genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  33  of  120  ( 14336 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8838460--8838682	111	2.0	111	97	0	419	38	14	20	26	1.91
8838645--8838768	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
8844066--8844142	27	3.0	27	77	9	79	16	27	15	40	1.89
8843929--8844257	159	2.1	160	95	1	606	21	23	14	40	1.90
8863605--8863639	17	2.0	18	94	5	63	37	0	0	62	0.95
8863725--8863760	18	2.0	18	88	0	54	33	0	2	63	1.08
8863565--8863826	121	2.2	121	94	4	458	40	1	4	52	1.34
8863808--8863860	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
8863565--8863880	121	2.6	122	85	6	391	41	1	4	52	1.31
8868804--8868888	35	2.5	34	82	3	107	22	10	21	45	1.82
8868832--8868904	34	2.1	35	82	7	87	21	15	20	42	1.89
8868899--8869074	69	2.6	69	86	3	246	27	14	17	40	1.88
8870108--8870142	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
8872950--8872981	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8874204--8874240	10	3.5	11	89	7	51	62	0	0	37	0.96
8874435--8874511	31	2.5	32	82	6	86	55	3	7	32	1.47
8884295--8884345	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
8884337--8884425	29	3.3	28	66	22	82	29	25	0	44	1.54
8884317--8884432	51	2.3	51	96	0	223	27	27	0	44	1.54
8885565--8885589	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
8886240--8886279	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
8886686--8886777	46	2.0	43	82	15	107	40	0	14	45	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8886805--8886841	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
8886878--8887557	46	14.3	46	81	7	811	48	23	2	25	1.65
8886856--8887549	97	7.2	97	86	5	867	48	22	3	25	1.65
8886856--8887557	23	29.2	24	81	10	721	48	22	3	25	1.65
8887554--8887585	16	1.9	17	93	6	57	43	37	0	18	1.51
8887585--8887802	115	1.9	115	90	4	350	39	10	7	41	1.68
8890736--8891087	123	2.8	125	91	2	564	33	20	16	28	1.95
8901557--8901583	13	2.1	13	100	0	54	70	7	14	7	1.32
8904854--8904931	29	2.7	30	82	9	83	15	23	17	43	1.87
8904863--8904931	29	2.4	29	85	4	97	15	23	17	43	1.87
8905837--8905895	23	2.5	24	83	2	84	49	22	1	27	1.59
8909303--8909383	32	2.5	33	76	11	87	34	4	12	48	1.62
8915469--8915576	25	4.4	25	69	10	71	32	21	25	20	1.97
8915581--8915694	25	4.5	26	73	6	83	33	21	27	18	1.96
8915559--8915700	76	1.9	76	88	2	214	34	21	26	17	1.95
8929677--8929717	20	2.0	21	86	13	59	21	0	4	73	1.02
8929730--8929768	18	2.2	18	95	0	69	15	0	43	41	1.46
8931672--8931759	44	2.0	45	86	6	126	32	3	26	37	1.73
8931668--8931775	44	2.6	40	78	17	114	33	2	25	37	1.71
8935565--8935597	15	2.1	16	94	5	59	36	0	0	63	0.95
8935606--8935650	20	2.1	22	88	8	67	53	0	0	46	1.00
8935705--8935733	9	3.2	9	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8936823--8936868	20	2.3	20	85	7	58	67	0	32	0	0.91
8936948--8936973	7	3.7	7	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8936998--8937129	60	2.2	59	81	8	142	30	0	9	59	1.35
8937133--8937176	21	2.1	21	95	0	79	36	11	9	43	1.72
8937781--8937929	53	2.8	52	87	2	217	35	15	10	38	1.81
8938191--8938229	16	2.4	16	95	0	69	38	0	2	58	1.12
8940103--8940147	18	2.5	18	79	13	56	33	28	35	2	1.70
8943750--8943867	59	2.0	59	90	1	184	47	12	16	22	1.81
8946979--8947124	72	2.0	72	98	0	283	54	13	11	20	1.70
8953108--8953145	17	2.4	17	91	8	62	47	0	5	47	1.24
8953992--8954053	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
8955496--8955549	29	1.9	29	81	7	67	48	3	0	48	1.19
8958284--8958352	34	2.0	34	97	0	129	36	10	28	24	1.88
8962822--8962860	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8962965--8962993	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
