genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2648394--2648447	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
2650929--2651125	41	4.7	41	88	6	281	28	26	17	27	1.97
2650929--2651126	84	2.4	84	90	4	312	28	26	17	27	1.97
2651251--2651456	31	6.7	31	73	3	139	43	15	7	33	1.76
2651244--2651545	92	3.3	90	81	5	275	43	16	6	33	1.75
2651405--2651531	31	4.1	29	73	9	94	43	15	7	33	1.74
2653237--2653276	20	2.0	20	85	0	53	25	12	12	50	1.75
2654234--2654614	147	2.6	145	84	4	464	39	9	9	41	1.70
2655054--2655095	17	2.5	17	88	0	57	38	0	0	61	0.96
2662162--2662213	25	2.1	24	82	10	61	38	13	3	44	1.62
2663214--2663336	9	13.8	9	79	16	87	36	1	3	58	1.24
2663249--2663336	3	29.7	3	82	6	108	34	2	2	61	1.21
2664320--2664358	16	2.4	16	87	8	53	48	2	25	23	1.63
2664409--2664508	36	2.7	37	80	11	107	47	1	21	31	1.58
2664701--2664746	23	2.0	23	95	0	83	17	23	21	36	1.94
2664700--2664786	21	4.1	21	76	7	86	18	22	22	35	1.95
2687106--2687441	120	2.8	120	96	0	618	43	1	5	50	1.33
2687223--2687401	56	3.1	54	65	22	146	43	1	5	49	1.36
2687654--2687718	16	4.1	16	95	0	121	21	36	4	36	1.74
2690130--2690210	26	3.1	26	73	3	83	35	24	19	19	1.95
2690447--2690748	27	11.3	27	80	4	299	19	15	19	44	1.86
2690442--2690751	53	5.8	52	78	10	288	19	15	19	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2692700--2692746	13	3.6	13	80	11	60	72	2	4	21	1.12
2692698--2692746	26	1.9	25	87	4	71	71	2	4	22	1.13
2698453--2698651	41	5.1	40	85	8	252	38	2	0	59	1.09
2698453--2698651	81	2.6	80	84	8	245	38	2	0	59	1.09
2698582--2698665	11	7.8	11	84	5	93	46	1	0	52	1.08
2698461--2698666	22	10.0	21	71	21	134	40	1	0	57	1.10
2706349--2706409	29	2.1	28	84	3	77	29	13	16	40	1.86
2709830--2709863	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
2715761--2715808	18	2.7	18	80	6	53	12	4	4	79	1.02
2716303--2716355	22	2.4	22	96	0	97	50	11	20	16	1.76
2720672--2720765	47	2.0	48	93	2	163	30	4	9	55	1.51
2724327--2724390	23	2.8	23	81	11	78	45	0	1	53	1.10
2724408--2724454	20	2.3	20	85	10	60	57	0	0	42	0.98
2724368--2724439	27	2.7	27	82	4	92	50	0	0	50	1.00
2725275--2725473	107	1.8	108	84	3	274	34	19	17	28	1.95
2725972--2726032	23	2.6	24	80	14	65	57	0	9	32	1.32
2725972--2726023	25	2.1	25	82	10	63	63	0	5	30	1.18
2727111--2727158	10	4.6	10	79	7	51	0	12	14	72	1.11
2727556--2728069	95	5.5	94	83	9	579	43	0	17	37	1.56
2732602--2732687	9	9.4	9	85	7	111	39	27	9	23	1.85
2732760--2732848	39	2.2	40	84	4	126	20	1	28	50	1.55
2732827--2732856	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2735608--2735647	20	2.0	20	90	0	62	65	0	0	35	0.93
2735640--2735672	17	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
2735976--2736042	29	2.2	31	81	10	84	35	2	2	58	1.29
2736978--2737025	22	2.2	22	81	7	53	45	0	0	54	0.99
2747618--2747662	19	2.3	20	84	3	56	44	20	11	24	1.83
2748193--2748222	14	2.2	13	94	5	51	73	0	0	26	0.84
2760049--2760125	35	2.2	35	83	0	91	24	27	22	25	2.00
2760471--2760502	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2772152--2772176	4	6.2	4	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2772877--2773078	42	4.9	41	83	4	237	27	19	26	26	1.99
2775299--2775325	11	2.5	11	100	0	54	37	11	0	51	1.37
2775711--2775791	27	2.9	28	94	3	146	33	20	16	29	1.94
2778635--2778668	6	5.5	6	89	3	50	35	29	20	14	1.93
2781419--2781556	40	3.5	39	76	8	138	32	23	16	26	1.96
2781715--2781761	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
2784495--2784520	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
2784610--2784635	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
2784584--2784635	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
