genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24014234--24014260	6	4.5	6	100	0	54	29	0	0	70	0.88
24024820--24024853	15	2.2	16	89	5	52	64	2	0	32	1.08
24024837--24024877	18	2.3	18	88	12	59	65	4	4	24	1.32
24025257--24025323	26	2.6	26	83	9	84	40	8	1	49	1.43
24025332--24025368	16	2.4	16	82	17	51	83	10	2	2	0.84
24025399--24025458	27	2.2	27	90	0	102	31	25	33	10	1.89
24030741--24030808	27	2.5	27	95	0	118	19	27	26	26	1.99
24030741--24030819	27	2.9	27	88	7	108	16	27	26	29	1.97
24030875--24030943	27	2.5	28	88	4	106	46	1	10	42	1.46
24031288--24031435	41	3.6	42	87	8	207	36	2	0	60	1.11
24031330--24031390	32	1.9	32	83	3	79	40	1	0	57	1.08
24031391--24031460	29	2.3	30	88	9	99	38	1	0	60	1.06
24031287--24031435	40	3.6	39	84	12	176	36	2	0	60	1.11
24031409--24031454	20	2.3	18	80	20	56	34	2	0	63	1.07
24032943--24032983	17	2.5	16	88	4	55	68	4	2	24	1.22
24033042--24033211	90	1.9	91	82	1	216	29	14	18	38	1.90
24035421--24035575	42	3.7	42	80	3	168	16	23	16	43	1.87
24035421--24035577	63	2.5	63	75	2	163	16	23	16	43	1.87
24035442--24035592	21	7.3	21	72	4	110	15	23	17	43	1.87
24042339--24042495	42	3.7	42	77	3	145	17	23	14	43	1.86
24044868--24045039	94	1.8	94	90	5	276	52	0	8	39	1.31
24045019--24045075	21	2.7	21	84	12	66	61	1	0	36	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24044886--24045039	47	3.3	47	90	1	256	53	0	7	38	1.30
24044886--24045070	94	2.0	92	84	9	245	54	0	6	38	1.31
24045157--24045218	24	2.6	23	89	7	88	54	3	4	37	1.38
24047215--24047256	23	1.9	22	85	9	59	52	4	4	38	1.44
24048196--24048258	30	2.1	30	90	0	99	26	3	14	55	1.54
24052387--24052442	27	2.1	27	93	0	94	53	7	8	30	1.59
24052953--24052978	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
24054844--24054932	44	2.0	44	97	0	169	33	3	30	32	1.74
24062196--24062302	27	4.0	27	73	18	75	61	0	2	35	1.10
24062169--24062296	22	6.0	22	69	18	74	60	0	4	34	1.23
24062196--24062307	53	2.1	53	83	12	140	61	0	2	35	1.10
24062238--24062311	17	4.1	17	71	19	60	63	0	2	33	1.09
24066389--24066417	13	2.1	14	93	6	51	27	13	0	58	1.36
24072941--24072982	18	2.3	18	80	11	50	23	0	2	73	0.94
24072952--24073028	23	3.3	23	71	26	63	23	1	3	71	1.10
24073055--24073095	12	3.5	12	83	6	57	24	9	2	63	1.37
24073130--24073194	6	10.5	6	77	12	51	10	6	6	76	1.13
24074141--24074184	21	2.1	21	100	0	88	27	13	4	54	1.58
24076552--24076656	51	2.1	51	87	0	147	59	5	3	31	1.39
24076581--24076726	70	2.1	70	85	2	195	58	4	4	32	1.38
24076649--24076683	15	2.4	15	85	4	54	68	0	0	31	0.90
24076691--24076768	19	4.1	19	81	6	86	58	2	1	37	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24076709--24076789	19	4.2	20	79	9	96	62	1	0	35	1.03
24076691--24076845	39	4.2	39	71	18	132	57	3	3	35	1.33
24076616--24076845	109	2.1	109	94	0	397	57	3	4	34	1.35
24076758--24076792	15	2.4	15	85	4	54	68	0	0	31	0.90
24077384--24077418	15	2.2	16	95	5	63	14	0	20	65	1.26
24087795--24087846	27	1.9	27	96	0	95	40	17	23	19	1.91
24088464--24088513	18	2.8	18	75	0	55	72	0	0	28	0.86
24093808--24093848	3	13.7	3	90	10	66	68	0	0	31	0.90
24094525--24094573	11	4.2	12	87	10	66	83	2	0	14	0.73
24099418--24099449	16	2.0	16	93	0	55	50	3	6	40	1.43
24108357--24108420	27	2.2	31	81	13	75	64	3	0	32	1.10
24115598--24115623	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
24121146--24121243	47	2.1	47	98	0	187	35	3	33	27	1.73
24132195--24132229	17	2.1	18	89	10	56	48	5	17	28	1.69
24135845--24135869	7	3.6	7	100	0	50	32	0	16	52	1.44
24143997--24144030	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
24144033--24144079	18	2.7	17	72	18	51	65	10	0	23	1.23
24144032--24144071	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
