genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19464089--19464200	54	2.1	54	88	3	163	25	18	17	38	1.93
19464087--19464201	27	4.3	27	80	4	124	25	19	17	38	1.93
19467460--19467564	41	2.6	41	87	0	138	33	25	21	19	1.97
19473587--19473697	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
19473594--19473697	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
19473587--19473723	19	6.9	21	85	4	114	38	8	14	37	1.77
19476585--19476630	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
19479159--19479191	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
19480596--19480845	132	1.9	132	89	4	389	28	19	24	28	1.98
19483098--19483129	16	2.0	16	100	0	64	31	12	25	31	1.92
19485461--19485591	43	3.0	45	76	8	135	27	22	18	32	1.97
19488401--19488445	22	2.0	22	87	8	65	53	20	0	26	1.46
19499949--19499999	25	2.0	26	81	11	61	76	5	13	3	1.11
19500021--19500056	18	1.9	18	88	5	54	63	2	27	5	1.30
19504642--19504667	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
19508485--19508516	12	2.7	12	95	0	55	21	43	28	6	1.77
19516424--19516456	15	2.1	16	88	5	50	75	6	15	3	1.11
19517309--19517399	41	2.2	41	92	0	146	34	16	19	29	1.94
19517334--19518322	216	4.6	216	89	0	1424	26	24	19	29	1.98
19517348--19518322	431	2.3	432	88	0	1414	26	24	19	29	1.98
19518366--19518569	88	2.3	88	79	3	223	22	26	25	25	2.00
19519995--19520043	19	2.8	17	81	9	62	2	10	4	83	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19519995--19520042	8	5.5	8	77	18	51	2	10	4	83	0.87
19519995--19520043	9	5.4	9	76	9	55	2	10	4	83	0.85
19520877--19520970	7	13.7	7	75	9	54	6	11	3	78	1.05
19520875--19520911	6	6.2	6	93	0	65	0	18	0	81	0.70
19520902--19520955	15	3.7	15	74	13	51	11	5	5	77	1.10
19522047--19522112	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
19529738--19529790	26	2.0	26	85	0	70	24	33	16	24	1.96
19532404--19532504	20	5.1	20	75	4	87	15	29	18	35	1.93
19532378--19532504	40	3.2	40	82	2	157	14	29	18	36	1.92
19536987--19537271	144	2.0	144	92	0	471	23	12	24	39	1.89
19550105--19550151	13	3.6	13	88	0	67	42	17	0	40	1.49
19559992--19560053	33	2.0	32	85	14	87	38	1	12	46	1.52
19560603--19560689	26	3.4	26	76	4	97	22	14	22	39	1.91
19572361--19572545	101	1.8	102	91	3	311	24	18	26	30	1.98
19572359--19572543	51	3.7	49	79	5	210	24	18	27	29	1.98
19572467--19572547	26	3.2	26	65	28	73	23	14	28	33	1.94
19572779--19572810	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19584795--19584856	30	2.1	30	84	6	81	50	11	6	32	1.64
19597512--19597571	27	2.2	27	96	0	111	20	16	15	48	1.81
19619384--19619422	19	2.1	19	85	9	53	33	5	2	58	1.33
19620907--19621321	206	2.0	206	97	0	785	33	19	10	36	1.86
19622890--19622993	3	34.7	3	96	0	190	31	0	34	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19623903--19623959	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
19624205--19624239	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19624339--19624380	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19624092--19624389	154	1.9	156	95	2	546	44	3	5	47	1.41
19624348--19624467	15	7.8	15	65	25	63	50	4	2	42	1.34
19624131--19624446	154	2.0	155	83	7	401	46	4	3	45	1.39
19624638--19624832	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
19628126--19628156	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
19638974--19639023	25	2.1	23	85	10	66	28	0	2	70	0.99
19640206--19640977	126	6.1	126	86	2	1018	28	17	16	37	1.91
19640206--19640977	251	3.1	250	86	3	1025	28	17	16	37	1.91
19641063--19641148	34	2.7	32	87	8	129	41	16	0	41	1.48
19641185--19641232	6	6.7	7	84	15	55	45	41	0	12	1.42
19644430--19644463	16	2.2	16	94	5	61	52	11	5	29	1.61
19647572--19647605	14	2.4	15	90	9	54	52	32	11	2	1.53
