genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27820854--27820963	42	2.6	42	94	0	184	16	29	33	20	1.95
27820925--27821062	73	1.9	73	82	5	172	25	28	23	23	2.00
27835880--27836069	96	2.0	97	90	1	301	35	8	20	36	1.83
27838397--27838430	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
27838398--27838487	44	2.0	44	89	0	135	35	8	5	50	1.57
27841940--27841972	17	1.9	17	93	0	57	72	0	3	24	0.98
27845096--27845128	17	1.9	17	93	0	57	45	0	15	39	1.46
27845663--27845701	20	2.0	20	84	0	51	41	15	10	33	1.81
27846535--27846667	68	2.0	67	86	8	189	53	2	3	41	1.29
27846572--27846670	17	5.8	18	70	20	61	54	1	2	42	1.18
27848140--27848188	20	2.4	21	83	10	66	26	14	18	40	1.89
27851239--27851288	20	2.5	20	90	6	75	28	14	16	42	1.86
27851250--27851293	20	2.4	19	85	11	56	27	15	13	43	1.85
27854805--27854840	18	2.0	18	100	0	72	16	11	11	61	1.57
27855885--27856080	101	1.9	101	95	0	356	40	9	16	33	1.80
27866889--27866953	22	3.0	22	83	0	76	15	23	18	43	1.88
27866884--27867011	44	2.9	42	73	7	121	14	24	19	41	1.89
27870570--27870684	39	2.9	39	85	2	151	38	31	13	16	1.88
27875585--27875816	45	5.2	45	84	1	270	22	24	21	31	1.99
27875585--27875870	90	3.2	90	84	1	344	24	23	21	31	1.98
27877106--27877184	30	2.6	30	91	2	122	37	5	10	46	1.60
27877465--27877499	18	1.9	18	94	0	61	45	2	2	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27878854--27878913	24	2.3	27	80	8	72	28	16	3	51	1.60
27879402--27879458	16	3.7	16	84	13	59	50	0	5	43	1.24
27879421--27879458	4	10.0	4	88	11	62	52	0	0	47	1.00
27879753--27879811	24	2.2	28	82	11	72	42	3	10	44	1.55
27881467--27881534	33	2.1	33	82	0	82	23	32	10	33	1.88
27884606--27884637	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
27887393--27887450	23	2.5	24	86	11	84	18	10	29	41	1.84
27894582--27894628	9	4.8	10	79	10	53	10	8	2	78	1.04
27894584--27894633	19	2.6	18	84	12	64	14	10	2	74	1.16
27895505--27895579	23	3.3	22	71	15	62	76	6	4	13	1.13
27895717--27895746	9	3.2	9	90	9	51	86	0	0	13	0.57
27900003--27900443	27	16.4	27	80	4	435	42	19	16	21	1.89
27900669--27900719	26	2.0	26	84	0	66	19	19	17	43	1.89
27900824--27900891	28	2.4	27	80	7	82	20	22	25	32	1.98
27911801--27911853	27	1.9	28	88	3	81	28	26	20	24	1.99
27913325--27913370	21	2.2	21	88	3	67	67	0	0	32	0.91
27918141--27918185	22	2.0	22	100	0	90	35	42	13	8	1.75
27918608--27918685	21	3.9	19	73	16	61	39	5	1	53	1.31
27918601--27918686	10	8.6	10	71	14	54	40	4	1	53	1.29
27924071--27924107	18	2.1	18	94	0	65	67	2	29	0	1.04
27924060--27924113	22	2.4	23	76	20	60	68	1	27	1	1.10
27927088--27927155	27	2.4	27	90	4	109	52	8	1	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27929219--27929300	38	2.2	38	97	0	155	39	2	3	54	1.31
27929470--27929560	8	10.4	8	71	17	56	49	16	1	32	1.53
27929547--27929783	22	11.1	21	71	19	145	56	12	1	29	1.44
27929448--27929661	49	4.4	47	80	16	219	53	14	0	30	1.48
27929496--27929652	27	6.1	27	82	15	199	54	13	0	31	1.44
27929599--27929661	21	2.9	22	95	4	119	57	14	0	28	1.38
27929697--27929783	20	4.2	21	82	11	108	58	10	2	28	1.43
27929599--27929782	61	3.0	59	72	18	178	56	12	1	29	1.43
27929617--27929811	61	3.2	60	70	10	171	56	12	1	29	1.43
27929599--27929818	121	1.8	121	85	6	311	56	12	1	29	1.45
27929852--27929877	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
27929955--27929991	14	2.5	14	91	8	56	0	40	0	59	0.97
27929953--27929994	14	3.2	13	83	12	50	0	38	0	61	0.96
27936545--27936593	26	2.0	23	84	11	62	40	6	24	28	1.79
27938178--27938237	30	2.0	30	87	3	86	16	33	28	21	1.95
27938981--27939028	20	2.5	19	80	10	53	70	0	0	29	0.87
27938987--27939035	21	2.3	22	79	6	57	71	0	0	28	0.86
