genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  74  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22268257--22268358	25	3.9	25	73	13	80	66	0	0	32	0.98
22268814--22268906	10	9.3	10	74	8	55	26	4	4	64	1.31
22268814--22268899	29	2.9	29	74	8	77	26	4	3	65	1.29
22268873--22268948	20	3.8	19	75	11	62	31	0	7	60	1.25
22268944--22269005	27	2.3	27	81	10	65	30	1	3	64	1.19
22268972--22269046	18	4.2	17	74	12	62	32	1	2	64	1.16
22271916--22271959	22	2.0	22	90	0	70	40	20	20	18	1.91
22276598--22276669	15	4.7	15	76	19	60	6	18	1	73	1.12
22276633--22276672	16	2.5	17	80	12	57	7	12	0	80	0.91
22277512--22277552	18	2.3	18	91	4	66	12	9	4	73	1.24
22283222--22283260	18	2.2	18	100	0	78	30	10	17	41	1.83
22285783--22285837	20	2.7	20	80	11	58	74	3	7	14	1.17
22287965--22287999	18	1.9	18	88	11	54	65	8	8	17	1.44
22295718--22302408	516	13.0	515	85	0	8697	33	19	9	34	1.83
22303442--22304607	517	2.3	515	96	0	2143	36	19	9	35	1.83
22325017--22327378	515	4.6	515	81	0	2869	33	18	9	32	1.84
22327788--22328188	201	2.0	202	89	2	619	30	20	7	40	1.81
22343796--22344269	50	9.5	50	65	7	237	21	25	23	29	1.99
22343762--22344330	100	5.7	100	88	2	815	21	25	23	29	1.99
22343852--22344320	50	9.4	50	67	5	223	21	26	23	28	1.99
22345678--22345724	13	3.3	14	85	8	60	12	10	0	76	1.02
22345684--22345723	7	5.7	7	85	8	55	12	12	0	75	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22346224--22346316	1	93.0	1	69	0	60	1	7	6	84	0.81
22346224--22346316	9	10.6	9	76	14	70	1	7	6	84	0.81
22346223--22346276	19	2.9	19	94	2	92	1	12	3	81	0.91
22364247--22364516	52	5.3	52	89	5	426	34	13	24	28	1.93
22364300--22364549	52	4.7	57	77	17	245	33	13	23	29	1.93
22364403--22364509	46	2.3	46	90	1	162	36	12	22	28	1.90
22364487--22364523	7	5.3	7	90	0	56	45	2	27	24	1.66
22364233--22364566	104	3.3	98	88	7	470	34	13	23	28	1.93
22364530--22364638	37	3.0	37	94	2	186	37	16	21	24	1.93
22372177--22372207	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22375475--22375636	45	3.6	45	84	4	220	25	22	20	31	1.98
22376252--22376427	50	3.5	50	70	3	156	26	21	21	30	1.98
22376218--22376480	100	2.6	100	90	0	391	25	23	21	29	1.99
22376293--22376477	50	3.7	50	70	2	138	24	24	23	27	2.00
22375902--22376747	367	2.3	367	89	0	1260	26	24	20	28	1.99
22376319--22376914	267	2.2	267	93	0	1014	25	25	21	27	1.99
22376940--22377118	88	2.0	88	85	0	241	24	25	22	27	2.00
22394101--22394168	34	1.9	36	82	5	86	48	16	4	30	1.65
22397178--22397267	41	2.2	42	82	6	103	32	2	14	51	1.55
22398760--22398807	16	2.9	16	78	12	53	58	2	0	39	1.10
22401323--22401362	16	2.4	17	87	8	64	57	0	0	42	0.98
22401366--22401415	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22402014--22402082	19	3.6	18	75	23	61	30	18	14	36	1.91
22408273--22408350	39	2.0	39	89	0	120	41	8	14	35	1.77
22408421--22408619	61	3.2	60	76	16	194	51	4	4	40	1.39
22411378--22411443	34	1.9	34	96	0	123	36	10	31	21	1.87
22411934--22411969	16	2.2	17	90	5	56	44	11	11	33	1.75
22411950--22411982	11	2.8	12	86	4	50	51	12	3	33	1.54
22412471--22412536	34	1.9	34	96	0	123	37	9	30	22	1.85
22413027--22413062	16	2.2	17	90	5	56	44	11	11	33	1.75
22413043--22413075	11	2.8	12	86	4	50	51	12	3	33	1.54
22415177--22415211	17	2.1	17	94	0	61	40	11	17	31	1.85
22419267--22419309	22	2.0	22	95	0	77	32	9	2	55	1.44
22421640--22421679	20	2.0	20	85	5	53	37	7	12	42	1.71
22421809--22421846	20	1.9	20	88	0	58	47	7	5	39	1.55
22421809--22421852	21	2.2	20	83	4	52	45	6	6	40	1.57
22434988--22435053	28	2.4	27	82	2	69	33	4	19	42	1.72
22437229--22437294	30	2.2	29	86	2	87	45	22	15	16	1.85
22442961--22443143	26	7.1	26	73	4	147	22	16	26	33	1.96
