genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2017419--2017449	15	2.0	16	93	6	55	35	6	0	58	1.24
2018187--2018224	20	1.9	20	88	0	58	65	0	0	34	0.93
2018187--2018229	9	4.6	9	80	11	50	67	0	0	32	0.91
2018763--2019400	282	2.2	282	80	5	681	36	15	9	39	1.79
2024687--2024790	44	2.4	44	83	0	136	36	11	15	36	1.84
2044840--2044964	43	2.9	43	83	4	128	31	20	17	30	1.96
2062111--2062135	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2066108--2066140	14	2.3	15	90	10	52	36	0	0	63	0.95
2066574--2066613	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2067533--2067600	31	2.2	31	91	0	109	32	14	11	41	1.82
2081240--2081337	45	2.2	45	100	0	196	22	18	20	38	1.93
2087380--2087429	17	2.7	20	69	18	52	58	0	4	38	1.17
2087861--2087921	21	2.9	21	76	13	63	49	1	3	45	1.28
2089410--2089476	35	1.9	35	81	3	82	31	13	13	41	1.83
2089535--2089715	40	4.3	41	71	13	143	33	18	22	26	1.96
2089583--2089825	86	3.0	81	82	10	300	32	17	20	30	1.95
2089671--2089819	76	2.0	75	91	1	244	31	17	20	30	1.95
2091057--2091090	10	3.5	10	84	8	52	23	0	5	70	1.09
2091228--2091270	18	2.4	18	88	0	68	46	2	0	51	1.13
2094571--2094622	19	2.8	20	86	11	67	50	11	9	28	1.70
2094571--2094624	18	3.0	18	78	5	56	50	11	11	27	1.72
2094480--2094840	123	2.9	125	93	2	618	49	8	4	37	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094567--2095119	141	4.0	139	75	14	565	47	7	6	38	1.58
2094816--2094863	17	2.8	18	81	9	64	45	10	12	31	1.76
2094816--2094889	17	4.2	17	70	13	51	40	9	10	39	1.73
2094690--2095119	144	3.0	142	87	4	591	46	8	6	38	1.59
2094960--2095023	17	3.8	17	87	4	85	43	10	12	32	1.77
2095258--2095298	12	3.3	13	83	6	50	73	2	0	24	0.96
2099370--2099452	27	3.1	27	78	13	91	38	26	16	18	1.92
2101729--2101779	21	2.4	21	76	0	57	19	21	13	45	1.85
2104767--2104796	8	3.8	8	90	0	51	40	0	0	60	0.97
2104761--2104801	16	2.6	16	92	0	73	39	0	0	60	0.96
2105855--2105989	25	5.6	24	81	10	118	17	24	20	38	1.93
2105893--2105983	22	4.0	22	82	4	92	15	24	20	39	1.91
2106439--2106463	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2106700--2106737	13	2.8	13	88	11	51	23	7	10	57	1.58
2115431--2115469	14	2.8	13	81	11	51	46	0	0	53	1.00
2115442--2115467	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2115417--2115458	21	1.9	23	85	9	61	42	0	2	54	1.13
2117892--2118072	89	2.0	89	100	0	362	44	15	17	22	1.86
2119803--2119890	43	2.0	43	97	0	167	25	10	15	48	1.76
2121648--2121681	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
2123844--2123873	13	2.3	13	94	0	51	50	0	10	40	1.36
2124040--2124081	21	1.9	23	85	9	61	42	0	2	54	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2125124--2125175	21	2.5	20	78	6	50	61	5	1	30	1.30
2129005--2129060	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
2129148--2129243	31	3.1	31	92	3	165	30	9	14	45	1.76
2131528--2131624	11	9.3	11	72	23	59	56	0	4	39	1.18
2131513--2131614	30	3.3	30	86	8	127	57	0	2	39	1.14
2131551--2131634	41	2.1	39	86	6	116	59	0	3	36	1.15
2132312--2132352	21	1.9	22	90	5	66	36	0	0	63	0.95
2135972--2136031	8	6.6	9	78	14	61	33	1	1	63	1.14
2135974--2136015	17	2.5	17	80	11	50	38	2	0	59	1.10
2139611--2139801	95	2.0	95	83	5	237	48	2	3	45	1.31
2139724--2139775	22	2.3	23	74	9	54	36	1	1	59	1.19
2140288--2140329	10	4.1	11	76	17	54	47	0	0	52	1.00
2143076--2143126	23	2.2	23	82	6	59	37	21	5	35	1.78
2155681--2155757	9	8.4	9	85	8	102	22	10	27	40	1.86
2159804--2159845	14	3.2	13	83	9	59	50	2	0	47	1.14
2162518--2162552	17	2.1	17	94	0	61	40	5	5	48	1.51
2164111--2164164	18	3.0	18	80	0	72	38	16	0	44	1.48
2178230--2178285	22	2.5	22	94	0	94	32	30	16	21	1.95