27942700--27943050	50	7.0	49	65	10	172	32	22	20	24	1.98
27942689--27943539	100	8.8	98	77	12	636	32	23	19	24	1.97
27942963--27943135	85	2.0	85	93	0	292	29	24	20	26	1.99
27943084--27943228	50	2.9	51	75	4	170	29	23	21	25	1.99
27942863--27943420	185	3.0	185	88	2	816	31	24	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27943148--27943314	85	2.0	85	87	0	244	31	27	17	23	1.97
27943233--27943539	50	6.1	50	69	6	192	35	23	17	23	1.95
27950933--27951032	43	2.3	43	94	0	173	26	9	21	44	1.81
27966881--27967119	50	4.8	50	84	4	261	21	29	22	26	1.99
27978171--27978214	21	2.1	21	100	0	88	43	9	20	27	1.82
28000765--28001062	147	2.0	148	89	0	454	31	12	17	38	1.87
28003293--28003324	12	2.6	13	85	14	50	37	0	6	56	1.25
28005813--28005843	8	3.9	8	91	0	53	64	16	0	19	1.29
28005812--28005843	16	2.0	16	100	0	64	62	18	0	18	1.33
28005961--28005985	12	2.1	12	100	0	50	24	44	8	24	1.80
28009805--28009834	14	2.1	14	93	6	51	76	0	23	0	0.78
28010924--28010966	4	10.8	4	80	9	52	74	0	4	20	1.00
28013177--28013423	95	2.6	95	85	1	307	35	2	17	44	1.64
28013973--28014018	11	4.2	11	78	18	51	43	0	32	23	1.54
28013979--28014021	10	4.0	10	82	14	50	46	0	30	23	1.52
28016072--28016121	25	2.0	25	92	0	82	4	36	4	56	1.37
28018706--28018743	14	2.7	14	87	0	58	39	18	7	34	1.80
28019954--28020262	32	9.7	32	80	4	311	41	16	11	31	1.83
28019965--28020247	64	4.4	64	92	0	458	39	16	12	31	1.85
28019965--28020249	96	3.0	96	85	0	399	39	16	11	31	1.85
28022305--28022393	40	2.2	40	85	0	115	28	21	29	21	1.98
28022330--28022404	22	3.6	22	71	14	68	30	20	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28022956--28023006	23	2.2	23	92	0	84	17	19	29	33	1.95
28022992--28023052	22	2.7	22	82	2	68	14	21	22	40	1.90
28022986--28023052	23	3.0	23	80	2	73	16	19	23	40	1.91
28025092--28025279	70	2.8	68	85	5	249	30	5	1	62	1.25
28029040--28029083	19	2.3	19	80	4	52	31	9	11	47	1.71
28034235--28034404	86	2.0	86	94	2	297	33	18	21	25	1.97
28037259--28037327	27	2.6	27	77	11	70	47	11	13	27	1.76
28037473--28037511	19	2.1	18	85	4	51	30	17	20	30	1.96
28038434--28038543	40	2.8	40	84	4	134	33	23	23	19	1.97
28038433--28038569	40	3.4	41	79	6	120	36	21	21	19	1.95
28038600--28038717	41	2.9	41	94	1	200	26	20	23	29	1.99
28038978--28039016	21	1.9	20	89	5	60	30	0	23	46	1.53
28039096--28039125	14	2.1	14	93	0	51	26	3	30	40	1.72
28039202--28039359	82	1.9	82	86	0	226	25	1	26	46	1.61
28039341--28039389	21	2.3	21	86	10	64	18	0	40	40	1.50
28039722--28039755	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
28043648--28043985	168	2.0	168	81	2	401	28	10	14	47	1.76
28043912--28044086	86	2.0	87	83	1	217	30	5	16	46	1.70
28044178--28044428	86	2.9	86	82	4	263	33	9	15	41	1.80
28045458--28045771	43	7.3	42	87	3	378	20	17	30	31	1.96
28045458--28045771	86	3.7	86	89	0	466	20	17	30	31	1.96
28045458--28045771	129	2.4	129	89	1	468	20	17	30	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28045854--28045896	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
28049424--28049791	184	2.0	184	94	1	648	17	23	19	39	1.92
28051652--28051731	27	2.9	28	80	14	87	50	8	12	28	1.70
28053282--28054038	44	17.1	44	79	2	638	35	17	19	27	1.95
28053282--28054038	89	8.6	88	82	3	705	35	17	19	27	1.95
28053282--28054029	133	5.6	134	84	2	749	34	17	19	27	1.95
28054345--28054377	4	8.5	4	93	6	59	78	0	21	0	0.75
28063710--28063773	31	2.1	31	96	0	119	32	17	18	31	1.94
28065345--28065380	15	2.4	15	90	0	54	27	0	0	72	0.85
28065339--28065384	20	2.2	21	92	3	76	26	0	0	73	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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