genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21030891--21030923	10	3.1	11	86	8	50	0	21	0	78	0.75
21030890--21030919	13	2.2	14	94	5	53	0	20	0	80	0.72
21033057--21033108	26	2.0	27	88	3	79	30	9	3	55	1.50
21033804--21033997	98	2.0	98	93	0	334	28	11	24	35	1.91
21039590--21040102	132	3.9	132	90	1	796	29	19	22	29	1.98
21042337--21042531	98	2.0	98	93	0	336	28	11	24	35	1.91
21043100--21043152	28	2.0	26	85	10	72	39	7	3	49	1.49
21043497--21043544	3	17.0	3	83	12	66	64	2	0	33	1.05
21055949--21055987	19	2.1	19	90	0	60	58	0	0	41	0.98
21059922--21060001	23	3.5	23	72	13	74	33	30	17	18	1.94
21059926--21060036	46	2.4	46	87	0	168	33	30	17	18	1.94
21059951--21060024	23	3.2	23	68	21	64	31	32	17	18	1.95
21064774--21064805	16	1.9	17	93	6	57	28	0	0	71	0.86
21064794--21064860	9	7.2	9	72	12	55	34	1	2	61	1.20
21072337--21072564	42	5.4	42	86	5	282	29	22	22	25	1.99
21072980--21073048	21	3.3	21	81	0	75	2	42	17	37	1.64
21073979--21074102	41	3.0	41	96	1	223	29	28	22	19	1.98
21074857--21074913	27	2.1	27	84	9	73	49	1	0	49	1.11
21075221--21075260	12	3.5	12	93	6	66	57	7	0	35	1.27
21076359--21076394	5	7.8	5	87	12	51	0	0	88	11	0.50
21076356--21076395	13	3.0	13	96	3	71	0	0	90	10	0.47
21076356--21076395	14	2.9	14	92	3	64	0	0	90	10	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21081167--21081200	13	2.6	13	85	0	50	64	0	14	20	1.28
21082086--21082129	12	3.7	12	79	8	54	70	2	25	2	1.10
21087183--21087211	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
21089403--21089587	54	3.5	52	86	5	246	32	16	25	24	1.96
21089404--21089611	54	3.9	51	82	10	231	31	16	25	25	1.96
21089724--21089822	29	3.3	29	88	2	153	17	15	26	41	1.88
21089724--21089847	29	4.2	29	83	7	115	16	16	25	42	1.87
21097342--21097424	25	3.3	25	81	3	87	32	19	22	25	1.97
21097381--21097451	25	2.9	25	85	6	83	28	23	22	25	2.00
21105459--21105493	5	6.6	5	90	9	52	77	0	20	2	0.90
21107304--21107404	29	3.5	29	78	5	105	27	14	23	33	1.94
21114066--21114118	22	2.4	22	87	0	79	39	18	13	28	1.88
21118044--21118080	19	1.9	19	94	0	65	35	2	0	62	1.10
21118045--21118087	19	2.3	19	87	0	59	34	2	0	62	1.08
21119480--21119521	11	3.3	13	83	12	52	61	0	0	38	0.96
21121285--21121320	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
21121280--21121326	18	2.4	21	75	20	64	36	10	19	34	1.86
21132846--21132883	20	1.9	20	89	10	60	21	18	31	28	1.97
21134709--21134848	6	23.0	6	72	4	93	7	17	2	71	1.23
21138153--21138235	26	3.2	26	65	27	68	30	12	25	32	1.92
21138149--21138490	102	3.4	102	82	6	412	27	14	26	31	1.95
21138149--21138485	51	6.7	50	76	8	292	27	14	26	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21145763--21146101	51	6.7	51	76	7	309	28	15	26	30	1.96
21145763--21146101	102	3.4	101	81	7	379	28	15	26	30	1.96
21148469--21148521	28	1.9	27	84	3	70	50	5	11	32	1.61
21148613--21148651	20	2.0	20	89	0	60	20	17	33	28	1.96
21152306--21152496	50	3.8	50	76	0	150	22	26	20	29	1.99
21154799--21154996	50	3.8	50	81	4	216	22	28	20	27	1.99
21173043--21173110	24	2.8	24	76	8	66	33	20	27	17	1.95
21173105--21173212	25	4.4	25	78	8	98	37	19	22	21	1.95
21175818--21175851	11	3.2	11	83	8	52	26	32	11	29	1.92
21178556--21178631	24	3.1	24	73	12	66	38	21	23	17	1.93
21178553--21178663	49	2.3	50	79	7	129	37	19	23	18	1.94
21178585--21178704	25	4.8	26	77	10	85	35	20	24	20	1.96
21190198--21190240	22	2.0	22	90	0	68	30	9	4	55	1.52
21191851--21191918	34	2.0	34	83	11	86	25	25	20	29	1.99
21195297--21195360	21	3.3	20	68	28	57	34	25	6	34	1.81
21195294--21195375	37	2.2	37	95	0	146	32	25	4	36	1.77
21202869--21202940	33	2.3	31	81	9	90	30	20	29	19	1.97
