genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  83  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24858099--24858148	24	2.2	21	78	21	57	76	2	0	22	0.89
24858106--24858143	10	3.7	10	83	16	51	71	2	0	26	1.00
24858112--24858158	20	2.4	20	85	3	60	76	2	2	19	0.99
24858708--24858742	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
24862947--24863194	131	1.9	131	82	2	300	46	10	5	37	1.61
24864001--24864042	15	2.8	15	79	10	50	30	0	4	64	1.14
24865298--24865330	17	1.9	17	88	11	50	24	0	0	75	0.80
24865344--24865404	10	6.4	10	68	24	51	42	1	0	55	1.09
24865309--24865364	30	1.9	27	82	13	67	37	1	0	60	1.07
24865364--24865415	14	3.6	14	70	10	50	34	3	0	61	1.14
24865317--24865419	30	3.4	30	86	5	138	35	2	0	61	1.11
24868036--24868125	13	6.9	13	87	0	117	30	7	27	34	1.85
24868351--24868411	19	3.1	19	81	9	70	50	0	1	47	1.10
24870154--24870328	72	2.4	73	79	10	198	55	10	8	25	1.61
24870750--24870815	18	3.7	18	97	0	123	39	12	13	34	1.82
24870907--24871617	361	2.0	361	100	0	1422	32	21	11	34	1.89
24872064--24872439	117	3.2	117	96	1	697	34	9	6	48	1.63
24872418--24872454	15	2.5	15	100	0	74	43	0	5	51	1.24
24874401--24874527	19	6.1	19	70	20	83	51	22	24	2	1.60
24874411--24874602	25	8.2	25	76	13	201	50	24	22	2	1.62
24874414--24874615	44	4.5	44	82	10	255	50	23	23	2	1.61
24874413--24874620	69	3.0	69	76	9	226	50	24	23	2	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24874579--24874618	19	2.1	19	90	0	62	47	17	30	5	1.69
24877178--24877471	90	3.3	90	76	5	272	34	13	25	27	1.93
24881231--24881356	34	3.6	36	84	6	170	45	13	7	34	1.71
24887397--24887437	13	3.2	13	80	12	50	39	0	0	60	0.96
24887455--24887507	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
24887666--24887758	44	2.1	46	87	4	136	37	27	4	30	1.76
24889221--24889268	4	12.0	4	100	0	96	50	25	0	25	1.50
24889799--24889831	16	2.1	16	88	5	50	54	15	0	30	1.41
24890610--24890647	15	2.4	16	82	8	51	65	2	2	28	1.19
24891489--24891533	23	2.0	22	91	4	72	35	17	6	40	1.76
24891489--24891546	19	2.8	20	87	10	73	36	17	8	37	1.80
24891713--24891760	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
24892987--24893171	46	4.0	46	88	2	273	36	9	24	29	1.86
24895149--24895341	89	2.2	89	85	1	262	25	23	23	26	2.00
24895363--24895613	44	5.7	44	71	15	185	29	21	17	31	1.96
24902543--24902575	16	2.1	16	88	5	50	69	0	3	27	1.03
24903432--24903475	19	2.5	17	82	13	61	34	15	9	40	1.79
24903432--24903483	17	2.9	17	78	15	61	36	13	9	40	1.77
24903807--24903839	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24905931--24905970	20	1.9	22	85	10	57	32	0	5	62	1.17
24906088--24906112	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
24906080--24906127	14	3.3	14	82	5	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24908716--24908828	40	2.8	40	82	1	136	31	15	30	22	1.94
24908824--24909198	112	3.3	112	92	0	615	28	18	27	25	1.98
24909801--24909930	60	2.2	60	95	1	235	22	3	36	36	1.73
24909905--24909948	11	3.9	11	76	5	52	15	4	43	36	1.68
24911100--24911544	84	5.3	84	95	0	809	32	21	18	27	1.97
24912868--24912896	11	2.7	11	94	5	51	37	10	24	27	1.88
24913654--24913754	17	5.6	17	80	17	114	46	12	0	39	1.49
24913645--24913777	57	2.3	57	97	1	248	45	10	1	42	1.47
24913759--24913803	13	3.5	13	78	0	54	42	8	2	46	1.47
24914548--24914757	19	10.7	19	68	23	80	44	19	0	35	1.57
24914661--24914757	18	5.6	18	74	22	91	45	18	0	36	1.50
24914636--24914736	25	4.0	25	97	1	184	45	19	0	34	1.51
24920229--24920277	21	2.3	22	79	10	57	36	20	40	2	1.64
24920602--24920720	42	2.8	42	93	2	195	19	25	24	31	1.98
24921130--24921241	56	2.0	56	94	0	197	17	20	14	47	1.82
24921641--24921982	23	14.7	23	71	15	165	42	18	12	26	1.86