19647640--19647800	41	3.9	41	86	4	225	24	19	23	31	1.98
19648213--19648245	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
19648265--19648298	7	4.9	7	85	0	50	20	0	50	29	1.49
19649490--19649529	20	2.0	20	85	5	53	27	42	0	30	1.56
19649609--19649677	36	1.9	36	96	0	129	23	2	17	56	1.54
19649603--19649668	19	3.5	19	72	17	66	24	4	18	53	1.63
19649618--19649680	17	3.3	21	70	25	75	22	3	17	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19650226--19650261	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
19653939--19654078	43	3.2	42	85	5	181	25	17	32	25	1.97
19657302--19657335	16	2.2	16	94	5	61	52	14	5	26	1.64
19669346--19669561	52	4.2	52	93	0	351	28	30	16	24	1.96
19670496--19670525	11	2.7	11	89	0	51	26	0	6	66	1.16
19674833--19675008	88	2.0	88	100	0	352	35	15	18	30	1.92
19676732--19676785	26	2.2	24	93	6	90	51	3	7	37	1.48
19677779--19677839	15	4.1	15	72	16	54	57	1	11	29	1.44
19679939--19679963	12	2.1	12	100	0	50	28	16	40	16	1.89
19687873--19690729	8	356.1	8	87	1	3006	47	28	1	19	1.58
19687873--19690729	12	237.4	12	90	1	3006	47	28	1	19	1.58
19701948--19702129	84	2.2	84	77	2	195	29	26	17	26	1.98
19701948--19702129	56	3.2	56	81	3	197	29	26	17	26	1.98
19701915--19702147	28	8.3	28	76	1	162	29	26	17	26	1.97
19706601--19706649	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
19706902--19707092	50	3.7	50	80	4	193	24	27	20	26	1.99
19706850--19707099	50	4.9	50	76	8	159	25	27	20	27	1.99
19708465--19708503	15	2.7	15	88	4	62	46	7	5	41	1.55
19711506--19711547	23	1.9	21	90	9	66	23	9	14	52	1.71
19720128--19720305	46	3.8	46	74	5	128	30	20	20	28	1.98
19720132--19720301	93	1.8	93	85	2	243	28	20	21	29	1.98
19720150--19720303	46	3.3	46	77	1	155	30	20	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19721108--19721446	51	6.7	51	76	9	302	28	15	26	29	1.96
19721108--19721449	102	3.4	101	80	8	376	28	15	26	29	1.96
19726552--19726889	51	6.7	50	76	9	305	28	15	26	29	1.96
19726552--19726892	102	3.4	101	82	7	401	27	15	26	29	1.96
19740527--19740602	26	2.9	26	76	0	80	34	15	9	40	1.79
19742339--19742423	22	3.9	22	87	0	125	27	15	27	30	1.96
19752097--19752139	16	2.7	16	74	0	50	23	13	16	46	1.83
19769118--19769163	17	2.8	16	83	12	58	6	19	2	71	1.18
19791209--19791426	108	2.0	108	100	0	436	39	12	16	31	1.86
19791937--19792235	63	4.8	63	82	4	352	37	8	24	29	1.86
19791937--19792213	125	2.2	126	85	3	362	37	8	23	29	1.85
19797332--19797377	23	2.0	23	83	8	58	21	8	21	47	1.77
19806629--19806697	34	2.0	36	83	11	90	14	5	30	49	1.67
19818657--19818696	19	2.1	19	86	9	55	37	15	5	42	1.68
19819933--19820010	27	3.0	26	77	17	81	20	23	21	34	1.97
19822721--19822761	20	2.1	19	90	4	64	48	7	7	36	1.59
19823091--19823123	9	3.8	9	88	4	50	51	3	0	45	1.16
19835572--19835610	20	2.0	20	100	0	78	10	25	20	43	1.83
19835573--19835617	20	2.3	20	92	3	74	13	28	15	42	1.85
19842148--19842188	20	2.1	19	86	4	55	41	4	7	46	1.53
19863810--19863842	15	2.2	15	100	0	66	48	6	6	39	1.53
19868920--19868944	13	1.9	13	100	0	50	84	16	0	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19877314--19877356	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
19886498--19886527	12	2.5	12	94	0	51	36	6	0	56	1.26
19889569--19889600	3	10.7	3	100	0	64	31	0	34	34	1.58
19891772--19891821	20	2.5	20	80	9	57	38	12	12	38	1.80
19891904--19891941	20	1.9	20	94	0	67	26	28	0	44	1.54
19896717--19896956	50	4.7	50	80	6	234	27	20	27	23	1.99
19903457--19903698	50	4.7	50	77	7	168	26	20	28	23	1.99
19910622--19910728	19	5.8	18	70	18	69	50	2	2	43	1.31
19910638--19910728	37	2.4	37	82	12	105	49	3	3	43	1.35
19911504--19911589	43	2.0	43	100	0	172	37	13	6	41	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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