2785564--2785600	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2785653--2785683	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
2786862--2786906	18	2.5	18	81	0	54	20	24	17	37	1.93
2787620--2787816	42	4.8	42	81	3	222	27	20	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791699--2791865	42	4.0	42	85	0	217	25	23	22	28	1.99
2796318--2796355	2	19.0	2	88	0	58	50	0	0	50	1.00
2796393--2796427	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
2796449--2796659	108	2.0	104	90	8	336	34	19	13	31	1.91
2798085--2798142	27	2.1	27	83	0	71	15	27	27	29	1.96
2798174--2798531	106	3.5	104	79	9	435	54	15	0	29	1.47
2798206--2798508	104	3.0	99	79	8	349	54	14	0	30	1.45
2798528--2798764	103	2.2	108	83	10	314	30	0	13	54	1.45
2798740--2798781	17	2.4	17	92	8	66	26	0	4	69	1.08
2798845--2798887	21	2.1	21	91	4	70	72	0	0	27	0.85
2799976--2800186	105	2.0	105	98	0	404	41	21	22	14	1.89
2807780--2807804	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
2809986--2810232	123	2.0	123	87	0	359	28	11	37	22	1.89
2822180--2822220	20	2.0	20	85	4	55	29	2	0	68	1.03
2825816--2826036	110	2.0	110	86	0	307	31	23	16	28	1.96
2836670--2836726	28	2.0	28	96	0	105	22	14	22	40	1.90
2838032--2838172	56	2.5	55	89	2	212	25	14	14	44	1.84
2839080--2839126	7	6.7	7	92	0	76	46	27	0	25	1.53
2848309--2848340	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2867421--2867446	13	2.0	13	100	0	52	15	0	23	61	1.33
2882172--2882196	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
2882939--2882983	16	2.8	17	90	6	67	6	20	8	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2884703--2884735	7	4.9	7	85	7	50	45	30	0	24	1.53
2884699--2884735	13	2.7	14	87	8	58	45	32	0	21	1.52
2888312--2888415	44	2.4	42	80	8	100	27	19	21	31	1.97
2888427--2888521	22	4.2	22	78	4	82	29	13	16	40	1.87
2888427--2888521	45	2.1	45	86	0	127	29	13	16	40	1.87
2891027--2891057	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
2891120--2891150	12	2.6	12	94	0	53	32	22	12	32	1.92
2911025--2911055	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2913791--2913833	15	2.9	15	82	0	59	32	18	34	13	1.90
2914818--2914894	3	25.7	3	100	0	154	32	0	0	67	0.91
2932731--2932771	20	2.1	19	90	4	64	46	12	4	36	1.63
2937433--2937477	17	2.6	18	86	6	58	48	4	0	46	1.22
2937952--2937976	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2938352--2938400	4	12.2	4	95	0	89	24	2	24	48	1.61
2940816--2940863	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
2941252--2941301	25	2.0	25	88	0	73	40	8	0	52	1.31
2943790--2943815	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2949690--2949934	73	3.3	75	75	7	182	19	26	20	33	1.96
2950244--2950291	15	3.1	15	82	8	60	47	0	18	33	1.49
2954286--2954332	25	2.0	25	83	8	62	27	4	2	65	1.22
2954298--2954345	25	1.9	25	83	8	62	29	8	0	62	1.24
2955205--2955266	22	2.7	22	87	5	79	48	3	1	46	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2955334--2955390	28	2.1	27	86	3	78	40	3	7	49	1.47
2955326--2955487	83	2.0	82	87	11	237	39	4	7	48	1.53
2955326--2955439	40	3.0	40	75	17	141	37	5	7	49	1.55
2963631--2963681	15	3.3	15	80	2	57	29	17	0	52	1.45
2969139--2969208	31	2.3	31	97	0	131	37	15	20	27	1.93
2969240--2969277	18	2.1	19	90	5	60	52	0	0	47	1.00
2969441--2969500	27	2.2	27	85	11	79	61	3	0	35	1.12
2969819--2969848	15	2.0	15	100	0	60	60	6	0	33	1.23
2970800--2970833	17	2.0	17	100	0	68	47	5	0	47	1.26
2976953--2976986	12	2.8	12	86	0	50	76	0	0	23	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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