genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  71  of  120  ( 14336 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21314464--21314722	40	6.5	40	82	4	157	21	25	18	34	1.96
21314475--21314722	80	3.1	79	81	5	214	21	25	18	34	1.96
21314463--21314722	120	2.2	120	80	7	296	21	25	18	34	1.96
21315584--21315610	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
21324743--21324820	29	2.7	29	86	4	104	34	25	11	28	1.91
21336470--21336498	14	2.0	15	93	6	51	34	20	20	24	1.97
21341730--21341764	15	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
21341783--21341847	15	4.2	15	73	17	53	53	1	0	44	1.09
21342304--21342356	14	3.8	14	87	9	81	33	20	7	37	1.81
21342879--21343005	65	2.0	65	95	0	227	22	22	8	45	1.80
21346109--21346181	34	2.1	33	83	14	94	60	4	6	28	1.41
21364104--21364166	9	6.8	9	79	13	56	36	3	36	23	1.71
21366274--21366312	20	2.0	20	84	0	51	46	0	10	43	1.37
21366245--21366320	28	2.7	27	78	11	73	50	0	6	43	1.28
21366307--21366451	10	15.5	10	80	7	89	65	1	4	28	1.19
21366337--21366419	17	4.9	16	73	15	78	66	2	2	28	1.17
21366323--21366417	8	11.2	8	77	15	86	65	2	2	30	1.16
21366306--21366418	9	12.7	9	79	12	110	65	1	2	30	1.16
21367058--21367092	17	2.1	17	94	0	61	31	11	0	57	1.34
21368079--21368149	28	2.7	25	83	14	74	38	2	7	52	1.44
21368087--21368149	12	4.8	13	70	26	53	39	1	7	50	1.41
21368130--21368247	41	3.2	41	66	28	127	44	1	5	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21368102--21368274	69	2.5	69	92	1	258	41	2	6	50	1.40
21368135--21368241	32	3.2	32	68	17	99	44	1	6	46	1.40
21368132--21368274	69	2.1	69	98	0	277	41	2	5	50	1.37
21368780--21368825	17	2.6	18	82	6	58	43	4	0	52	1.21
21378018--21378226	106	2.0	106	89	5	325	36	12	22	28	1.91
21378018--21378228	53	4.0	53	83	2	282	36	12	23	28	1.91
21378523--21378611	27	3.2	27	76	9	90	33	19	23	23	1.97
21378550--21378668	29	4.2	28	77	10	100	29	21	22	26	1.99
21381674--21381743	3	23.0	3	88	2	95	35	4	0	60	1.17
21382332--21382639	159	2.0	155	87	5	449	44	3	10	40	1.58
21384622--21384667	23	1.9	24	86	8	67	21	6	15	56	1.61
21385895--21385964	26	2.7	26	79	18	67	44	0	5	50	1.26
21385900--21385968	35	2.0	35	85	5	95	46	0	5	47	1.26
21385916--21385976	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
21387273--21387335	12	5.2	12	88	0	81	36	0	7	55	1.29
21387275--21387333	3	19.7	3	85	0	73	37	0	5	57	1.21
21392220--21392337	47	2.5	48	81	2	132	11	16	24	47	1.80
21395190--21395243	23	2.3	24	81	9	58	62	11	0	25	1.28
21398480--21398650	46	3.7	46	70	9	134	29	16	23	29	1.97
21399439--21399494	27	2.1	27	93	0	94	44	21	3	30	1.69
21402015--21402079	25	2.6	25	76	9	69	29	18	23	29	1.98
21402085--21402135	24	2.1	24	85	0	66	37	19	19	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21404068--21404156	44	2.0	44	97	0	169	44	14	4	35	1.66
21408738--21408780	18	2.3	19	84	8	61	44	2	0	53	1.13
21408751--21408787	18	2.0	19	94	5	67	48	0	2	48	1.15
21408752--21408793	18	2.4	17	88	11	59	50	0	2	47	1.14
21423121--21424156	40	26.0	40	83	2	1046	30	16	30	21	1.95
21423316--21423457	20	7.1	20	60	9	56	29	19	32	19	1.96
21423715--21423778	20	3.2	20	65	8	58	35	20	29	14	1.92
21424786--21424810	13	1.9	13	100	0	50	84	0	8	8	0.79
21429843--21429920	39	2.0	39	100	0	156	28	23	12	35	1.91
21431530--21431632	46	2.2	46	80	0	125	30	12	26	31	1.93
21437264--21437362	28	3.4	29	86	6	130	41	11	27	20	1.86
21437260--21437536	30	9.4	30	77	11	177	38	13	25	22	1.90
21437238--21437570	178	1.9	177	85	1	470	37	13	25	23	1.91
21451072--21451097	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
21451177--21451227	21	2.4	22	80	12	61	31	1	9	56	1.43
21454147--21454171	12	2.1	12	100	0	50	52	8	24	16	1.70
21464359--21464389	15	2.1	15	93	0	53	16	0	58	25	1.38