2185081--2185124	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
2187185--2187226	22	2.0	21	86	9	59	52	4	9	33	1.55
2188106--2188172	26	2.6	27	80	13	72	35	0	7	56	1.27
2196674--2196707	17	1.9	18	94	5	61	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196670--2196710	17	2.5	16	85	14	57	34	0	0	65	0.93
2197238--2197368	67	1.9	68	85	1	183	41	7	6	43	1.60
2197573--2197656	43	1.9	44	95	2	152	44	1	16	38	1.56
2197506--2197724	114	1.9	111	86	7	307	40	5	19	35	1.73
2197664--2197897	93	2.5	93	80	7	267	38	5	19	35	1.76
2198403--2198495	40	2.3	40	92	0	150	36	5	15	43	1.69
2201425--2201456	10	3.2	10	95	0	55	0	9	21	68	1.17
2201642--2201682	22	1.9	22	95	5	75	46	2	7	43	1.44
2201943--2201990	22	2.1	23	88	3	71	35	2	18	43	1.62
2202066--2202353	152	1.9	152	89	2	445	39	8	16	35	1.80
2208014--2208054	13	3.2	13	83	10	50	34	2	0	63	1.08
2212643--2212671	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2216749--2216774	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
2223057--2223081	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
2226239--2226276	19	2.0	19	100	0	76	42	21	21	15	1.89
2232826--2232873	21	2.5	18	86	10	60	18	43	0	37	1.51
2232830--2232874	18	2.5	18	82	7	56	17	46	0	35	1.49
2243590--2243675	25	3.5	24	79	7	75	29	20	30	19	1.97
2246066--2246113	22	2.3	20	82	7	51	54	2	0	43	1.12
2248429--2248481	13	3.8	13	77	18	52	39	5	0	54	1.24
2251586--2251683	42	2.3	42	91	3	153	20	29	27	22	1.98
2252636--2252722	40	2.2	40	82	0	102	40	17	8	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2259863--2259900	9	4.3	9	80	6	51	50	2	2	44	1.30
2259861--2259897	17	2.2	17	90	0	56	48	2	2	45	1.30
2259891--2259923	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
2267047--2267116	35	2.0	35	97	0	131	35	25	7	31	1.83
2271752--2271779	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
2274011--2274075	32	2.0	32	93	0	112	40	0	6	53	1.26
2274218--2274259	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2279505--2279567	29	2.3	26	83	8	81	58	3	0	38	1.14
2279720--2279756	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2281443--2281482	20	2.0	20	100	0	80	55	10	10	25	1.64
2286513--2286537	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2287909--2288333	210	2.0	210	99	0	841	35	10	17	37	1.84
2291017--2291078	23	2.7	23	69	0	61	32	25	25	16	1.96
2292625--2292683	20	3.0	20	87	9	86	57	1	0	40	1.09
2315376--2315440	30	2.2	30	88	0	103	26	30	3	40	1.71
2317564--2317611	24	2.0	23	84	15	62	39	0	2	58	1.10
2317540--2317633	29	3.2	28	68	25	77	39	1	2	57	1.18
2320622--2321142	126	4.1	126	90	2	832	28	17	16	37	1.92
2321403--2321439	15	2.5	15	90	0	56	56	32	0	10	1.34
2329875--2329926	22	2.4	22	81	9	63	50	1	0	48	1.12
2331347--2331407	21	3.1	21	70	11	58	44	9	1	44	1.47
2333978--2334176	104	1.9	104	90	2	319	45	7	18	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335384--2335440	29	2.0	29	85	0	78	33	8	14	43	1.76
2336870--2336914	12	3.8	12	78	0	54	13	28	0	57	1.36
2343059--2343110	16	3.3	16	78	13	63	38	0	0	61	0.96
2343064--2343106	15	2.9	14	80	19	52	37	0	0	62	0.95
2348552--2348620	33	2.1	34	81	13	81	31	0	10	57	1.32
2349096--2349129	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
2349844--2349872	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2350565--2350619	18	3.3	18	66	23	57	67	0	1	30	1.01
2350544--2350610	13	6.2	11	70	26	54	62	0	2	34	1.10
2350545--2350629	31	2.9	30	89	10	131	64	0	2	32	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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