genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  73  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22041201--22041517	27	11.9	27	79	9	294	18	17	19	44	1.87
22041217--22041517	81	3.8	81	85	3	353	17	17	20	44	1.87
22041201--22041505	54	5.7	54	81	6	345	18	18	19	44	1.87
22042526--22042560	5	7.0	5	86	0	52	77	2	2	17	1.02
22043518--22043548	14	2.2	14	94	0	53	38	0	41	19	1.51
22051720--22051760	17	2.4	17	84	8	57	7	14	2	75	1.12
22056183--22056225	18	2.3	19	84	4	52	20	4	6	67	1.33
22059529--22059582	23	2.3	23	96	0	99	12	3	46	37	1.60
22065798--22065828	15	2.1	15	93	0	53	41	25	9	22	1.84
22069031--22069521	247	2.0	244	89	1	757	17	17	15	49	1.79
22069470--22069521	17	3.5	14	76	20	52	3	21	0	75	0.97
22077865--22077924	26	2.3	26	85	0	75	23	18	18	40	1.92
22077944--22078155	29	7.3	29	73	7	110	24	15	20	39	1.91
22077994--22078147	58	2.7	58	75	8	136	24	14	20	40	1.90
22080440--22080481	22	2.0	22	85	4	59	28	0	11	59	1.33
22081033--22081063	16	1.9	16	93	0	53	51	16	6	25	1.68
22081364--22081450	43	2.0	43	100	0	174	34	11	25	28	1.91
22082218--22082279	11	5.6	11	77	7	54	37	48	4	9	1.57
22082218--22082279	22	2.8	22	80	0	70	37	48	4	9	1.57
22108393--22108451	18	3.4	17	75	15	57	28	0	3	67	1.06
22108374--22108433	19	3.2	17	81	11	57	26	1	3	68	1.15
22108401--22108452	19	2.8	19	74	8	54	28	0	3	67	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22109809--22109899	42	2.2	40	77	9	94	20	27	28	23	1.99
22110088--22110112	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
22120917--22120973	2	28.5	2	100	0	114	0	50	0	49	1.00
22127257--22127479	29	7.7	29	74	8	114	40	20	13	25	1.89
22127262--22127461	58	3.5	56	77	7	179	42	19	13	25	1.87
22131249--22131277	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
22134486--22134532	24	2.0	24	87	8	69	46	2	0	51	1.13
22137711--22137830	41	2.9	41	87	0	150	27	20	25	27	1.99
22138133--22138159	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
22140491--22140649	26	6.5	25	65	23	72	42	1	3	52	1.25
22140476--22141003	120	4.4	120	92	3	810	44	2	3	49	1.34
22140949--22140983	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22141142--22141238	44	2.2	44	87	3	133	34	29	4	31	1.77
22145410--22145452	8	5.1	8	86	8	59	0	13	2	83	0.74
22145410--22145454	9	5.2	9	86	5	58	0	15	2	82	0.77
22147623--22147670	22	2.2	22	84	0	60	29	4	39	27	1.75
22147868--22147930	6	10.8	6	88	6	94	66	0	1	31	1.01
22147861--22147927	18	3.9	16	88	5	62	67	0	2	29	1.06
22153900--22153943	21	2.1	21	83	8	54	59	6	4	29	1.44
22156779--22156850	37	1.9	37	83	5	92	26	8	12	52	1.67
22161463--22161500	9	4.2	9	89	0	58	13	0	26	60	1.33
22161463--22161500	18	2.1	18	95	0	67	13	0	26	60	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22161615--22162057	126	3.5	126	87	2	617	31	16	22	28	1.96
22165065--22165168	53	2.0	53	92	0	172	43	3	8	44	1.53
22165168--22165531	43	8.5	43	84	2	437	23	1	27	47	1.59
22165168--22165528	65	5.6	65	81	4	417	24	1	26	47	1.58
22165806--22165849	21	2.1	21	83	8	54	2	22	43	31	1.66
22166788--22166819	7	4.6	7	96	0	55	59	15	0	25	1.36
22166984--22167021	20	1.9	20	84	10	51	52	7	5	34	1.53
22168019--22168095	11	6.9	11	73	19	63	44	0	29	25	1.55
22168019--22168094	33	2.3	35	80	13	88	43	0	30	26	1.55
22168274--22168350	40	1.9	40	83	0	100	25	25	22	25	2.00
22169093--22169126	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
22169451--22169493	20	2.1	21	91	4	70	72	2	4	20	1.14
22170492--22170545	25	2.2	24	90	6	90	61	0	0	38	0.96
22171966--22172034	32	2.2	32	83	0	84	23	28	24	23	1.99
22172263--22172316	11	5.1	11	78	10	51	68	0	29	1	1.00
22172274--22172316	22	2.0	22	86	9	61	69	0	30	0	0.88
