	26	1.97
19320816--19320864	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
19320815--19320864	22	2.3	22	83	10	66	22	2	2	74	1.03
19334277--19334459	101	1.8	102	87	3	280	25	16	26	31	1.97
19334267--19334457	51	3.8	51	77	11	212	25	16	26	31	1.97
19334463--19334566	46	2.3	43	79	12	111	24	19	24	32	1.97
19334684--19334715	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19337210--19337240	15	2.1	15	93	0	53	54	9	12	22	1.67
19345652--19345692	12	3.4	12	93	0	73	73	14	12	0	1.11
19345741--19345766	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
19352243--19352275	17	1.9	17	88	11	50	27	27	12	33	1.92
19353976--19354015	20	2.0	20	85	9	55	40	12	10	37	1.77
19359476--19359520	18	2.5	17	75	10	54	53	0	2	44	1.13
19364041--19364070	15	2.1	15	93	6	53	30	33	23	13	1.93
19366430--19366454	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
19367744--19367770	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
19368411--19368461	24	2.2	22	82	6	57	39	33	19	7	1.81
19369110--19369272	87	1.9	86	84	3	220	34	20	15	29	1.94
19378255--19378461	43	4.8	43	83	1	229	30	24	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19378353--19378483	43	3.1	42	82	4	111	33	22	15	29	1.94
19380306--19380488	92	2.0	92	88	2	269	44	7	18	30	1.76
19381279--19381449	27	6.3	27	78	8	152	23	14	17	44	1.86
19381279--19381462	54	3.4	53	83	5	185	23	14	18	44	1.86
19381274--19381449	81	2.2	81	84	4	221	23	15	17	43	1.87
19381346--19381462	27	4.3	28	82	10	145	24	15	19	40	1.90
19381279--19381471	27	7.1	27	77	9	135	22	13	18	44	1.85
19388115--19388205	33	2.8	33	98	1	175	29	5	5	59	1.43
19400620--19400644	10	2.5	10	100	0	50	20	16	24	40	1.91
19413968--19414051	43	2.0	41	84	9	107	50	2	22	25	1.61
19415371--19415522	60	2.5	60	83	2	171	28	15	24	32	1.95
19415389--19415548	60	2.7	59	82	3	176	27	16	23	33	1.95
19417416--19417491	29	2.6	29	100	0	152	38	7	30	23	1.83
19428543--19428615	31	2.4	31	83	4	85	52	6	1	39	1.37
19428575--19428628	22	2.5	21	76	5	54	51	9	1	37	1.45
19429285--19429320	18	1.9	19	88	5	56	5	5	47	41	1.50
19430931--19430978	7	6.7	7	77	13	53	75	2	2	20	1.02
19430931--19430978	21	2.2	22	88	3	71	75	2	2	20	1.02
19438158--19438570	151	2.7	146	84	5	495	22	31	22	23	1.98
19444857--19445015	40	4.0	40	81	0	174	18	28	16	35	1.93
19444864--19445015	80	1.9	80	83	2	198	19	29	16	34	1.93
19448561--19448617	20	2.8	20	81	0	60	47	1	29	21	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19451932--19452012	26	3.1	26	87	0	117	37	23	19	19	1.95
19452183--19452342	27	6.0	27	87	1	223	20	16	21	41	1.90
19453236--19453268	16	2.1	16	94	0	57	39	6	15	39	1.72
19462735--19462814	26	3.1	26	89	1	117	37	25	18	18	1.94
19462967--19463151	27	6.9	26	81	8	140	22	16	20	41	1.90
19462979--19463150	54	3.2	51	81	8	182	21	16	18	43	1.88
19462978--19463150	81	2.1	81	84	6	226	21	16	19	42	1.89
19463843--19463919	26	3.0	26	82	0	82	36	20	19	23	1.95
19464060--19464127	27	2.5	26	88	9	84	26	23	16	33	1.95
19464076--19464185	27	4.1	27	84	5	125	26	18	18	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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