genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  93  of  120  ( 14336 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27626237--27626380	51	2.9	52	77	15	144	25	0	29	45	1.54
27626234--27626331	29	3.4	29	77	5	90	23	0	27	48	1.51
27626291--27626354	22	3.0	22	73	11	60	23	0	31	45	1.53
27626263--27626477	15	14.8	14	68	17	91	23	0	29	46	1.53
27626383--27626737	65	5.4	63	75	15	285	25	0	28	45	1.54
27626023--27626742	21	33.0	22	72	11	459	25	0	28	46	1.55
27626526--27626742	87	2.5	86	87	3	310	24	0	30	44	1.54
27626705--27626770	28	2.3	28	89	2	105	22	0	33	43	1.54
27626620--27626745	43	2.9	43	82	5	121	24	0	32	42	1.55
27627314--27627357	18	2.4	18	76	0	52	50	9	27	13	1.72
27628097--27628140	20	2.1	21	84	12	56	50	6	0	43	1.29
27628662--27628714	27	2.0	27	100	0	106	35	22	18	22	1.95
27629084--27629115	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
27629177--27629231	11	4.9	11	75	20	60	43	0	29	27	1.55
27639019--27639044	12	2.2	12	100	0	52	84	0	15	0	0.62
27640731--27640772	16	2.6	16	84	0	66	40	4	33	21	1.74
27640761--27640855	44	2.1	45	84	5	122	34	4	26	34	1.76
27641014--27641047	18	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
27640993--27641454	120	3.8	120	96	0	843	51	3	1	43	1.27
27641225--27641383	26	6.5	26	63	25	78	54	1	0	42	1.15
27641307--27641408	28	3.7	28	75	18	88	56	0	0	41	1.12
27641253--27641406	18	7.9	18	69	21	80	55	1	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27642167--27642192	7	3.7	7	100	0	52	42	26	0	30	1.56
27646255--27646308	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
27646232--27646308	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
27646592--27646696	43	2.5	42	85	4	131	50	1	7	40	1.42
27646613--27646696	42	2.0	44	88	4	127	53	1	5	39	1.33
27646692--27646755	2	33.0	2	73	6	51	46	1	6	45	1.37
27646688--27646755	10	7.0	10	71	18	63	45	1	7	45	1.40
27646705--27646757	22	2.7	20	81	16	65	49	0	7	43	1.31
27648691--27648822	60	2.2	60	86	0	183	37	15	11	36	1.83
27648719--27648845	60	2.1	59	81	5	139	33	15	12	38	1.85
27652077--27652141	31	2.1	31	86	11	89	50	7	18	23	1.72
27655093--27655210	39	3.3	39	73	22	148	48	5	3	43	1.41
27655113--27655224	32	3.4	32	72	23	115	50	3	2	43	1.33
27655086--27655234	68	2.2	68	100	0	298	48	4	2	44	1.35
27655115--27655230	37	3.3	37	69	26	124	50	3	2	43	1.33
27655183--27655253	37	1.9	37	83	11	92	52	1	2	43	1.24
27655086--27655253	68	2.5	68	92	1	230	49	3	2	44	1.35
27655481--27655517	19	1.9	19	94	0	65	35	27	13	24	1.93
27660470--27660553	42	2.0	42	90	0	132	13	17	23	45	1.84
27662382--27662517	41	3.5	39	75	7	132	32	25	16	25	1.96
27664302--27664358	21	2.9	21	76	10	66	56	0	1	42	1.10
27664350--27664420	11	6.7	11	76	16	71	56	0	2	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27664404--27664450	17	2.8	17	83	0	58	61	0	0	38	0.96
27664324--27664438	40	2.8	40	82	12	144	58	0	2	39	1.12
27669340--27669427	35	2.5	35	78	7	106	26	18	25	30	1.98
27674603--27674668	29	2.1	31	81	15	75	59	4	0	36	1.18
27675124--27675254	49	2.7	50	77	4	151	47	6	3	42	1.46
27675139--27675394	126	2.0	126	100	0	512	51	4	5	38	1.46
27675273--27675380	49	2.2	49	81	3	128	50	4	4	39	1.44
27685602--27685704	33	3.1	33	81	5	118	28	15	42	13	1.85
27687821--27687917	46	2.1	46	98	0	185	32	7	14	45	1.72
27688257--27688371	60	1.9	60	90	0	185	51	13	0	33	1.48
27688544--27688632	8	11.5	8	78	17	59	0	31	0	68	0.90
27688544--27688632	17	5.0	18	81	14	73	0	31	0	68	0.90
27688565--27688605	3	14.3	3	90	10	68	0	31	0	68	0.90
27688561--27688630	14	4.8	16	76	20	73	0	32	0	67	0.91
27703030--27703098	33	2.1	33	94	0	120	26	30	8	34	1.86
