genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  92  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27334718--27334872	45	3.4	44	89	3	220	41	20	18	19	1.90
27334733--27334894	45	3.8	41	85	7	159	40	22	17	19	1.92
27336986--27337027	21	2.0	21	81	9	50	42	11	7	38	1.69
27339455--27339486	5	6.4	5	96	0	55	18	78	0	3	0.89
27339841--27339887	25	2.0	23	87	8	67	40	0	2	57	1.11
27350783--27350822	16	2.5	17	84	11	50	55	35	5	5	1.44
27352012--27352074	3	21.3	3	96	3	119	33	0	0	66	0.92
27359820--27359854	16	2.1	17	89	5	54	42	11	0	45	1.40
27363278--27363351	31	2.4	31	81	4	78	32	31	16	20	1.94
27364766--27364830	23	2.8	23	72	9	60	43	23	16	16	1.88
27366269--27366476	41	5.0	41	93	0	344	24	27	19	28	1.98
27367164--27367209	2	23.0	2	93	0	74	45	2	0	52	1.13
27380906--27380935	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
27389023--27389070	22	2.3	22	85	7	64	43	0	6	50	1.27
27390617--27390647	16	1.9	16	93	0	53	32	22	6	38	1.80
27391323--27391362	11	3.6	11	93	0	62	22	22	7	47	1.76
27391369--27391411	12	3.7	12	87	3	52	44	0	0	55	0.99
27392513--27392537	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
27393311--27393572	23	11.6	23	74	14	233	48	22	0	27	1.54
27393311--27393556	44	5.5	44	81	10	259	48	23	0	27	1.54
27393387--27393571	90	2.0	92	87	4	268	49	23	0	26	1.54
27393324--27393572	67	3.7	67	79	10	292	48	23	0	27	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27393566--27393926	116	3.1	116	94	1	625	39	9	7	44	1.64
27393689--27393873	61	3.1	61	63	17	163	39	9	8	42	1.68
27396933--27397307	123	3.0	123	91	1	590	33	22	15	28	1.95
27398273--27398301	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
27398341--27398380	9	4.4	9	90	0	62	27	10	20	42	1.83
27398336--27398380	18	2.4	18	81	3	63	26	11	20	42	1.85
27403109--27403169	32	1.9	33	86	6	90	45	1	1	50	1.21
27403119--27403164	10	4.4	11	75	8	51	50	2	0	47	1.13
27403123--27403161	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
27404512--27404541	9	3.4	9	90	9	53	10	0	0	90	0.47
27414336--27414394	27	2.2	27	100	0	118	45	6	22	25	1.76
27418164--27418206	23	1.9	22	86	13	61	72	2	6	18	1.19
27418609--27418669	22	2.7	23	73	12	56	62	6	9	21	1.49
27419320--27419404	38	2.3	36	77	18	86	57	1	3	37	1.23
27426259--27426293	17	2.2	15	90	10	52	88	2	8	0	0.61
27426259--27426292	11	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
27431343--27431367	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
27439398--27439438	4	10.2	4	94	0	73	26	0	24	48	1.51
27440241--27440304	29	2.2	29	83	5	76	29	26	29	14	1.95
27442246--27442443	51	4.0	49	77	6	184	23	16	28	31	1.96
27442252--27442436	101	1.8	102	87	5	277	23	16	28	31	1.96
27442440--27442532	45	2.1	45	93	0	159	26	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27446716--27446786	20	3.7	20	77	12	85	47	7	0	45	1.30
27448305--27448336	15	2.1	15	94	0	55	71	6	6	15	1.26
27452190--27452230	16	2.6	16	92	0	64	46	2	2	48	1.28
27457142--27457224	41	2.0	41	97	0	157	18	25	24	32	1.97
27457960--27457994	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
27466270--27466311	22	2.0	21	85	4	57	42	23	0	33	1.55
27468650--27468754	50	2.1	50	90	0	165	53	6	2	37	1.42
27468884--27468950	28	2.4	28	79	0	71	53	1	13	31	1.49
27469604--27469699	44	2.2	45	86	3	142	41	6	17	34	1.75
27479784--27480246	126	3.7	126	87	2	626	31	17	22	28	1.96
27486508--27486575	30	2.2	31	84	2	84	29	11	13	45	1.79
27486596--27486704	45	2.4	45	80	3	130	28	19	11	41	1.85
27489513--27489557	20	2.3	19	88	11	65	44	13	8	33	1.75
27489482--27489587	54	2.0	54	84	0	140	45	13	9	32	1.75
27492505--27492550	18	2.6	18	82	0	56	32	4	4	58	1.37
27494404--27494457	23	2.3	24	75	21	60	44	3	0	51	1.19
27499121--27499235	44	2.6	44	74	14	103	23	15	26	34	1.95