24146180--24146214	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
24146355--24146391	18	2.1	18	100	0	74	16	35	32	16	1.91
24154006--24154049	22	2.0	22	81	0	52	25	4	0	70	1.06
24157115--24157227	37	3.1	37	75	15	110	43	2	2	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24158321--24158358	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
24159117--24159218	40	2.5	42	87	6	154	29	21	19	29	1.98
24160681--24160705	13	1.9	13	100	0	50	40	8	4	48	1.51
24162279--24162325	21	2.2	22	81	11	62	23	21	31	23	1.98
24162286--24162332	21	2.2	21	88	0	67	21	21	31	25	1.98
24166367--24166559	50	3.8	50	87	0	269	21	29	22	27	1.99
24166897--24166954	30	1.9	30	82	6	73	29	20	10	39	1.86
24169701--24169726	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
24171019--24171061	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
24174965--24175004	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
24174953--24175019	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
24174988--24175027	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
24175389--24175442	5	10.8	5	100	0	108	40	18	0	40	1.51
24175810--24175860	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
24180884--24180908	13	1.9	13	100	0	50	32	4	32	32	1.76
24182646--24182711	11	5.8	12	73	18	52	24	27	3	45	1.68
24182673--24182781	51	2.1	50	80	8	121	30	21	0	47	1.57
24183916--24183948	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
24185193--24185360	21	7.6	22	79	14	161	41	33	1	24	1.63
24185193--24185360	43	3.8	41	75	17	151	41	33	1	24	1.63
24185186--24185347	70	2.3	69	84	8	195	41	32	1	24	1.63
24188461--24189027	127	4.5	126	88	1	805	30	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24188461--24189027	252	2.2	252	88	1	850	30	21	17	31	1.96
24200517--24200582	30	2.4	27	71	20	66	16	63	4	15	1.46
24202501--24202533	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
24215797--24216140	113	3.1	111	83	8	419	27	22	25	25	2.00
24222962--24222998	16	2.3	16	95	0	65	18	35	18	27	1.95
24226493--24226577	38	2.2	38	87	6	118	21	2	37	38	1.66
24228905--24228988	44	1.9	44	90	0	132	45	3	9	41	1.54
24228602--24229069	256	1.8	254	82	7	599	47	7	7	36	1.60
24248167--24248206	21	1.9	21	94	0	71	25	17	27	30	1.97
24249699--24249816	58	2.0	58	98	0	227	48	9	8	33	1.66
24250067--24250117	19	2.8	20	72	27	58	76	0	0	23	0.79
24250280--24250566	144	2.0	145	90	2	461	37	10	11	40	1.75
24251194--24251244	3	17.3	3	95	4	95	31	0	0	68	0.90
24255721--24255750	13	2.3	13	94	0	51	66	23	10	0	1.21
24256685--24256717	12	2.8	12	86	4	50	30	3	0	66	1.06
24261440--24261523	34	2.5	34	75	7	89	33	7	4	54	1.49
24268441--24268563	42	2.9	43	81	6	160	26	14	26	32	1.95
24273806--24273857	18	2.8	19	88	11	81	17	21	25	36	1.94
24276621--24276775	42	3.7	39	74	10	139	23	21	27	27	1.99
24284034--24284067	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
24290557--24290584	10	2.8	10	100	0	56	10	0	14	75	1.06
24298762--24298825	23	2.8	23	92	0	110	15	31	21	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24315072--24315130	29	2.0	29	96	0	109	37	8	0	54	1.31
24316709--24316756	5	9.4	5	84	8	53	20	25	14	39	1.91
24316819--24316844	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
24321381--24321470	36	2.5	36	85	7	137	30	23	17	28	1.97
24323879--24323911	16	2.1	16	94	0	57	18	0	27	54	1.44
24332025--24332059	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
24332048--24332097	22	2.3	22	96	0	91	30	30	0	40	1.57
24332091--24332177	29	3.2	29	64	26	73	32	24	0	43	1.54
24332070--24332184	51	2.3	51	95	0	203	29	25	0	45	1.54
24333327--24333351	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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