8963080--8963132	23	2.3	23	100	0	106	22	20	26	30	1.98
8966789--8966837	25	1.9	25	87	4	71	40	20	18	20	1.91
8966798--8966880	25	3.3	26	81	8	91	43	19	21	15	1.88
8987303--8987343	22	1.9	21	90	5	64	36	0	9	53	1.34
8993734--8993932	68	3.0	67	72	18	191	40	4	6	48	1.48
8993804--8993920	62	1.9	62	84	5	159	40	3	6	49	1.46
8996138--8996266	64	2.0	64	100	0	258	45	18	4	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9012105--9012131	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
9020078--9020139	21	3.0	21	76	7	63	25	25	32	16	1.96
9024874--9025107	128	1.8	128	83	3	310	36	15	11	36	1.84
9026738--9026775	18	2.2	18	85	4	51	34	15	7	42	1.76
9027333--9027357	13	1.9	13	100	0	50	56	24	4	16	1.57
9027561--9027596	18	2.0	18	88	0	54	19	36	19	25	1.95
9033590--9033646	21	2.7	21	75	5	62	19	22	17	40	1.91
9039885--9039935	25	2.0	25	96	0	93	29	29	21	19	1.98
9042800--9042873	26	2.9	26	82	6	80	45	9	10	33	1.71
9045525--9045563	12	3.3	12	80	20	55	25	10	23	41	1.86
9047307--9047331	11	2.3	11	100	0	50	20	16	12	52	1.75
9048887--9048911	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
9052276--9052342	26	2.6	26	80	2	82	16	26	20	35	1.94
9052276--9052463	25	7.6	25	69	14	97	18	25	20	35	1.96
9052284--9052463	73	2.4	72	75	9	184	19	25	20	35	1.96
9052431--9052527	25	3.9	25	73	6	90	20	24	19	35	1.96
9053735--9053818	42	2.0	42	93	4	143	15	28	27	28	1.96
9055569--9055625	22	2.6	22	77	8	71	15	21	19	43	1.87
9061408--9061439	8	4.0	8	91	0	55	40	0	0	59	0.97
9061402--9061443	16	2.6	16	92	3	66	40	0	0	59	0.97
9062082--9062141	22	2.7	22	76	0	57	18	23	18	40	1.92
9063579--9063611	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9064650--9064712	27	2.3	28	78	8	67	19	20	17	42	1.89
9064664--9064761	27	3.6	27	85	6	119	18	14	21	45	1.84
9069438--9069500	6	9.7	7	71	25	50	57	3	1	38	1.24
9069438--9069498	13	4.8	12	75	20	52	57	3	1	37	1.25
9070360--9070416	19	3.0	19	94	0	96	17	22	35	24	1.95
9079472--9080131	328	2.0	328	82	5	812	24	21	17	36	1.94
9083201--9083231	16	1.9	16	93	0	53	45	0	6	48	1.28
9086473--9086516	22	2.0	22	86	8	63	52	0	6	40	1.28
9087701--9087776	38	2.0	38	92	0	125	18	27	18	35	1.94
9088863--9088892	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
9089065--9089271	105	2.0	105	97	0	387	47	14	8	29	1.74
9089912--9089959	24	2.0	24	100	0	96	41	4	29	25	1.74
9092624--9092661	19	2.1	18	90	5	58	39	0	0	60	0.97
9092631--9092674	23	1.9	23	81	9	54	38	2	0	59	1.10
9095057--9095095	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
9096028--9096120	42	2.2	42	82	3	107	27	16	19	36	1.93
9105435--9105487	25	2.1	25	92	0	88	39	16	20	22	1.92
9115669--9115789	25	5.1	22	83	10	102	39	19	22	19	1.92
9115669--9115789	49	2.6	46	81	15	133	39	19	22	19	1.92
9115708--9115789	25	3.3	24	91	1	119	41	19	19	19	1.91
9116760--9116813	5	10.8	5	100	0	108	59	0	0	40	0.98
9127809--9127852	19	2.2	20	80	11	56	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9127807--9127863	28	2.0	27	87	12	80	31	0	1	66	1.02
9127809--9127870	28	2.2	27	83	11	72	32	0	1	66	1.02
9136042--9136171	61	2.2	60	85	8	171	36	18	10	35	1.84
9145624--9145656	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
9150209--9150437	37	6.0	36	82	11	296	27	20	15	36	1.93
9150166--9150473	37	7.7	40	79	17	288	27	22	14	35	1.93
9150166--9150473	82	3.9	81	85	9	420	27	22	14	35	1.93
9153177--9153216	19	2.1	19	86	9	55	60	5	0	35	1.19
9153644--9153679	14	2.5	14	86	4	54	47	0	8	44	1.33
9170094--9170226	57	2.3	58	85	3	180	30	21	26	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120