genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350545--2350619	31	2.4	31	97	0	141	64	0	2	33	1.08
2350563--2350626	17	4.0	17	75	20	75	64	0	1	34	1.03
2350969--2351007	12	3.4	12	86	10	55	33	5	0	61	1.18
2357643--2357689	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2359029--2359071	11	3.8	11	80	17	52	65	0	2	32	1.06
2361684--2361711	13	2.2	13	100	0	56	39	21	10	28	1.87
2369864--2370203	167	2.0	166	98	0	653	45	20	12	21	1.84
2370135--2370379	123	2.0	123	85	1	330	40	20	16	22	1.91
2374204--2374228	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
2378161--2378192	5	6.4	5	100	0	64	62	0	0	37	0.95
2383834--2383896	22	2.9	23	79	13	71	44	0	1	53	1.10
2384933--2384984	15	3.5	15	78	5	52	50	13	26	9	1.72
2385380--2385620	121	2.0	120	89	4	369	38	18	14	29	1.90
2385836--2385884	21	2.2	23	85	7	66	69	4	0	26	1.06
2385836--2385884	11	4.5	10	80	14	53	69	4	0	26	1.06
2392963--2393020	20	2.9	21	71	5	57	34	3	1	60	1.24
2393664--2393706	2	21.5	2	95	0	77	46	0	0	53	1.00
2397459--2397537	23	3.5	22	76	8	79	43	20	17	18	1.89
2397436--2397537	46	2.2	45	81	5	107	45	19	15	19	1.86
2400505--2400530	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2400919--2400957	21	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
2401010--2401584	275	2.1	277	84	3	757	33	14	9	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411404--2411455	3	17.3	3	100	0	104	65	0	0	34	0.93
2425709--2425819	27	4.1	27	85	0	141	35	10	20	33	1.88
2432527--2432612	33	2.6	34	76	12	90	44	18	11	25	1.84
2432589--2432665	14	5.0	15	71	20	52	44	15	7	32	1.75
2432605--2432644	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2432593--2432658	35	1.9	34	90	6	107	46	13	7	31	1.71
2433174--2433251	11	7.4	11	73	17	58	62	0	2	34	1.09
2433197--2433268	9	7.3	9	76	17	56	69	0	1	29	0.97
2433201--2433251	11	4.5	11	83	11	68	64	0	1	33	1.05
2433181--2433289	51	2.2	50	93	1	182	60	0	2	36	1.11
2433235--2433268	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
2433265--2433289	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
2433224--2433305	39	2.2	36	85	8	103	63	0	3	32	1.12
2439643--2439978	171	2.0	171	92	1	566	25	27	15	30	1.96
2441678--2441713	13	2.9	12	91	4	54	27	0	2	69	1.02
2450925--2451105	25	7.5	24	89	5	260	39	22	22	16	1.92
2450925--2451105	49	3.8	49	91	4	264	39	22	22	16	1.92
2451942--2451973	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
2452221--2452255	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
2452212--2452255	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
2457862--2458042	25	7.5	24	89	5	260	39	22	22	16	1.92
2457862--2458042	49	3.8	49	91	4	264	39	22	22	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458876--2458907	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
2459155--2459189	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
2459146--2459189	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
2462299--2462509	41	5.1	41	91	1	343	20	18	27	34	1.96
2465372--2465436	16	4.1	16	87	0	94	41	6	32	20	1.77
2465416--2465508	44	2.1	46	91	4	154	29	4	30	36	1.77
2465416--2465521	39	2.5	44	82	11	132	30	3	31	34	1.75
2465980--2466044	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
2466007--2466044	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
2465666--2466356	122	5.7	121	95	2	1196	52	4	1	41	1.29
2466129--2466166	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
2466137--2466305	60	3.0	53	70	20	144	50	4	1	43	1.30
2465666--2466356	241	2.9	239	93	3	1181	52	4	1	41	1.29
2465666--2466356	361	1.9	362	94	1	1226	52	4	1	41	1.29
2466358--2466396	20	2.0	20	84	0	51	43	2	12	41	1.56