22442958--22443095	52	2.7	51	82	1	168	22	17	26	34	1.96
22442961--22443093	51	2.6	52	82	1	151	22	17	26	33	1.96
22442961--22443143	77	2.4	78	81	4	210	22	16	26	33	1.96
22446402--22446466	25	2.6	26	82	4	80	52	4	1	41	1.31
22460484--22460546	31	2.0	31	100	0	126	68	0	12	19	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22460821--22460860	14	2.9	14	92	0	62	65	12	0	22	1.26
22464199--22464255	6	9.5	6	96	0	69	0	57	0	42	0.98
22464201--22464255	12	4.6	12	93	0	83	0	58	0	41	0.98
22464199--22464255	18	3.2	18	89	0	87	0	57	0	42	0.98
22467036--22467074	20	2.0	20	94	0	69	46	12	7	33	1.71
22467805--22467836	15	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
22468336--22468364	6	4.8	6	100	0	58	48	17	17	17	1.82
22468350--22468487	39	3.4	39	76	18	145	39	21	20	18	1.92
22468344--22468510	45	3.9	43	79	12	175	38	20	20	19	1.93
22468351--22468510	84	1.9	83	85	1	221	38	21	20	19	1.93
22479504--22479678	69	2.5	69	79	3	199	34	17	25	22	1.95
22482318--22482356	16	2.4	16	86	4	51	30	2	0	66	1.05
22487324--22487379	27	2.1	27	86	6	78	32	19	30	17	1.95
22489570--22489595	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
22501268--22501298	14	2.1	15	94	5	55	64	0	0	35	0.94
22503132--22503164	17	1.9	17	88	11	50	30	21	0	48	1.50
22503345--22503384	21	2.0	20	85	5	53	35	25	0	40	1.56
22504736--22504786	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
22504805--22504855	10	4.9	11	76	11	54	31	0	0	68	0.90
22504792--22504855	30	2.1	31	94	2	112	34	0	0	65	0.93
22506596--22506630	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
22506890--22506957	24	3.0	23	85	10	95	42	33	20	2	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22507173--22507670	29	17.4	29	90	2	774	52	26	0	21	1.50
22507173--22507670	86	5.8	86	92	2	795	52	26	0	21	1.50
22507173--22507670	115	4.3	115	95	1	892	52	26	0	21	1.50
22507259--22507651	9	41.1	10	64	27	74	51	26	0	21	1.51
22510944--22511281	125	2.7	125	96	0	615	33	22	14	29	1.94
22511501--22511565	29	2.3	28	76	7	69	44	16	15	23	1.86
22513690--22513735	24	1.9	24	86	8	67	32	10	4	52	1.56
22513986--22514061	29	2.7	28	74	10	82	30	11	2	55	1.50
22526591--22526961	44	8.0	44	72	14	271	32	18	21	28	1.97
22526516--22527019	142	3.5	141	78	11	578	32	17	21	28	1.96
22526695--22526879	54	3.6	53	69	18	149	31	18	20	28	1.97
22526635--22527019	98	4.0	98	77	10	377	32	17	20	28	1.96
22528856--22528901	24	1.9	24	86	8	67	34	8	4	52	1.52
22529140--22529218	29	2.8	29	81	9	99	34	10	1	54	1.42
22530149--22530190	22	2.0	22	90	4	68	50	0	0	50	1.00
22540800--22540838	20	2.0	20	85	14	55	41	0	2	56	1.13
22551845--22551940	48	2.0	48	97	0	183	44	17	8	29	1.78
22562458--22562523	22	2.9	22	69	18	55	46	0	1	51	1.10
22562480--22562529	18	2.6	19	77	22	52	46	0	2	52	1.12
22562550--22562580	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
22562714--22562777	30	2.1	30	82	2	74	31	14	4	50	1.63
22582620--22582659	20	2.0	20	90	4	64	40	7	0	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22584320--22584366	24	1.9	25	82	4	60	38	12	8	40	1.74
22584570--22584630	20	3.3	19	74	17	56	55	3	1	39	1.26
22585091--22585138	25	1.9	25	82	0	60	31	6	6	56	1.49
22586860--22586919	14	4.3	14	74	16	52	70	0	5	25	1.08
22588791--22589423	132	4.8	132	92	0	1014	28	23	18	29	1.98
22593419--22593464	24	1.9	24	86	0	65	13	26	15	45	1.82
22600180--22600217	15	2.5	15	95	0	67	21	0	5	73	1.02
22600219--22600244	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
22600223--22600259	15	2.6	14	87	8	56	59	0	0	40	0.97
22600225--22600277	16	3.6	15	78	14	56	58	0	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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