genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22853603--22853932	86	3.9	85	84	2	394	25	27	20	26	1.99
22854333--22854395	16	4.1	16	72	12	69	34	1	20	42	1.62
22854506--22854542	15	2.3	16	90	9	58	37	45	5	10	1.62
22854848--22854888	21	2.0	21	90	9	66	0	12	7	80	0.90
22855481--22855515	15	2.3	15	95	0	61	31	2	5	60	1.35
22855481--22855536	18	3.2	18	80	19	66	32	1	5	60	1.29
22856977--22857033	9	6.6	9	82	8	73	33	0	21	45	1.52
22856971--22857024	25	2.2	25	89	0	81	35	0	18	46	1.50
22857095--22857129	14	2.5	14	90	0	52	28	45	0	25	1.54
22857085--22857157	21	3.4	21	84	1	83	32	42	0	24	1.55
22857053--22857169	35	3.4	33	75	16	112	36	39	0	23	1.61
22857331--22857386	24	2.3	24	82	11	78	57	1	1	39	1.20
22857424--22857510	22	4.1	20	74	12	59	37	35	1	25	1.64
22857498--22857524	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
22857735--22857789	24	2.2	25	75	12	60	21	7	7	63	1.44
22857895--22858130	41	5.8	41	87	1	285	27	32	19	21	1.97
22857888--22858147	122	2.1	123	82	5	319	29	31	18	20	1.97
22857872--22858152	41	6.9	41	82	4	248	28	30	18	21	1.97
22862852--22862965	57	2.1	56	81	8	135	35	20	21	23	1.96
22863184--22863626	53	8.2	53	68	14	181	31	20	19	28	1.97
22863204--22863619	110	3.8	109	82	6	493	30	21	19	28	1.98
22863368--22863571	57	3.6	57	71	12	161	30	21	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22865679--22865708	15	2.0	15	93	0	51	23	13	23	40	1.90
22869073--22869218	77	1.9	77	88	0	220	36	15	20	26	1.93
22870656--22870699	12	3.7	11	82	14	52	81	2	2	13	0.88
22884531--22884555	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22884986--22885036	23	2.2	23	85	0	66	29	7	19	43	1.79
22885879--22885954	11	6.8	11	72	26	54	42	2	1	53	1.23
22885945--22885982	20	1.9	20	100	0	76	42	2	10	44	1.52
22886958--22886989	16	2.0	16	100	0	64	37	12	25	25	1.91
22887750--22887788	17	2.3	17	90	0	60	0	51	0	48	1.00
22887753--22887791	12	3.2	12	85	0	51	0	56	0	43	0.99
22889903--22889953	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
22890831--22890866	19	1.9	19	88	5	56	25	16	13	44	1.85
22892058--22892109	27	1.9	27	100	0	104	19	11	7	61	1.53
22894079--22894114	17	2.1	17	100	0	72	36	5	5	52	1.48
22896841--22896938	17	5.4	17	66	13	61	32	3	14	50	1.58
22896856--22896947	17	5.0	18	68	15	71	34	3	15	46	1.62
22896836--22896947	37	3.0	37	93	0	188	33	3	15	47	1.62
22896945--22897065	9	12.6	9	81	13	143	22	9	28	40	1.84
22896945--22897065	20	6.2	20	91	3	187	22	9	28	40	1.84
22900333--22900574	50	4.8	50	92	0	394	20	31	23	24	1.98
22902778--22902851	23	3.3	22	75	20	80	41	28	0	29	1.56
22914345--22914586	50	4.8	50	89	0	367	20	31	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22914681--22914711	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
22917913--22918205	120	2.4	120	92	2	473	42	3	4	50	1.38
22918167--22918208	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22918158--22918199	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22918142--22918458	157	2.0	157	95	0	562	48	4	2	44	1.37
22918311--22918345	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22918616--22918646	16	1.9	16	100	0	62	41	32	0	25	1.56
22921587--22921663	10	7.2	11	71	21	65	45	1	1	51	1.17
22921585--22921671	22	4.1	20	76	17	79	41	1	2	55	1.20
22921585--22921670	10	8.2	10	71	19	59	41	1	2	54	1.20
22921587--22921652	21	3.0	22	84	6	71	45	1	1	51	1.19
22929340--22929394	22	2.3	24	81	12	69	63	10	12	12	1.52
22929494--22929527	3	11.3	3	100	0	68	32	32	0	35	1.58
22934578--22934609	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
22934827--22935027	51	4.0	51	79	8	239	29	28	17	23	1.97
22934836--22935019	101	1.8	102	91	3	309	30	26	18	23	1.98
22953916--22953954	11	3.5	11	89	6	60	2	7	20	69	1.26