21202879--21202959	33	2.5	33	95	0	144	34	18	25	20	1.96
21203007--21203143	43	3.2	43	93	0	229	21	30	21	25	1.99
21203650--21203711	25	2.4	26	89	2	90	40	1	14	43	1.55
21203650--21203721	17	4.2	17	72	13	58	40	1	13	44	1.53
21203814--21203873	17	3.5	17	73	8	68	38	1	15	45	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21203841--21203997	46	3.3	46	71	15	145	34	1	17	47	1.56
21206365--21206424	31	1.9	31	96	0	111	33	23	15	28	1.94
21207977--21208023	15	3.2	15	81	3	60	36	40	0	23	1.55
21207960--21208005	23	2.0	22	87	4	65	30	43	0	26	1.55
21207970--21208055	15	5.9	15	72	15	54	34	41	0	23	1.55
21208549--21208688	73	1.9	72	89	1	217	24	22	25	27	1.99
21208303--21208638	114	2.9	113	93	1	564	24	27	23	24	2.00
21210593--21210714	65	1.9	65	94	0	217	27	22	25	24	2.00
21211739--21211808	13	5.3	13	80	1	77	35	21	2	40	1.68
21211738--21211834	39	2.5	38	78	6	95	37	17	3	42	1.65
21212623--21212661	18	2.2	18	86	9	53	28	5	2	64	1.28
21212982--21213019	14	2.7	14	95	0	67	28	23	7	39	1.83
21214054--21214130	28	2.8	28	87	0	100	31	23	23	22	1.99
21214412--21214625	27	7.9	27	85	3	218	17	19	21	41	1.90
21215334--21215365	5	6.8	5	86	13	50	62	0	37	0	0.95
21217326--21217622	43	6.9	42	87	2	333	28	28	17	24	1.97
21217326--21217622	128	2.3	128	85	2	380	28	28	17	24	1.97
21219378--21219643	86	3.1	84	82	4	291	41	15	8	33	1.78
21219714--21219784	30	2.4	30	95	0	124	52	15	1	30	1.52
21219871--21220192	168	1.9	168	86	2	459	46	14	10	28	1.78
21223480--21223610	31	4.3	31	70	5	122	33	7	15	43	1.75
21223470--21223671	92	2.2	92	83	0	242	34	7	15	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21223559--21223771	31	6.9	31	69	4	101	32	9	15	42	1.80
21223600--21223771	92	1.9	92	81	2	211	31	10	17	40	1.83
21223891--21224248	42	8.7	42	84	14	457	27	16	26	29	1.97
21224043--21224197	76	2.0	76	95	4	278	25	16	28	29	1.97
21224043--21224154	34	3.1	34	82	17	136	25	16	28	30	1.96
21224714--21224793	21	3.6	22	77	14	83	37	41	1	20	1.60
21224714--21224793	24	3.6	22	80	8	90	37	41	1	20	1.60
21224775--21224822	15	3.3	15	82	5	62	45	35	0	18	1.50
21224640--21225201	255	2.3	243	89	4	840	43	22	2	30	1.67
21225013--21225062	21	2.4	20	80	9	55	42	40	0	18	1.50
21225030--21225077	15	3.3	15	79	5	53	43	35	2	18	1.62
21225425--21225700	41	6.7	41	81	3	250	30	27	19	22	1.98
21225430--21225700	82	3.3	82	79	4	280	30	28	19	21	1.97
21225417--21225700	123	2.3	122	82	6	358	30	27	19	22	1.98
21225749--21225861	40	2.8	40	78	15	117	23	22	23	30	1.99
21227478--21227518	20	2.0	20	85	9	55	51	4	7	36	1.51
21236347--21236404	27	2.1	27	100	0	116	22	22	22	32	1.98
21239823--21239899	28	2.8	28	90	2	120	31	22	24	22	1.98
21239824--21239912	28	3.2	28	87	4	119	30	23	23	22	1.99
21240256--21240477	27	8.2	26	75	16	150	19	18	19	42	1.90
21240272--21240477	54	3.8	53	78	10	204	19	18	19	42	1.90
21240255--21240477	81	2.8	80	81	9	231	20	18	19	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21241974--21242034	24	2.5	24	78	0	68	18	18	21	42	1.89
21242029--21242092	19	3.3	20	72	14	62	14	15	25	45	1.83
21261077--21261115	16	2.5	15	84	8	60	23	17	30	28	1.97
21265861--21265910	25	2.0	25	92	0	82	34	10	14	42	1.78
21267968--21268017	22	2.4	22	83	9	70	36	0	28	36	1.58
21274612--21274646	18	1.9	18	88	11	54	20	5	2	71	1.19
21291847--21292019	52	3.3	52	92	2	287	26	13	30	29	1.94
21294095--21294136	20	2.1	20	86	0	57	40	19	9	30	1.83
21314461--21314693	20	11.6	20	64	8	80	21	25	19	34	1.96
21314464--21314686	40	5.6	40	84	3	279	21	26	18	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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