22172614--22172638	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
22173074--22173108	11	3.2	11	83	0	52	48	0	0	51	1.00
22173023--22173085	26	2.5	25	92	7	110	38	3	0	58	1.14
22173015--22173104	24	3.7	25	75	10	80	41	2	0	56	1.11
22174530--22174891	41	8.9	41	80	3	383	20	18	29	32	1.96
22174532--22174891	80	4.4	79	79	6	328	20	18	29	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22175240--22175280	15	2.8	15	92	3	66	26	0	34	39	1.57
22175543--22175621	15	5.5	15	77	10	67	27	0	34	37	1.57
22175599--22175681	21	3.8	22	78	9	91	24	1	40	33	1.63
22177601--22177691	47	1.9	47	93	4	157	38	9	23	28	1.86
22180798--22181024	43	5.3	43	88	2	323	25	18	26	29	1.98
22182481--22182609	44	2.9	44	82	0	159	42	10	15	31	1.81
22186009--22186053	22	2.0	22	100	0	90	42	26	13	17	1.86
22187500--22187557	25	2.3	25	90	0	89	18	25	18	36	1.95
22195601--22195669	25	2.8	25	86	0	93	17	30	21	30	1.96
22195608--22195690	25	3.3	25	87	0	103	20	27	20	31	1.97
22196938--22197016	27	2.9	27	96	0	140	20	24	27	27	1.99
22197095--22197152	26	2.2	27	79	14	68	65	0	31	3	1.09
22197260--22197308	25	1.9	26	84	12	66	28	2	10	59	1.41
22197375--22197405	16	1.9	16	93	0	53	25	0	16	58	1.38
22199495--22199525	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
22202706--22202738	14	2.3	15	89	5	50	27	15	33	24	1.95
22202822--22202868	15	3.0	15	84	9	58	76	0	23	0	0.78
22203958--22204071	46	2.5	46	82	1	140	30	20	18	30	1.96
22203958--22204562	179	3.4	179	88	1	908	31	21	17	28	1.96
22203958--22204529	44	12.8	44	70	8	233	32	22	17	27	1.96
22204361--22204624	133	2.0	133	92	0	438	28	23	20	28	1.99
22206187--22206226	21	1.9	21	85	10	55	22	5	2	70	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22206187--22206233	12	3.9	12	81	13	53	23	4	2	70	1.16
22208361--22208415	29	2.0	27	86	13	76	60	9	14	16	1.59
22211397--22211507	48	2.3	48	87	1	159	30	10	10	47	1.73
22215359--22215476	43	2.8	43	83	6	141	30	25	15	28	1.96
22222377--22222424	23	2.1	23	85	11	64	41	8	10	39	1.69
22222515--22222913	199	2.0	198	93	1	674	41	11	13	33	1.80
22227385--22227456	27	2.7	27	69	26	62	41	9	9	38	1.71
22227836--22227873	17	2.3	17	90	4	60	68	0	7	23	1.16
22229663--22230142	50	9.6	49	70	3	294	23	18	22	35	1.96
22229663--22230171	100	5.1	100	88	0	696	23	19	22	34	1.96
22230237--22231062	131	6.3	131	93	0	1377	24	23	21	30	1.99
22230440--22231006	44	13.0	44	63	14	179	24	23	21	30	1.99
22232240--22232314	27	2.8	25	72	6	60	5	13	4	77	1.09
22232245--22232331	41	2.1	43	85	8	117	6	9	5	78	1.10
22232250--22232323	35	2.1	35	82	5	87	6	9	5	78	1.09
22232311--22232356	8	5.8	8	78	14	51	10	0	10	78	0.97
22232272--22232356	41	2.1	41	82	4	100	8	4	8	78	1.07
22232322--22232370	25	2.0	25	84	8	64	12	4	10	73	1.22
22232351--22232380	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
22236242--22236294	27	2.0	27	81	7	63	5	15	9	69	1.33
22236627--22236657	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
22240650--22240690	15	2.6	16	84	3	57	29	31	21	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22244499--22244538	21	1.9	21	84	0	53	30	12	20	37	1.89
22246168--22246202	18	1.9	18	88	0	52	68	0	22	8	1.16
22249633--22249700	30	2.3	28	80	9	82	69	4	1	25	1.16
22266968--22267003	17	2.1	18	94	5	65	58	0	0	41	0.98
22267829--22267889	31	1.9	32	87	9	90	29	14	9	45	1.77
22268158--22268396	19	13.3	18	67	22	87	64	2	2	31	1.19
22268243--22268396	10	17.0	9	69	20	99	62	0	1	35	1.11
22268247--22268370	18	6.9	18	75	16	82	63	0	0	35	1.00
22268247--22268397	27	5.6	26	75	11	99	63	0	1	33	1.10
22268294--22268395	28	3.7	27	72	13	84	63	0	1	33	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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