27516186--27516223	14	2.7	14	92	8	60	39	2	15	42	1.61
27516215--27516252	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
27516328--27516370	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
27517537--27517597	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
27517570--27517624	27	2.0	27	86	6	76	49	18	5	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27520774--27520808	16	2.2	16	94	0	61	45	40	0	14	1.45
27521741--27521789	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
27521899--27521953	28	2.0	28	88	0	83	47	5	3	43	1.44
27522241--27522280	17	2.4	17	91	0	62	75	0	0	25	0.81
27522241--27522305	17	4.1	16	75	16	55	70	1	0	27	0.96
27522252--27522303	24	2.1	24	89	3	77	73	1	0	25	0.94
27527256--27527304	23	2.1	23	100	0	98	38	14	20	26	1.91
27532902--27532939	19	2.0	20	89	5	60	60	2	0	36	1.11
27538222--27538251	16	1.9	15	93	6	51	40	0	3	56	1.16
27547763--27547801	5	7.6	5	82	5	51	35	0	23	41	1.55
27551449--27551496	25	1.9	25	87	8	71	29	20	12	37	1.90
27555964--27556024	32	1.9	32	90	3	97	19	19	6	54	1.66
27564456--27564499	18	2.3	20	84	7	56	29	2	13	54	1.51
27575452--27575514	30	2.1	30	96	0	117	31	6	38	23	1.80
27577462--27577518	29	2.0	28	82	3	69	43	5	5	45	1.49
27579149--27579344	42	4.6	43	87	5	265	25	27	19	28	1.99
27585056--27585097	16	2.5	17	92	7	68	45	0	0	54	0.99
27585204--27585419	14	15.4	14	70	8	107	40	36	0	21	1.60
27585269--27585399	7	18.7	7	70	9	61	44	33	1	20	1.61
27585284--27585419	21	6.4	21	72	9	89	44	32	1	22	1.62
27585741--27585858	41	2.9	41	94	1	209	27	33	22	16	1.96
27585950--27586026	40	1.9	40	94	0	136	19	22	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27587127--27587173	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
27587876--27587905	15	2.1	15	93	6	53	6	13	0	80	0.91
27589834--27589901	2	34.0	2	94	5	120	48	0	1	50	1.10
27589834--27589911	12	6.2	13	89	8	101	47	0	2	50	1.15
27590694--27590720	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
27590940--27591009	35	2.0	35	88	2	106	45	31	11	11	1.76
27592253--27592301	24	2.0	24	84	7	64	34	8	4	53	1.50
27594238--27594263	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
27594295--27594334	19	2.0	20	85	4	55	25	20	7	47	1.75
27597148--27597210	7	9.7	7	85	14	91	74	0	12	12	1.07
27598466--27599422	89	10.7	89	88	2	1237	31	17	23	27	1.96
27598472--27599422	269	3.6	269	91	1	1358	31	17	23	27	1.97
27598466--27599460	44	22.4	44	77	3	927	31	16	23	27	1.96
27599437--27599908	44	10.7	44	69	11	243	29	18	23	27	1.98
27599771--27599967	44	4.5	45	74	13	126	26	19	25	27	1.99
27599439--27599937	132	3.8	132	92	1	838	29	18	24	27	1.98
27600226--27600295	35	2.0	35	88	2	106	45	31	11	11	1.76
27601458--27601506	24	2.0	24	84	7	64	34	8	4	53	1.50
27601591--27601680	34	2.6	35	85	3	110	34	6	3	55	1.42
27608688--27609003	149	2.1	149	86	6	455	56	6	6	30	1.52
27608932--27608961	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
27609217--27609284	30	2.3	30	82	5	77	22	14	17	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27612268--27612297	15	2.0	15	100	0	60	26	0	26	46	1.53
27614356--27614596	43	5.6	44	76	12	200	32	24	14	27	1.94
27618588--27618651	32	2.0	32	100	0	128	37	15	15	31	1.89
27619373--27619425	17	3.1	17	88	2	79	22	13	28	35	1.92
27619372--27619426	9	6.2	9	87	4	67	21	12	27	38	1.90
27621363--27621400	15	2.5	16	83	12	53	60	5	0	34	1.19
27622341--27622908	126	4.5	125	85	3	721	31	16	22	30	1.95
27626112--27626149	17	2.3	17	90	4	60	21	0	28	50	1.49
27626023--27626183	38	4.0	38	78	9	160	24	0	26	48	1.56
27626150--27626414	8	35.9	7	65	24	52	25	0	27	46	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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