21472558--21472633	20	3.8	20	82	6	100	50	1	27	21	1.57
21477525--21477658	19	6.7	21	78	10	77	40	14	6	38	1.72
21477525--21477582	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
21477561--21477671	19	5.8	19	87	2	161	37	14	8	39	1.76
21477561--21477662	38	2.7	38	98	0	195	39	12	8	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21477949--21478055	43	2.4	44	78	6	119	30	26	14	28	1.95
21477992--21478490	132	3.8	132	93	1	813	28	24	18	28	1.98
21478081--21478419	44	7.7	44	63	11	138	28	23	18	29	1.98
21482428--21482473	24	1.9	24	86	0	65	10	26	17	45	1.81
21485335--21485445	19	5.8	19	88	0	168	36	13	9	39	1.78
21485335--21485438	38	2.7	38	96	0	190	37	12	9	40	1.76
21485652--21485699	17	3.1	17	72	27	52	58	2	0	39	1.10
21485652--21485702	14	3.5	14	73	17	50	58	1	0	39	1.09
21486406--21486438	13	2.5	13	100	0	66	30	9	21	39	1.84
21497511--21497587	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
21497527--21497566	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
21497515--21497581	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
21500074--21500126	17	3.2	17	71	15	56	39	16	3	39	1.67
21523912--21523956	3	15.0	3	95	0	81	33	2	0	64	1.06
21525184--21525424	42	5.7	41	74	10	191	36	25	14	24	1.93
21525176--21525415	85	2.8	85	87	0	329	35	25	16	22	1.95
21532823--21532932	54	2.0	54	100	0	220	48	9	7	35	1.63
21538467--21538619	27	5.7	27	77	3	155	33	13	26	26	1.94
21538466--21538634	54	3.1	55	83	5	218	35	12	25	26	1.91
21539931--21539984	27	2.0	27	100	0	108	29	14	11	44	1.80
21553681--21553815	42	3.2	42	96	0	243	30	21	18	29	1.97
21559045--21559242	101	2.0	101	90	0	315	30	15	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21559082--21559301	33	6.6	32	70	12	106	30	15	25	27	1.96
21559060--21559301	101	2.4	100	83	3	290	30	15	25	28	1.96
21563378--21563484	54	2.0	54	98	0	205	29	14	13	42	1.83
21564426--21564455	8	3.9	8	91	8	53	86	0	13	0	0.57
21573711--21573753	21	2.0	21	100	0	86	44	27	18	9	1.80
21582810--21582857	17	2.8	17	90	0	78	58	2	10	29	1.43
21589871--21589903	15	2.2	15	94	0	57	42	6	3	48	1.43
21591952--21591985	16	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
21599597--21599645	18	2.6	19	78	18	57	73	2	2	22	1.04
21601256--21601332	40	1.9	40	84	5	102	35	18	32	14	1.91
21603984--21604128	50	2.9	49	80	4	146	29	22	27	20	1.98
21604379--21604417	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
21613157--21613251	50	1.9	50	84	0	127	33	21	26	18	1.96
21613156--21613262	50	2.1	50	80	0	124	34	19	26	19	1.96
21613552--21613600	20	2.5	20	78	15	57	57	8	22	12	1.61
21619227--21619465	40	6.1	40	75	6	175	37	17	29	15	1.91
21620566--21620619	21	2.6	21	93	0	90	20	27	18	33	1.96
21623380--21623410	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
21630896--21630933	14	2.6	15	91	8	69	18	7	13	60	1.56
21634175--21634627	29	15.8	29	81	3	443	21	24	14	39	1.91
21634165--21634627	87	5.4	87	81	4	503	21	24	15	39	1.91
21634253--21634577	169	1.9	169	88	1	490	21	24	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21634207--21634522	111	2.8	111	81	4	294	21	24	14	38	1.91
21634281--21634536	140	1.8	140	86	0	368	21	24	15	38	1.92
21641038--21641086	21	2.2	22	85	7	64	48	24	4	22	1.67
21641649--21641819	29	5.9	29	80	3	175	19	25	12	41	1.87
21641650--21641819	58	2.9	58	83	6	209	20	25	12	41	1.88
21641827--21641883	28	2.0	28	93	0	96	28	26	10	35	1.89
21646527--21646580	25	2.1	26	86	10	76	31	3	1	62	1.23
21656272--21656340	25	2.7	25	86	4	84	23	27	23	26	2.00
21663435--21663562	29	4.4	29	89	0	202	38	11	25	25	1.89
21663486--21663664	29	6.1	29	81	4	121	36	13	26	23	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120