27713682--27713721	20	2.0	20	90	0	62	32	10	7	50	1.64
27713667--27713733	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
27714861--27714918	30	1.9	30	92	0	98	27	12	20	39	1.88
27716337--27716381	18	2.5	18	92	0	72	37	0	60	2	1.09
27716337--27716389	18	2.9	18	88	0	61	41	0	56	1	1.10
27716966--27716997	15	2.1	15	100	0	64	28	12	31	28	1.93
27723951--27723975	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27727774--27727822	21	2.3	21	85	3	62	44	28	10	16	1.80
27727785--27727824	21	1.9	21	94	0	71	42	30	12	15	1.83
27728242--27728281	21	1.9	22	85	10	57	72	2	2	22	1.09
27728705--27728762	30	2.1	27	81	15	66	25	3	13	56	1.53
27731479--27731625	30	4.9	30	84	4	156	36	17	6	40	1.74
27731823--27731853	12	2.7	12	95	5	55	74	0	25	0	0.82
27732246--27732283	14	2.6	14	95	4	67	84	0	15	0	0.63
27732395--27732422	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
27732785--27733054	17	15.4	17	75	13	201	30	13	11	44	1.79
27732785--27733054	35	7.7	35	80	8	307	30	13	11	44	1.79
27733962--27734005	17	2.7	17	86	10	65	52	2	0	45	1.13
27733969--27734012	17	2.5	17	85	14	63	54	0	0	45	0.99
27747493--27747545	25	2.1	25	96	0	97	28	13	22	35	1.92
27759073--27759112	15	2.7	15	84	7	55	7	2	10	80	1.00
27770313--27770448	10	14.2	9	73	15	62	60	2	3	33	1.27
27770397--27770434	17	2.2	18	90	4	60	57	2	5	34	1.35
27770402--27770475	26	2.8	26	81	6	69	58	1	1	39	1.15
27770429--27770482	26	2.1	26	82	6	65	55	0	1	42	1.10
27771139--27771176	20	1.9	20	100	0	76	42	10	10	36	1.74
27771206--27771263	19	3.2	19	76	16	68	41	12	10	36	1.76
27771287--27771379	17	5.4	17	70	7	62	47	13	15	23	1.81
27771249--27771368	53	2.3	52	79	4	134	49	13	13	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27771392--27771433	18	2.3	19	88	12	61	38	7	7	47	1.58
27771528--27771587	19	3.3	18	77	15	70	33	8	13	45	1.73
27771594--27771645	17	3.0	17	81	15	70	40	15	15	28	1.88
27771542--27771786	18	13.8	18	71	14	127	43	9	15	31	1.79
27771692--27771786	35	2.7	33	74	19	86	43	8	16	31	1.78
27771706--27771797	17	5.4	16	72	11	60	43	9	14	32	1.78
27771706--27771792	34	2.5	34	80	9	86	45	10	14	28	1.78
27772213--27772277	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
27772362--27772398	19	1.9	19	88	0	56	67	2	5	24	1.25
27772661--27772732	10	6.6	11	69	12	51	1	26	0	72	0.93
27772661--27772696	10	3.5	10	88	3	54	2	19	0	77	0.88
27772660--27772732	27	2.7	27	76	4	85	1	26	0	72	0.93
27772652--27772696	24	1.9	23	82	13	56	4	17	0	77	0.92
27772834--27772871	18	2.2	17	86	13	51	2	31	0	65	1.06
27773426--27773578	30	5.2	28	74	15	85	37	3	22	35	1.73
27773443--27773578	30	4.5	31	78	14	119	35	4	24	36	1.76
27773443--27773504	28	2.1	29	85	11	81	32	4	30	32	1.79
27776411--27776447	18	2.0	19	89	5	58	51	0	8	40	1.32
27776616--27776657	3	14.0	3	89	0	66	64	2	2	30	1.19
27782964--27783024	30	2.1	28	82	8	70	65	3	3	27	1.24
27783197--27783252	20	2.8	21	77	20	66	25	7	0	67	1.15
27783266--27783315	20	2.5	22	87	12	72	26	4	0	70	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27783299--27783372	28	2.6	29	83	12	91	35	1	1	62	1.12
27791473--27791655	43	4.2	44	79	10	157	32	27	16	23	1.96
27791672--27791724	20	2.7	19	78	16	56	43	1	0	54	1.11
27792472--27792573	45	2.3	45	100	0	204	46	20	11	21	1.83
27801011--27801646	45	14.2	45	88	1	884	29	18	24	27	1.98
27803140--27803192	3	18.0	3	84	3	72	32	3	1	62	1.24
27806023--27806049	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27807747--27807783	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
27811705--27811757	24	2.2	24	86	6	72	16	26	26	30	1.97
27819625--27819677	23	2.2	25	83	6	65	22	26	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120