24921633--24922013	93	4.1	93	94	0	654	42	17	12	27	1.86
24921691--24922029	46	7.3	45	69	12	213	41	17	14	27	1.88
24922752--24922878	28	4.5	28	88	0	182	30	26	11	30	1.92
24925608--24925651	17	2.6	17	85	7	63	31	9	0	59	1.29
24926554--24926595	18	2.2	20	83	8	52	35	19	9	35	1.84
24931158--24931203	20	2.2	21	85	11	60	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24935983--24936012	12	2.4	13	94	5	53	16	6	0	76	0.99
24935980--24936037	28	2.1	28	81	9	66	13	12	1	72	1.20
24936119--24936158	21	2.0	20	85	5	53	57	10	0	32	1.32
24936935--24936999	29	2.2	29	94	0	112	30	29	0	40	1.57
24937011--24937069	31	1.9	31	96	0	109	38	0	0	61	0.96
24937942--24937979	20	1.9	20	84	10	51	31	2	7	57	1.41
24938152--24938218	7	9.6	7	100	0	134	28	0	13	58	1.36
24938841--24938875	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
24939395--24939458	29	2.2	29	97	0	119	43	26	0	29	1.55
24939642--24939666	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
24942777--24943127	126	2.8	125	92	1	589	33	22	15	28	1.94
24950922--24951048	43	3.0	40	78	14	130	33	24	17	24	1.96
24950925--24951037	41	2.7	40	81	10	129	33	25	17	23	1.96
24951060--24951351	51	5.8	51	76	10	294	31	28	16	23	1.96
24951058--24951343	101	2.8	101	94	1	493	31	27	17	23	1.96
24953918--24954044	49	2.7	47	79	4	139	33	24	14	27	1.95
24953918--24954044	47	2.6	48	79	4	141	33	24	14	27	1.95
24955167--24955202	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24956302--24956593	51	5.8	51	75	10	285	31	27	16	24	1.96
24956300--24956585	101	2.8	101	93	1	475	32	26	16	24	1.96
24959517--24959542	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
24960689--24960729	18	2.2	19	91	4	66	80	7	0	12	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24961289--24961322	11	3.1	11	100	0	68	47	0	0	52	1.00
24961562--24961602	21	1.9	22	95	5	75	82	4	0	12	0.81
24961679--24961707	15	1.9	15	100	0	58	48	37	0	13	1.43
24959958--24961686	878	2.0	863	94	2	2996	40	19	12	26	1.88
24963553--24963588	18	2.0	18	89	10	56	55	0	0	44	0.99
24964369--24964418	20	2.6	19	90	3	73	30	0	0	70	0.88
24964483--24964607	10	12.5	10	73	13	64	27	4	0	68	1.10
24964481--24964515	11	3.1	11	84	8	52	25	2	0	71	1.00
24964507--24964558	27	1.9	27	84	0	68	30	3	0	65	1.10
24964526--24964607	20	4.2	20	77	18	75	28	3	0	68	1.06
24964522--24964607	19	4.5	19	73	20	72	29	3	0	67	1.07
24964484--24964598	21	5.7	20	69	15	67	27	4	0	67	1.09
24970899--24970979	38	2.1	39	84	6	103	40	28	19	11	1.86
24972366--24972439	31	2.4	31	79	2	76	39	17	20	22	1.92
24972384--24972455	31	2.3	30	88	4	99	34	16	22	26	1.95
24972415--24972515	45	2.2	45	82	0	121	40	8	19	30	1.82
24978393--24978453	16	3.6	16	73	26	54	73	0	4	21	1.01
24982863--24983212	67	5.3	65	67	16	191	33	13	14	38	1.85
24982770--24983269	131	3.8	131	83	3	619	33	13	13	39	1.84
24982772--24983281	263	1.9	262	85	2	693	34	13	13	38	1.84
24983163--24983348	100	1.9	100	82	0	237	33	12	15	38	1.85
24983163--24983371	100	2.1	100	80	1	231	32	12	15	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24987418--24987501	23	3.6	23	71	15	64	39	5	3	51	1.44
24987808--24987845	12	3.2	12	88	0	58	36	0	0	63	0.95
24995792--24995846	25	2.2	25	83	0	65	40	18	20	21	1.92
24995898--24995967	26	2.8	25	80	4	86	32	22	27	17	1.96
24995813--24995981	25	6.8	25	69	14	100	34	21	26	17	1.96
25009073--25009188	58	2.0	58	100	0	232	36	15	10	37	1.82
25015340--25015467	68	1.9	68	91	3	213	47	7	25	20	1.75
25022221--25022251	10	3.2	10	95	4	55	29	0	0	70	0.87
25022221--25022258	18	2.0	20	85	10	53	31	0	0	68	0.90
25027985--25028058	3	24.7	3	100	0	148	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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