2469672--2469699	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
2469890--2470017	58	2.2	58	98	0	247	26	14	35	23	1.94
2470070--2470775	23	30.9	23	74	12	544	31	6	22	39	1.80
2470117--2470265	45	3.3	44	72	12	149	30	5	21	42	1.75
2470162--2470775	114	5.4	114	82	5	708	31	6	22	39	1.80
2470367--2470775	206	2.0	206	96	0	757	32	6	22	38	1.81
2470053--2470775	137	5.3	134	79	9	605	31	6	22	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471606--2471791	43	4.3	43	90	1	284	19	18	32	30	1.95
2480421--2480693	57	4.9	56	78	4	255	31	43	3	21	1.70
2480477--2480680	111	1.8	111	85	3	286	31	42	3	22	1.71
2481610--2481659	14	3.5	15	75	8	50	50	42	0	8	1.32
2481614--2481694	28	2.8	30	75	9	87	50	35	1	12	1.48
2481859--2481894	2	18.0	2	94	0	54	0	55	0	44	0.99
2482238--2482358	19	6.3	19	68	21	56	29	5	3	61	1.35
2482299--2482338	18	2.1	20	86	9	57	27	2	7	62	1.35
2483365--2483424	19	3.1	20	76	4	61	43	28	5	23	1.74
2484269--2484326	29	2.0	29	100	0	116	34	24	3	37	1.72
2490336--2490394	22	2.7	22	91	0	91	35	15	25	23	1.94
2492953--2493207	127	2.0	128	92	0	422	39	12	16	31	1.85
2494722--2495048	68	4.8	66	76	12	245	42	9	22	25	1.84
2494693--2494945	136	1.9	136	80	6	307	42	10	21	26	1.84
2494889--2494997	34	3.2	34	65	27	86	44	8	24	22	1.80
2497069--2497190	21	5.8	21	80	0	136	35	31	29	4	1.76
2497069--2497166	42	2.3	42	91	0	151	34	28	31	5	1.79
2497066--2497184	63	1.9	63	83	0	157	34	30	30	5	1.79
2502467--2502533	27	2.5	27	82	4	73	23	37	1	37	1.65
2519276--2519311	18	2.0	18	100	0	72	22	22	22	33	1.97
2531337--2531491	78	2.0	78	98	0	301	33	20	17	28	1.95
2533602--2533631	12	2.5	12	100	0	60	6	26	40	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534485--2534673	36	5.2	36	88	0	270	37	36	10	15	1.82
2534485--2534673	72	2.6	72	90	0	306	37	36	10	15	1.82
2538324--2538458	61	2.1	61	82	8	155	51	13	8	27	1.69
2550553--2550759	103	2.0	104	94	0	362	32	20	14	32	1.93
2555513--2555958	67	6.7	66	80	5	425	34	17	23	23	1.96
2555513--2555958	133	3.3	131	80	4	471	34	17	23	23	1.96
2565930--2565991	31	2.0	30	84	9	81	40	11	3	45	1.56
2576803--2576847	14	3.1	14	78	15	56	33	2	0	64	1.06
2580487--2580533	25	1.9	24	82	4	58	12	25	2	59	1.45
2581351--2581424	38	1.9	39	91	2	123	25	6	18	48	1.73
2591564--2591688	43	2.9	43	81	5	121	31	25	15	28	1.95
2601891--2601920	5	5.8	5	92	7	51	40	0	20	40	1.52
2602546--2602622	25	3.1	24	78	9	75	18	25	20	35	1.95
2602552--2602612	25	2.5	24	82	12	79	19	26	19	34	1.96
2603392--2603422	12	2.6	12	94	0	53	9	9	22	58	1.59
2611771--2611806	17	2.2	16	90	5	54	50	11	0	38	1.38
2612242--2612295	25	2.2	25	100	0	108	29	9	7	53	1.60
2613766--2613813	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
2613854--2614146	120	2.4	120	93	4	486	42	2	5	49	1.37
2613979--2614030	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
2613927--2614114	61	3.1	61	69	17	201	43	1	6	48	1.38
2614108--2614149	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614099--2614140	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
2614284--2614318	16	2.2	16	100	0	70	57	11	0	31	1.34
2614355--2614389	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2623830--2623857	8	3.5	8	100	0	56	78	0	10	10	0.96
2626322--2626347	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2626322--2626355	15	2.3	15	89	0	50	79	0	2	17	0.86
2632572--2632629	30	1.9	30	86	10	82	37	0	0	62	0.96
2632551--2632629	32	2.5	31	80	11	90	34	1	0	64	1.02
2641247--2641537	131	2.3	131	89	5	443	33	18	20	27	1.96
2646004--2646042	19	2.0	20	90	9	64	46	5	2	46	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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