22953915--22953954	12	3.4	12	89	6	64	2	7	20	70	1.24
22954293--22954327	18	1.9	18	100	0	70	5	2	34	57	1.37
22960273--22960477	76	2.7	76	82	8	215	42	5	10	40	1.64
22967720--22967961	50	4.7	50	78	5	202	24	27	19	27	1.99
22988894--22989075	37	5.0	37	94	2	307	24	21	16	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22989039--22989412	46	7.6	46	75	16	304	28	22	14	35	1.93
22989086--22989406	46	6.2	52	85	9	378	27	23	14	34	1.93
22989128--22989254	59	2.2	58	94	2	218	25	24	12	37	1.91
22992538--22992732	49	4.0	49	93	0	300	30	29	14	24	1.95
22993983--22994164	37	5.0	37	94	2	307	24	21	16	37	1.93
22994128--22994497	46	7.5	46	75	16	296	27	22	14	35	1.93
22994175--22994495	46	6.2	52	85	9	378	27	23	14	34	1.93
22994217--22994343	59	2.2	58	94	2	218	25	24	12	37	1.91
22996373--22996406	18	1.9	18	94	5	61	47	11	11	29	1.76
23000886--23000937	10	5.3	9	79	18	52	82	3	11	1	0.88
23003966--23004029	24	2.7	24	87	0	83	40	4	7	46	1.53
23005957--23006047	3	30.7	3	97	2	175	65	0	0	34	0.93
23008777--23008807	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
23008861--23008897	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
23013712--23013773	19	3.3	18	78	10	54	53	0	3	43	1.17
23016397--23016476	25	3.2	25	75	3	81	33	22	13	30	1.93
23016442--23016511	25	2.8	25	80	0	86	35	18	17	28	1.93
23017486--23017526	22	1.9	21	90	5	64	56	17	9	17	1.67
23022168--23022424	131	2.0	131	87	1	372	26	29	18	26	1.98
23023655--23023705	25	2.0	25	88	11	77	39	15	13	31	1.87
23024976--23025106	67	2.0	67	93	3	228	29	32	16	21	1.95
23025249--23025378	57	2.2	60	80	6	149	25	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23028316--23028340	13	1.9	13	100	0	50	8	20	40	32	1.81
23038208--23038241	14	2.4	14	100	0	68	29	20	11	38	1.88
23042178--23042203	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
23042405--23042521	58	2.0	58	100	0	234	23	15	11	48	1.78
23048241--23048289	24	2.0	24	88	7	73	65	4	16	14	1.42
23050825--23051196	100	3.7	100	84	2	462	29	24	23	22	1.99
23050854--23051194	50	6.8	50	70	5	215	30	24	22	22	1.99
23055690--23055738	3	16.0	3	79	12	55	34	2	2	61	1.19
23055693--23055734	17	2.5	17	92	0	66	35	2	2	59	1.23
23055747--23055784	12	3.2	12	81	3	51	31	5	7	55	1.51
23055750--23055795	23	2.0	24	83	12	60	28	4	10	56	1.53
23060541--23060574	18	1.9	17	88	5	50	70	5	8	14	1.31
23060570--23060606	18	2.1	17	90	5	56	81	0	16	2	0.81
23061918--23062288	44	8.5	43	70	12	204	31	18	20	29	1.97
23061918--23062304	88	4.4	88	71	11	303	31	18	21	28	1.97
23061963--23062245	85	3.3	85	73	10	311	31	18	21	29	1.96
23061918--23062304	175	2.2	176	93	0	688	31	18	21	28	1.97
23063408--23063621	50	4.3	50	68	7	137	30	24	22	21	1.99
23063408--23063619	100	2.1	100	92	1	345	30	24	22	22	1.99
23063541--23063707	86	2.0	85	89	3	255	28	28	23	19	1.98
23065117--23065165	3	16.0	3	79	12	55	34	2	2	61	1.19
23065120--23065161	17	2.5	17	92	0	66	35	2	2	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23067374--23067481	53	2.0	53	87	3	155	36	25	11	26	1.90
23067756--23067796	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
23072551--23072714	79	2.1	78	84	4	213	28	17	10	43	1.82
23084600--23084654	26	2.1	26	100	0	110	29	21	7	41	1.80
23086894--23086923	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
23092437--23092488	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
23096161--23096332	50	3.5	50	77	0	148	22	27	20	28	1.99
23104068--23104126	30	2.0	30	83	12	77	52	1	6	38	1.38
23104209--23104257	20	2.4	21	87	12	68	65	4	4	26	1.29
23104204--23104275	19	3.6	21	83	10	73	62	4	5	27	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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